View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18168_high_1 (Length: 874)

Name: NF18168_high_1
Description: NF18168
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18168_high_1
NF18168_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (6-858)||(33344317-33345169)
chr3 (6-797)||(33319255-33320047)
chr3 (801-846)||(33319194-33319239)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 809; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 809; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 33345169 - 33344317
Alignment:
Q  6 gtggagaagcataggacatacaagcagcccatatttgtatacatcccaatgatgggtgaactccgaggcggggcttgggttgttgtcgacagccgaatca 105  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33345169 gtggagaaccttaggacatacaagcagcccatatttgtatacatcccaatgatgggtgaactccgaggcggggcttgggttgttgtcgacagccgaatca 33345070  T
Q  106 actcagaccacattgaaatgtatgccgagcgaacggctaaaggtaacgtccttgagccagaaggaatgattgagatcaaatttagaacaagagaattgtt 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33345069 actcagaccacattgaaatgtatgccgaacgaacggctaaaggtaacgtccttgagccggaaggaatgattgagatcaaatttagaacaagagaattgtt 33344970  T
Q  206 ggagtgtatgagaagacttgatcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcag 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344969 ggagtgtatgagaagacttgatcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcag 33344870  T
Q  306 cagcagattagattccgtgagaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactgcatgatacttcattaagaatgaaagcaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344869 cagcagattagattccgtgagaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactccatgatacttcattaagaatgaaagcaa 33344770  T
Q  406 agggtgtaatcagggaagttcttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344769 agggtgtaatcagggaagttcttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgt 33344670  T
Q  506 gagagatgctgctggtgaccaattgtcatatgtttctgccatgaacttactcaaagaatggtatctgaattctgatatcgccaaaggtagtgaagatgct 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  33344669 gagagatgctgctggtgaccaattgtcatatgtttctgccatgaacttgctcaaagaatggtatctgaattctgatatcgtcaaaggcagtgaagatgct 33344570  T
Q  606 tggttggacgatgaagccttcttcagatggagggatgatacagcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttga 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344569 tggttggacgatgaagccttcttcagatggagggatgatacatcatattatgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttga 33344470  T
Q  706 caaatattggcgactcggctctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaaaaacatttgttattatctagttattac 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344469 caaatattggcgactcggctctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaaaaacatttgttattatctagttattac 33344370  T
Q  806 atcaactgtttacagtttatcatttgcttcatcatgttttggaacatggttat 858  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344369 atcaactgtttacagtttatcatttgcttcatcatgttttggaacatggttat 33344317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 33320047 - 33319255
Alignment:
Q  6 gtggagaagcataggacatacaagcagcccatatttgtatacatcccaatgatgggtgaactccgaggcggggcttgggttgttgtcgacagccgaatca 105  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||| |    
T  33320047 gtggagaaccttagaacatacaagcaacccatttttgtatacatcccaatgatgggtgaactccgaggtggggcatgggttgttgctgacagtcgaataa 33319948  T
Q  106 actcagaccacattgaaatgtatgccgagcgaacggctaaaggtaacgtccttgagccagaaggaatgattgagatcaaatttagaacaagagaattgtt 205  Q
    | |||| ||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  33319947 attcaggccatattgaaacatatgctgagcgaacggctaaaggtaacgcccttgaaccggaaggaatgattgagatcaaatttagaacaggagaaatgtt 33319848  T
Q  206 ggagtgtatgagaagacttgatcaacaattgattactttgaaggaaaaactttctgaagccaagagtaacaaagactttggtgcatatgattctctgcag 305  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  33319847 ggagtgtatgagaagacttgatcagcaactgattactctgaaggaaaaactttcggaagccaagagcaacaaggactttggtacatatgattctctgcaa 33319748  T
Q  306 cagcagattagattccgtgagaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctaccaaatttgctgaactgcatgatacttcattaagaatgaaagcaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||| ||||   ||||    
T  33319747 cagcagattagattccgtgagaaacagcttttgcctttgtatactcagatagctatcaagtttgttgaactgcatgatacttccttaaaaatggctgcaa 33319648  T
Q  406 agggtgtaatcagggaagttcttgattggcgtaactcgcgttctgtcttctatcggcgactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacagtgt 505  Q
      || | ||| |  |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33319647 taggcgcaatgaaagaagttattgattggcgtgactcacgttctttcttctatcggagactgcacaggagaatcggtgagcactcactgatcaacattgt 33319548  T
Q  506 gagagatgctgctggtgaccaattgtcatatgtttctgccatgaacttactcaaagaatggtatctgaattctgatatcgccaaaggtagtgaagatgct 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33319547 gagagatgctgctggtgaccaattgacacatgtatctgccatgaacttgctcaaagaatggtatatgaattctgatatctccaaaggtagtgaagatgct 33319448  T
Q  606 tggttggacgatgaagccttcttcagatggagggatgatacagcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcgtccagagactgttgcttcagttga 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  33319447 tggttggacgatgaagccttcttcagatggaggaatgatccctcaaattacgaggataaactaaaggaattgcgcatccaaagattgttgcttcagttga 33319348  T
Q  706 caaatattggcgactcggctctagatttacaagctctacctcaaggtcttgccgcccttttaagcaaggtaaa-aaacatttgttattatcta 797  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33319347 aaaatattggtgactcggatctagatttacaagctctatctcaaggtcttgccacccttttaagtaaggtaaataaacacttgttattatcta 33319255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 801 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 33319239 - 33319194
Alignment:
Q  801 attacatcaactgtttacagtttatcatttgcttcatcatgttttg 846  Q
    ||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33319239 attacatcaaggatttacattttatcatttgcttcatcatgttttg 33319194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University