View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18154_low_1 (Length: 820)

Name: NF18154_low_1
Description: NF18154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18154_low_1
NF18154_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-805)||(7868689-7869486)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 7869486 - 7868689
Alignment:
Q  7 ggacatcatcatccttagttagttccggcacaacattttatgtcttgtatcattagtgtttgtttggagcaaagattctccaacatacaatgacaaatag 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7869486 ggacaacatcatccttagttagttccggcacaacattttatgtcttgtatcattagtgtttgtttggagcaaagattctccaacataca-tgacaaatag 7869388  T
Q  107 attttgttctgactattttaagaaagtttgatttgaacatacataagtcactaaaaagatctatgcaaacattatcctctaaatagaaatgtgctgaaat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7869387 attttgttctgactattttaagaaagtttgatttgaacatacataagtcactaaaaagatctatgcaaacattatcctctaaatagaaatgtgctgaaat 7869288  T
Q  207 tgttaaaactagtcttaaactaattaactatgccaaagccggccatatagcatcacatgccgtccatgtactacaacaatgttagtcgcaatatattata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7869287 tgttaaaactagtcttaaactaattaactatgccaaagccggccatatagcatcacatgccgtccatgtactacaacaatgttagtctcaatatattata 7869188  T
Q  307 caaatattctcatacaaaccattaaattagaccaatctctatgtacactaatcacaaagttgaacattttatcactttctgtgtaacttcttatttcaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7869187 caaatattctcatacaaaccattaaattagaccaatctctatgtacactaatcacaaagttgaacattttatcactttctgtgtaacttcttatttcaaa 7869088  T
Q  407 catcaaacactggctgctaggtagctagctagccatggctgattcttcctttgagatagacaatccgagaagacactatccaacaccagtgagttatcaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7869087 catcaaacactggctgctaggtagctagctagccatggctgattcttcctttgagatagacaatccgagaagacactatccaacaccagtgagttatcaa 7868988  T
Q  507 agtatatctggctctagctccttcataaattctgcttctcgaagcaacgcaactccgagaacgagaagaactcgtcgcaacagaattccatccacaccgt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7868987 agtatatctggctctagctccttcataaattctgcttctcgaagcaacgcaactccgagaacgagaagaactcgtcgcaacagaattccatccacaccgt 7868888  T
Q  607 ttgcctcagatgacgaccgttcatggcagggtgaagtttcgtggaagtttgagccaaccgggttgcgtgaacatagcacaaactttggttctgttcttag 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7868887 ttgcctcagatgacgaccgttcatggcagggtgaagtttcgtggaagtttgagccaaccgggttgcgtgaacatagcacaaactttggttctgttcttag 7868788  T
Q  707 tccatggccaacaaactccacctctgatcgtagccgcgtgtttcgccaatcggctaatgactattacctttcgagaataggcggttttcgaaacctaac 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7868787 tccatggccaacaaactccacctctgatcgtagccgcgtgtttcgccaatcggctaatgactattacctttcgagaataggcggttttcgaaacctaac 7868689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University