View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18176_low_1 (Length: 661)
Name: NF18176_low_1
Description: NF18176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18176_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 651
Target Start/End: Original strand, 23577721 - 23578355
Alignment:
| Q |
18 |
ggaatcacatgcaaaatattaccacaaagagcgaaagcaaaccttgataacatatacacaaaatgaaaatgaacnnnnnnnn-tcatatttaagcagttg |
116 |
Q |
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23577721 |
ggaatcacatgcaaaatattaccacaaagagtgaaagcaaaccttgataacatatacacaatatgaaaatgaacaaaaaaaaatcatatttaagcagttg |
23577820 |
T |
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| Q |
117 |
aataaacatggatattctagattaaagaaaagcaaacatggacaaatgaaaaaccacaatgcagtaatacttacaaaaacttcatatttaacctagaata |
216 |
Q |
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| T |
23577821 |
aataaacatggatattctagattaaagaaaagcaaacatggacaaatgaaaaaccacaatgcagtaatacttacaaaaacttcatatttaacctagaata |
23577920 |
T |
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| Q |
217 |
agatattgacaagtttttaaattgcagtctacagtatcacattgcataaatagaaaaacaaataccatataaagcatgaagagaatggagtcttgaaact |
316 |
Q |
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| T |
23577921 |
agatattgacaagtttttaaattgcagtctacagtatcacattgcataaatagaaagacaaataccatataaagcatgaagagaatggagtcttgaaact |
23578020 |
T |
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| Q |
317 |
aaccatttccataggagagcagaaacacactcctggcaatatgcaactggaacaagtgaatgaaatagcagctgatcaacaacttctaggtcgaaggagc |
416 |
Q |
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| T |
23578021 |
aaccatttccataagagagcagaaacacactcctggcaatatgcaactggaacaagtgaatgaaatagcagctgatcaacaacttctaggtcgaaggagc |
23578120 |
T |
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| Q |
417 |
accaccagaaaacctaaacaaccatgacaaatcctgatatttcagcaactactcttcccttcctcaagggaaagtattactcagaggtcagtcgcctcct |
516 |
Q |
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23578121 |
accaccagaaaacctaaacaaccatgacaaatcctgatttttcagcaactaatcttccctacctcaagggaaagtattactcagaggtcagtcgcctcct |
23578220 |
T |
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| Q |
517 |
ctttccataatcagcatcttttgacctagaatggtgttcctcatcctgtgataatcttgatttactgtgagttctagacgatctcccccgttcccactcc |
616 |
Q |
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| T |
23578221 |
ctttccataatcagcatcttttgacctagaatggtgttcctcatcctgtgaaaatcttgatttactgtgagttctagacgatctcccccgttcccactcc |
23578320 |
T |
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| Q |
617 |
tcatcgtgctctggttcacggtctctgtacctatg |
651 |
Q |
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| T |
23578321 |
tcatcgtgctctggttcacggtctctgtacctatg |
23578355 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 651
Target Start/End: Original strand, 23587979 - 23588613
Alignment:
| Q |
18 |
ggaatcacatgcaaaatattaccacaaagagcgaaagcaaaccttgataacatatacacaaaatgaaaatgaacnnnnnnnn-tcatatttaagcagttg |
116 |
Q |
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| T |
23587979 |
ggaatcacatgcaaaatattaccacaaagagtgaaagcaaaccttgataacatatacacaatatgaaaatgaacaaaaaaaaatcatatttaagcagttg |
23588078 |
T |
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| Q |
117 |
aataaacatggatattctagattaaagaaaagcaaacatggacaaatgaaaaaccacaatgcagtaatacttacaaaaacttcatatttaacctagaata |
216 |
Q |
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| T |
23588079 |
aataaacatggatattctagattaaagaaaagcaaacatggacaaatgaaaaaccacaatgcagtaatacttacaaaaacttcatatttaacctagaata |
23588178 |
T |
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| Q |
217 |
agatattgacaagtttttaaattgcagtctacagtatcacattgcataaatagaaaaacaaataccatataaagcatgaagagaatggagtcttgaaact |
316 |
Q |
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| T |
23588179 |
agatattgacaagtttttaaattgcagtctacagtatcacattgcataaatagaaagacaaataccatataaagcatgaagagaatggagtcttgaaact |
23588278 |
T |
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| Q |
317 |
aaccatttccataggagagcagaaacacactcctggcaatatgcaactggaacaagtgaatgaaatagcagctgatcaacaacttctaggtcgaaggagc |
416 |
Q |
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| T |
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aaccatttccataagagagcagaaacacactcctggcaatatgcaactggaacaagtgaatgaaatagcagctgatcaacaacttctaggtcgaaggagc |
23588378 |
T |
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| Q |
417 |
accaccagaaaacctaaacaaccatgacaaatcctgatatttcagcaactactcttcccttcctcaagggaaagtattactcagaggtcagtcgcctcct |
516 |
Q |
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accaccagaaaacctaaacaaccatgacaaatcctgatttttcagcaactaatcttccctacctcaagggaaagtattactcagaggtcagtcgcctcct |
23588478 |
T |
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| Q |
517 |
ctttccataatcagcatcttttgacctagaatggtgttcctcatcctgtgataatcttgatttactgtgagttctagacgatctcccccgttcccactcc |
616 |
Q |
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ctttccataatcagcatcttttgacctagaatggtgttcctcatcctgtgaaaatcttgatttactgtgagttctagacgatctcccccgttcccactcc |
23588578 |
T |
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617 |
tcatcgtgctctggttcacggtctctgtacctatg |
651 |
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tcatcgtgctctggttcacggtctctgtacctatg |
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T |
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