View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18178_high_46 (Length: 438)

Name: NF18178_high_46
Description: NF18178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18178_high_46
NF18178_high_46
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-409)||(34979814-34980206)
chr1 (22-407)||(34988876-34989261)
chr1 (254-407)||(34975273-34975426)
chr1 (22-98)||(34975161-34975237)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (22-407)||(22657488-22657888)
chr3 (21-391)||(22104372-22104751)
chr3 (21-249)||(22179066-22179294)
chr3 (22-249)||(21936803-21937030)
chr3 (49-373)||(22621370-22621709)
chr3 (21-249)||(30989894-30990110)
chr3 (19-249)||(22034176-22034394)
chr3 (19-249)||(22052393-22052610)
chr3 (19-116)||(22114039-22114136)
chr3 (19-116)||(22186647-22186744)
chr3 (19-116)||(18967695-18967792)
chr3 (19-116)||(22010481-22010578)
chr3 (19-231)||(21945283-21945483)
chr3 (147-249)||(22114860-22114962)
chr3 (19-84)||(22616001-22616066)
chr3 (22-252)||(22648750-22648981)
chr3 (283-408)||(22027920-22028045)
chr3 (171-249)||(18967574-18967652)
chr3 (298-408)||(22052668-22052778)
chr3 (47-80)||(22443500-22443533)
chr3 (288-408)||(21930346-21930466)
chr3 (283-407)||(22186908-22187032)
chr3 (207-255)||(22615830-22615878)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (125-249)||(27294345-27294472)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Original strand, 34979814 - 34980206
Alignment:
Q  17 agatatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34979814 agatgtgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 34979913  T
Q  117 catatctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtggg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34979914 catatctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgagattcaagacatcaagtcagttgtttgtggg 34980013  T
Q  217 atcaaagaaagaagtcaaagatatggtttccaaatccaaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctt 316  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34980014 atcaaagaaagaagtgaaagatatggtttccaaatccaaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatggctgctt 34980113  T
Q  317 tatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtaaagcgcactgtgt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34980114 tatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtagagcgcactgtgt 34980206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 22 - 407
Target Start/End: Original strand, 34988876 - 34989261
Alignment:
Q  22 tgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcatat 121  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34988876 tgggtgaagcaggttagggaagtggcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaaccttgtgatcctggatgcatat 34988975  T
Q  122 ctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaa 221  Q
    ||| |||| ||||| || |||  || | |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34988976 ctccactccataaggttgctcgttttcccaaaactatgactcctcgccgtcaaatagcttctgagattcaagacatcaagtcagttgtttgtggaatcaa 34989075  T
Q  222 agaaagaagtcaaagatatggtttccaaatccaaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctttatac 321  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||    
T  34989076 agaaagaagtgaaagatatggtttccaaatccaaggatctagcagctttagaggaaaccaaaacgccaaatggaacgatcaacgaatggctgctttatac 34989175  T
Q  322 atcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtaaagcgcactgt 407  Q
    ||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34989176 atcgatgaagctgaagtcgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggctggtaaagggaagagtagagcgcactgt 34989261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 254 - 407
Target Start/End: Original strand, 34975273 - 34975426
Alignment:
Q  254 aaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaaga 353  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  34975273 aaggatctagcagctttagaggagtccaaaatgccaaatggcacgatccacgaatggctgctttattcatcgatgaagctgaagttgtaggctttcaaga 34975372  T
Q  354 acccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtaaagcgcactgt 407  Q
    ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34975373 acccaaaaaaatattgattgattgtttggtaaagggaagagtagagcgcactgt 34975426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 98
Target Start/End: Original strand, 34975161 - 34975237
Alignment:
Q  22 tgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagca 98  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34975161 tgggtgaagcaggttagggaagtggcttttctcatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagca 34975237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 22657888 - 22657488
Alignment:
Q  22 tgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcatat 121  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||| | |    
T  22657888 tgggtgaagcaggttagggaaatagcttttcgcatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtggggcagcaacctcgtgattcccgatgcgttt 22657789  T
Q  122 ctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaa 221  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| |   | |||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  22657788 ctctactccatgatattcctcacttgctcaaaactatgaattctcgccgtcaaatagcgttcaagattcaagagattaagtcatttgtttgtgggatcaa 22657689  T
Q  222 agaaagaagtcaaagatatggtttccaaatc---------------caaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacga 306  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||               ||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  22657688 agaaagaagtgaaagatatggtttccaaatccaaccttcttctcaacaaggatctacaagctttagaggaagccaaactgccaaatggcatgaccctcga 22657589  T
Q  307 atagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtaaagcgcactg 406  Q
    || ||||||||||||||  | ||| | ||| || |||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  22657588 atggctgctttatacattgatgaagcggaaattataggctttcaagcacccaaaaaaagattagtagattggttggtaaagggaagatcagagcgcactg 22657489  T
Q  407 t 407  Q
    |    
T  22657488 t 22657488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 391
Target Start/End: Original strand, 22104372 - 22104751
Alignment:
Q  21 atgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcata 120  Q
    ||||||||||||  ||| || || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||    
T  22104372 atgggtgaagcaacttagggtagcagcttttcgcatagaagatatcattgatgagtatatgatccatgtaggacagcagcctcgtgatcctggatgtgta 22104471  T
Q  121 tctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatca 220  Q
     || ||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  | || ||||||| |||| ||||||||  | ||||||  |||| |||||||||    
T  22104472 gctatacttgataagattgctcacttactcaaaactatgacccctcgccatcgaatagcagctgagattcaagatgttaagtcatctgttcgtgggatca 22104571  T
Q  221 aagaaagaagtcaaagatatggtttccaa--atc-------caaggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatagc 311  Q
    | ||||||||| || ||||||| ||||||   ||       |||||||| ||||| |   ||| || || ||||||||||||||||||||| ||| | ||    
T  22104572 aggaaagaagtgaacgatatggcttccaaccttcttttgaacaaggatcaagcagttcaagagaaaaccgaaatgccaaatggcacgaccctcgagttgc 22104671  T
Q  312 tgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaa 391  Q
    |||| | |||||  | ||| |||| ||||| || ||  ||| ||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22104672 tgctctttacattgaggaagctgatgttgtgggattcaaagcaccaagaaaaagattgattgattggatggtaaagggaa 22104751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Original strand, 22179066 - 22179294
Alignment:
Q  21 atgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcata 120  Q
    ||||||||||||  ||| || || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||    
T  22179066 atgggtgaagcaacttagggtagcagcttttcgcatagaagatatcattgatgattatttgatccatgttggacaacaacctcgtgatcctggatgtgta 22179165  T
Q  121 tctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatca 220  Q
     || || |  |||||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||  | || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||  |||| || ||||||    
T  22179166 gctgtatttgataagattactcacttactcaaaaccatgacccgtcgccatcgaatagcagctgagattcaagacattaagtcatctgttcgtaggatca 22179265  T
Q  221 aagaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
    | ||||||||| | | |||||| ||||||    
T  22179266 aggaaagaagtgataaatatggcttccaa 22179294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 249
Target Start/End: Original strand, 21936803 - 21937030
Alignment:
Q  22 tgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcatat 121  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| || || ||||||  ||     
T  21936803 tgggtgaagcagcttagggaagcagctttttgcatagaagatatcattgatgaatatatgatccatgtaggacagaagcctcatggtcatggatgtgtag 21936902  T
Q  122 ctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaa 221  Q
    || ||||  |||| ||| ||||||| |||| ||| |||||  |||  | || ||||||| |||| ||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||    
T  21936903 ctttacttcataatatttctcacttactcagaaccatgacctctcgccatcgaatagcagctgagattcaagacattaagtcatctgttcgtgggatcaa 21937002  T
Q  222 agaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
     ||||||||| | |||||| ||||||||    
T  21937003 ggaaagaagtgatagatatagtttccaa 21937030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 49 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 22621709 - 22621370
Alignment:
Q  49 tttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcatatctctactcaataagattcctcacttgc 148  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||  | || || |||||| ||| ||| || ||  || ||||| |||| |||  ||||||      
T  22621709 tttcgcatagaagacatcattgatgattatatgatccatgtgagacaacagcctcgtaatcttgggtgtatggctttactccataatattagtcacttag 22621610  T
Q  149 tcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaaagaaagaagtcaaagatatggtttcca 248  Q
    ||||||||||||  ||||  | || |||||| ||  | ||||||| ||| ||||||  |||   ||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||    
T  22621609 tcaaaactatgatccctcgccatcgaatagcgtccaagattcaaggcattaagtcatctgtgcatgggatcaaggaaagaagtgaaaggtatggcttcca 22621510  T
Q  249 aatccaa---------------ggatctagcagctttcgaggaatccaaaatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatct 333  Q
    |||||||               ||||| |||  |||| |||||| |||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||||||    
T  22621509 aatccaaccttctattgaacaaggatcaagccactttagaggaagccaaaaggcgaaatggcatgaccctcgaatggctgctttatatattgatgaatct 22621410  T
Q  334 gaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattg 373  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22621409 gaaattgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattg 22621370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 30990110 - 30989894
Alignment:
Q  21 atgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcata 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  | || || |||| ||||||||||||  ||    
T  30990110 atgggtgaagcaggttagggaagcagcttttcgcatagaagatatcatcgatgattatttgatccatgtgagacaacatcctcatgatcctggatgtgta 30990011  T
Q  121 tctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatca 220  Q
    ||| ||||| | ||||||            |||||| |||  |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||   |||| ||| |||||    
T  30990010 tctttactccacaagatt------------aaaactgtgatccctcgtcgtcgaatagcatctgagattcaagacattaagtcgtctgttcgtgagatca 30989923  T
Q  221 aagaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  30989922 aggaaagaagtgaaagatatggcttccaa 30989894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Original strand, 22034176 - 22034394
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgca 118  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  22034176 atatgggtgaagcaacttagggaggcagcttttcgcatagaagatatcattgatgattatttgatccagttaggacagcaacctcgagatcctggatgta 22034275  T
Q  119 tatctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggat 218  Q
    ||  | ||||  ||||            ||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| || |||||  | ||| ||  |||| |||||||    
T  22034276 tagatttacttcataa------------gctcaaaactatgatccctcgtcgtcgaatagcatctgagatacaagatgttaagacatctgttcgtgggat 22034363  T
Q  219 caaagaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
    || |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  22034364 cacagaaagaagtgaaagatatggcttccaa 22034394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Original strand, 22052393 - 22052610
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgca 118  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||  |||||||||| |    
T  22052393 atatgggtgaagcaacttagggaggcagcttttcgcatagaagatatcattgatgattatttgatccaggtaggacaacaacctcgctatcctggatgta 22052492  T
Q  119 tatctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggat 218  Q
    || || ||||  ||||            ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| | ||||||||  | ||| ||  ||||  ||||||    
T  22052493 tagctttacttcataa------------gctcaaaactatgac-cctcgtcgtcgaatagcatctaagattcaagatcttaagacatctgttcatgggat 22052579  T
Q  219 caaagaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
    || |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  22052580 cacagaaagaagtgaaagatatggcttccaa 22052610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Original strand, 22114039 - 22114136
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 116  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22114039 atatgggtgaagcaacttagggaggcagcttttcacatagaagatatcattgatgattatttgatccaggtaggacagcaacctcgagatcctggatg 22114136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Original strand, 22186647 - 22186744
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 116  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | || |||||||| |||||||||||    
T  22186647 atatgggtgaagcaacttagggaagcagcttttcacatagaagatatcattgatgattatttgatccaggtacgacaacaacctcgagatcctggatg 22186744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 18967792 - 18967695
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 116  Q
    |||||| |||||||||||| | ||| | ||||||| |||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  18967792 atatggttgaagcaggttaggaaagcatcttttcgcatagaaaacatcgttgatgattatgtgatccatgtaggccagcagccttgtgatcctggatg 18967695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Original strand, 22010481 - 22010578
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatg 116  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | || |||||| | |||||||||||    
T  22010481 atatgggtgaagcaacttagggaagcagcttttcacatagaagatatcattgatgattatttgatccaggtacgacaacaaccttgagatcctggatg 22010578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 231
Target Start/End: Original strand, 21945283 - 21945483
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgca 118  Q
    ||||||||||||||  ||| ||  | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||  |||||||||| |    
T  21945283 atatgggtgaagcaacttagggtggcagcttttcgcatagaagatatcattgatgattatttgatccaggtaggacaacgacctcgctatcctggatgta 21945382  T
Q  119 tatctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggat 218  Q
    || || ||||   |||            ||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||||  |||| |||||||    
T  21945383 tagctttacttcttaa------------gctcaaaactatgatccctcgtcgtcgaatagcatctgagattcaagatgttaagtcatatgttcgtgggat 21945470  T
Q  219 caaagaaagaagt 231  Q
    ||| |||||||||    
T  21945471 caaggaaagaagt 21945483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 147 - 249
Target Start/End: Original strand, 22114860 - 22114962
Alignment:
Q  147 gctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaaagaaagaagtcaaagatatggtttc 246  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| || |||||  | ||| ||  |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  22114860 gctcaaaactatgatccctcgtcgtcgaatagcatctgagatacaagattttaagacatctgttcgtgggatcacagaaagaagtgaaagatatggcttc 22114959  T
Q  247 caa 249  Q
    |||    
T  22114960 caa 22114962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 22616066 - 22616001
Alignment:
Q  19 atatgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaagatgtcattgatgattatatgatc 84  Q
    ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  22616066 atatgggtgaagcaggtgataggagtagcttttcgtatagaagatatcatagatgaatatatgatc 22616001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22648981 - 22648750
Alignment:
Q  22 tgggtgaagcaggttacggaagtagcttttcgtatagaa-gatgtcattgatgattatatgatccatgtagggcagcaacctcgtgatcctggatgcata 120  Q
    |||||||||||  |||  |||| |||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||| || | |  ||||| ||||||||||  |||||  ||    
T  22648981 tgggtgaagcaacttagagaagcagctttccgcatagaaagatatcattgatgattatatgatctatatggaacagcagcctcgtgatctcggatgtcta 22648882  T
Q  121 tctctactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatca 220  Q
     || ||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||    ||  | |||||| ||||| || ||||||||||| |||| | || || |||| ||||    
T  22648881 gctttactccataagattgcttacttactcaaaacaatgaaagatcgccatcaaattgcatccgagattcaagacattaagttatttattcgtggaatca 22648782  T
Q  221 aagaaagaagtcaaagatatggtttccaaatc 252  Q
    | |||| ||| || |||||||  |||||||||    
T  22648781 aggaaaaaagccacagatatgagttccaaatc 22648750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 408
Target Start/End: Original strand, 22027920 - 22028045
Alignment:
Q  283 aatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttgg 382  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| | |||||| | |||||| | ||| |||| ||||| || ||| |||  || | ||| ||||||| |||||||||||    
T  22027920 aatgccaaatggaacgaccctcgagtggctgctctttacatcgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgactgattggttgg 22028019  T
Q  383 taaagggaagagtaaagcgcactgtg 408  Q
    || ||||||| | | |||||||||||    
T  22028020 tacagggaagggaagagcgcactgtg 22028045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 171 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18967652 - 18967574
Alignment:
Q  171 tcaaatagcatctgaaattcaagacatcaagtcagttgtttgtgggatcaaagaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||  ||||||| ||||||| ||||||||| | | |||||| ||||||    
T  18967652 tcaaatagcatatgagattcgagacattaagtcatatgtttgtcggatcaaggaaagaagtgacaaatatggcttccaa 18967574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 298 - 408
Target Start/End: Original strand, 22052668 - 22052778
Alignment:
Q  298 gacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaagggaagagtaa 397  Q
    ||||| ||| | |||||| | ||| |||| ||| |||| ||||| || ||| ||| ||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |     
T  22052668 gaccctcgagtggctgctctttacgtcaaggaagctgaggttgtgggatttgaagtaccaagaaaaagattgattgattggatggtaaagggaagggaag 22052767  T
Q  398 agcgcactgtg 408  Q
    |||||||||||    
T  22052768 agcgcactgtg 22052778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 22443533 - 22443500
Alignment:
Q  47 cttttcgtatagaagatgtcattgatgattatat 80  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22443533 cttttcatatagaagatgtcattgatgattatat 22443500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 408
Target Start/End: Original strand, 21930346 - 21930466
Alignment:
Q  288 caaatggcacgacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttggtaaag 387  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||| | ||| || | ||| |||| ||||| || ||| ||| ||| | ||| | ||||||||||||| ||||| ||    
T  21930346 caaatggcacgaccctcgagtggctgctctgtacgtcgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcaccaagaaaaatattgattgattggatggtacag 21930445  T
Q  388 ggaagagtaaagcgcactgtg 408  Q
    ||||| | | |||||||||||    
T  21930446 ggaagggaagagcgcactgtg 21930466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 407
Target Start/End: Original strand, 22186908 - 22187032
Alignment:
Q  283 aatgccaaatggcacgacccacgaatagctgctttatacatcaacgaatctgaagttgtaggctttcaagaacccaaaaatagattgattgattggttgg 382  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| | |||||| | |||||| | ||| |||| ||||| || ||| |||  || | ||| ||||||||||| ||| |||    
T  22186908 aatgccgaatggaacgaccctcgagtggctgctctttacatcgaggaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgagtggatgg 22187007  T
Q  383 taaagggaagagtaaagcgcactgt 407  Q
    |||||||||| | | ||||||||||    
T  22187008 taaagggaagggaagagcgcactgt 22187032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 207 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 22615878 - 22615830
Alignment:
Q  207 tgtttgtgggatcaaagaaagaagtcaaagatatggtttccaaatccaa 255  Q
    |||||||  |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  22615878 tgtttgtatgatcaaggaaagaagtgaaagatatggcttccaaatccaa 22615830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 249
Target Start/End: Original strand, 27294345 - 27294472
Alignment:
Q  125 tactcaataagattcctcacttgctcaaaactatgactcctcttcgtcaaatagcatctgaaattcaagacatcaag---tcagttgtttgtgggatcaa 221  Q
    ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||   |||  | || | ||||||||    
T  27294345 tactccataagattggtcactttctcaaaactatgatccctctccatcaaatagcatatgaaattcaagacatgaagtgatcacctattcgcgggatcaa 27294444  T
Q  222 agaaagaagtcaaagatatggtttccaa 249  Q
     ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  27294445 ggaaagaagtgaaagatatggcttccaa 27294472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University