View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18157_low_7 (Length: 690)

Name: NF18157_low_7
Description: NF18157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18157_low_7
NF18157_low_7
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (39-676)||(37975232-37975869)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 676
Target Start/End: Original strand, 37975232 - 37975869
Alignment:
Q  39 ttatcgcttacatttatgttttatgtaagcatttcttagtgtagtttaaacccaaaaaccaccgtacttaacactctactgtagaagttaagcaactcat 138  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37975232 ttatcgcttacatttatgttttatttatgcatttcttagtgtagtttaaacccaaaaaccaccgtacttaacactctattgtagaagttaagcaactcat 37975331  T
Q  139 agttgagggacaacgtttctccctcactgtcaattgcttgaaacaaagagagtcacaattgaaaaaacttaaccgacttcagctaaggctcttaaccaac 238  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37975332 agttgagggacaatgtttctccttcactgtcaatcgcttgaaacaaagagagtcacaattgaaaaaacttaaccgatttcagctaaggcttttaaccaac 37975431  T
Q  239 caagatataatttttgcacatattttcaaagctagatatttttacatagtctccatgcattacaggtggaaatataaaatttggggtgaacactagttga 338  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37975432 caagatatgatttttgcacatattttcaaagctagatatttttacatagtctccatgcatcacaggtggaaatataaaatttggggtgaaccttagttga 37975531  T
Q  339 gatgtatgtacttaactctcatattactatcccaataccacaagagagtgagaatttccaattatctgatttgcttgattaagatacgcaaagttagaca 438  Q
    |||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37975532 gatgtatggaa--aactctcatattactatcccaataccacaagagagtgagaatttccaattatccgatttgcttgattaagatacgcaaagttagaca 37975629  T
Q  439 tggaatgttataaattgcttgctaaatgaaagggatgacgaggaatttggcaatgttaaacaaactagctatgagaacgattgatacttgttcttgggat 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37975630 tggaatgttataaattgcttgctaaatgaaagggatgacgaggaatttggcaatgttaaacaaactagctatgagaacgattgatacttgttcttgggat 37975729  T
Q  539 atgctaaggcgagacaagtatgagagatgacgggattgtggatggtttacaatatttgatccaaaatttcacaaatttatattttaatgttgttactaac 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37975730 atgctaaggcgagacaagtatgagagatgacgggattgtggatggtttacaatatttgatccaaaatttcacaaatttatattttaatgttgttactaac 37975829  T
Q  639 ttgcagctccaaaagac--ttgattttgctatgatgttgt 676  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  37975830 ttgcagctccaaaagactattgattttgctatgatgttgt 37975869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University