View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18161_high_9 (Length: 508)

Name: NF18161_high_9
Description: NF18161
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18161_high_9
NF18161_high_9
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (8-492)||(17566352-17566838)
chr5 (387-445)||(10044224-10044282)
chr5 (341-492)||(21369110-21369262)
chr5 (360-430)||(2903366-2903436)
chr5 (338-424)||(5402789-5402875)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (8-488)||(14761774-14762256)
chr7 (343-445)||(39854164-39854265)
chr7 (336-441)||(41888871-41888976)
chr7 (337-492)||(38073600-38073754)
chr7 (344-430)||(38652720-38652806)
chr7 (336-445)||(37391028-37391137)
chr7 (343-445)||(21148389-21148491)
chr7 (344-445)||(6647514-6647615)
chr7 (350-413)||(17874712-17874775)
chr7 (369-427)||(33955915-33955973)
chr7 (384-439)||(31622744-31622799)
chr7 (336-445)||(8073608-8073717)
chr7 (374-430)||(36446873-36446929)
chr7 (341-445)||(40211806-40211910)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (339-489)||(260325-260474)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (338-492)||(22409357-22409510)
chr4 (340-445)||(10109215-10109320)
chr4 (339-445)||(32318511-32318616)
chr4 (369-445)||(24010262-24010338)
chr4 (339-492)||(30537953-30538106)
chr4 (343-441)||(18995246-18995343)
chr4 (336-444)||(14136636-14136744)
chr4 (342-423)||(26533186-26533267)
chr4 (339-427)||(17268867-17268955)
chr4 (343-443)||(4960430-4960534)
chr4 (343-425)||(38793721-38793803)
chr4 (376-445)||(41069072-41069141)
chr4 (343-424)||(41460632-41460712)
chr4 (336-425)||(53039475-53039564)
chr4 (339-427)||(32055096-32055184)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (341-489)||(15881132-15881278)
chr1 (339-492)||(3491441-3491592)
chr1 (345-441)||(47588466-47588562)
chr1 (350-489)||(21276571-21276709)
chr1 (339-489)||(298194-298344)
chr1 (368-443)||(5198817-5198892)
chr1 (384-492)||(12521327-12521434)
chr1 (368-430)||(4051687-4051749)
chr1 (336-441)||(13352301-13352407)
chr1 (338-425)||(8550386-8550473)
chr1 (344-484)||(42596900-42597039)
chr1 (338-445)||(52141551-52141657)
chr1 (387-445)||(25409641-25409699)
chr1 (374-492)||(48022743-48022860)
chr1 (455-492)||(38788873-38788910)
chr1 (393-445)||(26700930-26700982)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (340-430)||(43310338-43310428)
chr3 (342-445)||(36923581-36923684)
chr3 (350-444)||(50360648-50360742)
chr3 (350-492)||(21490376-21490517)
chr3 (337-436)||(28451800-28451899)
chr3 (340-489)||(972407-972555)
chr3 (336-489)||(37238797-37238949)
chr3 (337-441)||(13863669-13863772)
chr3 (338-445)||(7681616-7681723)
chr3 (336-492)||(28945809-28945967)
chr3 (342-445)||(38773508-38773611)
chr3 (338-442)||(43343643-43343746)
chr3 (359-445)||(42709897-42709984)
chr3 (375-445)||(51981713-51981783)
chr3 (344-425)||(50699810-50699891)
chr3 (342-441)||(12568686-12568785)
chr3 (342-441)||(13545150-13545249)
chr3 (340-382)||(43310469-43310511)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (340-445)||(32227431-32227536)
chr2 (343-445)||(32656243-32656345)
chr2 (342-492)||(14776270-14776419)
chr2 (341-405)||(43305459-43305523)
chr2 (399-489)||(43305549-43305638)
chr2 (336-492)||(35327779-35327934)
chr2 (374-445)||(41766314-41766385)
chr2 (336-492)||(40534212-40534366)
chr2 (345-445)||(35310195-35310295)
chr2 (350-445)||(9374034-9374129)
chr2 (374-437)||(33830302-33830365)
chr2 (338-492)||(12497265-12497419)
chr2 (374-445)||(30326106-30326177)
chr2 (385-429)||(8333475-8333519)
[»] scaffold0154 (1 HSPs)
scaffold0154 (339-445)||(36406-36512)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (367-445)||(8072513-8072591)
chr8 (343-445)||(11257854-11257956)
chr8 (339-489)||(30069732-30069882)
chr8 (341-441)||(31410866-31410965)
chr8 (343-445)||(41128125-41128227)
chr8 (350-445)||(7107505-7107600)
chr8 (353-492)||(6393549-6393687)
chr8 (342-424)||(37456109-37456191)
chr8 (344-445)||(5896072-5896173)
chr8 (369-445)||(26014919-26014995)
chr8 (385-445)||(1042780-1042840)
chr8 (342-445)||(40651605-40651709)
chr8 (342-445)||(24991725-24991829)
chr8 (374-445)||(16037310-16037381)
chr8 (350-445)||(38730178-38730273)
chr8 (369-444)||(38869781-38869856)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (344-445)||(21233-21334)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (342-445)||(31767781-31767884)
chr6 (361-441)||(33972668-33972749)
chr6 (353-443)||(32785841-32785931)
chr6 (340-397)||(154183-154240)
chr6 (455-492)||(12141720-12141757)
[»] scaffold1157 (1 HSPs)
scaffold1157 (341-425)||(1959-2043)
[»] scaffold0524 (1 HSPs)
scaffold0524 (374-445)||(1481-1552)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (339-430)||(6672-6763)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 492
Target Start/End: Original strand, 17566352 - 17566838
Alignment:
Q  8 tagcataggtttagtatgtttgttgttaacaaaaaaggaaaatatcattttgggttccggtatcgttcaaattaaagataaagggtaaaggcacctggtt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17566352 tagcataggtttagtatgtttgttgttaacaaaaaaggaaaatatcattttgggtttcggtatcgttcaaattaaagataaagagtaaaggcacctggtt 17566451  T
Q  108 ttgagatttcaagtgaaaaagaaaagttgggaaatttaaatcaactttaaaccaaatttctggttgcaattgctacgatgttgttacaacaaattaaatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17566452 ttgagatttcaagtgaaaaagaaaagttgggaaatttaaatcaactttaaaccaaatttctggttgcaattgctacgatgttgttacaacaaattaaatc 17566551  T
Q  208 ggacaaaatttaggggtcatttaaacacattcatcatggttttcattaaagtaacactgtctagattcttattaattacaaccatgtttcattaaagtca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17566552 ggacaaaatttaggggtcatttaaacacattcatcatggttttcattaaagtaacactgtctagattcttattaattacaaccatgtttcattaaagtca 17566651  T
Q  308 atatcattaaacatatta--ctttaattataataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattg 405  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17566652 atatcattaaacatattacgcgttaattataataagggaaatgataacttgtgcccttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattg 17566751  T
Q  406 aaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17566752 aaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaatttttttcaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 17566838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 387 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 10044282 - 10044224
Alignment:
Q  387 taatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  10044282 taatagaaattatgtattgaaagttgtgttaatttattgctcaaaatgtttaatattaa 10044224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 341 - 492
Target Start/End: Original strand, 21369110 - 21369262
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttatt-gttcaacatgtttaa 439  Q
    |||||||| ||||||||||| |||  || ||| ||||| |||  ||||||||| ||  |||||||||| ||||||| ||||||| | | || || |||||    
T  21369110 gggaaatgttaacttgtgcccttaaggcgcatgttaaggatttcactaatagatatcatgtattgaaaattgtgttaatttattagcttaaaatatttaa 21369209  T
Q  440 tattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||         |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  21369210 tattaattttttttcattaaattcttaccattaatggaatgaaattaatgttt 21369262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 360 - 430
Target Start/End: Original strand, 2903366 - 2903436
Alignment:
Q  360 ctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | | || || |||| |||||||| ||||    
T  2903366 ctttagggcacatgttaagaattctactaatagaaattatgtctcggaaattatgttaatttattgctcaa 2903436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 5402875 - 5402789
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttatt 424  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||  |||||| |||| ||||| | |||||| |||| ||||||| || ||||||| |||||||    
T  5402875 taagggaaatgttaacttgtccccttaaggcacatgttaaaaattccattaatagtaattgtgtattggaaattgtgttaatttatt 5402789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 14762256 - 14761774
Alignment:
Q  8 tagcataggtttagtatgtttgttgttaacaaaaaaggaaaatatcattttgggttccggtatcgttcaaattaaagataaagggtaaaggcacctggtt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14762256 tagcataggtttagtatgtttgttgttaacaaaaaaggaaaatatcattttgggtttcggtatcgttcaaattaaagataaagagtaaaggcacctggtt 14762157  T
Q  108 ttgagatttcaagtgaaaaagaaaagttgggaaatttaaatcaactttaaaccaaatttctggttgcaattgctacgatgttgttacaacaaattaaatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14762156 ttgagatttcaagtgaaaaagaaaagttgggaaatttaaatcaactttaaaccaaatttctggttgcaattgctacgatgttgttacaacaaattaaatc 14762057  T
Q  208 ggacaaaatttaggggtcatttaaacacattcatcatggttttcattaaagtaacactgtctagattcttattaattacaaccatgtttcattaaagtca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14762056 ggacaaaatttaggggtcatttaaacacattcatcatggttttcattaaagtaacactgtctaaattcttattaattacaaccatgtttcattaaagtca 14761957  T
Q  308 atatcattaaacatatta--ctttaattataataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattg 405  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14761956 atatcattaaacatattacgcgttaattataataagggaaatgataacttgtgccattagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattg 14761857  T
Q  406 aaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaat 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14761856 aaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaatttttttcaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaat 14761774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 39854265 - 39854164
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatat 442  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  39854265 gaaatgttaacttgtgcctt-agggcacatgttaagaattctactaatataaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgttcaaaatatttaatat 39854167  T
Q  443 taa 445  Q
    |||    
T  39854166 taa 39854164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 336 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 41888976 - 41888871
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||| | ||||||||||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  41888976 aataagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgataagaattccaataatagaaatcatgcattgaaaattgtgttaatttattgttcaaaatgt 41888877  T
Q  436 ttaata 441  Q
    ||||||    
T  41888876 ttaata 41888871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 38073754 - 38073600
Alignment:
Q  337 ataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtt 436  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||   |||||||||||| ||||||  || ||||||| |||||||| |||| || ||    
T  38073754 ataagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcatttctctaatagaaattatgtattagaaattgtgttaatttattgctcaaaatatt 38073655  T
Q  437 taatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    || ||||||       | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38073654 tagtattaatttatttc-attaaattcttaccattaatggaatgaaattaatgttt 38073600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 38652806 - 38652720
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||||||    
T  38652806 aaatgttaacttgtgcttttagggcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaagtgtgttaatttattgttcaa 38652720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 445
Target Start/End: Original strand, 37391028 - 37391137
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||||  ||| | ||||  || ||||||| |||||||| |||| ||||    
T  37391028 aataagggaaaagttaacttgtgcccttaaggcacatgttaagaattctattaatagttattatttattagaaattgtgttaatttattgctcaaaatgt 37391127  T
Q  436 ttaatattaa 445  Q
    ||||||||||    
T  37391128 ttaatattaa 37391137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Original strand, 21148389 - 21148491
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatat 442  Q
    |||||| ||| |||||| ||||   ||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| || |||||||  |||| |||||||||||    
T  21148389 gaaatgttaagttgtgcttttaagacacatgttaagaattccactaataaaaattatgtattgaaaattgtattaatttattactcaaaatgtttaatat 21148488  T
Q  443 taa 445  Q
    |||    
T  21148489 taa 21148491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 445
Target Start/End: Original strand, 6647514 - 6647615
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    ||||| ||||||||| | |||  ||| || |||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  6647514 aaatgttaacttgtgtccttatggcatatgttaagaatttcactaataaaaattatgtatagaaaattgtgttaatttattgttcaaaatatttaatatt 6647613  T
Q  444 aa 445  Q
    ||    
T  6647614 aa 6647615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 350 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 17874775 - 17874712
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgt 413  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  17874775 taacttgtacccttagggcacatattaagaattccactaatataaattatgtattgaaaattgt 17874712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 427
Target Start/End: Original strand, 33955915 - 33955973
Alignment:
Q  369 acatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgtt 427  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  33955915 acatgttaagaattctactaataaaaattatatattgaaaattgtgttaatttattgtt 33955973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 384 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 31622799 - 31622744
Alignment:
Q  384 tactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaa 439  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  31622799 tactaatagaaattatgtatcgaaaattgtgttaatttattgttcaaaaagtttaa 31622744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 8073717 - 8073608
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    |||||| |||||| |||||||||   |||| | |||| |||||||||  ||||||||||||| | | |  ||||||||||| |||| | | |||| ||||    
T  8073717 aataagagaaatgctaacttgtgttcttagggtacatgttaagaatttcactaatagaaattatatgtaaaaatttgtgttaatttttggctcaaaatgt 8073618  T
Q  436 ttaatattaa 445  Q
    ||||||||||    
T  8073617 ttaatattaa 8073608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 36446929 - 36446873
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    ||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  36446929 ttaagtatactactaataaaaattatgtattgaaatttgttttaatttattgctcaa 36446873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 341 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 40211910 - 40211806
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaat 440  Q
    |||||||| ||||||||  | |||| ||| || |||| |||||||||| || ||||  ||||||| || |||| || |||||||| |||| || ||||||    
T  40211910 gggaaatgttaacttgtatccttagagcatatgttaaaaattctactattataaatcatgtattggaaattgtcttaatttattgctcaaaatatttaat 40211811  T
Q  441 attaa 445  Q
    |||||    
T  40211810 attaa 40211806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 339 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 260474 - 260325
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  260474 aagggaaatgataacttgtgccctaagggcacatattaagaataccactaatagaaattatgtattgaaatttgtgttaatttattgttcaaaatgttta 260375  T
Q  439 atattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    || ||||       ||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  260374 atgttaatttttttcaa-taaattcttaccattaatggaatgacattaatg 260325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 22409510 - 22409357
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||| | || ||||||    
T  22409510 taagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaattctactaatagaaatcatgtattggaaattgtgttaatttattgcttaaaatgttt 22409411  T
Q  438 aatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||||       | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  22409410 aatattaatttttttc-attaaattcttaccattaatggaatgaaattaatgttt 22409357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 340 - 445
Target Start/End: Original strand, 10109215 - 10109320
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaa 439  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  10109215 agggaaatgttaacttgtgtccttagggcacatattaagaattccactaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgctcaaaatgtttaa 10109314  T
Q  440 tattaa 445  Q
    ||||||    
T  10109315 tattaa 10109320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 339 - 445
Target Start/End: Original strand, 32318511 - 32318616
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  32318511 aagggaaatgttaacttgtgcccttagc-cacatgttaagaatttcattaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgttcaaaatgttta 32318609  T
Q  439 atattaa 445  Q
    |||||||    
T  32318610 atattaa 32318616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 369 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24010338 - 24010262
Alignment:
Q  369 acatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24010338 acatgttaagaattccactaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgtccaaaatgtttaatattaa 24010262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 339 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 30538106 - 30537953
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||| |||| || ||||   |||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  30538106 aagggaaatgttaatttgtacccttagaatacatgttaagaattccattaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgctcaaaatgttta 30538007  T
Q  439 atattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||| |       | |||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||    
T  30538006 atattcatttttttccattaaattcttaccattattggaatgaaactaatgttt 30537953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 343 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 18995343 - 18995246
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  18995343 gaaatgataacttgtaccttaaggacacatgttaagaattctactaatagaaattatgtatcgaaaattgtg-ttaattattgctcaaaatgtttaata 18995246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 336 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14136744 - 14136636
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||  | | || |||||||||||||||||||||||  ||||||| || || | || |||||||| ||||||| |    
T  14136744 aatatgggaaatgctaacttgtgcccttaaggtatatgttaagaattctactaatagaaatcatgtattggaaattatattaatttattgctcaacatat 14136645  T
Q  436 ttaatatta 444  Q
    |||||||||    
T  14136644 ttaatatta 14136636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 26533267 - 26533186
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttat 423  Q
    ||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| | || ||||||| ||||||    
T  26533267 ggaaatgttaacttgtgcccttatggcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtatcggaaattgtgttaatttat 26533186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 17268955 - 17268867
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgtt 427  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| | | |  ||||||| ||||||||||    
T  17268955 aagggaaatgttaacttgaacctttagggcacatgttaagaattctattaatagaaattatgtctcggagattgtgttaatttattgtt 17268867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 343 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 4960534 - 4960430
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaat----tctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||| ||||||||| | |||| |||||| ||||||||    || |||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||||||    
T  4960534 gaaatgttaacttgtgtccttagggcacatgttaagaatgaattccactaatagaaattacgtattgaaaattgtgttaatttattgctcaaattgttta 4960435  T
Q  439 atatt 443  Q
    |||||    
T  4960434 atatt 4960430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 425
Target Start/End: Original strand, 38793721 - 38793803
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattg 425  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  | ||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  38793721 gaaatgttaacttgtgcccttaggactcatgttaagaattccactaatagtaattgtgtattgtaaattgtgttaatttattg 38793803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 376 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 41069141 - 41069072
Alignment:
Q  376 aagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| | || || |||||||||||    
T  41069141 aagaattttactaatagaaattatgttttgaaaattgtgttaatttattgcttaaaatatttaatattaa 41069072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 343 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 41460712 - 41460632
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttatt 424  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||||||| | |||||| ||| ||||||| |||||||    
T  41460712 gaaatgttaacttgtgcctttaggacacatgttaagaattccagtaatagaaa-tatgtattaaaaattgtgttaatttatt 41460632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 336 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 53039564 - 53039475
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattg 425  Q
    |||||| |||||| ||||||||||  |||  | |||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||    
T  53039564 aataagagaaatgttaacttgtgctcttaaggtacatgttaagaatttcactaatagaaattatgtattgataattgtgttaatttattg 53039475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 339 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 32055184 - 32055096
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgtt 427  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||  |||||| ||||  |||| | ||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  32055184 aaggaaaatgttaacttgtgcccttaaagcacatgttaaagattccattaatagaaattatgtatcgaaaattgtgttaatttattgtt 32055096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 341 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 15881278 - 15881132
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaat 440  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  15881278 gggaaatgataacttgtgcccttagggcacatgttaaga-ttctaataatagaaattttatattggagtttgtgtgtatttattgttcaaaatgtttaat 15881180  T
Q  441 attaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    |||||        ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15881179 attaattttttt-aattaaattcttaccattaatggaatgaaattaatg 15881132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 339 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 3491592 - 3491441
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| | |||||||| |||| || ||||    
T  3491592 aagggaaatgttaacttgtgcccttagggcaaatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgataatttattgctcaaaattttta 3491493  T
Q  439 atattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    |||||||         |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  3491492 atattaattttttc--attaaattcttaccattaatggaatgaaattaatgttt 3491441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 345 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 47588562 - 47588466
Alignment:
Q  345 aatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    |||| ||||||||||| | || |||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  47588562 aatgttaacttgtgccctaagagcacatgttaagaattctactaatagaaactatgtattgaaaattgtgttaatttattattcaaaatgtttaata 47588466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 350 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 21276709 - 21276571
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnn 449  Q
    ||||||||| | |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||    ||| ||||||||||||||        
T  21276709 taacttgtgtccttagggcacatgataagaattccactaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttatcacgcaagatgtttaatattaatttt 21276610  T
Q  450 nnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
       | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21276609 tttc-attaaattcttaccattaatagaatgaaattaatg 21276571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 339 - 489
Target Start/End: Original strand, 298194 - 298344
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || ||||||| |||||||  ||||  ||||||    
T  298194 aagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaattccactaatagtaattgtgtattggaaattgtgttaatttattactcaagttgttta 298293  T
Q  439 atattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    ||| |||         ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  298294 atactaattttttttcattaaattcttactattaatggaatgaaattaatg 298344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 368 - 443
Target Start/End: Original strand, 5198817 - 5198892
Alignment:
Q  368 cacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5198817 cacatgttaagaattctactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttattattcaaaatgtttaatatt 5198892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 384 - 492
Target Start/End: Original strand, 12521327 - 12521434
Alignment:
Q  384 tactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaa 483  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| || |||| |||||||| |||| ||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12521327 tactaatagaaattatgtattaaaaattatgttaatttattgctcaaaatgtttaatattaattttttt-aattaaattcttaccattaatagaatgaaa 12521425  T
Q  484 ttaatgttt 492  Q
    |||||||||    
T  12521426 ttaatgttt 12521434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 368 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4051749 - 4051687
Alignment:
Q  368 cacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  4051749 cacatgttaagaattctactaatagaaattatatattgaaaattgtgttaatttattattcaa 4051687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 336 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 13352407 - 13352301
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattct-actaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatg 434  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||| | |||  | ||||| ||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||    
T  13352407 aatatgggaaatgttaacttgtgcccttagggcacattttaaaatttcccattaataaaaattatgcattgaaaattgtgttaatttattgttcaaaatg 13352308  T
Q  435 tttaata 441  Q
    |||||||    
T  13352307 tttaata 13352301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 8550473 - 8550386
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattg 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||   || || |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  8550473 taagggaaatgttaacttgtgcccgtatgacatatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttattg 8550386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 344 - 484
Target Start/End: Original strand, 42596900 - 42597039
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||| | |  | |||| |||||||||| ||||||||||||  | |||||||  ||||||| |||||||| | || ||||||||||||    
T  42596900 aaatgttaacttgtgccctcatggtacatgttaagaattccactaatagaaatcatatattgaatattgtgttaatttattgcttaaaatgtttaatatt 42596999  T
Q  444 aannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaat 484  Q
    ||        ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  42597000 aattttttt-aattaaattcttaccattaatggaatgaaat 42597039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 52141657 - 52141551
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||  ||||||||| | ||||  ||||| || |||| || || |||| ||||||||||||| ||||||    
T  52141657 taagggaaatgttaacttgtgtcttaag-gcacatgataagaattccaataatgaaaattatgcattggaaattatgttaatttattgttcaaaatgttt 52141559  T
Q  438 aatattaa 445  Q
    ||||||||    
T  52141558 aatattaa 52141551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 387 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 25409699 - 25409641
Alignment:
Q  387 taatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||| || |||||||||||    
T  25409699 taatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgctcaagatatttaatattaa 25409641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 492
Target Start/End: Original strand, 48022743 - 48022860
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaa 473  Q
    ||||||||||   ||||||||||| ||||||| || ||||||| | |||||| | || ||||||| ||||||       || ||||||||||| ||||||    
T  48022743 ttaagaattcctgtaatagaaattatgtattggaaattgtgttaaattattgctaaaaatgtttagtattaatttttttca-ttaaattcttaccattaa 48022841  T
Q  474 tagaatgaaattaatgttt 492  Q
    | |||||||||||||||||    
T  48022842 tggaatgaaattaatgttt 48022860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 38788910 - 38788873
Alignment:
Q  455 attaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38788910 attaaattcttactattaatagaatgaaattaatgttt 38788873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 393 - 445
Target Start/End: Original strand, 26700930 - 26700982
Alignment:
Q  393 aaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  26700930 aaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgttcgaaaggtttaatattaa 26700982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 340 - 430
Target Start/End: Original strand, 43310338 - 43310428
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||    
T  43310338 agggaaatgctaacttgtgcctttagagcacatgttaagaattctactaatagaaattttgtattggaaattgtgttaatttattgctcaa 43310428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 342 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 36923684 - 36923581
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  36923684 ggaaatgttaatttgtgctcttagggcacatattaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttattgctcaaaatgtttaata 36923585  T
Q  442 ttaa 445  Q
    ||||    
T  36923584 ttaa 36923581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 350 - 444
Target Start/End: Original strand, 50360648 - 50360742
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatta 444  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| | ||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  50360648 taacttgtgcccttagggcacatattaagaattctactaatataaattatatattgaaaatggtgttaatttattgctcaaaatgtttaatatta 50360742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 350 - 492
Target Start/End: Original strand, 21490376 - 21490517
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnn 449  Q
    ||||||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||| | ||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||        
T  21490376 taacttgtgtccttagagcacatgttaagaattccactaatataaattatatattggaaattgtgttaatttattgttcaaaatgtttaatattaaatat 21490475  T
Q  450 nnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
         |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21490476 ttt-tattaaatttttaccattaatataatgaaattaatgttt 21490517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 337 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28451899 - 28451800
Alignment:
Q  337 ataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtt 436  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||| | ||||| || ||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  28451899 ataagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaattccactaataaaaattatatattggaaattgtgttaatttattattcaaaatgtt 28451800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 340 - 489
Target Start/End: Original strand, 972407 - 972555
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaa 439  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||  ||| || |||||||||| || ||||||||    
T  972407 agggaaatgttaacttgtgtccttagggcacatgttaagaattccactaataaaaattaggtattggaaactgtattaatttattgtttaaaatgtttaa 972506  T
Q  440 tattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    ||||||       | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  972507 tattaatttttttc-attaaattcttaccattaatgaaatgaaattaatg 972555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 336 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 37238949 - 37238797
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| | || |||||| |||||||||| | ||||||||||| | | ||| || ||||||| |||||||||| || ||||    
T  37238949 aatatgggaaatgttaacttgtgccctaagggcacatgttaagaattccattaatagaaattattttttggaaattgtgttaatttattgtttaaaatgt 37238850  T
Q  436 ttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    |||||||| |       | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  37238849 ttaatattgatatttttc-attaaattattaccattaatggaatgaaattaatg 37238797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 337 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 13863772 - 13863669
Alignment:
Q  337 ataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtt 436  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || ||||||| |||||||  ||||  ||||    
T  13863772 ataaaggaaatgttaacttgtgcc-ttagggcacatgttaagaattccactaatagtaattgtgtattggaaattgtgttaatttattactcaagttgtt 13863674  T
Q  437 taata 441  Q
    |||||    
T  13863673 taata 13863669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 7681723 - 7681616
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||| ||||||| |||||   ||||    
T  7681723 taagggaaattttaacttgtgctcttagagcatatgttatgaattctactaatagtaattgtgtattggaaattgtgttaatttattattcaagtagttt 7681624  T
Q  438 aatattaa 445  Q
    ||||||||    
T  7681623 aatattaa 7681616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 492
Target Start/End: Original strand, 28945809 - 28945967
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctt----tagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaac 431  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |    ||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||| || ||||||| |||||||| | ||     
T  28945809 aataagagaaatgttaacttgtgccctaccttagggcacatgttaagaattccactaataaaaatcatgtattggaaattgtgttaatttattgcttaaa 28945908  T
Q  432 atgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||||||||||         |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  28945909 atgtttaatattaattttttc--attaaatttttaccattaatggaatgaaattaatgttt 28945967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 342 - 445
Target Start/End: Original strand, 38773508 - 38773611
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||||| || | |||||    
T  38773508 ggaaatgttaactcgtgctcttagggcacatattaagaatttcactaatggaaattttgtcttgaaaattgcgttaatttaatgttcaaaatatctaata 38773607  T
Q  442 ttaa 445  Q
    ||||    
T  38773608 ttaa 38773611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 442
Target Start/End: Original strand, 43343643 - 43343746
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||| | |||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| |||| |||||     
T  43343643 taagagaaatgctaacttgtacctttcgagcacacggtaagaattctactaaaagaaattatgtattggaa-ttgtgttaatttattgctcaaaatgttg 43343741  T
Q  438 aatat 442  Q
    |||||    
T  43343742 aatat 43343746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 359 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 42709984 - 42709897
Alignment:
Q  359 cctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtat-tgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||  |||||| ||||| |||||||| |||| || |||||||||||    
T  42709984 cctttagagcacatattaaaaattccactaataaaaattatgtatcggaaattagtgttaatttattgatcaaaatatttaatattaa 42709897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 51981783 - 51981713
Alignment:
Q  375 taagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||| | |||| |||||| || |||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51981783 taagaattccaataatggaaattatgcattggaaattgtgttaatttattgttcaaaatgtttaatattaa 51981713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 344 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 50699891 - 50699810
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattg 425  Q
    ||||| ||| || |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  50699891 aaatgttaatttatgcccttagggcacatgttaagaattccactaatagaaatcatgtattggaaattgtgttaatttattg 50699810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 12568785 - 12568686
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||  | ||||| ||||| | ||||| || |||| || |||||||| |||| || |||||||    
T  12568785 ggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaatttcattaataaaaattatttattgtaaattgtcttaatttattgctcaaaatatttaata 12568686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 13545249 - 13545150
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||  | ||||| ||||| | ||||| || |||| || |||||||| |||| || |||||||    
T  13545249 ggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaatttcattaataaaaattatttattgtaaattgtcttaatttattgctcaaaatatttaata 13545150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 340 - 382
Target Start/End: Original strand, 43310469 - 43310511
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaatt 382  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43310469 agggaaatgctaacttgtgcctttagagcacatgttaagaatt 43310511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 340 - 445
Target Start/End: Original strand, 32227431 - 32227536
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaa 439  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  32227431 agggaaatgttaacatgtgcccttagggcatatgttaagaattctactaatagaaattatgtattgaaaattgtgttcatttattgtttaaaatgtttaa 32227530  T
Q  440 tattaa 445  Q
    ||||||    
T  32227531 tattaa 32227536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Original strand, 32656243 - 32656345
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatat 442  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||| | || || ||||||||    
T  32656243 gaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaatttcactaatagaaatcatgtattgaaacttgtgttaatttattgattaaaatatttaatat 32656342  T
Q  443 taa 445  Q
    |||    
T  32656343 taa 32656345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 342 - 492
Target Start/End: Original strand, 14776270 - 14776419
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| || || ||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||  ||||  |||||||||    
T  14776270 ggaaatgttaacttgtgccattagagcacatgttaagaattttaatattagtaattatgtattgaaaattgtgttaatttattactcaaattgtttaata 14776369  T
Q  442 ttaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||       | || ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  14776370 ttaatttttttc-atcaaattcttaccattaatgaaatgaaattaatgttt 14776419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 341 - 405
Target Start/End: Original strand, 43305459 - 43305523
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattg 405  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  43305459 gggaaatgataacttgtgtccttagggcacatgttaataattctactaatagaaattatgtattg 43305523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 399 - 489
Target Start/End: Original strand, 43305549 - 43305638
Alignment:
Q  399 tgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||       |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  43305549 tgtattggaatttgtgtttatttattgttcaaaatatttaatattaa-ttttttcaattaaattattaccattaatggaatgaaattaatg 43305638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 35327934 - 35327779
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||| |||||||  ||||  |||    
T  35327934 aataagggaaatgttaacttgtgcccttaagacacat-gtaagaattccactaatagtaattgtgtattgaaaactgtgttaatttattactcaagttgt 35327836  T
Q  436 ttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    |||||| |||       | ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||    
T  35327835 ttaatactaatttttttccattaaattcttaatattaatgaaatgaaattaatgttt 35327779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Original strand, 41766314 - 41766385
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  41766314 ttaaaaattctactaatataaattatgtattgaaaattgtgttattttattgctcaaaatgtttaatattaa 41766385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 336 - 492
Target Start/End: Original strand, 40534212 - 40534366
Alignment:
Q  336 aataagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgt 435  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||| | |||  |||||||||| |||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||||  ||||  |||    
T  40534212 aataagggaaatgttaacttgtacatttagggtacaagttaagaattccactaatcgtaattgtgtattgaaaattgtgttaatttattactcaagttgt 40534311  T
Q  436 ttaatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    |||||| |||       | ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||    
T  40534312 ttaatactaa--tttttccattaaattcttactattaatggtatgaaattaatgttt 40534366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 345 - 445
Target Start/End: Original strand, 35310195 - 35310295
Alignment:
Q  345 aatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatta 444  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||| | ||||  ||||| || |||| || || |||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  35310195 aatgttaacttgtgcccttagggcacatgataagaattccaataatgaaaattatgcattggaaattatgttaatttattgttcaaaatgtttaatatta 35310294  T
Q  445 a 445  Q
    |    
T  35310295 a 35310295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 350 - 445
Target Start/End: Original strand, 9374034 - 9374129
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||| ||||  | ||| ||||||| ||||||| || |||| || |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  9374034 taacttatgcctttagagcacatgttaaaaatttcattaacagaaattatgtattggaaattgttttaatttattgctcaaaatgtttaatattaa 9374129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 374 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 33830365 - 33830302
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  33830365 ttaagaattttactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttattgctcaaaatgttt 33830302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Original strand, 12497265 - 12497419
Alignment:
Q  338 taagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttt 437  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||||||||  |||||||||||  ||| | | || ||||||| |||||||| | || ||||||    
T  12497265 taaggaaaatgttaatttgtgcccttaggacacatgttaagaattccgctaatagaaatcatgtgtcggaaattgtgttaatttattgcttaaaatgttt 12497364  T
Q  438 aatattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||||||||         ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  12497365 aatattaattttttttcattaaattcataccattaataaaatgaaatgaatgttt 12497419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 30326177 - 30326106
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||||||  | ||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||    
T  30326177 ttaagaatttcattaagagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattactcaaaatgtttaatattaa 30326106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 385 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 8333519 - 8333475
Alignment:
Q  385 actaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttca 429  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  8333519 actaatagaaatgttgtatcgaaaattgtgttaatttattgttca 8333475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0154 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0154
Description:

Target: scaffold0154; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 339 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 36512 - 36406
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||  |||| || ||||    
T  36512 aagggaaatgttaacttgtgcccttaaagcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttatttctcaaaatattta 36413  T
Q  439 atattaa 445  Q
    |||||||    
T  36412 atattaa 36406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 367 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 8072591 - 8072513
Alignment:
Q  367 gcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8072591 gcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttatggttcaaaatgtttaatattaa 8072513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Original strand, 11257854 - 11257956
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatat 442  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||||| |||||||| | || |||||||||||    
T  11257854 gaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattataaattgtgttaatttattgcttaaaatgtttaatat 11257953  T
Q  443 taa 445  Q
    |||    
T  11257954 taa 11257956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 339 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 30069882 - 30069732
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgttta 438  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || ||||||| |||||||  ||||  ||||||    
T  30069882 aagggaaatgttaacttgtgcccttaaggcacatgttaagaattccactaatagtaattgtgtattggaaattgtgttaatttattactcaagttgttta 30069783  T
Q  439 atattaannnnnnncaattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatg 489  Q
    ||| |||       | ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  30069782 atactaacttttttccattaaattcttattattaatggaatgaaataaatg 30069732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 341 - 441
Target Start/End: Original strand, 31410866 - 31410965
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaat 440  Q
    |||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  31410866 gggaaatgttaacttgtgccctcag-gcacatattaagaattctattaatagtaattatttattggaaattgtgttaatttattgttcaaaatgtttaat 31410964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 343 - 445
Target Start/End: Original strand, 41128125 - 41128227
Alignment:
Q  343 gaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatat 442  Q
    |||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| || |||| |||||||| |||| || ||||||||    
T  41128125 gaaatgttaacttgcgccctaagggcacatattaagaattccactaatataaattatgtattgaaaattatgttaatttattgctcaaaatatttaatat 41128224  T
Q  443 taa 445  Q
    |||    
T  41128225 taa 41128227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 7107600 - 7107505
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||  |||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  7107600 taacttgtgcccttatggcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgtaaatttattgctcaaaatgttgaatattaa 7107505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 492
Target Start/End: Original strand, 6393549 - 6393687
Alignment:
Q  353 cttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaannnnnnn 452  Q
    |||||||  |||| |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||  ||| ||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||           
T  6393549 cttgtgcacttagggcacatgttaagaattctgttaatagaaattatgtataaaaaattgtgttaatttactgctcaaaatgtttaatattaatttttta 6393648  T
Q  453 caattaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  6393649 caa-taaattcttaccattaattgaatgacattaatgttt 6393687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 37456191 - 37456109
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttatt 424  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||    
T  37456191 ggaaatgctaacttgtgcccttagggcacgtgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattgtgttaatttatt 37456109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 344 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 5896173 - 5896072
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    ||||| ||||||| ||| |||  ||||||||||| ||||| | ||||||||||| | | |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  5896173 aaatgttaacttgcgcccttaaggcacatattaaaaattccattaatagaaattatttgttgaaaattgtgttaatttattgctcaaaatgtttaatatt 5896074  T
Q  444 aa 445  Q
    ||    
T  5896073 aa 5896072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 26014995 - 26014919
Alignment:
Q  369 acatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  26014995 acatattaagaataccattaatagaaattatgtattggaatttgtgttaatttattattcaaaatgtttaatgttaa 26014919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 385 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1042840 - 1042780
Alignment:
Q  385 actaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| | || ||||||||||||||    
T  1042840 actaatagaaattatgtattgaaaattgtgttaatttattgcttaaaatgtttaatattaa 1042780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 445
Target Start/End: Original strand, 40651605 - 40651709
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaa-gaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaat 440  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||||| | | ||| ||||| |||||||||| ||||  |||||||||  |||| |||||||||    
T  40651605 ggaaatgttaacttgtgcctttagggtacatgttaaagaattccattgataaaaattatgtattgaaaattgtaattatttattactcaaaatgtttaat 40651704  T
Q  441 attaa 445  Q
    |||||    
T  40651705 attaa 40651709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 445
Target Start/End: Original strand, 24991725 - 24991829
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaaga-attctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaat 440  Q
    ||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| | | ||  || ||| ||||||||||||| |  ||||||    
T  24991725 ggaaatgttaatttgtgcctttatggcacatattaaaagattctactaatagaaattatgtctcggaaactgcgttaatttattgttcaaaaaatttaat 24991824  T
Q  441 attaa 445  Q
    |||||    
T  24991825 attaa 24991829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Original strand, 16037310 - 16037381
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || |||| || |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  16037310 ttaagaattccactgatagaaattatgtatcggaaattgtattaatttattggtcaaaatgtttaatattaa 16037381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 445
Target Start/End: Original strand, 38730178 - 38730273
Alignment:
Q  350 taacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||  |||||| ||||||||||| | | | |||| ||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||||    
T  38730178 taacttgtgcctttagagtacatgttaaagattctattaatagaaattatatgtcgaaaattgcgttaatttattgttcaaaaaatttaatattaa 38730273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 444
Target Start/End: Original strand, 38869781 - 38869856
Alignment:
Q  369 acatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatta 444  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  38869781 acatgttaagaatgccactaatagaaattatgtattaaaaattgtgttaatttattgcacaaaatgtttaaaatta 38869856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 445
Target Start/End: Original strand, 21233 - 21334
Alignment:
Q  344 aaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||||| || ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21233 aaatgttaacttgtgcctttaggacacatgttaagaattccaataataaaaattatatattggaaattgtgttaatttattattcaaaatgtttaatatt 21332  T
Q  444 aa 445  Q
    ||    
T  21333 aa 21334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 342 - 445
Target Start/End: Original strand, 31767781 - 31767884
Alignment:
Q  342 ggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||| |  |||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| | || ||||||||||    
T  31767781 ggaaatgttaatttgcgcccttagagcacatgttaagaattccataaatagaaattatgcattgaaaattgtgttaatttattggtaaaaatgtttaata 31767880  T
Q  442 ttaa 445  Q
    ||||    
T  31767881 ttaa 31767884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 361 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 33972749 - 33972668
Alignment:
Q  361 tttagtgcacatattaagaattctactaata-gaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaata 441  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |  |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  33972749 tttagggcacatgttaagaattctactaataggaaattatgtattggaaatgatgttaatttattgttcaaaatgtttaata 33972668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 32785931 - 32785841
Alignment:
Q  353 cttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatatt 443  Q
    |||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || || | || |||||||| |||| || |||||||||    
T  32785931 cttgtggccttagggcacatgttaagaattccactaatagaaattatgtattggaaattattttaatttattgctcaaaatatttaatatt 32785841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 397
Target Start/End: Original strand, 154183 - 154240
Alignment:
Q  340 agggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaatt 397  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  154183 agggaaatgttaatttgcgcctttagggcacatgttaaggattccactaatagaaatt 154240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 12141757 - 12141720
Alignment:
Q  455 attaaattcttatcattaatagaatgaaattaatgttt 492  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12141757 attaaatttttatcattaatggaatgaaattaatgttt 12141720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1157 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1157
Description:

Target: scaffold1157; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 2043 - 1959
Alignment:
Q  341 gggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattg 425  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| | |||| ||||||| ||||||||    
T  2043 gggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaatgattccactaatagaaattatgtctcgaaaattgtgttaatttattg 1959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0524 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0524
Description:

Target: scaffold0524; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 374 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 1552 - 1481
Alignment:
Q  374 ttaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaacatgtttaatattaa 445  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||| | || ||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||    
T  1552 ttaagaattccattaatagaaattatgtatcggaaattgtgttaatttattgctcaaaatgtttgatattaa 1481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 430
Target Start/End: Original strand, 6672 - 6763
Alignment:
Q  339 aagggaaatgataacttgtgcctttagtgcacatattaagaattctactaatagaaattttgtattgaaatttgtgtttatttattgttcaa 430  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |  |||||||||| | | ||| || ||| ||| |||||||| ||||    
T  6672 aagggaaatgttaacttgtgcctttagagcacatgttaaggattccataaatagaaattatatcttggaaattgcgttaatttattgctcaa 6763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University