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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18158_high_1 (Length: 726)

Name: NF18158_high_1
Description: NF18158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18158_high_1
NF18158_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-714)||(48013561-48014263)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 48014263 - 48013561
Alignment:
Q  16 tcattatcctgactattgtagttgaatgcacagtcttacgagacacaagtaaatttcttttcaatgaaatcaaccatcattgacacttctattgagccac 115  Q
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T  48014263 tcattatcctgattattgtagttgaatgcacagtcttacaagacacgagtaaatttcttatcaatgaaatcaaccatcattgacacttctattgagccac 48014164  T
Q  116 taaaattctaaagnnnnnnnnn-ttatgctctacatttttcttcaagatcacattaaatcttaattattannnnnnnaactcaacgcgttataaaatcat 214  Q
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T  48014163 taaaattccaaagaaaaaaaaaattatgctctacatttttcttcaagatcacattaaatcttaattattatttttttaactcaacgcgttataaaatcat 48014064  T
Q  215 ctgtgtatgtttgcttagcgttgtgtttatcaattccgccgtaagaaaccatgaaaattgtgatgaactaacttatttgctattagataatttatcctta 314  Q
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T  48014063 ctgtgtatgtttgcttagcgttgtgtttatcaattccgccgtaagaaaccatgaaaattgtgatgaactaa----tttgctattagataatttatcctta 48013968  T
Q  315 tccacggtaaattcatctagtataaactcgccattgattagtttaaaatgattaattatattttagcactaaaacaatgattgatatttcaaaagtagta 414  Q
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T  48013967 tccacggtaaattcatctagtataaactcgccattgattagtttaaaatgattaat---attttagcactaaaacaatgattgatatttcaaaagtagta 48013871  T
Q  415 attataaataaattgtgaaatagaactgtatgctattacagcatgcatgtagattttgttagtttgatagagtcggttaaaacttagttggttaattgct 514  Q
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T  48013870 attataaataaattgtgaaatagaactgtatgctattacagtatgcatgtagattttgttagtttgatagagtcggttaaaacttagttggttaattgct 48013771  T
Q  515 ttttatctggagagtttattgaatcagtttattatcttttcaatatgattatttcttttaagattctatctcattgatccaaaaatgttcgaacgagatg 614  Q
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T  48013770 ttttatctggagagtttattgaatcagttcattatcttttcaatatgattatttcttttaagattctatctcattgatccaaaaatgttcgaacgagatg 48013671  T
Q  615 attgtt----------attaacgatcatgagtttgaattgaaactnnnnnnntatgattgttataaaatcctatttcgaattctatttggatagtgatta 704  Q
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T  48013670 attgttatttcttttaattaacgatcatgagtttgaattcaaactaaaaaaatatgattgttataaaatcctatttcgaattctatttggatagtgatta 48013571  T
Q  705 ttctaagaat 714  Q
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T  48013570 ttctaagaat 48013561  T

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