View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18178_high_65 (Length: 373)

Name: NF18178_high_65
Description: NF18178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18178_high_65
NF18178_high_65
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (20-350)||(13446971-13447301)
chr5 (20-350)||(13419420-13419750)
chr5 (20-350)||(13426311-13426641)
chr5 (25-350)||(13413075-13413400)
chr5 (20-333)||(13388997-13389310)
chr5 (185-350)||(13453924-13454089)
chr5 (178-344)||(13393562-13393728)
chr5 (20-333)||(13385176-13385489)
chr5 (22-131)||(13454143-13454252)
chr5 (168-332)||(13378976-13379140)
chr5 (168-333)||(13373179-13373344)
chr5 (20-93)||(13393404-13393477)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (165-350)||(47601242-47601427)
chr4 (22-110)||(47601482-47601570)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (168-320)||(28430528-28430680)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13447301 - 13446971
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13447301 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgcgaaaattgtgccgacgatat 13447202  T
Q  120 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447201 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 13447102  T
Q  220 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggac 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13447101 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggac 13447002  T
Q  320 tcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447001 tcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 13446971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 20 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13419750 - 13419420
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatat 119  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| |    
T  13419750 aggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagttggtgtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatct 13419651  T
Q  120 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 219  Q
    ||||||||||||| | | || |||    ||||    ||  |||| ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13419650 tgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtgatggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgag 13419551  T
Q  220 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggac 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  13419550 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaac 13419451  T
Q  320 tcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13419450 tcgacaagcctggtatgaatataggtgttgt 13419420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13426641 - 13426311
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatat 119  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |    
T  13426641 aggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagtaggagtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatct 13426542  T
Q  120 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 219  Q
    ||||||||||||| || || | ||    ||||    || ||||| |||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  13426541 tgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtgatggcagcgtcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgag 13426442  T
Q  220 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggac 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||    
T  13426441 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaac 13426342  T
Q  320 tcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13426341 tcgacaagcctggtatgaatataggcgttgt 13426311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13413400 - 13413075
Alignment:
Q  25 ggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgaga 124  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| || ||||||||||||| || ||  || |||||   ||| || ||||||    
T  13413400 ggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgaga 13413301  T
Q  125 attactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactt 224  Q
    |||||||| |||||| |      ||||    ||  |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413300 attactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactt 13413201  T
Q  225 tgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgac 324  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||  ||||||||||||     
T  13413200 tgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgat 13413101  T
Q  325 aagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||||    
T  13413100 aagcctggtttacatataggtgttgt 13413075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 333
Target Start/End: Original strand, 13388997 - 13389310
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatat 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||| || |    
T  13388997 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaatct 13389096  T
Q  120 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 219  Q
    ||| ||||||||  ||| || ||||   ||||    ||  |||| ||| ||||| || | ||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| |||    
T  13389097 tgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgcagatgag 13389196  T
Q  220 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggac 319  Q
     |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  13389197 aacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggac 13389296  T
Q  320 tcgacaagcctggt 333  Q
    |||| || ||||||    
T  13389297 tcgataaacctggt 13389310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 13454089 - 13453924
Alignment:
Q  185 atggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctgg 284  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||||||  || | |||||| ||||| |||||    
T  13454089 atggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgg 13453990  T
Q  285 agtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
      | || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  13453989 gataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgt 13453924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 344
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393728
Alignment:
Q  178 atcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttcttt 277  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |||||   ||| | |||||| ||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  278 gcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatatagg 344  Q
    | || ||  | || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatatagg 13393728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 333
Target Start/End: Original strand, 13385176 - 13385489
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatat 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| || ||| |||||||||  ||| || |    
T  13385176 aggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacataattgattcatgtcgatcgtgtcaaaattgtgttgacaatct 13385275  T
Q  120 tgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgag 219  Q
    ||| ||||||||| ||  ||| |||   ||| |   ||| | |  ||||||||| || |||||  | |||||||  || |||||| ||||||  |  |||    
T  13385276 tgaaaattactgccccgcatacactactacagttggtggcatgcatcgtgatggaaccatcacacacggaggttattctgactcattggttgtggctgag 13385375  T
Q  220 cactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggac 319  Q
     |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| | |||||||    
T  13385376 aacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggac 13385475  T
Q  320 tcgacaagcctggt 333  Q
    ||||||| ||||||    
T  13385476 tcgacaaacctggt 13385489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 13454252 - 13454143
Alignment:
Q  22 gtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattg 121  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| ||||  || ||| |||||||||  ||  || |||    
T  13454252 gtgggaagcaaagtgaaaaagttcaaagttggagacagagtaggtgtgggatgcttggttgattcttgtcactcatgtcaaaattgtgttgataatcttg 13454153  T
Q  122 agaattactg 131  Q
    ||||||||||    
T  13454152 agaattactg 13454143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 13379140 - 13378976
Alignment:
Q  168 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 267  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| |    
T  13379140 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 13379041  T
Q  268 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctgg 332  Q
    ||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  | | |||||||||| | ||||| |||||    
T  13379040 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctgg 13378976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 13373344 - 13373179
Alignment:
Q  168 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 267  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | ||||||||  |||| ||||| ||||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
T  13373344 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 13373245  T
Q  268 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggt 333  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||| ||||| ||| | | | ||||||||||  |||||||||||    
T  13373244 cctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggt 13373179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 93
Target Start/End: Original strand, 13393404 - 13393477
Alignment:
Q  20 aggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgt 93  Q
    |||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||| | | |||||||| ||||||    
T  13393404 aggtaggaagcaaagtagagaagttcaaaattggagacaaagtgggtgtgggatgcttagttgattcgtgtcgt 13393477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 165 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 47601427 - 47601242
Alignment:
Q  165 tcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgcc 264  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | |     
T  47601427 tcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctact 47601328  T
Q  265 ggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgt 350  Q
    | |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||    
T  47601327 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgt 47601242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 47601570 - 47601482
Alignment:
Q  22 gtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgc 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || || | |||| | ||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  47601570 gtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagacaaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgc 47601482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 320
Target Start/End: Original strand, 28430528 - 28430680
Alignment:
Q  168 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 267  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||  | |||||   |||||||||  |||||||  ||||| |||||||||||| ||| | |    
T  28430528 tgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatgctgcagct 28430627  T
Q  268 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggact 320  Q
    ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||| | | | ||||||||||    
T  28430628 cctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggact 28430680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University