View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18157_low_4 (Length: 694)

Name: NF18157_low_4
Description: NF18157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18157_low_4
NF18157_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-691)||(26567012-26567684)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 691
Target Start/End: Original strand, 26567012 - 26567684
Alignment:
Q  19 cttcctccatgatttcattcatgtaagtttgtttcttatttataaatttcatgcaagtctttgattcttcttactgaatgtgataaaatcaagagttaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26567012 cttcctccatgatttcattcatgtaagtttgtttcttatttataaatttcatacaagtctttgattcttcttactgaatatgataaaatcaagagttaaa 26567111  T
Q  119 gtatatgtaaagcgtatgtcaactgacaatgccgatattgtttgattagacacctttatcattgttctaactcgggacctcgtagttttgtgtggggtgt 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  26567112 gtatatgtaaagcgtaggtcaactgacaatgccgatattgtttgattaaacacctttatcattgttctaactcaggacctcgtagttgtgtgtggggtgt 26567211  T
Q  219 tgccactttgtctacatagaaagnnnnnnnnntcaagaaagcaacaaaaatgttggtgtaaattagttttaccttgatataataaggcagaacaatgagt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567212 tgccactttgtctacatagaaagaaaaaaaaatcaagaaagcaacaaaaatgttggtgtaaattagttttaccttgatataataaggcagaacaatgagt 26567311  T
Q  319 ttcaattgacattagagtattaaaatttaatgtagatttctcaactcaacatataatgattcaattttatttttgaaagaaaaatataatgattcaattg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567312 ttcaattgacattagagtattaaaatttaatgtagatttctcaactcaacatataatgattcaattttatttttgaaagaaaaatataatgattcaattg 26567411  T
Q  419 ttttttattttagtcaaatgcagttttatgagctaacatgattataggaaaataatcatgattatgttttgtaaaatcatgtttagggagtatgcttctc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26567412 ttttttattttagtcaaatgcagttttatgagctaacatgattataggaaaataatcatgattatgttttgtaaaatcatgtttagggagtatgcttctc 26567511  T
Q  519 caaactcagactttaggatataaacctgagccaaaggtaacttggtcaattttagctactttagctagttagcatcatgtcacaatctgtattgttcagt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26567512 caaactcagactttaggatataaacctgagccaaaggtaacttggtcaattttagctactttagctagttagcatcatgtcactatctgtattgttcagt 26567611  T
Q  619 aatatattttagttcttaaactgaatctgtataaacttgtaattgacttgattcttttcacatattgcttcat 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26567612 aatatattttagttcttaaactgaatctggataaacttgtaattgacttgattcttttctcatattgcttcat 26567684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University