View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18135_low_2 (Length: 464)

Name: NF18135_low_2
Description: NF18135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18135_low_2
NF18135_low_2
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (6-453)||(17849671-17850117)
chr6 (225-407)||(11652316-11652499)
chr6 (225-407)||(17690871-17691054)
chr6 (225-407)||(27297222-27297405)
chr6 (225-407)||(27380683-27380866)
chr6 (225-407)||(27471066-27471249)
chr6 (225-407)||(29309483-29309666)
chr6 (225-407)||(29316442-29316625)
chr6 (225-407)||(16558903-16559086)
chr6 (211-407)||(17683886-17684083)
chr6 (239-407)||(18336248-18336416)
chr6 (244-407)||(25536641-25536805)
chr6 (312-407)||(16393974-16394069)
chr6 (211-283)||(28755664-28755736)
[»] scaffold0390 (2 HSPs)
scaffold0390 (225-407)||(13381-13564)
scaffold0390 (225-407)||(6365-6548)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (225-407)||(28392565-28392748)
chr4 (225-407)||(8858760-8858943)
chr4 (225-407)||(18262805-18262988)
chr4 (225-407)||(19926191-19926374)
chr4 (225-405)||(10620764-10620945)
chr4 (244-407)||(26964233-26964397)
chr4 (225-407)||(55613276-55613459)
chr4 (244-407)||(26971056-26971220)
chr4 (225-407)||(4426046-4426229)
chr4 (225-407)||(8845796-8845979)
chr4 (225-407)||(18269666-18269849)
chr4 (225-407)||(869190-869373)
chr4 (225-407)||(5714541-5714723)
chr4 (225-405)||(10627846-10628024)
chr4 (239-407)||(10677022-10677191)
chr4 (239-407)||(10890662-10890831)
chr4 (225-407)||(5707913-5708095)
chr4 (241-407)||(10689872-10690039)
chr4 (241-407)||(10903512-10903679)
chr4 (225-407)||(5667561-5667745)
chr4 (225-406)||(35224152-35224334)
chr4 (245-383)||(24701618-24701758)
chr4 (313-376)||(36092867-36092930)
chr4 (241-325)||(5616990-5617074)
chr4 (239-354)||(11421552-11421668)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (228-407)||(27276994-27277174)
chr1 (225-407)||(18252623-18252806)
chr1 (225-407)||(27310008-27310191)
chr1 (225-407)||(18531945-18532128)
chr1 (225-407)||(16358466-16358649)
chr1 (239-407)||(27130855-27131024)
chr1 (240-407)||(36816081-36816250)
chr1 (323-407)||(22641406-22641490)
chr1 (312-407)||(9916299-9916394)
chr1 (300-407)||(23507491-23507598)
chr1 (242-276)||(14234633-14234667)
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (225-407)||(1752-1935)
scaffold0234 (225-407)||(10643-10826)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (225-407)||(29328377-29328560)
chr7 (225-407)||(15153036-15153219)
chr7 (225-403)||(11535493-11535672)
chr7 (225-407)||(11542411-11542594)
chr7 (225-407)||(18561591-18561774)
chr7 (225-407)||(13392741-13392925)
chr7 (247-407)||(12751419-12751580)
chr7 (286-407)||(11546433-11546554)
chr7 (225-371)||(24850990-24851137)
chr7 (239-407)||(12739129-12739296)
chr7 (312-405)||(23387779-23387871)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (225-407)||(19713929-19714112)
chr5 (244-407)||(19706669-19706833)
chr5 (239-405)||(18567945-18568112)
chr5 (245-407)||(24694909-24695072)
chr5 (245-407)||(24701673-24701836)
chr5 (244-407)||(39539141-39539305)
chr5 (239-407)||(17298349-17298517)
chr5 (312-407)||(28719276-28719371)
chr5 (322-358)||(18806204-18806240)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (225-407)||(10572023-10572206)
chr3 (225-407)||(10578787-10578970)
chr3 (225-407)||(13517400-13517583)
chr3 (225-407)||(6110657-6110840)
chr3 (225-407)||(15357017-15357200)
chr3 (225-407)||(16481914-16482097)
chr3 (225-407)||(17136946-17137129)
chr3 (225-405)||(15600315-15600496)
chr3 (225-405)||(15606860-15607041)
chr3 (225-407)||(8491088-8491271)
chr3 (225-407)||(13211895-13212078)
chr3 (245-407)||(17780569-17780732)
chr3 (228-383)||(17197189-17197345)
chr3 (225-407)||(1646952-1647135)
chr3 (225-407)||(15341650-15341833)
chr3 (296-407)||(18520568-18520679)
chr3 (225-407)||(23014791-23014974)
chr3 (318-407)||(13249200-13249289)
chr3 (239-335)||(9250149-9250246)
chr3 (296-407)||(29925562-29925674)
chr3 (296-407)||(29974716-29974828)
chr3 (229-279)||(9505028-9505078)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (225-407)||(21329679-21329862)
chr2 (244-407)||(22791308-22791472)
chr2 (225-407)||(41661865-41662048)
chr2 (312-403)||(18797103-18797194)
chr2 (211-407)||(36270753-36270949)
chr2 (245-407)||(18620394-18620556)
chr2 (224-276)||(12298478-12298530)
chr2 (313-377)||(39338187-39338251)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (239-407)||(18880-19049)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (240-407)||(21941258-21941426)
chr8 (239-407)||(6094716-6094885)
chr8 (239-407)||(15326791-15326960)
chr8 (239-407)||(15507160-15507329)
chr8 (239-398)||(24643249-24643409)
chr8 (239-407)||(24796450-24796618)
chr8 (225-407)||(28548640-28548823)
chr8 (312-407)||(22172079-22172174)
chr8 (312-407)||(8967821-8967918)
chr8 (349-407)||(29645903-29645961)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (225-407)||(7700-7883)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (239-407)||(229836-230005)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (298-407)||(25495-25604)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (225-407)||(6115-6298)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (225-355)||(141-272)
scaffold0061 (225-355)||(5652-5783)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 453
Target Start/End: Original strand, 17849671 - 17850117
Alignment:
Q  6 aaatcattgtttagattgcaatcaaaaccagattaaacgcatcagataacaatttattttccttttttatggatccttatgaatgatcatgagcaaggat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17849671 aaatcattgtttagattgcaatcaaaaccagattaaacgcatcagataacaatttattttccttttttatggatc-ttatgaatgatcatgagcaaggat 17849769  T
Q  106 cgaatagtaatctcttgaagggcataacctttatagttgaactaagagaatgaccacaagtactttatgaatcggcaacacctctactaagtccacacnn 205  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  17849770 cgaataataatctcttgaagggcataacctttatagttgaactcagagaatgaccacaagtactttatgaatcggcaacacctctactaagtccacacaa 17849869  T
Q  206 nnnnntgtgtgtgatcgcgtaggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatagtatttagttacacatcact 305  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17849870 aaaaatgtgtgtgatcgcgtaggttctcgtatagttgacagtaatattaaatcatacattaaatattataaccagtgatagtatttagttacacatcact 17849969  T
Q  306 gctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17849970 gctttacaagtaacgagaatttcatgtaatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 17850069  T
Q  406 cataacaaagaccacatcacccttattaatttgaatattaggtccttt 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17850070 cataacaaagaccacatcacccttattaatttgaatattaggtccttt 17850117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 11652499 - 11652316
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  11652499 taggttcccgtaatgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 11652400  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  11652399 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtaataatgattatgtgtataattacccttttgctctcatgtctatattgaacaca 11652316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 17690871 - 17691054
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  17690871 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 17690970  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  17690971 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 17691054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27297405 - 27297222
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  27297405 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacaaatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 27297306  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  27297305 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 27297222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 27380683 - 27380866
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  27380683 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 27380782  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  27380783 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 27380866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 27471066 - 27471249
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  27471066 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 27471165  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  27471166 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 27471249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29309666 - 29309483
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  29309666 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 29309567  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  29309566 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 29309483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29316625 - 29316442
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  29316625 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 29316526  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  29316525 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 29316442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 16558903 - 16559086
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||| |   ||||||||||||    
T  16558903 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgttacccaagtgacgaga 16559002  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  16559003 atgtcatgtgatctgacgaaatctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 16559086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 211 - 407
Target Start/End: Original strand, 17683886 - 17684083
Alignment:
Q  211 tgtgtgtgatcgcgtaggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctt 309  Q
    |||||||||||   ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||     
T  17683886 tgtgtgtgatcctataggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatactataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgcta 17683985  T
Q  310 tacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
      |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| | || ||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||    
T  17683986 cccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaaacttttctgtgataatgttcatttgtataattacccttttgcccttatgtctatattgaacaca 17684083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18336416 - 18336248
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgata-gtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||  |    
T  18336416 gttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagaggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgaact 18336317  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
     | ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||   || | ||||||||||||||||    
T  18336316 -aagaaacctttctgtgataattattatgtgtataattaaccttttgcccttacgtctatattgaacaca 18336248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Original strand, 25536641 - 25536805
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||  | ||| |||| |||||||||||     ||| |||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  25536641 caataatattaaatcacatatttaatactataaacagtgagcggtatctagtaacacatcactgtaacccaactgacgagaatgtcatgtgatatgacga 25536740  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| | ||||   |||||||||||||||||||||    
T  25536741 aacctttctgtgataatgatcatgtgtataattatctttttgccctcatgtctatattgaacaca 25536805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 407
Target Start/End: Original strand, 16393974 - 16394069
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||| ||||| ||  ||||| |||| | |||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||    
T  16393974 caagtgacgagaatgtcatgtaatctgacgaaaccttattgtgacaatgttcatgtgtataattaccctttttccctcatttctatattaaacaca 16394069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 211 - 283
Target Start/End: Original strand, 28755664 - 28755736
Alignment:
Q  211 tgtgtgtgatcgcgtaggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga 283  Q
    |||||||||||   || |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||    
T  28755664 tgtgtgtgatcctctatgttctcgtaacgttgacaataacattaaattacatatttaatattataaacagtga 28755736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 13381 - 13564
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  13381 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 13480  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  13481 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 13564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 6365 - 6548
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  6365 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 6464  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  6465 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 6548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 28392565 - 28392748
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  28392565 taggttcccgtaatgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgaacggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 28392664  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  28392665 atgtcatgtgatctgatgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 28392748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8858943 - 8858760
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  8858943 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 8858844  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  8858843 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 8858760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18262988 - 18262805
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  18262988 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 18262889  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  18262888 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 18262805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 19926191 - 19926374
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  19926191 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 19926290  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  19926291 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 19926374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 225 - 405
Target Start/End: Original strand, 10620764 - 10620945
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||  |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  10620764 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtaactagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 10620863  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  10620864 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaaca 10620945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26964397 - 26964233
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  26964397 caataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacga 26964298  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  26964297 aacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 26964233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 55613459 - 55613276
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | |||  ||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  55613459 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatcaagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 55613360  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  55613359 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 55613276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26971220 - 26971056
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| | ||||||| ||| ||    
T  26971220 caataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgttatgtgatctgacga 26971121  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  26971120 aacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 26971056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 4426046 - 4426229
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||| |||||| ||   |||||||||| ||    |||||||||||    
T  4426046 taggttctcgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacaatgagtagtatctaacaacacatcactactacctaagtgacgaga 4426145  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  4426146 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataataatcatgtgtataattaccctttttccctcatgtctatactgaacaca 4426229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8845979 - 8845796
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||| | |||| |||  |||||||||| ||   ||||||||||||    
T  8845979 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaataacatatttaatattataaacagtgagtggtatctagcaacacatcactactacccaagtgacgaga 8845880  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  8845879 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtatataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 8845796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18269849 - 18269666
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||   ||||||||||||   ||||||||||||    
T  18269849 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcatcacatcactgctacccaagtgacgaga 18269750  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||| ||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  18269749 atgtcaggtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 18269666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 869373 - 869190
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  869373 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 869274  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||| ||| | | ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||||    
T  869273 atgtcatgcgatctaacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattactcttttgccctcatgtctatattgaacaca 869190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 5714723 - 5714541
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  5714723 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 5714624  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||  | |||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  5714623 atgtcatgtgatctgacgaaaccttctt-tgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 5714541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 405
Target Start/End: Original strand, 10627846 - 10628024
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||   |||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  10627846 taggttcccgtaacgttgacaataatatta---cacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 10627942  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  10627943 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaaca 10628024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 10677022 - 10677191
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| |    
T  10677022 gttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctatccaagtgacaagaatgtcatgtgatct 10677121  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||  |||| |||  ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  10677122 gacaaaaccttttcgtgataatgatcatgtgtataattactcatttgtcctcatatctatattgaacaca 10677191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 10890662 - 10890831
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| |    
T  10890662 gttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctatccaagtgacaagaatgtcatgtgatct 10890761  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||  |||| |||  ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  10890762 gacaaaaccttttcgtgataatgatcatgtgtataattactcatttgtcctcatatctatattgaacaca 10890831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 5708095 - 5707913
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||| |||||||||   ||||||||||||    
T  5708095 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacatatcactgctacccaagtgacgaga 5707996  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||  | |||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  5707995 atgtcatgtgatctgacgaaaccttctt-tgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 5707913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 10690039 - 10689872
Alignment:
Q  241 tgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttga 339  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| |||    
T  10690039 tgacaataatatttaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctga 10689940  T
Q  340 tgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
      |||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||  |||| | ||||| |||||||||||||||    
T  10689939 caaaaccttttcgtgataatgatcatgtgtataattactattttatcctcatatctatattgaacaca 10689872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 10903679 - 10903512
Alignment:
Q  241 tgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttga 339  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| |||    
T  10903679 tgacaataatatttaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctga 10903580  T
Q  340 tgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
      |||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||  |||| | ||||| |||||||||||||||    
T  10903579 caaaaccttttcgtgataatgatcatgtgtataattactattttatcctcatatctatattgaacaca 10903512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 5667561 - 5667745
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||  |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  5667561 taggttctcgtaacgttgacaataatattgaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtacctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 5667660  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaa-catttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| |||| | ||| |||||||||| || ||| ||| |||||| ||||   || ||||||||||||||||||    
T  5667661 atgtcatgtgatctgacgaaaccttttctgtgataatgtttgtgtttataattacctttttgccctaatgtctatattgaacaca 5667745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 225 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 35224334 - 35224152
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    |||||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  35224334 taggttctcgttacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 35224235  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacac 406  Q
    ||  || ||||| ||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||  ||| ||| ||   ||||||| ||||||||||||    
T  35224234 atgacacgtgatctgatgaaacttttccgtgataatgatcatgtgtatagttatcctattgccctcatgtttatattgaacac 35224152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 24701758 - 24701618
Alignment:
Q  245 aataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaa 343  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| | |||| ||   ||||||||||||| | |||||||| | ||| ||||||||| ||| |||    
T  24701758 aataatattaaatcaaacatttaatattataaacagtgagtggtatctaacaacacatcactgctatccaagtgacaaaaatgtcatgtgatctgaagaa 24701659  T
Q  344 a-catttatgtgataatgattatgtgtatgattaccctttt 383  Q
    | | ||| ||| ||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  24701658 accttttctgtaataatgatcttgtgtatgattaccatttt 24701618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 36092930 - 36092867
Alignment:
Q  313 aagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgatta 376  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36092930 aagtgactagaatgtcatgtgatatgaagaaacatttatgtgataaagattatgtgtataatta 36092867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 5617074 - 5616990
Alignment:
Q  241 tgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaat 325  Q
    ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||| |||| |||  |||||||||||||   |||||||| |||||    
T  5617074 tgacaataatattaaatcttatatttaatattataaacagtgattgtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacaagaat 5616990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 239 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 11421668 - 11421552
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgata-gtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||    ||| |||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||| ||||   |||||||| ||||| ||| ||||| |    
T  11421668 gttgccaataatattaaatctagtatttaatattataaacagtgatatgtatttagcaacacatcattgctacccaagtgacaagaatgtcaagtgatat 11421569  T
Q  338 gatgaaacatttatgtg 354  Q
    || ||||| || |||||    
T  11421568 gacgaaaccttcatgtg 11421552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 228 - 407
Target Start/End: Original strand, 27276994 - 27277174
Alignment:
Q  228 gttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatt 326  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||| |||||||||| ||   ||||||||||||||     
T  27276994 gttctcgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagtaacacatcactcctacccaagtgacgagaatg 27277093  T
Q  327 tcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||| |||| || ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  27277094 tcatgtgatctgatgaaacctttttgtgatgatgattgtgtgcataattaccctttttccctcatgtttatattgaacaca 27277174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18252806 - 18252623
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  18252806 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 18252707  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  18252706 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 18252623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 27310008 - 27310191
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  27310008 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 27310107  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  27310108 atgtcatgtgatatgacgaaacctttttgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 27310191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 18531945 - 18532128
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||    |||||||||||    
T  18531945 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacctaagtgacgaga 18532044  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  18532045 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattaaacaca 18532128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 16358466 - 16358649
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  16358466 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatctcatatttaatactataaacagtgagcgatatctagcaacacatcactgctatccaagtgacgaga 16358565  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||||||    
T  16358566 atatcatgtgatatgacgaaacctttccgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatctctatattgaacaca 16358649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 27130855 - 27131024
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| |    
T  27130855 gttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatat 27130954  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||  |||| |||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  27130955 gacaaaacctttccgtgataatgttcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 27131024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 240 - 407
Target Start/End: Original strand, 36816081 - 36816250
Alignment:
Q  240 ttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgat-agtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttg 338  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||| || |   |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  36816081 ttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcaatatctagcaacacatcaatgttactcaagtgacgagaatgtcatgtgatctg 36816180  T
Q  339 atgaaacattt-atgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    | ||||| ||| ||||||||||| || |||| || |||||||||||   || ||||||||||||||||||    
T  36816181 acgaaaccttttatgtgataatgtttgtgtgcataattacccttttgcccttatgtctatattgaacaca 36816250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 323 - 407
Target Start/End: Original strand, 22641406 - 22641490
Alignment:
Q  323 aatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  22641406 aatttcatgtgatatgatgaaacctttcagtgataatgttcttgtgtataattaccctttttccctcatgtctatattgaacaca 22641490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 312 - 407
Target Start/End: Original strand, 9916299 - 9916394
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||| | ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||    
T  9916299 caagtgacaagaatgtcaagtgatctgatgaaacatttatgtgataacgatattgtgtataactaccctttttccctcatttctaaattgaacaca 9916394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 300 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 23507598 - 23507491
Alignment:
Q  300 atcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatat 399  Q
    |||||||||  |||||||||  |||| ||||||||| ||| ||||| |||   ||||||||||| |  |||| ||||||||||||   || |||||||||    
T  23507598 atcactgctacacaagtgacatgaatgtcatgtgatatgaagaaaccttttcttgataatgatttttcgtataattaccctttttccttcgtgtctatat 23507499  T
Q  400 tgaacaca 407  Q
    ||||||||    
T  23507498 tgaacaca 23507491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 242 - 276
Target Start/End: Original strand, 14234633 - 14234667
Alignment:
Q  242 gacaataatattaaatcacacattaaatattataa 276  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14234633 gacaataatattaaatcacacatttaatattataa 14234667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 1752 - 1935
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  1752 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 1851  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  1852 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 1935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 10643 - 10826
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  10643 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 10742  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  10743 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 10826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29328560 - 29328377
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||| |||||   ||||||||||||    
T  29328560 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcgctgctacccaagtgacgaga 29328461  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  29328460 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 29328377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15153219 - 15153036
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  15153219 taggttcacgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 15153120  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |  ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  15153119 aagtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 15153036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 403
Target Start/End: Original strand, 11535493 - 11535672
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||||| | ||||||| | ||    
T  11535493 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctatccaagtgatggga 11535592  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaa 403  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||    
T  11535593 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaa 11535672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 11542411 - 11542594
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||| ||    
T  11542411 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacggga 11542510  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  11542511 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattatccttttgccctcatgtctatattgaacaca 11542594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18561774 - 18561591
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  18561774 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 18561675  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| | || ||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||    
T  18561674 atgtcatgtgatctgacgaaacttttctgtgataatgttcatatgtataattacccttttgcccttatgtctatattgaacaca 18561591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 13392925 - 13392741
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||| |||  |||||||||| ||   ||||||||||||    
T  13392925 taggttcccgtaacgttgacaaaaatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagtggtatctagcaacacatcacttctacccaagtgacgaga 13392826  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaa-catttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| |||| | ||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  13392825 atgtcatgtgatctgacgaaaccttttctgtgataatgtttgtgtgtataattaccctttcgccctcatgtctatattgaacaca 13392741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 247 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12751580 - 12751419
Alignment:
Q  247 taatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaac 345  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  12751580 taatattaaatcacatatttaatattataagcagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaaac 12751481  T
Q  346 atttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
     ||| | ||||||| || |||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  12751480 ctttctatgataataatcatgtgtataattatccttttgccctcatgtctatattgaacaca 12751419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 286 - 407
Target Start/End: Original strand, 11546433 - 11546554
Alignment:
Q  286 gtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattaccctttttt 385  Q
    ||||||||  ||||||||||| | | |||||||||||||| |||| |||| ||| ||||  ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||      
T  11546433 gtatttagcaacacatcactgttatccaagtgacgagaatgtcatatgatctgacgaaaactttatgtaataatgatcatgtgtataattacccttttgc 11546532  T
Q  386 gctcatgtctatattgaacaca 407  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  11546533 cctcatgtctatattgaacaca 11546554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 225 - 371
Target Start/End: Original strand, 24850990 - 24851137
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||   |||| |||  |||||||| ||||   ||||||||||||    
T  24850990 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcattgctacccaagtgacgaga 24851089  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtat 371  Q
    || |||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  24851090 atgtcatatgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtat 24851137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12739296 - 12739129
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||| ||  | ||| ||| |    
T  12739296 gttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaaaaagtaatgagatct 12739197  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||  ||||||||||||||||    
T  12739196 gacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattaccctttttccctc--gtctatattgaacaca 12739129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 405
Target Start/End: Original strand, 23387779 - 23387871
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    |||||||| ||||| ||||||| | |||  ||| |||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||  ||||| |||||| |||||    
T  23387779 caagtgacaagaatgtcatgtggtctgaaaaaatatttatgtgataattatcatgtgtataatta-ccttttttcttcatgactatatggaaca 23387871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 19713929 - 19714112
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  19713929 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 19714028  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  19714029 atgtcatgtgatctgacgaaacctttatgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattaaacaca 19714112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Original strand, 19706669 - 19706833
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19706669 caataatattaaatcacatatttaatattataaacactgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgatga 19706768  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  19706769 aacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 19706833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 239 - 405
Target Start/End: Original strand, 18567945 - 18568112
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||| |    
T  18567945 gttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcacggctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatct 18568044  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    ||  |||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18568045 gaccaaacctttatgtaataatgatcatgtgtataattacccttttgtcctcatgtctatattgaaca 18568112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 245 - 407
Target Start/End: Original strand, 24694909 - 24695072
Alignment:
Q  245 aataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaa 343  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| |||    
T  24694909 aataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaa 24695008  T
Q  344 acatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  24695009 acctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 24695072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 245 - 407
Target Start/End: Original strand, 24701673 - 24701836
Alignment:
Q  245 aataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaa 343  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| |||    
T  24701673 aataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaa 24701772  T
Q  344 acatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  24701773 acctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 24701836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 39539305 - 39539141
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| |  | ||| |||  ||||| ||| |||   |||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  39539305 caataatattaaatcacatatttaatattataaatagttagcggtatctagcaacacaacaccgctacccaagtgacgagaatatcatgtgatctgacga 39539206  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| | ||||   |||||||||||||||||||||    
T  39539205 aacatttatgtgaaaatgatcatgtgtataattatcattttgcactcatgtctatattgaacaca 39539141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 17298349 - 17298517
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||| ||||||  | | | |||  ||||||||||||| | |||||||  ||||| ||| |||||||    
T  17298349 gttgacaataatattaaatcttatatttaatattataaacagtgagcggtgtctagcaacacatcactgctatccaagtgaa-agaatgtcaagtgattt 17298447  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||| |||||||||||| |||  | | ||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  17298448 gacgaaacttttatgtgataacgatgttatatataattaccatttttccctcatgtctatattgaacaca 17298517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 407
Target Start/End: Original strand, 28719276 - 28719371
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||| ||||| |||  | || ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || || ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  28719276 caagtgacaagaatatcaaataatctgacgaaacctttatgtgataatgatcatgtgtataataactctttttccctcatgtctatattgaacaca 28719371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 358
Target Start/End: Original strand, 18806204 - 18806240
Alignment:
Q  322 gaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataa 358  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  18806204 gaatttcatatgatttgatgaaacctttatgtgataa 18806240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 10572023 - 10572206
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  10572023 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 10572122  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  10572123 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 10572206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 10578787 - 10578970
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  10578787 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 10578886  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  10578887 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 10578970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 13517583 - 13517400
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | |||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  13517583 taggttcccgtaatgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagtggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 13517484  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||  |||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  13517483 atgccatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 13517400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6110840 - 6110657
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  6110840 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 6110741  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  6110740 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgcccccatgtctatattgaacaca 6110657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 15357017 - 15357200
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  15357017 taggttcccgtaacgttggcaataataataaatcacatatttagtattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 15357116  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  15357117 atgtcatgtgatctgacgaaacctttatgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 15357200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 16481914 - 16482097
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | |||  ||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  16481914 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatcaagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 16482013  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  16482014 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 16482097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 17137129 - 17136946
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||| ||    
T  17137129 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacacatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgtga 17137030  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||    
T  17137029 atttcttgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattaccctttttccctcctgtctatattaaacaca 17136946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 225 - 405
Target Start/End: Original strand, 15600315 - 15600496
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  15600315 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 15600414  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  15600415 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgatagtgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaaca 15600496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 225 - 405
Target Start/End: Original strand, 15606860 - 15607041
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  15606860 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 15606959  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaaca 405  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  15606960 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgatagtgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaaca 15607041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8491271 - 8491088
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  8491271 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 8491172  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||||| || ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  8491171 atgtcatgtaatatgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattatccttttgccctcatgtctatattgaacaca 8491088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 13212078 - 13211895
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  13212078 taggttcccgtaacgttggcaataatattacatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 13211979  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  13211978 atgtcatgtgatctgacgaaatctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 13211895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 245 - 407
Target Start/End: Original strand, 17780569 - 17780732
Alignment:
Q  245 aataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaa 343  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||    
T  17780569 aataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgatgagaatgtcatgtgatctgacgaa 17780668  T
Q  344 acatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  17780669 acctttatgtgataatgatcatatgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 17780732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 228 - 383
Target Start/End: Original strand, 17197189 - 17197345
Alignment:
Q  228 gttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtga-tagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatt 326  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| | |||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||||     
T  17197189 gttctcgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaaaagtgagtggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatg 17197288  T
Q  327 tcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattaccctttt 383  Q
    ||||||||| |||  |||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  17197289 tcatgtgatctgacaaaacctttacgtgataatgatcatgtgtataattaccctttt 17197345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 1646952 - 1647135
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgat-agtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||| |||||||   |||||||||| |    
T  1646952 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcattatctagcaacacaacactgctacccaagtgacgaaa 1647051  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||||    
T  1647052 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattactcttttgccctcatgtctatattgaacaca 1647135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 15341650 - 15341833
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||||  | ||| |||   |||||| |||||   ||||||||||||    
T  15341650 taggttcccgtaacgttggcaataataataaatcacatatttagtattataaacagtgagcggtatctagcaccacatcgctgctacccaagtgacgaga 15341749  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  15341750 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattaccctttttccctcatgtctatattgaacaca 15341833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 296 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18520679 - 18520568
Alignment:
Q  296 acacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtct 395  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||   |||||||||    
T  18520679 acacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattatccttttgccctcatgtct 18520580  T
Q  396 atattgaacaca 407  Q
    ||||| ||||||    
T  18520579 atattaaacaca 18520568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 23014791 - 23014974
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||  ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  23014791 taggttctcgtaacgttggcaataatattaaatcacgtatttaatattatagacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctaaccaagtgacgaga 23014890  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || | ||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| | |||||||| |||| ||||||   ||| |||||||| ||||||||    
T  23014891 atgttatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgttcatgtgtataattatccttttgccctcgtgtctataatgaacaca 23014974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 318 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 13249289 - 13249200
Alignment:
Q  318 acgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  13249289 acgagaatgtcatgtgatctgacgaaatctttctgtgataatgatcatgtgtataattaccctttttccctcatgtctatattgaacaca 13249200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 335
Target Start/End: Original strand, 9250149 - 9250246
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatca-gtgatagtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgat 335  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||    ||||||| |||| |||| ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||    
T  9250149 gttgacaataatattaaataacacatttaatattataaacataaaatagtatctagtaacacgtcacttctatccaattgacgagaatttcatgtgat 9250246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 296 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29925674 - 29925562
Alignment:
Q  296 acacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacattt-atgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtc 394  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||| | |||  |||| ||| ||||||||| | || | ||||| |||||| ||||   ||||||||    
T  29925674 acacatcactgctactcaaatgacgagaatttcatgtgttatgacaaaaccttttatgtgataacgtttgtttgtataattaccattttaccctcatgtc 29925575  T
Q  395 tatattgaacaca 407  Q
    |||||||||||||    
T  29925574 tatattgaacaca 29925562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 296 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29974828 - 29974716
Alignment:
Q  296 acacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacattt-atgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtc 394  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||| | |||  |||| ||| ||||||||| | || | ||||| |||||| ||||   ||||||||    
T  29974828 acacatcactgctactcaaatgacgagaatttcatgtgttatgacaaaaccttttatgtgataacgtttgtttgtataattaccattttaccctcatgtc 29974729  T
Q  395 tatattgaacaca 407  Q
    |||||||||||||    
T  29974728 tatattgaacaca 29974716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 229 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9505078 - 9505028
Alignment:
Q  229 ttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatca 279  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||    
T  9505078 ttctcgtaatgttgacaataatattaaatcacatatttaaaattataatca 9505028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Original strand, 21329679 - 21329862
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  21329679 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 21329778  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  21329779 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 21329862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 244 - 407
Target Start/End: Original strand, 22791308 - 22791472
Alignment:
Q  244 caataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgat-agtatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatga 342  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  ||||| |||  ||||||||||| |   ||| |||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  22791308 caataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcagtatctagcaacacatcactgttacccaaatgacgagaatgtcatgtgatctgacga 22791407  T
Q  343 aacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  22791408 aacctttcagtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 22791472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 41662048 - 41661865
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||  |||||||||||||    
T  41662048 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacacaagtgacgaga 41661949  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||||| |  ||||| |||||| ||||   ||||||| |||||||||||||    
T  41661948 atgtcatgtgatctgacgaaacctttccgtgataatgatcacatgtataattaccattttgccctcatgtatatattgaacaca 41661865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 312 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 18797194 - 18797103
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaa 403  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||  |||| |||| | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  18797194 caagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaaacctttccgtgacaatgctcatgtgtataattaccctttttccctcatgtctatattgaa 18797103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36270949 - 36270753
Alignment:
Q  211 tgtgtgtgatcgcgtaggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctt 309  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||  | ||| |||  |||||||||||       
T  36270949 tgtgtgtgaccatgtaggttctcgtaatgttgacaataatattaaattacatatttaatattataaatagtgagcgatatctagcaacacatcactgtaa 36270850  T
Q  310 tacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
       ||||||||||||| ||| ||||| |||  |||| |||||  ||||| |||  |||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  36270849 cttaagtgacgagaatgtcacgtgatctga-caaacctttatacgataaagatcttgtgtatagttaccctttttccctcatgtctatattgaacaca 36270753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18620556 - 18620394
Alignment:
Q  245 aataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaa 343  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||  | ||| |||  |  |||||||| | | |||||||||||||  ||||||||| ||  |||    
T  18620556 aataatattaaatcacatatttaatattataaatagtgagcggtatctagaaattcatcactgttatccaagtgacgagaacgtcatgtgatatgccgaa 18620457  T
Q  344 acatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttt-tgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    ||||||  |||||||||||   |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  18620456 acattttcgtgataatgat--cgtgtataattaccatttttgtcctcatgtctatattgaacaca 18620394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 224 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 12298530 - 12298478
Alignment:
Q  224 gtaggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataa 276  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12298530 gtaggttctcgtaacgttgacaatgatattaaatcacatatttaatattataa 12298478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 313 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 39338251 - 39338187
Alignment:
Q  313 aagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattac 377  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||  || ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  39338251 aagtgacgataatgtcatatgatccgacgaaacatatatgtgataatgatcatgtgtataattac 39338187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 74; Significance: 9e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 19049 - 18880
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||    
T  19049 gttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgattt 18950  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || || || ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  18949 gacgagacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 18880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 240 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 21941426 - 21941258
Alignment:
Q  240 ttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttg 338  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  21941426 ttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctg 21941327  T
Q  339 atgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
      ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  21941326 tcgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 21941258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6094885 - 6094716
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| |    
T  6094885 gttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatct 6094786  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||   |||||||||||||||||||||    
T  6094785 gacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacctttttgccctcatgtctatattgaacaca 6094716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15326960 - 15326791
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||| |    
T  15326960 gttggcaataatattaaatcacgtatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctaccaaagtgacgagaatgtcatgtgatct 15326861  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||||||||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  15326860 gacgaaacatttccgtgataatgttcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 15326791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15507329 - 15507160
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||| |    
T  15507329 gttggcaataatattaaatcacgtatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctaccaaagtgacgagaatgtcatgtgatct 15507230  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||||||||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  15507229 gacgaaacatttccgtgataatgttcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 15507160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 239 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 24643409 - 24643249
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||| |  | ||| |||  |||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||| |    
T  24643409 gttgacaataatattaaatcacatatttaatactataaacagtaaacggtatctagcaacacatcacttctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatct 24643310  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctata 398  Q
    || ||||| |||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  24643309 gaggaaacctttccgtgataatgatcatgtgtataattaccctttttccctcatgtctata 24643249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 24796450 - 24796618
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||  |||||  | ||| |||  |||||||| || | | |||||||||||||||||||||||| |    
T  24796450 gttgacaatattattaaatcacatatttaatattataaatagtgagcgatatctagccacacatcagtgatatgcaagtgacgagaatttcatgtgatct 24796549  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgc-tcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||| ||| || ||||||||| |||||||| |||| ||  |||||| |||||| |||||||||||||    
T  24796550 gacgaaacctttttgagataatgatcatgtgtataattatcc--ttttgcttcatgtttatattgaacaca 24796618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 28548823 - 28548640
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |  ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  ||||||||||| |   ||||||||||||    
T  28548823 taggttcccgtagcgttgacaataatattaaatttcgtatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgttacccaagtgacgaga 28548724  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||| |||| ||| ||||| |||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  28548723 atgtcatttgatctgacgaaacctttccgtgataatgttcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 28548640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 312 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 22172174 - 22172079
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||||||||| |||| |||| |||  |||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  22172174 caagtgacgagaatgtcatatgatctgacaaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgtctatattgaacaca 22172079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 407
Target Start/End: Original strand, 8967821 - 8967918
Alignment:
Q  312 caagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgc--tcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||||||| || ||| |||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  8967821 caagtggcgagaatgtcatgtgatctgattaaatctttttgtgataataatcatgcgtataattactcttttttgccctcatgtctatattgatcaca 8967918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29645961 - 29645903
Alignment:
Q  349 tatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  29645961 tatgtgataatgataatttgtataattactcttttatcatcatgtctatattgaacaca 29645903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 7883 - 7700
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  7883 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 7784  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||| ||||||||||||||    
T  7783 atgtcatgtgatctgacgaaacctttctgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgccctcatgcctatattgaacaca 7700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 239 - 407
Target Start/End: Original strand, 229836 - 230005
Alignment:
Q  239 gttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgattt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||| ||||||  | |||  ||  |||||||| ||||   |||||||||||||| ||||||||| |    
T  229836 gttgacaataatattaaatcacatatttcaaattataaacagtgagcggtatccagcaacacatcattgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatct 229935  T
Q  338 gatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||    
T  229936 gacgaaacatttatgtgataatgatcatgtgtataattacccttttgcccttatgtctatattgaacaca 230005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 298 - 407
Target Start/End: Original strand, 25495 - 25604
Alignment:
Q  298 acatcactgctttacaagtgacgagaatttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctat 397  Q
    |||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||||    
T  25495 acatcactgctacccaagtgacgagaatgtcatgtgatctgacgaaacctttatgtgataatgattatatgtataattacccttttgccctcatgtctat 25594  T
Q  398 attgaacaca 407  Q
    ||||||||||    
T  25595 attgaacaca 25604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 225 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 6298 - 6115
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  6298 taggttcccgtaacgttgacaataatattaaatcacatatttaatattataaatagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 6199  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtgataatgattatgtgtatgattacccttttttgctcatgtctatattgaacaca 407  Q
    || ||||||||| ||   |||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||   || || |||||||||||||||    
T  6198 atgtcatgtgatctggcaaaacctttatgtaataatgatcatgtgtataattacacttttgcccttatttctatattgaacaca 6115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 225 - 355
Target Start/End: Original strand, 141 - 272
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  141 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctaaccaagtgacgaga 240  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtga 355  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  241 atgtcatgtgatatgacgaaacctttatgtga 272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 225 - 355
Target Start/End: Original strand, 5652 - 5783
Alignment:
Q  225 taggttctcgtatagttgacaataatattaaatcacacattaaatattataatcagtgatag-tatttagttacacatcactgctttacaagtgacgaga 323  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||||   ||||||||||||    
T  5652 taggttcccgtaacgttggcaataatattaaatcacatatttaatattataaacagtgagcggtatctagcaacacatcactgctacccaagtgacgaga 5751  T
Q  324 atttcatgtgatttgatgaaacatttatgtga 355  Q
    || ||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  5752 atgtcatgtgatatgacgaaacctttatgtga 5783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University