View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18132_low_12 (Length: 459)

Name: NF18132_low_12
Description: NF18132
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18132_low_12
NF18132_low_12
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (12-442)||(9030790-9031222)
chr2 (113-420)||(9013241-9013553)
chr2 (161-420)||(9021617-9021878)
chr2 (113-420)||(8997118-8997414)
chr2 (133-380)||(8988980-8989231)
chr2 (114-319)||(13045909-13046119)
chr2 (113-335)||(8979840-8980066)
chr2 (14-113)||(9013113-9013212)
chr2 (12-113)||(13046149-13046250)
chr2 (359-442)||(8997392-8997475)
chr2 (12-113)||(9021249-9021350)
chr2 (353-416)||(9013525-9013588)
chr2 (360-420)||(8989250-8989310)
chr2 (113-169)||(9021383-9021439)
chr2 (353-416)||(9021850-9021913)
chr2 (12-113)||(8996979-8997089)
chr2 (399-442)||(8989322-8989365)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 442
Target Start/End: Original strand, 9030790 - 9031222
Alignment:
Q  12 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggtgtgctcctaatgatatccatcatcactgtggtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9030790 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggtgtgctcctaatgatatccatcatcactgtggtt 9030889  T
Q  112 ggattgttcaagagactctctcatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattatta--ttcacttattctaattcccttatgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9030890 ggattgttcaagagactctcttatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattattagattcacttattctaattcccttatgt 9030989  T
Q  210 accctcttgcattcaagtcagctagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtataggc 309  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9030990 gccctcttgcattcaagtctgctagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatagagttcaacaaatcagtataggc 9031089  T
Q  310 ccttatttatccacaaccttttatatgcagaggagcataactataattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtga 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9031090 ccttatttatccacaaccttttatatgcagaggagcataactataattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtga 9031189  T
Q  410 catggcttcaaaggataatcataatttcaaccc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9031190 catggcttcaaaggataatcataatttcaaccc 9031222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 113 - 420
Target Start/End: Original strand, 9013241 - 9013553
Alignment:
Q  113 gattgttcaagagactctctcatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattatta--ttcacttattctaattcccttatgta 210  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  9013241 gattgtttaagagactctcttatggttggtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccagattattagattcacttattctaattcccttatgaa 9013340  T
Q  211 ccctcttgcattcaagtcagctagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtataggcc 310  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9013341 acctcttgcattcaagtctgctagattttcctgagtccaaaatacaattccaaaagaagaagaagaatgctacatagagttcaacaaatcagtataggcc 9013440  T
Q  311 cttatttatccacaaccttttatatgcagaggagcataac---tataattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||   || ||||  |||||||||||  ||||    
T  9013441 cttatttatccacaaccttttatatgcagagaagcataactattataattccaatcaaagtgacgtggtttttgggcagaattgtaatttcaatcaaagt 9013540  T
Q  408 gacatggcttcaa 420  Q
    ||| |||||||||    
T  9013541 gacgtggcttcaa 9013553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 161 - 420
Target Start/End: Original strand, 9021617 - 9021878
Alignment:
Q  161 cctttacttctagccaaattatta--ttcacttattctaattcccttatgtaccctcttgcattcaagtcagctagattttgctgagtccaaaatacaat 258  Q
    ||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9021617 cctttacttatagccagattattagattcacttattctaattccgttatgaaccctcttgcattcaagtctgctagattttcctgagtccaaaatacaat 9021716  T
Q  259 tccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtataggcccttatttatccacaaccttttatatgcagaggagcataactataattc 358  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9021717 tccaaaagaataagaagaatactacatagagttcaacaaatcagtataggcccttatttatccaacacctttcatatgcagaggagcataactataattc 9021816  T
Q  359 caatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggcttcaa 420  Q
    ||||||||| |||||||||||  || ||||  |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9021817 caatcaaagtgacgtggtttctgggcagaattgtaatttcaatcaaagtgacatggcttcaa 9021878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 113 - 420
Target Start/End: Original strand, 8997118 - 8997414
Alignment:
Q  113 gattgttcaagagactctctcatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattatt--attcacttattctaattcccttatgta 210  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  8997118 gattgtttaagagactctcttatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattattagattcacttattctaattcccttatgta 8997217  T
Q  211 ccctcttgcattcaagtcagctagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtataggcc 310  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||             ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8997218 ccctcttgcattcaaatctgctagattttgctgag-------------tccaaaagactaagaagattactacatagagttcaacaaatcagtataggcc 8997304  T
Q  311 cttatttatccacaaccttttatatgcagaggagcataactataattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgac 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||  ||| |||||||  |||||||    
T  8997305 cttatttatccacaaccttttatatgcagaggagtataacgataattccaattaaagtgacgtggtttccgggcagaattgtactttcaatcaaagtgac 8997404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 133 - 380
Target Start/End: Original strand, 8988980 - 8989231
Alignment:
Q  133 catggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattatta--ttcacttattctaattcccttatgtaccctcttgcattcaagtca- 229  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  8988980 catggttgctttggtgaatggagggaatcctttagttctagccagattattagattcacttattctaattcccttatgtaccctcttgcattcaagtctt 8989079  T
Q  230 gctagattttgct--gagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtataggcccttatttatccacaacc 327  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8989080 gctagattttgctatgagtccaaaatacaattccaaaagaataaaaagaatactacgtagagttcgacaaatcagtatat-ccctcatttatccacaacc 8989178  T
Q  328 ttttatatgcagaggagcataactataattccaatcaaagagacgtggtttca 380  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8989179 ttttatatgaagaggagcataactataattccaatcaaagtgacatggtttca 8989231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 13046119 - 13045909
Alignment:
Q  114 attgttcaagagactctctcatggt--tcgtttggtgaatggagggaagccttta-cttctagccaaattatta--ttcacttattctaattcccttatg 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||  |||||    
T  13046119 attgttcaagagactctcttatgatgattgtttggtgcatggagggaagcctttaacttctaaccagattattagattcacttattctaattcttttatg 13046020  T
Q  209 taccctcttgcattcaagtcagctagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacatggagttcaacaaatcagtatagg 308  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| | |||| | ||||||    
T  13046019 taccctcttgcattcaagtctgctagattttgctgagtccaaaatataattccaaaagaataagaagaatatgacatagagttccaaaaattattatagg 13045920  T
Q  309 cccttatttat 319  Q
    |||||||||||    
T  13045919 cccttatttat 13045909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 113 - 335
Target Start/End: Original strand, 8979840 - 8980066
Alignment:
Q  113 gattgttcaagagactctctcatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccaaattatt---attcacttattctaattcccttatgt 209  Q
    ||||||| ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||| | |||||||||| ||||||    
T  8979840 gattgtttaagagactctt--atggttggtttggtgaatggagggaagcctttacttctagccagattaattagattcaccttttctaattcctttatgt 8979937  T
Q  210 accctcttgcattcaagtcagc--tagattttgctgagtccaaaatacaattccaaaagaataagaagaacactacat-ggagttcaacaaatcagtata 306  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| |||||||  |||||||| || ||| ||||    
T  8979938 accctcttgcattcaagtctgctatagattttgctgagtccaaaacacagttcctaaagaatgagaagaatactacataagagttcaaaaattcattata 8980037  T
Q  307 ggcccttatttatccacaaccttttatat 335  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  8980038 ggcctttatttatccataaccttttatat 8980066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 113
Target Start/End: Original strand, 9013113 - 9013212
Alignment:
Q  14 caaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggtgtgctcctaatgatatccatcatcactgtggttgg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9013113 caaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacacttgtgtttttggatgtgctcctaatgatatccatcttcactgtggttgg 9013212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 13046250 - 13046149
Alignment:
Q  12 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggtgtgctcctaatgatatccatcatcactgtggtt 111  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  13046250 agcaaaggttcaacttctggaattccacagtacattgtgcaaattgttaacacttgtgtttctggatgtgctccttatgatatccatcttcactgtggtt 13046151  T
Q  112 gg 113  Q
    ||    
T  13046150 gg 13046149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 359 - 442
Target Start/End: Original strand, 8997392 - 8997475
Alignment:
Q  359 caatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggcttcaaaggataatcataatttcaaccc 442  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8997392 caatcaaagtgacgtggcttcaaggtagaactgtaatttcaatgcaagtgacatggcttcgaaggataatcataatttcaaccc 8997475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Original strand, 9021249 - 9021350
Alignment:
Q  12 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacattatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggtgtgctcctaatgatatccatcatcactgtggtt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||| | | ||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  9021249 agcaaaggttcaacttctggtattccacattacattgtgcaaattgttagcacttgtgtttttggatattctcctcatgatatccatcttcattgtggtt 9021348  T
Q  112 gg 113  Q
    ||    
T  9021349 gg 9021350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 353 - 416
Target Start/End: Original strand, 9013525 - 9013588
Alignment:
Q  353 taattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggct 416  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9013525 taatttcaatcaaagtgacgtggcttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggct 9013588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 360 - 420
Target Start/End: Original strand, 8989250 - 8989310
Alignment:
Q  360 aatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggcttcaa 420  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8989250 aatcaaagtgatgtggcttcaaggtagaaccgtaatttcaatacaagtgacatggcttcaa 8989310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 113 - 169
Target Start/End: Original strand, 9021383 - 9021439
Alignment:
Q  113 gattgttcaagagactctctcatggttcgtttggtgaatggagggaagcctttactt 169  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9021383 gattattcaagagactctcttatggttggtttggtgaatggagggaagcctttactt 9021439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 353 - 416
Target Start/End: Original strand, 9021850 - 9021913
Alignment:
Q  353 taattccaatcaaagagacgtggtttcaaggtagaaccgtaatttcaatgcaagtgacatggct 416  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9021850 taatttcaatcaaagtgacatggcttcaaggtagagccgtaatttcaatgcaagtgacatggct 9021913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Original strand, 8996979 - 8997089
Alignment:
Q  12 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacat--tatgcaaattgttaacagttgtgtttttgggt-----gtgctcctaatgatat--ccatcatc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||| ||| |||||||| |     |||||||| |||||||  ||||| ||    
T  8996979 agcaaaggttcaacttctggtattccacaatacatattgtgccaattgttaacacttgcgtttttggattggatgtgctcctcatgatatatccatcttc 8997078  T
Q  103 actgtggttgg 113  Q
    |||||||||||    
T  8997079 actgtggttgg 8997089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 442
Target Start/End: Original strand, 8989322 - 8989365
Alignment:
Q  399 aatgcaagtgacatggcttcaaaggataatcataatttcaaccc 442  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8989322 aatgcaagtgacatggcttcgaaggataatcataatttcaaccc 8989365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University