View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18142_high_1 (Length: 979)

Name: NF18142_high_1
Description: NF18142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18142_high_1
NF18142_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-960)||(21444745-21445692)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (177-262)||(40686811-40686896)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 21445692 - 21444745
Alignment:
Q  1 ctgataataatttgagaatatgaaatcaactcaatgtaaactagagtatcggtggtgtgtcggtcggtgtcagacatttgacacattttcaatctgaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445692 ctgataataatttgagaatatgaaatcaactcaatgtaaactagagtatcggtggtgtgtcggtcggtgtcagacatttgacacattttcaatctgaaag 21445593  T
Q  101 tatcgatgctacacatagtagtacttttaactaattttgagtccttttgtattttgcgctccaggttggatctgtagacgaggaatcaacgaagtctgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445592 tatcgatgctacacatagtagtacttttaactaattttgagtccttttgtattttgcgctccaggttggatctgtagacgaggaatcaacgaagtctgat 21445493  T
Q  201 gaagagtacgacgatcttgcaatggaagatgtgttggaaaatggttattggacagatgatgactatgagttaaagaccaagcttgatgttgtggagcttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445492 gaagagtacgacgatcttgcaatggaagatgtgttggaaaatggttattggacagatgatgattacgagttaaagaccaagcttgatgttgtggagcttg 21445393  T
Q  301 gagctaaaatccatgggattaaataccgccaaaatctcgaccaattccttagaactagaagtgagccggtgccaatagcggtgccaatagcagtggcatc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  21445392 gagctaaaatccatgggattaaataccgccaaaatctcgaccaattccttagaactagaagtgagccggtgccaatagc------------agtggcatc 21445305  T
Q  401 tcaagaacccttttgcgcttatccttcgttacttgctgaaaagagtgagaagaaactatcatcaaatggtagagccaaattaagaaaacgttctcttagt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445304 tcaagaacccttttgcgcttatccttcgttacttgcagaaaagagtgagaagaaactatcatcaaatggtagagccaaattaagaaaacgttctcttagt 21445205  T
Q  501 attcctgcattaggaaagcatagttcagctgatccaatcctttctggtgctcctcaaaggtagtagggtattctctctttaatacaattatcacaaccaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445204 attcctgcattaggaaagcatagttcagctgatccaatcctttctggtgctcctcaaaggtagtagggtattctctctttaatacaattatcacaaccaa 21445105  T
Q  601 acagaatttggnnnnnnnggtagctttttcaataagctgtattacaaattacaatgtcctgcatgtaaatactaaagtgaccaaaacttttttagatttc 700  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445104 acagaatttggtttttttggtagctttttcaataagctgtattacaaattacaatgtcctgcatgtaaatactaaagtgaccaaaacttttttagatttc 21445005  T
Q  701 tagggtcaaggtcaactttaaggtatcgtttttgcatgaataatatccaaaaaatatatcttattgttatactggtttccattttggtttttgctttgtt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21445004 tagggtcaaggtcaactttaaggtatcgtttttgcatgaataatatccaaaaaatatatcttattgttatactggtttccattttggtttttgctttgtt 21444905  T
Q  801 ctaaagaatatataatttagacacattatggtttcaacattatttgacaattttgtttctgacttgcactcaccatatcattgttttagcacactggttt 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21444904 ctaaagaatatataatttagacacattatggtttcatcattatttgacaattttgtttctgacttgcactcaccatatcattgttttagcacactggttt 21444805  T
Q  901 taaactatgtaaatttcgaaattggtgttgtttgctagtaacatgttactattgtgtttt 960  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  21444804 taaactatgtaaatttcgaaattggtgttgtttgctagtaacatgttaatactgtgtttt 21444745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 262
Target Start/End: Original strand, 40686811 - 40686896
Alignment:
Q  177 gacgaggaatcaacgaagtctgatgaagagtacgacgatcttgcaatggaagatgtgttggaaaatggttattggacagatgatga 262  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | |||||| ||||||||   |||| ||| |||||| ||||||||||    
T  40686811 gacgaggaatcaaccaagtctgatgaagagtatgatgatttggcaatgcaagatgtgcctgaaagtggatattggtcagatgatga 40686896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University