View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18173_low_2 (Length: 862)

Name: NF18173_low_2
Description: NF18173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18173_low_2
NF18173_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-844)||(51405564-51406388)
chr4 (527-558)||(13070070-13070101)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 844
Target Start/End: Original strand, 51405564 - 51406388
Alignment:
Q  18 caccattggttagtaacagtgattctgctgaacttggacctattggaagttatatggcttctcctagtttctcaacttctgcatcaatcttggtgattca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405564 caccattggttagtaacagtgattctgctgaacttggacctattggaagttatatggcttcttctagtttctcaacttctgcatcaatcttggtgattca 51405663  T
Q  118 acaatataattcaactactgatattcatcctcttgttatggaggaattggattgtcctgaagtgccagacacaccaacacgttagtgaatttaattaatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51405664 acaatataattcaactactgatattcatcctcttgttatggaggaattggattgtcctgaagtgccagacacaccaacacgttagtgaatt-aattaatg 51405762  T
Q  218 tgcatgtcatcaaaggaatgatggtggttatttatatggtttatatgtactttatgtatatataaatgaaatgaaggtgactttggaagctttcagagca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405763 tgcatgtcatcaaaggaatgatggtggttatttatatggtttatatgtactttatgtatatataaatgaaatgaaggtgactttggaagctttcagagca 51405862  T
Q  318 agactatactatactggcggaattagacactttattagtctatatccgtgacattttaaagttgttggatatttatatcgcattattgtaccccagacaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51405863 agactatactatactggcggaattagacactttattagtctatatccgtgacattttaaagttgttggatatttatatcgcattattgtaccc-agacaa 51405961  T
Q  418 tgtatggtttgaattttatatatcattgtttacaaaattcatgttttactattttattttggtgcccaaacctgttcttgcatatttcactcgtaaaagt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51405962 tgtatggtttgaattttatatatcattgtttacaaaattcatgttttactattttattttggtgcccaaacttgttcttgcatatttcactcgtaaaagt 51406061  T
Q  518 aaagagatatgaacattttctctaacactcactcttttattattatttgaaattattgtagagtcaacactttagagttgaagaaaatgtcaaaaagaga 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51406062 aaagagatatgaacattttctctaacactcactcttttattattatttgaaattattgtagagtctccactttagagttgaagaaaatgtcaaaaagaga 51406161  T
Q  618 aagagattgttgttatcatttcacatggagaaaatgaggaaatttaaatccattgaaaacctctagcatttaggttgatgtgttgactctttgtattttg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51406162 aagagattgttgttatcatttcacatggagaaaatgaggaaatttaaatccattgaaaacctctagcatataggttgatgtgttgactctttgtattttg 51406261  T
Q  718 acaactgaactcatatccattaagtgcatgcaaacacatgtctatgatgagtagagtaaaaacctgcactctagcatcgtcgcccacatgctcatgacca 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51406262 acaactgaactcatatccattaagtgcatgcaaacacatgtctatgatgagtagagtaaaaacctgcactctagcatcgtcgcccacatgctcatgacca 51406361  T
Q  818 ccacggacttcgacggacgggcatact 844  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  51406362 ccacggacttcgacggacgggcatact 51406388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 13070101 - 13070070
Alignment:
Q  527 tgaacattttctctaacactcactcttttatt 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13070101 tgaacattttctctaacactcactcttttatt 13070070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University