View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18141_low_3 (Length: 445)

Name: NF18141_low_3
Description: NF18141
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18141_low_3
NF18141_low_3
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-429)||(15019814-15020242)
chr1 (1-429)||(15026932-15027360)
chr1 (4-429)||(15045057-15045482)
chr1 (4-429)||(15005244-15005670)
chr1 (4-319)||(15005807-15006122)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 15020242 - 15019814
Alignment:
Q  1 cagattcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020242 cagattcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtag 15020143  T
Q  101 atactgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020142 atactgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgc 15020043  T
Q  201 tttccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020042 tttccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggat 15019943  T
Q  301 cgtggaatcgatttgttttatagaatgagcaaggattttggagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttcggtcgagccggtc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15019942 cgtggaatcgatttgttttatagaatgagcaaggattttgtagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggctgatcttttcggtcgagccggtc 15019843  T
Q  401 gtctatgtgaagctacgagactcattaat 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019842 gtctatgtgaagctacgagactcattaat 15019814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 15027360 - 15026932
Alignment:
Q  1 cagattcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15027360 cagattcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtag 15027261  T
Q  101 atactgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15027260 atactgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgc 15027161  T
Q  201 tttccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15027160 tttccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggat 15027061  T
Q  301 cgtggaatcgatttgttttatagaatgagcaaggattttggagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttcggtcgagccggtc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15027060 cgtggaatcgatttgttttatagaatgagcaaggattttgtagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggctgatcttttcggtcgagccggtc 15026961  T
Q  401 gtctatgtgaagctacgagactcattaat 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15026960 gtctatgtgaagctacgagactcattaat 15026932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 15045482 - 15045057
Alignment:
Q  4 attcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtagata 103  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15045482 attcatgcttatgtattgcgaagaagtcttatctattcagatgttttgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatctggagatgtagata 15045383  T
Q  104 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgcttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  15045382 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgctgtctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatggacgcagcgaagatgcttt 15045283  T
Q  204 ccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15045282 ccgtgtttttgatgagatgaggaaagaagctctagtgcctgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 15045183  T
Q  304 ggaatcgatttgttttatagaatgagcaaggattttggagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttcggtcgagccggtcgtc 403  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15045182 ggaatcaatttgttttatagaatgagcaaggattttggagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttgggtcgagccggtcgtc 15045083  T
Q  404 tatgtgaagctacgagactcattaat 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15045082 tatgtgaagctacgagactcattaat 15045057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 15005670 - 15005244
Alignment:
Q  4 attcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtagata 103  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15005670 attcatgctcatgtattgcgaagaagtcatagcaattcagatgttttgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtagata 15005571  T
Q  104 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgcttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15005570 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaaaagaaatgccgtctcgtggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggcgcagcgaagatgcttt 15005471  T
Q  204 ccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 303  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15005470 tcgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 15005371  T
Q  304 ggaatcgatttg-ttttatagaatgagcaaggattttggagttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttcggtcgagccggtcgt 402  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  15005370 ggaatcgatttgtttttatagaatgagcaaggattttggggttgatcctggagtagagcattatgcttgtatggttgatcttttgggtcgagctggtcgt 15005271  T
Q  403 ctatgtgaagctacgagactcattaat 429  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  15005270 ctaggtgaagctatgagactcattaat 15005244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 4 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 15006122 - 15005807
Alignment:
Q  4 attcatgcttatgtgttgcgtagaagtcgtattgattcagatgttctgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtagata 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15006122 attcatgcttatgttttgcgtagaagtcttatttattcagatgttttgtttgtggctaattgtctcatagacatgtattccaaatccggagatgtagata 15006023  T
Q  104 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgcttt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15006022 ctgcccaagtagttttcgacagcatgtcaaagagaaatgccatctcttggacctcgctactcaccgggtatggcatgcatgggtgcagcgaagatgcttt 15005923  T
Q  204 ccgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 303  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15005922 tcgtgtttttgatgagatgaggaaagaggctctagtgcttgatggcataacctttcttgttgtgctttatgcttgtagtcattcgggaatggtggatcgt 15005823  T
Q  304 ggaatcgatttgtttt 319  Q
    ||||||||||||||||    
T  15005822 ggaatcgatttgtttt 15005807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University