View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18138_low_1 (Length: 658)

Name: NF18138_low_1
Description: NF18138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18138_low_1
NF18138_low_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-646)||(40146398-40147042)
chr3 (87-643)||(8103025-8103583)
chr3 (404-634)||(40409403-40409631)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (84-634)||(7637613-7638165)
chr4 (84-634)||(7629167-7629719)
chr4 (84-638)||(7615778-7616334)
chr4 (52-319)||(7655475-7655742)
chr4 (79-634)||(7606777-7607334)
chr4 (424-646)||(7655149-7655371)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (85-646)||(6501058-6501617)
chr6 (180-340)||(11969553-11969713)
chr6 (5-55)||(11969378-11969428)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (52-634)||(8935122-8935706)
chr7 (159-608)||(8934207-8934655)
chr7 (228-365)||(8929994-8930131)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 40147042 - 40146398
Alignment:
Q  1 tctcctttgtgaaatggaataacctctctgatgaattgaatttttcgttatcatcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40147042 tctcctttgtgaaatggaataacctctctgatggattgaacttttcgttatcatcagagtcattcttttgtggctctatagtaaaaggaaatcgtatggg 40146943  T
Q  101 atgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40146942 atgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgaattaatgaaaagc 40146843  T
Q  201 catgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40146842 catgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacagctaacaatggttgtgatg 40146743  T
Q  301 tgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40146742 tgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtg-ttctctg 40146644  T
Q  401 ccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtgg 500  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146643 ccgcagcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtgg 40146544  T
Q  501 tgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146543 tgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgca 40146444  T
Q  601 attagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgat 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40146443 attagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgat 40146398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 87 - 643
Target Start/End: Original strand, 8103025 - 8103583
Alignment:
Q  87 ggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccac---gcgagattttcgccc 183  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| || |||  ||||||||||  |||||||||||||||||   | |||||||  ||||    
T  8103025 ggaaatcgtatgggacattgaataccatctggaaaccaacgttcaagtgttgagagtttggatgtttgattgcaacaaccaccacgtgagatttcagccc 8103124  T
Q  184 atgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaac 283  Q
    | || |||||||||  |||||  ||   ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  8103125 acgaattaatgaaataccatgccgaagttccatcaacaaccacatggttaaaagtaaaaccaataaagatgccgtcaactaactctgtcacttgcacggc 8103224  T
Q  284 taacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacct 383  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || | | | |||| ||||||||| ||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8103225 aaacaatggttgtgatgtgccttcgtagtttttgattccgttcagtggataaaatgaattgagaatgggaggaatataggtgcatccaagtatgtcacct 8103324  T
Q  384 acacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttct 483  Q
    ||||||||||| ||| |  |  ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||| |  || ||||||||||||    
T  8103325 acacaagtgtt-ctcagttgtagcatggacaaagagtacaccggcattgttgcacgtgaccgaacacgacatggtgttgtcttcatggtctgttatttct 8103423  T
Q  484 agacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagac 583  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  8103424 agacggcctgcaagtagtgggaaaaaagcaagagtagatgatagagattgttttagctgtggaatttggtttgactctagaggatggtggtaaaggagac 8103523  T
Q  584 cctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaatttttt 643  Q
    |||| | ||||||| |||  |||||   |  ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  8103524 ccttatgggtgggttcaacaagtagaaccttgagatcccatggagtaagatcaatttttt 8103583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 404 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 40409631 - 40409403
Alignment:
Q  404 cggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgg 503  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  40409631 cggcatgcacaaagagcgcacctgcattgttgcatgtgacacaacacgaaatggtgttgtctttatggtctgttctctctagacggcctgcaagtggtgg 40409532  T
Q  504 gaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaatt 603  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |    
T  40409531 gaaaaaggcaagggcagaggatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgatgaagaaga--ctttttggtgcgtgcaact 40409434  T
Q  604 agtaggtaccggagatcccatggagttaaat 634  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  40409433 agtaggaactggagatcccatggagtcaaat 40409403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 84 - 634
Target Start/End: Original strand, 7637613 - 7638165
Alignment:
Q  84 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 180  Q
    |||||||||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||| |||| |||||  || ||||||| ||| |||||||  |    
T  7637613 aaaggaaatcgtataggccgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcag 7637712  T
Q  181 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 280  Q
    |||| || || |||||| ||||   ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||   |||||||||| |  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7637713 cccaggaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 7637812  T
Q  281 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 380  Q
      | |||||||||| |||||||||||| ||  || | |||  || ||| | ||| ||| |||| || || ||||| |||||||||  | | || |||||     
T  7637813 tgccaacaatggttttgatgtgccttcatagcttcttacttcggataaagcaaataataaatcaacaattggaggtacgtaggtgggttctaggatgtct 7637912  T
Q  381 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 480  Q
     | |||||||| || |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||  |||| || ||||||    
T  7637913 gcaacacaagtatt-ctctgctgcggcatggacaaagagtacacctgcattgttgcatataacggaacacgaaacagtgttgtctctgtgttccgttatt 7638011  T
Q  481 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 580  Q
    |  |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||  || || ||||||||| ||||  |||| |||||||| |  || |  |||||| |||||||||    
T  7638012 ttgagacggccggcaagaggttggaaaaaggcaagggctgaggacagagagtgtctcagccgttggatttggttagctacaaccggatggcgataaagaa 7638111  T
Q  581 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaat 634  Q
    | ||||||||| ||| |  ||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  7638112 ggccctttttgttggttaaaacaagtagataccggagatcccatggagtcaaat 7638165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 634
Target Start/End: Original strand, 7629167 - 7629719
Alignment:
Q  84 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 180  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    |||    |||| |||| |||||  || ||||||| ||| |||||||  |    
T  7629167 aaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgttcagatgttggaggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgagatttcag 7629266  T
Q  181 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 280  Q
    ||||||| || |||||| ||||   ||||| ||||||||||||  ||||||| |||||  ||||||| ||||  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7629267 cccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacaacaacatggttgaatgtgcaaccaataaagacaccgtcaactagctccgttacttgaac 7629366  T
Q  281 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 380  Q
    | | |||||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||   | || | ||| | ||||||||| ||  |||| ||||||     | | || ||||||    
T  7629367 agccaacaatggttttgacgtgccttcgtagcttttatctcctataaaggcaaatagtgaatcgacaatttgaggtacgtagaccggttctaggatgtca 7629466  T
Q  381 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 480  Q
     | |||||||| || ||| || || || |||| ||||||  | ||||||||||||||| | || ||||| || || || ||||||||||| || ||||||    
T  7629467 gcaacacaagtatt-ctcggctgcagcgtggataaagagtacacctgcattgttgcatataacagaacacgagacagtattgtccttgtgttccgttatt 7629565  T
Q  481 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 580  Q
    || |||||||| ||||| ||| | ||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||  |||| |||||| |||  || |  |||||| |||||||||    
T  7629566 tcaagacggccagcaagaggttgaaaaaaggaaagggcagaggatagagagtgtctcagccgttggatttgggttgctacaaccggatggcgataaagaa 7629665  T
Q  581 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaat 634  Q
    | ||||||||| ||| || ||  |||||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  7629666 ggccctttttgttggttgaaacaagtagaaagcggagatcccatggagtcaaat 7629719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 84 - 638
Target Start/End: Original strand, 7615778 - 7616334
Alignment:
Q  84 aaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcg 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||  | |||| |||| |||||  || ||||||| ||| || ||||  |    
T  7615778 aaaggaaatcgtatgggctgttgaacaccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttagatatttgatgatgacaacaactacgtgatatttcag 7615877  T
Q  181 cccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcac 280  Q
    ||||||| || |||||| ||||    |||||||||||||| ||  ||||||| || |   ||||||| || |  |||||||||| ||| || ||||| ||    
T  7615878 cccatgaattgatgaaatgccacacagactctccgtcaacgacaacatggttgaacgagcaaccaataaaaataccgtcaactagctccgttacttgaac 7615977  T
Q  281 aactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtca 380  Q
      | ||||| |||| ||| |||||||||||  ||| ||| | |||||| |  ||||||||||| || || ||||| || |||||   | | || ||||||    
T  7615978 tgccaacaacggttttgaggtgccttcgtagctttcaaccccggttaaagcgaaaaatgaatcaacaattggaggtacataggtaggttctaggatgtca 7616077  T
Q  381 cctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatt 480  Q
     | |||||||| || ||| || || ||||||| ||||||  | ||||||||||||||| | || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||    
T  7616078 gcaacacaagtatt-ctcagctgcagcatggataaagagtacacctgcattgttgcatataacagaacacgagacggtgttgtcattgtgctccgttatt 7616176  T
Q  481 tctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaa 580  Q
    |  |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||| || | ||||||| ||||  |||| |||||||| |   | |  ||||||||||||||||    
T  7616177 ttgagacggccggaaagaggttggaaaaaggcaagggcagaggacaaagagtgtctcagccgttggatttggttagcttcaactggatggtgataaagaa 7616276  T
Q  581 gaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaat 638  Q
    ||||||||  | ||| || |   |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7616277 gaccctttgggttggttgtaccaagtagaaaccggagatcccatggagtcaaatcaat 7616334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 52 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 7655742 - 7655475
Alignment:
Q  52 catcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatac 151  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||  |   || ||||     
T  7655742 catcagagtgattcttttgtggctctatagttaaaggaaatcgtataggtcgttgaattccatttggaaaccaacgctccagcgttggggagttagatat 7655643  T
Q  152 ttgattgcaacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaag 251  Q
    |||||    ||||||||| || ||||  ||||| || || |||||| |||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||| ||  |||| |||||||||    
T  7655642 ttgatgatgacaaccacgtgacatttcagcccacgaattgatgaaatgccacgtggactgtccgtcagctacgacatggttgaaattaaagccaatgaag 7655543  T
Q  252 aagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaac 319  Q
    | ||||||||||| ||| || ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  7655542 atgccgtcaactagctccgtgacttgaacagccaacaatggttttgatgtgccttcgtagtttctaac 7655475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 79 - 634
Target Start/End: Original strand, 7606777 - 7607334
Alignment:
Q  79 tagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgc---aacaaccacgcgagat 175  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  | ||||||||| |||||  |   ||||||| || || ||    
T  7606777 tagtgaaaggaaatcgtatgggaagttgaataccatttggaaaccaacgctctagtgttgggggtttggatatttgatcaccacaacaaccgcgtgatat 7606876  T
Q  176 tttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcact 275  Q
    ||  |||||||| || |||||| ||||   ||||| ||||||||| ||  ||||||| || |   |||||||||| |  |||||||||| ||| || | |    
T  7606877 ttcagcccatgaattgatgaaatgccacacggactttccgtcaacgacaacatggttgaaggagcaaccaatgaaaataccgtcaactagctccgttatt 7606976  T
Q  276 tgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagta 375  Q
    || ||| | |||||||||| ||| |||||||| || |||||| ||| | | || | ||||||||||||||| ||  |||| ||||||     | | || |    
T  7606977 tgaacagccaacaatggttttgacgtgccttcatagtttttatctccgatgaaggcaaaaaatgaatcgacaattagaggtacgtagaccggttccagga 7607076  T
Q  376 tgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctg 475  Q
    ||||| | |||| | | || ||||||  | || |||| ||||||  | |||||||| |||||| | ||||||||||| ||  |||||||  | || || |    
T  7607077 tgtcagcaacacgaatatt-ctctgctacagcgtggataaagagtacacctgcattattgcatataacggaacatgagacaatgttgtctctatgttccg 7607175  T
Q  476 ttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgata 575  Q
    ||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||   |||| |||||| |||  || |  ||||| |||||    
T  7607176 ttatttcaaggcggccggcaagaggttggaaaaaggaaagggcagaggatagagagtgtctcaaccgttggatttgggttgcaaccaccggatgatgata 7607275  T
Q  576 aagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaat 634  Q
    |||||| ||||||||| ||| || ||  |||||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  7607276 aagaaggccctttttgttggttgaaacaagtagaaaacggagatcccatggagtcaaat 7607334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 424 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 7655371 - 7655149
Alignment:
Q  424 cctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaag 523  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| || ||  || |||| | ||| ||||| ||||  ||||| || ||||| ||| ||||||||| |||||  || |    
T  7655371 cctgcattattgcatgttacagaacacgagacaatgctgtcttcgtgttctgtaattttgagacgaccggcaagaggttggaaaaaggaaagggctgagg 7655272  T
Q  524 atagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatccca 623  Q
    ||| ||||||| ||||  |||||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||| || |||||  ||| || |   |||||  |  ||||||||||    
T  7655271 ataaagagtgtgtcagccgttgaatttggtctgatgctaaaggatggtgataaagaaggccttttttattggttggataaagtagaaattggagatccca 7655172  T
Q  624 tggagttaaatcaattttttgat 646  Q
    |||||||||||| ||||| ||||    
T  7655171 tggagttaaatcgattttatgat 7655149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 98; Significance: 6e-48; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 85 - 646
Target Start/End: Original strand, 6501058 - 6501617
Alignment:
Q  85 aaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatacttgattgcaacaaccacgcgagattttcgccca 184  Q
    ||||||||||||||| | | |||||| || |||||||| |||||||||| | |  ||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||  |||||    
T  6501058 aaggaaatcgtatggaacgctgaatatcatttggaaac-aacgttctagtgatgggagtttggatatttgattacaacaaccacgtgaaatttcagccca 6501156  T
Q  185 tgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaact 284  Q
     ||  | || ||| ||||  |||||| |||  ||   ||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||  |     
T  6501157 ggaactgataaaatgccacatggactttccaccagtgaccacatggttgaatctaaacccaataaagacaccgccaactaactctgtcacttgcactgca 6501256  T
Q  285 aacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcaccta 384  Q
    | |||||||| |||| |||||||||| ||| || | | | | || ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||  |||||  |||||| |      
T  6501257 agcaatggttttgatatgccttcgtagtttctagccccgttgaaaggaaaaaatgaatggacgataagaggaaggtaggtgggtccaacgatgtcaacat 6501356  T
Q  385 cacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttcta 484  Q
    |||  ||||  ||||   || || |||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| | ||  || || ||||  |    
T  6501357 cacgtgtgtc-ctctattgcagcgtggacaaagagtacacctgcattgttgcatgtgatggaacatgaaacattgttgtcttcgttttccgtcattttga 6501455  T
Q  485 gacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggcactagaggatggtgataaagaagacc 584  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||| ||||||| | ||  |||  ||||||||    |||| || ||||| ||| | ||||||    
T  6501456 gacggcccgcaagtggttggaaaaaggcaaggacagaggataaagagtgtctaaggcgttctatttggttgactactaaagaatggtcatagaaaagacc 6501555  T
Q  585 ctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaatcaattttttgat 646  Q
      ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  6501556 tattttggtgggtgcaattagtaggaactggagatcccatggagtcaagtcaatttcttgat 6501617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 340
Target Start/End: Original strand, 11969553 - 11969713
Alignment:
Q  180 gcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgca 279  Q
    |||||||| || |||||| |||| |||||| ||||||||||  |  |||| || | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |    
T  11969553 gcccatgaattgatgaaatgccaagtggacactccgtcaacggcgacatgattgattgtaaagccaatgaagatgccatcaactaactctgttacttgga 11969652  T
Q  280 caactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatga 340  Q
    |  | | |||||| | |||||| ||||| || ||| |||||| | | | ||||||||||||    
T  11969653 ctgcaagcaatggctctgatgtcccttcatagtttctaactccgttaagtggaaaaaatga 11969713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 55
Target Start/End: Original strand, 11969378 - 11969428
Alignment:
Q  5 ctttgtgaaatggaataacctctctgatgaattgaatttttcgttatcatc 55  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || |||||    
T  11969378 ctttgtgaaatggaataacctctctggtggattgagtttttctttttcatc 11969428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 52 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 8935706 - 8935122
Alignment:
Q  52 catcagagtcattcttttgtgactctatagtaaaaggaaatcgtatgggatgttgaataccacttggaaaccaacgttctagcgttatgagtttggatac 151  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| | ||| |||||||||||||| ||  |||||| ||||   ||||||||||||||||| |||    |||| ||||     
T  8935706 catcagagtgattcttttgttgctccaaagtgaaaggaaatcgtattggccgttgaacaccatccggaaaccaacgttctagtgttggaggtttagatat 8935607  T
Q  152 ttgat--tg-caacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatg 248  Q
    |||||  || ||||||| ||| |||||||  ||||| || || |||||| ||||    |||| ||||||||  || || ||||||||||   ||||||||    
T  8935606 ttgatgatgacaacaactacgtgagatttcagcccaagaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatg 8935507  T
Q  249 aagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacga 348  Q
    || |  ||||||| |||||| || ||||| ||  | |||||||||| |||||||||||||||  || ||||   |||||| | |||||||||||| || |    
T  8935506 aaaataccgtcaattaactcagttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacatcggttaaagcaaaaaatgaatcaacaa 8935407  T
Q  349 tgggaggaacgtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaac 448  Q
    | || || |||||||||  | | || |||||| | |||||||| || |||||    |||||||||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |    
T  8935406 ttggtggtacgtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtatt-ctctgatctggcatggacaaagagtacacctgcattgttgcatataacggagc 8935308  T
Q  449 atgaaacggtgttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaat 548  Q
    | || || || ||||| | ||  || |||||||  |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| ||    
T  8935307 acgagacagttttgtcttggtattccgttattttgagacggccggcaagaggttggaaaaaggcaagggttgaagatagagagtgtctcagccgttggat 8935208  T
Q  549 ttggtttggcactagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtaggtaccggagatcccatggagttaaat 634  Q
    |||||| |  || |  ||||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  8935207 ttggttagatacaaccggatggtgataaaaaaggccctttttgttggttggaataagtagtgaccggagatcccatggagtcaaat 8935122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 159 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 8934655 - 8934207
Alignment:
Q  159 caacaaccacgcgagattttcgcccatgagttaatgaaaagccatgtggactctccgtcaacaaccgcatggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgt 258  Q
    ||||||| ||| |||||||  |||||||| || |||||| ||||    |||| ||||||||  || || ||||||||||   |||||||||| |  ||||    
T  8934655 caacaactacgtgagatttcagcccatgaattgatgaaatgccacacagactttccgtcaatgacagcgtggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgt 8934556  T
Q  259 caactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggttaatggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaac 358  Q
    ||| |||||| || ||||| ||  | |||||||||| |||||||||||||||  || |||| | |||||| | |||||||||||| || || ||||| ||    
T  8934555 caattaactccgttacttgaactgccaacaatggttttgatgtgccttcgtagcttctaacaccggttaaagcaaaaaatgaatcaacaattggaggtac 8934456  T
Q  359 gtaggtgcatccaagtatgtcacctacacaagtgtttctctgccgcggcatggacaaagagcgcgcctgcattgttgcatgtgacggaacatgaaacggt 458  Q
    |||||||  | | || |||||| | |||||||| || |||||    |||||||||||||||  |  |||||||||||||| | ||||| || || || ||    
T  8934455 gtaggtgggttctagaatgtcagcaacacaagtatt-ctctgatctggcatggacaaagagtacatctgcattgttgcatataacggagcacgagacagt 8934357  T
Q  459 gttgtccttgtgatctgttatttctagacggcctgcaagtggtgggaaaaaggcaagggtagaagatagagagtgtttcagatgttgaatttggtttggc 558  Q
     ||||| | ||  || |||||||  ||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| |||||||| |      
T  8934356 tttgtcttggtattccgttattttgagacgaccgacaagaggttggaaaaaggcaagggttgaagatagagagtgtcttagctgttggatttggttagat 8934257  T
Q  559 actagaggatggtgataaagaagaccctttttggtgggtgcaattagtag 608  Q
    || |  ||||||| ||||||||| ||||||||| ||| || ||| |||||    
T  8934256 acaaccggatggtaataaagaaggccctttttgttggttggaataagtag 8934207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 8930131 - 8929994
Alignment:
Q  228 tggttaaatgtaaaaccaatgaagaagccgtcaactaactctgtcacttgcacaactaacaatggttgtgatgtgccttcgtaatttttaactctggtta 327  Q
    ||||||||||   |||||||||| |  ||||||| |||||| || ||||| |   | |||||||||| ||||||| |||||||  || |||| | |||||    
T  8930131 tggttaaatgagcaaccaatgaaaataccgtcaattaactcagttacttgaaatgccaacaatggttttgatgtgacttcgtagcttctaacaccggtta 8930032  T
Q  328 atggaaaaaatgaatcgacgatgggaggaacgtaggtg 365  Q
    | | |||||||||||| || || ||||| |||||||||    
T  8930031 aagcaaaaaatgaatcaacaattggaggtacgtaggtg 8929994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University