View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18134_high_1 (Length: 879)

Name: NF18134_high_1
Description: NF18134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18134_high_1
NF18134_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-871)||(44041044-44041889)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 871
Target Start/End: Original strand, 44041044 - 44041889
Alignment:
Q  18 taattgcattacattagtcgtattatttaaggtttcaaatcgtgatcgcatgatttgactgatactcaaacataaaaggctttgtaatagcgtggcggcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  44041044 taattgcattacattagtcgtattatttaaggtttcaaatcgtgatcgcatgatttgactgatactcaaacataaaaggctttgtaacagcttagcggcc 44041143  T
Q  118 acaactgtggtggctgattatttaaggtttcaaatggcgattgcatgaattcgactgatactggaactaaaagagtttataattgcagccacaactgtgg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||    
T  44041144 acaactgtggtggctgattatttaaggttttaaatggcgattgcatggattcgactgatactggaactaaaagattt---aattgcggccacaactgtgg 44041240  T
Q  218 tggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtctattttctatccctttatgagataattactaaatagaaatgaggaatcatgattcatgatcattggaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||    
T  44041241 tggctgattgtttttaaaatcttgattgtgtctattttctatccctttatgagataattactaaatagaaatgaagaatcatgat-------cattggaa 44041333  T
Q  318 atttgcagcataactatcatgcagaattgtgtattcactggcataagctacagctctcccacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041334 atttgcagcataactatcatgcagaattgtgtattcactggcataagctacagctctcccacccttggatctgctatgagcaacttgactccggcgatca 44041433  T
Q  418 cttttgttctagcagtcatcttcaggtaaataggtgtgttggaaaat--gtgttagataatgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgttt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041434 cttttgttctagcagtcatcttcaggtaaataggtgtgttggaaaatatgtgttagataatgtgttgatagtactaaaatataaataaacaaccatgttt 44041533  T
Q  516 agaggttcttatgcaaacttataattatgcataacagttggattattttactatttcaaaaaccattgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041534 agaggttcttatgcaaacttataattatgcataacagttggattattttactatttcaaaaaccgttgtaggatggagaagttggatgctggaagctcaa 44041633  T
Q  616 taagccagatcaaaattgtggggactgtggtgtctatctcaggagctttaatagtgaccttttacaagggtgctcccattagtagcattcaaactcaacc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041634 taagccagatcaaaattgtggggactgtggtgtctatctcaggagctttaatagtgaccttttacaagggtgctcccattagtagcattcaaactcaacc 44041733  T
Q  716 ctctacatcgcaaccattctggtctctattagcagaaaccagtaactgggtcattgggggtctcttcctagccactgcctctttatctcttgcaatatgg 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041734 ctctacatcgcaaccattctggtctctattagcagaaaccagtaactgggtcattgggggtctcttcctagccactgcctctttatctcttgcaatatgg 44041833  T
Q  816 aatattgctcaggtcagatatctgatttgggcttagattctagtgatgatgatgtc 871  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44041834 aatattgctcaggtgagatatctgatttgggcttagattctagtgatgatgatgtc 44041889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University