View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18137_high_4 (Length: 421)

Name: NF18137_high_4
Description: NF18137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18137_high_4
NF18137_high_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-411)||(48630656-48631064)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-419)||(14962942-14963360)
chr6 (246-345)||(17006621-17006720)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-419)||(15333374-15333799)
chr8 (1-419)||(15513743-15514168)
chr8 (1-385)||(18802347-18802731)
chr8 (1-419)||(15422470-15422895)
chr8 (1-419)||(14980129-14980553)
chr8 (192-287)||(20463907-20464003)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-419)||(21301360-21301770)
chr5 (311-382)||(5404737-5404808)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-395)||(4103645-4104044)
chr4 (1-209)||(35184664-35184872)
chr4 (234-419)||(35184481-35184666)
chr4 (10-286)||(47914706-47914979)
chr4 (140-298)||(3498700-3498855)
chr4 (338-382)||(2468924-2468968)
[»] scaffold0232 (2 HSPs)
scaffold0232 (10-286)||(21063-21336)
scaffold0232 (10-286)||(26146-26419)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-286)||(7190494-7190767)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (192-287)||(112079-112175)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (192-287)||(9326359-9326455)
[»] scaffold0464 (2 HSPs)
scaffold0464 (1-94)||(3347-3440)
scaffold0464 (373-419)||(3301-3347)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 48631064 - 48630656
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48631064 ttttgcgcttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 48630965  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48630964 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctaatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 48630865  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48630864 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattaagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatga 48630765  T
Q  301 aacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatgacctctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  48630764 aacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaac--aaactttcaatgttatgacctctt 48630667  T
Q  401 tagacaataat 411  Q
    ||| |||||||    
T  48630666 taggcaataat 48630656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 14963360 - 14962942
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14963360 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgcattcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 14963261  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14963260 acattttctcattagtctcaatggaagatgaggctaatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 14963161  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14963160 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatga 14963061  T
Q  301 aacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatgacctctt 400  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14963060 aacaagtaaataaaacagaccatcaacaaattttgacagtgataatgtcaaatatttcataaattaaataaaacataaactttcaatgttatgacctctt 14962961  T
Q  401 tagacaataataaagtgat 419  Q
    ||| |||||||| ||||||    
T  14962960 taggcaataatacagtgat 14962942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 246 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 17006720 - 17006621
Alignment:
Q  246 ttgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17006720 ttgagtgttttgcatttcaacttgcaataattcatgcatatacaacagttcatgaaacaactaaataaaacagaacatcaacaaactttgacagtgataa 17006621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 15333799 - 15333374
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15333799 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgccttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 15333700  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15333699 acattttctcattagcctcgatggaagatgaggctgatctagtagagtgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 15333600  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatac-------aacag 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  15333599 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacatacaacag 15333500  T
Q  294 ttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatg 393  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  15333499 ttcatgaaacaattaaataaaacagaacatcaacaaattttgacagtgataatgtcaaacatttcataaattaaataaaatataaactttcaatgttatg 15333400  T
Q  394 acctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||    
T  15333399 acctctttaggcaataatacagtgat 15333374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 15514168 - 15513743
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15514168 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgccttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 15514069  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15514068 acattttctcattagcctcgatggaagatgaggctgatctagtagagtgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 15513969  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatac-------aacag 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  15513968 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacatacaacag 15513869  T
Q  294 ttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatg 393  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  15513868 ttcatgaaacaattaaataaaacagaacatcaacaaattttgacagtgataatgtcaaacatttcataaattaaataaaatataaactttcaatgttatg 15513769  T
Q  394 acctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||    
T  15513768 acctctttaggcaataatacagtgat 15513743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18802731 - 18802347
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18802731 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgcattcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 18802632  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18802631 acattttctcattagtctcgatggaagatgaggctaatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 18802532  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18802531 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcccgcatatacaacagttcatga 18802432  T
Q  301 aacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttca 385  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18802431 aacaagtaaataaaacagaacatcaacaaactttgacagtgataatgtcaaacatttcataaattaaataaaacataaactttca 18802347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 15422895 - 15422470
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15422895 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgtgccttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 15422796  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15422795 acattttctcattagcctcgatggaagatgaggctgatctagtagagtgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 15422696  T
Q  201 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatac-------aacag 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  15422695 agcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacatacaacag 15422596  T
Q  294 ttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatg 393  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  15422595 ttcatgaaacaattaaataaaacataacatcaacaaattttgacagtgataatgtcaaacatttcataaattaaataaaatataaactttcaatgttatg 15422496  T
Q  394 acctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||    
T  15422495 acctctttaggcaataatacagtgat 15422470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Original strand, 14980129 - 14980553
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14980129 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagctagcattttca 14980228  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctga------tctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggac 194  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14980229 acattttctcattagccttgatggaagatgaggttgaggctaatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggac 14980328  T
Q  195 atatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagt 294  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  14980329 atatccatcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacatgcaatagttcttgcatatacaacagt 14980428  T
Q  295 tcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatga 394  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  14980429 tcatgaaacaactatataaaacagaacatcaacaaactttgacagtgataatgtgaagcatttcataaattaaacgaaacataagctttcaatgttatga 14980528  T
Q  395 cctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||    
T  14980529 cctctttaggcaataatacagtgat 14980553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 192 - 287
Target Start/End: Original strand, 20463907 - 20464003
Alignment:
Q  192 gacatatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgag-tgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatata 287  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  20463907 gacatatccagcatgtccctttccaaaccctttgacaaatgcttcattctcaaattgagttggtttgcatttcagcttgcaattgttcctgcatata 20464003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 419
Target Start/End: Original strand, 21301360 - 21301770
Alignment:
Q  9 ttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttc 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21301360 ttgcacttgcattaaaaaagcaacttgcgccttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttc 21301459  T
Q  109 tcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatgtt 208  Q
    |||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21301460 tcattagactcaatggaagatgaggctaatctagtagagggactagagattcgagatggagttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatgtt 21301559  T
Q  209 cctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatgaaacaacta 308  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21301560 ccttttcaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatgaaacaacta 21301659  T
Q  309 aataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatgacctctttagacaat 408  Q
    | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  21301660 actaaaacagaacatcaacaaactttgatagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaacgttatgaccactttaggcaat 21301759  T
Q  409 aataaagtgat 419  Q
    |||| ||||||    
T  21301760 aatacagtgat 21301770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 311 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 5404808 - 5404737
Alignment:
Q  311 taaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactt 382  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5404808 taaaatagaacatcaacaaactttaacagtgataatgtcaggcatttcataaattaaacaaaacataaactt 5404737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 4104044 - 4103645
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4104044 ttttgcacttgcatttgcattaaaaaagcaacttgcgcattcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 4103945  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctga------tctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggac 194  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4103944 acattttctcattagcctcgatggaagatgaggctgaggctaatctaatagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggac 4103845  T
Q  195 atatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaat-agttcctgcatatacaacag 293  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4103844 atatccaacatgctcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcaca--gagtgttttgcatttcaacttgcaattagttcatgcatatacaacag 4103747  T
Q  294 ttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactttgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4103746 ttcatgaaacaactaaataaaacagaacatcaacaaactttgacagtgataatatgaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatg 4103647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 35184872 - 35184664
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35184872 ttttgctcttgcatttgcattaagaaagcaacttgcgccttcaaaatatcaacttgtgaagccttatccttaagagaatcaatctcagcttgcattttca 35184773  T
Q  101 acattttctcattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35184772 acattttctcattagcctcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatcc 35184673  T
Q  201 agcatgttc 209  Q
    | |||||||    
T  35184672 aacatgttc 35184664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 234 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 35184666 - 35184481
Alignment:
Q  234 ttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatgaaacaactaaataaaatagaacataaacaaactt 333  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  35184666 ttcattctcacattgagtgttttgaatttcagcttgcaatagttcctgcatatacaacagttcatgaaacaactaaatagaacagaacatcaacaaactt 35184567  T
Q  334 tgacagtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatgacctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  35184566 tgaccgtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactttcaatgttatgacctctttaggcaacaatacagtgat 35184481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 47914979 - 47914706
Alignment:
Q  10 tgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttct 109  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| |  | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||    
T  47914979 tgcatttgcatcaaaaatgccacttgttccttcaagatatcaacttgtgaagccttatccttaagtgaatcgatttcggcttgcattttcaacatcttct 47914880  T
Q  110 cattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgac---tagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatg 206  Q
    ||||||| || | ||||||||  |||   |||| |  | ||    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  47914879 cattagcctcaaaggaagatgtcgct---ctagcacggtgagaagtagagatttgagatggtggtatcccaagtcccatagaacgcacatatccaggatg 47914783  T
Q  207 ttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatat 286  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  47914782 ttcttttccaaacactttgacaaatgcttcattctca---ggagtgttttgcatttcaatttgcaattgttcctgcatat 47914706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 140 - 298
Target Start/End: Original strand, 3498700 - 3498855
Alignment:
Q  140 tagtagagcgactagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcatt 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |   ||| |||||||||| ||||| | ||||    
T  3498700 tagtagagtgagtagagatttgagatggtgttatcccaagtcccatggaacggacatatccaacatgtcc---tccgaacactttgacaaatgatccatt 3498796  T
Q  240 ctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatatacaacagttcat 298  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3498797 ctcaaattgagtggtttccatttcagcttgcaattgttcctgcatatacaacaattcat 3498855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 338 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2468968 - 2468924
Alignment:
Q  338 agtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactt 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2468968 agtgataatgtcaagcatttcataaattaaacaaaacataaactt 2468924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0232 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0232
Description:

Target: scaffold0232; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 21336 - 21063
Alignment:
Q  10 tgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttct 109  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| |  | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||    
T  21336 tgcatttgcatcaaaaatgccacttgttccttcaagatatcaacttgtgaagccttatccttaagtgaatcgatttcggcttgcattttcaacatcttct 21237  T
Q  110 cattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgac---tagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatg 206  Q
    ||||||| || | ||||||||  |||   |||| |  | ||    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  21236 cattagcctcaaaggaagatgtcgct---ctagcacggtgagaagtagagatttgagatggtggtatcccaagtcccatagaacgcacatatccaggatg 21140  T
Q  207 ttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatat 286  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  21139 ttcttttccaaacactttgacaaatgcttcattctca---ggagtgttttgcatttcaatttgcaattgttcctgcatat 21063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0232; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26419 - 26146
Alignment:
Q  10 tgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttct 109  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| |  | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||    
T  26419 tgcatttgcatcaaaaatgccacttgttccttcaagatatcaacttgtgaagccttatccttaagtgaatcgatttcggcttgcattttcaacatcttct 26320  T
Q  110 cattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgac---tagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatg 206  Q
    ||||||| || | ||||||||  |||   |||| |  | ||    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  26319 cattagcctcaaaggaagatgtcgct---ctagcacggtgagaagtagagatttgagatggtggtatcccaagtcccatagaacgcacatatccaggatg 26223  T
Q  207 ttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatat 286  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  26222 ttcttttccaaacactttgacaaatgcttcattctca---ggagtgttttgcatttcaatttgcaattgttcctgcatat 26146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7190767 - 7190494
Alignment:
Q  10 tgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgcattttcaacattttct 109  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| |  | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||    
T  7190767 tgcatttgcatcaaaaatgccacttgttccttcaagatatcaacttgtgaagccttatccttaagtgaatcgatttcggcttgcattttcaacatcttct 7190668  T
Q  110 cattagcatcgatggaagatgaggctgatctagtagagcgac---tagagattcgagatggtgttatcccaagccccatagaacggacatatccagcatg 206  Q
    ||||||| || | ||||||||  |||   |||| |  | ||    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  7190667 cattagcctcaaaggaagatgtcgct---ctagcacggtgagaagtagagatttgagatggtggtatcccaagtcccatagaacgcacatatccaggatg 7190571  T
Q  207 ttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatat 286  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  7190570 ttcttttccaaacactttgacaaatgcttcattctca---ggagtgttttgcatttcaatttgcaattgttcctgcatat 7190494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 192 - 287
Target Start/End: Original strand, 112079 - 112175
Alignment:
Q  192 gacatatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgag-tgttttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatata 287  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  112079 gacatatccaacatgtccctttccaaaccctttgacaaatgcttcattctcaaattgagttggtttgcatttcagcttgcaattgttcctgcatata 112175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 192 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 9326455 - 9326359
Alignment:
Q  192 gacatatccagcatgttcctttccaaacactttgaaaaatgcttcattctcacattgagtgt-tttgcatttcaacttgcaatagttcctgcatata 287  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9326455 gacatatccaacatgtccctttccaaaccctttgacaaatgcttcattctcaaattgagtttgtttgcatttcagcttgcaattgttcctgcatata 9326359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 3440 - 3347
Alignment:
Q  1 ttttgcccttgcatttgcattaaaaaagcaactagcgcgttcaagaaatcaacttgtgaagccttctccttaagagaatcaatctcagcttgca 94  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3440 ttttgcgcttacatttgcattaataaagcaacttgcgccttcaagacatcaacttcggaagccttctccctaagagaatcaatcccagcttgca 3347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 373 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 3347 - 3301
Alignment:
Q  373 acataaactttcaatgttatgacctctttagacaataataaagtgat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  3347 acataaactttcaatgttatgacctctttacgcaataatacagtgat 3301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University