View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18175_low_12 (Length: 254)

Name: NF18175_low_12
Description: NF18175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18175_low_12
NF18175_low_12
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-239)||(36314320-36314561)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (1-239)||(19355716-19355951)
chr8 (1-239)||(19503747-19503982)
chr8 (18-239)||(19592336-19592554)
chr8 (5-196)||(19410976-19411164)
chr8 (1-239)||(19404949-19405184)
chr8 (18-239)||(19469220-19469438)
chr8 (18-239)||(19540144-19540362)
chr8 (1-196)||(19555236-19555428)
chr8 (1-239)||(19337696-19337925)
chr8 (1-239)||(19345361-19345596)
chr8 (1-239)||(19376821-19377056)
chr8 (139-239)||(19390951-19391051)
chr8 (5-101)||(19457995-19458091)
chr8 (5-101)||(19522987-19523083)
chr8 (1-98)||(19468410-19468507)
chr8 (1-85)||(19287915-19287999)
chr8 (1-72)||(19172660-19172731)
chr8 (1-72)||(19390793-19390864)
chr8 (139-240)||(19172498-19172599)
chr8 (9-56)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-71)||(19543267-19543337)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 36314561 - 36314320
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa-- 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  36314561 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaa 36314462  T
Q  99 -gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcg 197  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314461 agcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcg 36314362  T
Q  198 tagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314361 tagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 36314320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 19355716 - 19355951
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||      
T  19355716 ttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaaat 19355815  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
    |||   ||||||||| || |   |||| |  |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  19355816 aaa---gacaatgcaacaactactgaaggtgatgtgaattatggttatagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattccaag 19355912  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    |||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19355913 aattatacattaattttactggatgtatatactattcat 19355951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19503982 - 19503747
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||       
T  19503982 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaattgcgggaacacca--- 19503886  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
    ||  | ||||||||| || | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |    
T  19503885 aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattgcaatggattccagg 19503786  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    |||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19503785 aattttatggtaatgggactggatgtatattctattcat 19503747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 19592336 - 19592554
Alignment:
Q  18 atggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||  | ||||||||| |    
T  19592336 atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacacca---aacgtagacaatgcaac 19592432  T
Q  118 atcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttg 217  Q
    | | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  |    
T  19592433 aacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatggg 19592532  T
Q  218 actggatgtgtattctattcat 239  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  19592533 actggatgtgtattccattcat 19592554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 196
Target Start/End: Original strand, 19410976 - 19411164
Alignment:
Q  5 ggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaa 104  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||   |    
T  19410976 ggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagc---a 19411072  T
Q  105 tggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattc 196  Q
    | |||||| || || |||||||||   | || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19411073 tagacaattcaacaacatatgaattcgacgtgacttatagttacagtgattgcaagatcagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattc 19411164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 19404949 - 19405184
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||  ||||| ||||| |    
T  19404949 ttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgtttcagaggaagacgggaagaccaaac 19405048  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
    |  ||   |||||||||| |   |||| |  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  19405049 atcat---caatgcatcaactactgaaggtgatgtgaattatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattcgaag 19405145  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    || ||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19405146 aactatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19405184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19469438 - 19469220
Alignment:
Q  18 atggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||   || |||||| || |    
T  19469438 atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagc---attgacaattcaac 19469342  T
Q  118 atcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttg 217  Q
    | | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  |    
T  19469341 aacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatggg 19469242  T
Q  218 actggatgtgtattctattcat 239  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  19469241 actggatgtgtattccattcat 19469220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19540362 - 19540144
Alignment:
Q  18 atggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||   || |||||| || |    
T  19540362 atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagc---attgacaattcaac 19540266  T
Q  118 atcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttg 217  Q
    | | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  |||||  |||||||||  |    
T  19540265 aacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattgcagtgcattccaagaatattatgataatggg 19540166  T
Q  218 actggatgtgtattctattcat 239  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  19540165 actggatgtgtattccattcat 19540144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 19555428 - 19555236
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||       
T  19555428 ttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggtttcagaaaaaggcgggaagacca--- 19555332  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattc 196  Q
    || || |||||| || || | |||||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19555331 aacatagacaattcaacaacgtatgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgaaatgttggaaaaattgtagttgcaatggattc 19555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 19337696 - 19337925
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||      
T  19337696 ttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatggtgggaagaccaaat 19337795  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
    |||   ||||||||| || || |||||     ||    | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  19337796 aaa---gacaatgcaacaacagatgaa---cctg---ctaatggttacgatgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattcgaag 19337886  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    |||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19337887 aattatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19337925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 19345361 - 19345596
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  19345361 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaacc 19345460  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
        | ||| ||| | ||   | |||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||   |    
T  19345461 ---ttagactatgaaacagtgtttgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgttattgcaatggattccagg 19345557  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    |||| |||| ||||  ||||||||||  |||||||||||    
T  19345558 aattttatggtaatgggactggatgtacattctattcat 19345596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 19376821 - 19377056
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagc 100  Q
    |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||   |||| ||||       
T  19376821 ttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttcaaagaaagactggaagacca--- 19376917  T
Q  101 aaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtag 200  Q
    || || |||||||||||| |   ||||  | |||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||    
T  19376918 aacatagacaatgcatcaaccattgaacaggatgtgacttatgtttacagtgattgcaagataagatgttggagaaattgtaattgcaatggattccaag 19377017  T
Q  201 aattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 239  Q
    |||| |||   |||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19377018 aattttatcgcaatgggactggatgtatattctattcat 19377056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Original strand, 19390951 - 19391051
Alignment:
Q  139 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 238  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  19390951 ttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattccaagaattgtatgataatgggactggatgtatattctattca 19391050  T
Q  239 t 239  Q
    |    
T  19391051 t 19391051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 101
Target Start/End: Original strand, 19457995 - 19458091
Alignment:
Q  5 ggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 101  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19457995 ggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 19523083 - 19522987
Alignment:
Q  5 ggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 101  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523083 ggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 19468507 - 19468410
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 98  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  19468507 ttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggtttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Original strand, 19287915 - 19287999
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 85  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287915 ttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 19172731 - 19172660
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 72  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172731 ttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 19390793 - 19390864
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 72  Q
    |||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  19390793 ttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 19172599 - 19172498
Alignment:
Q  139 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 238  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||| |||  |||||| |||  ||||  |||||||||| |||| ||||||    
T  19172599 ttatggttacagtgattgtaagatcagttgttggagaaactgtgaatgcaatgggttccaagaattttatcgtaatgggactggatgtatattttattca 19172500  T
Q  239 tc 240  Q
    ||    
T  19172499 tc 19172498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 56
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  9 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 56  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Original strand, 19543267 - 19543337
Alignment:
Q  1 ttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 71  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543267 ttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University