View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18153_low_6 (Length: 678)

Name: NF18153_low_6
Description: NF18153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18153_low_6
NF18153_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-661)||(43483282-43483930)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 43483930 - 43483282
Alignment:
Q  13 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483930 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 43483831  T
Q  113 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483830 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 43483731  T
Q  213 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483730 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 43483631  T
Q  313 ttatatttttctgaaatgataatnnnnnnnttatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483630 ttatatttttctgaaatgataataaaaaaattatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 43483531  T
Q  413 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgtttcatgcatattagttagtgataatgtttgtct 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483530 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgttccatgcatattagttagtgataatgtttgtct 43483431  T
Q  513 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttgtgattctattaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43483430 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttatgattctattaa 43483331  T
Q  613 ttgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttt 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483330 ttgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttt 43483282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University