View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18151_high_4 (Length: 507)

Name: NF18151_high_4
Description: NF18151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18151_high_4
NF18151_high_4
[»] scaffold0459 (1 HSPs)
scaffold0459 (19-497)||(4499-4977)
[»] scaffold0366 (1 HSPs)
scaffold0366 (19-497)||(4499-4977)


Alignment Details
Target: scaffold0459 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0459
Description:

Target: scaffold0459; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Original strand, 4499 - 4977
Alignment:
Q  19 catttaacacttctagatctattaacaaaattttatggaagcatcacatagggaataatatatatgtaactagagtaccaacttttcactacttatattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4499 catttaacacttctagatctattaacaaaattttatggaagcatcacatagggaataatatatatgtaactagagtaccaacttttcactacttatattc 4598  T
Q  119 taatgttacttacaaattccactaacatcacgtagaaaatttatattgcaacacttgatcttcatggatgtattctttaagaggaggaaactctattagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4599 taatgttacttacaaattccactaacatcacgtagaaaatttatattgcaacacttgatcttcatggatgtattctttaagaggaggaaactctattagt 4698  T
Q  219 tgcattggattggacagtcacggttaccatgtaatatcacattctagtttgaatcaagtttatgaggataaacctgcaaaaactcatcattaaaaacgat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4699 tgcattggattggacagtcacggttaccatgtaatatcacattctagtttgaatcaagtttatgaggataaacctgcaaaaactcatcattaaaaacgat 4798  T
Q  319 gcatctctttagagaaagaataaaactatttaactcaaattcatccaaagaaacaacatttgaattatggttacctaattatttctttcctcactaaagc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4799 gcatctctttagagaaagaataaaactatttaactcaaattcatccaaagaaacaacatttgaattatggttacctgattatttctttcctcactaaagc 4898  T
Q  419 tcatatatagttctgaccttcaactcccctctgttagtggttaactcatctaatatttcagcattacctatttcctttg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4899 tcatatatagttctgaccttcaactcccctctgttagtggttaactcatctaatatttcagcattacctatttcctttg 4977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0366 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0366
Description:

Target: scaffold0366; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Original strand, 4499 - 4977
Alignment:
Q  19 catttaacacttctagatctattaacaaaattttatggaagcatcacatagggaataatatatatgtaactagagtaccaacttttcactacttatattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4499 catttaacacttctagatctattaacaaaattttatggaagcatcacatagggaataatatatatgtaactagagtaccaacttttcactacttatattc 4598  T
Q  119 taatgttacttacaaattccactaacatcacgtagaaaatttatattgcaacacttgatcttcatggatgtattctttaagaggaggaaactctattagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4599 taatgttacttacaaattccactaacatcacgtagaaaatttatattgcaacacttgatcttcatggatgtattctttaagaggaggaaactctattagt 4698  T
Q  219 tgcattggattggacagtcacggttaccatgtaatatcacattctagtttgaatcaagtttatgaggataaacctgcaaaaactcatcattaaaaacgat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4699 tgcattggattggacagtcacggttaccatgtaatatcacattctagtttgaatcaagtttatgaggataaacctgcaaaaactcatcattaaaaacgat 4798  T
Q  319 gcatctctttagagaaagaataaaactatttaactcaaattcatccaaagaaacaacatttgaattatggttacctaattatttctttcctcactaaagc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4799 gcatctctttagagaaagaataaaactatttaactcaaattcatccaaagaaacaacatttgaattatggttacctgattatttctttcctcactaaagc 4898  T
Q  419 tcatatatagttctgaccttcaactcccctctgttagtggttaactcatctaatatttcagcattacctatttcctttg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4899 tcatatatagttctgaccttcaactcccctctgttagtggttaactcatctaatatttcagcattacctatttcctttg 4977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University