View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18161_high_3 (Length: 707)

Name: NF18161_high_3
Description: NF18161
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18161_high_3
NF18161_high_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-690)||(21196844-21197533)
chr4 (1-690)||(27252688-27253375)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 690
Target Start/End: Original strand, 21196844 - 21197533
Alignment:
Q  1 tatcgaaaaggaatgaaataagtcaaaatggcagcaatcaaacagaaaattaggaacaaagccgttgctcttggatccctccagctgataagagactgca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21196844 tatcgaaaaagaatgaaataagtcaaaatggcagcaatcaaacagaaaattaggaacaaagccattgctcttggatccctccagctgataagagaatgca 21196943  T
Q  101 ccctctctccttgagttgccaaatcacccatcacagcaagcactctccctgaaatgcctctcaatctatcataccttttctgcagattaccaccgctaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21196944 ccctctctccttgagttgccaaatcacccatcacaacaagcactctccctgaaatgcctctcaatctatcataccttttatgcagattaccaccgctaaa 21197043  T
Q  201 tttagttggaaaaggatcaaactcttcttcaagttcttcagtagcggctgtatcagcatgagacaatttaatatccatatgagaaggatatcttggcctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197044 tttagttggaaaaggatcaaactcttcttcaagttcttcagtagtagctgtatcagcatgagacaatttaatatccatatgagaaggatatcttggcctt 21197143  T
Q  301 attcggtattgccaaatcccattgaggagtaagaaggtaaatgttagtggcaaaatagctcccagcttgtaattgaaaaagcaaaagattgaataaccac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197144 attcggtattgccaaatcccattgaggagtaagaaggtaaatgttagcggcaaaatagctcccggcttgtaattgaaaaagcaaaagattgaataaccac 21197243  T
Q  401 ctatcgttgtaactgaattcttccaactgtgaatctcctcaattagtttaacaattgaaacaaaacctctgagaagacttgcaatcctgtaaaactgagc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21197244 ctatcgttgtaactgaattcttccaactgtgaatctcctcaattagtttaacaattgaaacaaaaccgctgagaagacttgcgatcctgtaaaactgagc 21197343  T
Q  501 tctccctctcctcatgctccacacatttgccctcatatctagcatgaactcaacaacctctttactcagaggtggttcggcccttctgaacctcaatatg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197344 tctccctctcctcatgctccacacgtttgacctcatatctaacatgaactcaacaacctctttactcagaggtggttcggcccttctgaacctcaatatg 21197443  T
Q  601 gtgattgcagcggcttggtttcgcagactatcgatctgaaacatcgacaatggacatatgtagtgcatttttgggagcagaggttgagca 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21197444 gtgattgcagcggcttggtttcgcagactgtcgatctgaaacatcgacaatggacatatgtaatgcatttttgggagcagaggttgagca 21197533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 690
Target Start/End: Original strand, 27252688 - 27253375
Alignment:
Q  1 tatcgaaaaggaatgaaataagtcaaaatggcagcaatcaaacagaaaattaggaacaaagccgttgctcttggatccctccagctgataagagactgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27252688 tatcgaaaaggaatgaaataagtcaaaatggcagcaatcaaacagaaaattaggaacaaagcctttgctcttggatccctccagctgataagagattgca 27252787  T
Q  101 ccctctctccttgagttgccaaatcacccatcacagcaagcactctccctgaaatgcctctcaatctatcataccttttctgcagattaccaccgctaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27252788 ccctctctccttgagttgccaaatcacccatcacaacaagcactctccctgaaatgcctctcaatctatcataccttttctgcagattaccaccgctaaa 27252887  T
Q  201 tttagttggaaaaggatcaaactcttcttcaagttcttcagtagcggctgtatcagcatgagacaatttaatatccatatgagaaggatatcttggcctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27252888 tttagttggaaaaggatcaaactcttcttcaagttcttcagtagtagctgtatcagcatgagacaatttaatatccat--gagaaggatatcttggcctt 27252985  T
Q  301 attcggtattgccaaatcccattgaggagtaagaaggtaaatgttagtggcaaaatagctcccagcttgtaattgaaaaagcaaaagattgaataaccac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27252986 attcggtattgccaaatcccattgaggagtaagaaggtaaatgttagcggcaaaatagctcccggcttgtaattgaaaaagcaaaagattgaataaccac 27253085  T
Q  401 ctatcgttgtaactgaattcttccaactgtgaatctcctcaattagtttaacaattgaaacaaaacctctgagaagacttgcaatcctgtaaaactgagc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  27253086 ctatcgttgtaactgaattcttccaactgtgaatttcctcaattagtttaacaattgaaacaaaacctctgagaagacttgtgatcctgtaaaactgagc 27253185  T
Q  501 tctccctctcctcatgctccacacatttgccctcatatctagcatgaactcaacaacctctttactcagaggtggttcggcccttctgaacctcaatatg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27253186 tctccctctcctcatgctccacacatttgccctcatatctagcatgaactcaacaacctctttacttagaggcggttcggcccttctgaacctcaatatg 27253285  T
Q  601 gtgattgcagcggcttggtttcgcagactatcgatctgaaacatcgacaatggacatatgtagtgcatttttgggagcagaggttgagca 690  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27253286 gtgattgcagcagcttggtttcgcagactgtcgatctgaaacatcgacaatggacatatgtagtgcatttttgggagcagaggttgagca 27253375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University