View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18178_high_6 (Length: 712)

Name: NF18178_high_6
Description: NF18178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18178_high_6
NF18178_high_6
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-702)||(50110238-50110921)
chr1 (502-702)||(50120744-50120944)
chr1 (52-439)||(50120288-50120675)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-702)||(23933881-23934564)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 702
Target Start/End: Original strand, 50110238 - 50110921
Alignment:
Q  19 aatccacctattgcaaagctcttcagtgggttgtggatagaaaccacatatatctgaaccaaccattggcacaccaaatattccaaaattcagcatagta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110238 aatccacctattgcaaagctcttcagtgggttgtggatagaaaccacatatatctgaaccaaccattggcacaccaaatattccaaaattcagcatagta 50110337  T
Q  119 gatattgagtatctcaagttctcccatgtaccctgattgtcacctgtccaatgtgctgcatatttgccagaaccaacataagtagagcgggtcaaaataa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110338 gatattgagtatctcaagttctcccatgtaccctgattgtcacctgtccaatgtgctgcatatttgccagaaccaacataagtagagcgggtcaaaataa 50110437  T
Q  219 aaggcctttttccttgaagcccttgaagggccttgtgagttgcaatggtttgagaaaaaccataaatactatgagcatcatattccaaaatgccattata 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110438 aaggcctttttccttgaagcccttgaagggccttgtgagttgcaatggtttgagaaaaaccataaatactatgagcatcatattccaaaatgccattata 50110537  T
Q  319 gtggactgcacttgtggctatagttttgaaacctataggagcttgtaatcctgaagcattaattttatagggaggatcatcccaccgtgtgcttgtgatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110538 gtggactgcacttgtggctatagttttgaaaccaataggagcttgtaatcctgaagcattaattttgtagggaggatcatcccaccgtgtgcttgtgatg 50110637  T
Q  419 tttttgcaatctaagcaacatacccaaccaggtcctgttccactggggcacacctttcctgtaggaattgtgcacttaccagagcaaaaatttgaagctt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110638 tttttgcaatctaagcaacatacccaaccaggtcctgttccactggggcacacctttcctgtaggaattgtgcacttaccagagcaaaaatttgaagctt 50110737  T
Q  519 cattcatgtcaatccataagccatcaactgggacaagttcatggaagcggcgaatctcatcaccccaccaagaaactgttttaggattgagaaaatcagg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110738 cattcatgtcaatccataagccatcaactgggacaagttcatggaagcggcgaatctcatcaccccaccaagaaactgttttaggattgagaaaatcagg 50110837  T
Q  619 aaagtacactgctcccggccaaacttgtgccatgaatggttcaccctcatgcttgataaaaacatcattagccatacccctttg 702  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50110838 aaagtacactgctcctggccaaacttgtgccaagaatggttcaccctcatgcttgataaaaacatcattagccatacccctttg 50110921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 502 - 702
Target Start/End: Original strand, 50120744 - 50120944
Alignment:
Q  502 gcaaaaatttgaagcttcattcatgtcaatccataagccatcaactgggacaagttcatggaagcggcgaatctcatcaccccaccaagaaactgtttta 601  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  50120744 gcaaaaatttgaaacttcattcatgtcaatccataatccatcaataggaacaagttcatggaagcggcgaatttcatcggcccaccaagaaactgtttta 50120843  T
Q  602 ggattgagaaaatcaggaaagtacactgctcccggccaaacttgtgccatgaatggttcaccctcatgcttgataaaaacatcattagccataccccttt 701  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50120844 ggattgagaaaatcaggaaagtaaacagcccctggccaaaccatagccatgaatggttcaccttcatacttgataaaaacatcattagccataccccttt 50120943  T
Q  702 g 702  Q
    |    
T  50120944 g 50120944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 52 - 439
Target Start/End: Original strand, 50120288 - 50120675
Alignment:
Q  52 tggatagaaaccacatatatctgaaccaaccattggcacaccaaatattccaaaattcagcatagtagatattgagtatctcaagttctcccatgtaccc 151  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||| || || || |||||||| |  ||||| || | ||||||||| ||     
T  50120288 tggatagaaaccacatatatctgccccaaccattggcatgccaaatattccaaagttgaggatggtagatatagtatatcttaaatcctcccatgttcct 50120387  T
Q  152 tgattgtcacctgtccaatgtgctgcatatttgccagaaccaacataagtagagcgggtcaaaataaaaggcctttttccttgaagcccttgaagggcct 251  Q
    |  ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || | |||||  || || ||||| ||||||||  |   ||| ||||    
T  50120388 ttgttgtcacctgtccaatgagcagcatatttgcctgatcctacataagtcgaacgagacaaaacgaatggtcttttaccttgaagttcggaaagtgcct 50120487  T
Q  252 tgtgagttgcaatggtttgagaaaaaccataaatactatgagcatcatattccaaaatgccattatagtggactgcacttgtggctatagttttgaaacc 351  Q
    |||| |||||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  50120488 tgtgtgttgcaatggcttcagagaaaccaaaaagactatgagcatcatattccaacacaccattataatgaactgcactagtggctatagttttgtaccc 50120587  T
Q  352 tatagg-agcttgtaatcctgaagcattaattttatagggaggatcatcccaccgtgtgcttgtgatgtttttgcaatctaagcaacat 439  Q
    ||| || | || ||  |||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  50120588 tattggaatctcgt-ttcctgaagcattgattttgtaaggaggatcatcccatcttgtgcttgtgatgtttgtacaatctaagcaacat 50120675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 23934564 - 23933881
Alignment:
Q  19 aatccacctattgcaaagctcttcagtgggttgtggatagaaaccacatatatctgaaccaaccattggcacaccaaatattccaaaattcagcatagta 118  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||     
T  23934564 aatccatctattgcatagttcttcagttggttgtgggtaaaatccacatatgtcagaaccaaccattggaacaccaaatataccgaaattcaacattgtg 23934465  T
Q  119 gatattgagtatctcaagttctcccatgtaccctgattgtcacctgtccaatgtgctgcatatttgccagaaccaacataagtagagcgggtcaaaataa 218  Q
    |||||||| || || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || | ||||||||    
T  23934464 gatattgaataccttaaattctcccatgttccttgattgtcaccggtccaatgtgcagcatatttgcccgaaccaacataagtggaccgcgacaaaataa 23934365  T
Q  219 aaggcctttttccttgaagcccttgaagggccttgtgagttgcaatggtttgagaaaaaccataaatactatgagcatcatattccaaaatgccattata 318  Q
    |||||||||| |||| ||| ||  ||||  ||||||||||||| | || ||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  || |||||    
T  23934364 aaggccttttgccttcaagtccaagaagacccttgtgagttgcgacggattgcgagaaaccatagatactatgagcatcatactccaagacaccgttata 23934265  T
Q  319 gtggactgcacttgtggctatagttttgaaacctataggagcttgtaatcctgaagcattaattttatagggaggatcatcccaccgtgtgcttgtgatg 418  Q
    ||||  |||||| |||||||| |||||| | || || |||||||| | ||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||| | |||  | ||||||    
T  23934264 gtgggttgcactggtggctattgttttgtatccgattggagcttgaattcccgaagcgttgattttgtaaggaggatcgtcccatcttgttttggtgatg 23934165  T
Q  419 tttttgcaatctaagcaacatacccaaccaggtcctgttccactggggcaca-cctttcctgtaggaattgtgcacttaccagagcaaaaatttgaagct 517  Q
    || ||||| || |||||||||| ||| || |||||||||||| | || || | | | | || | |||||| |||| |||||||| || ||||||||||||    
T  23934164 ttcttgcagtccaagcaacatatccatcctggtcctgttccattcggacatatcgtgttct-tgggaattttgcatttaccagaacagaaatttgaagct 23934066  T
Q  518 tcattcatgtcaatccataagccatcaactgggacaagttcatggaagcggcgaatctcatcaccccaccaagaaactgttttaggattgagaaaatcag 617  Q
    || |||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||   || || || ||||||||||||||||    
T  23934065 tcgttcatgtcaatccataggccgtcaacaggtacgagttcatggaagcggcggatctcgtcgacccaccaatttacagtctttggattgagaaaatcag 23933966  T
Q  618 gaaagtacactgctcccggccaaacttgtgccatgaatggttcaccctcatgcttgataaaaacatcattagccatacccctttg 702  Q
    ||||||  || || || ||||| ||||| |||| ||| ||||| || || | |||||| |||||||| || || | |||||||||    
T  23933965 gaaagtttaccgcccctggccacacttgagccaagaaaggttcgccttcgtacttgatgaaaacatcgttggctaaacccctttg 23933881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University