View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18178_low_8 (Length: 699)

Name: NF18178_low_8
Description: NF18178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18178_low_8
NF18178_low_8
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (31-681)||(5853904-5854563)
chr4 (12-460)||(5551831-5552279)
chr4 (29-679)||(5887147-5887797)
chr4 (19-679)||(5895992-5896658)
chr4 (21-679)||(5848931-5849583)
chr4 (494-681)||(5552284-5552470)
chr4 (28-547)||(3747594-3748113)
chr4 (21-650)||(5557605-5558234)
chr4 (182-679)||(5612364-5612861)
chr4 (238-679)||(5856955-5857396)
chr4 (238-679)||(5604302-5604746)
chr4 (242-550)||(5563620-5563928)
chr4 (489-675)||(6030992-6031179)
chr4 (585-679)||(5540213-5540307)
chr4 (28-141)||(5563397-5563510)
chr4 (31-140)||(5856751-5856860)
chr4 (607-679)||(5572076-5572148)
chr4 (21-115)||(5612206-5612300)
chr4 (607-671)||(5584291-5584355)
chr4 (21-108)||(5604088-5604175)
chr4 (16-70)||(5890816-5890870)
chr4 (21-107)||(5572654-5572740)
chr4 (21-107)||(5584861-5584947)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-68)||(1481830-1481877)
chr8 (585-661)||(1482382-1482458)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 5854563 - 5853904
Alignment:
Q  31 ccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagatt-----gctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtcacact 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     | ||||||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||| |||||| |    
T  5854563 ccttcgaaatgattggatgagaaatcaatcgctgtgaagattatattgttagaattttaaccaacttcatctcctgacctttattggaaactgtcacagt 5854464  T
Q  126 atcctaatagtatgagcaatctttgtttcgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcgaagtatttt 225  Q
    ||||| ||| |||| | | ||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  5854463 atcctgataatatgtgtagtctttctttagcgtgtggatgaagtctgatataacatcatcttcatcttgca--attctatcccatgttgcgaagtatttt 5854366  T
Q  226 tattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccat 325  Q
    | |||||  || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  5854365 tcttgtagttttccattgaaattgttgaaagcaatgtccacaatctgaatcattttctaatgcttatctgcttgtgaatgtgaacattccatggatccat 5854266  T
Q  326 gaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtcta--aa 423  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |     
T  5854265 gaaacttgttattccgcaaaaccaagacactaagattttgtatgttttttaaaaagcaaggaaagccaccaaaaatttgatttgatccaatgtctaacac 5854166  T
Q  424 acctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaaca 523  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  5854165 acctttaatgatgagcagtgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtcctcgcaacacaagaagcaggaaaca 5854066  T
Q  524 tatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagcc----attgtcattaaacattcgggcattgttccagaaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  5854065 tatctggtatagagccagtgagattgtttttactcaaatttatgacctaaatggtaccagccattaattgtcattaaacatgcgggaattgttccaaaaa 5853966  T
Q  620 ttttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgagggaaa 681  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5853965 ttttattaatggaaagatcaagtacttgaagatttgaagcattgcagaggaaatgagggaaa 5853904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 5551831 - 5552279
Alignment:
Q  12 cagaacctgtggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaata 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5551831 cagaacctgtggtattggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaacaaacttcatttgctgacctttaata 5551930  T
Q  112 gaaaccgtcacactatcctaatagtatgagcaatctttgtttcgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatg 211  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5551931 gaaactgtcacactatcctgatagtatgagcagtctttgtttcgcgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccaag 5552030  T
Q  212 ttgcgaagtatttttattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaaca 311  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5552031 ttgcgaagtatttttcttgtaacttaccattgaaattgttgcaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgcttgtgaatgtgaaca 5552130  T
Q  312 ttctatggttccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  5552131 ttctatggttccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgtattttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgggttgat 5552230  T
Q  412 ccaatgtctaaaacctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaa 460  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5552231 ccaatgtctaacacctttaatgatgagcagtgggaaagagacttcggaa 5552279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 29 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5887797 - 5887147
Alignment:
Q  29 gtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtcacactatc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |  |||| | ||  ||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  5887797 gtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtaaagattgttagaattttatcatacttaagttcttgacctttattggaaactgtcacactatc 5887698  T
Q  129 ctaatagtatgagcaatctttgtttcgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcgaagtatttttat 228  Q
     |  || |||||| |    ||   ||   | ||||||||||||| | | | |||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |    
T  5887697 ttggtaatatgagaagaagttaaatctcatatggatgaagtctgatttcaaatcgttttcatcttgcatcattctttcccatgttgtgaaatatttttct 5887598  T
Q  229 tgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatgaa 328  Q
     |||  || |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |  | | |||| ||||||||||||||  |||||||    
T  5887597 ggtatttttccattgaaattgttgaaagcaatgtccacaatttgaatcattttccaaggcttattttctagagaatctgaacattctatggaaccatgaa 5887498  T
Q  329 acttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacctt 428  Q
    | || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  5887497 atttattgtttcgcaaaaccaagacactaagtgttggtatgtttttcaaaaagcatggaaaaccaccaacaatttgatttgatccaatgtccaatacctt 5887398  T
Q  429 taatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatct 528  Q
    ||| |||||||| | ||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| || ||||||||  ||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  5887397 taacgatgagcagttggagagagacttgggaatcggcccatgtaagagatttccatggaagttcaaagagcttgcaacacaagaagttggaaacatatct 5887298  T
Q  529 ggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaa 628  Q
    ||||||| |||| | |||||||  || ||||||||||   ||||||  |||| || |||||| ||||||||    |  |||||||| || || || || |    
T  5887297 ggtatagtgccatttagattgttattcctcaaatttaatgcctcaagggtactagtcattgtaattaaacaaggagaaattgttcctgagatgttgttga 5887198  T
Q  629 tggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
     |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  5887197 aggaaagatcaagcacttgcagatatgaagcattgcaaagggaatcaggga 5887147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5896658 - 5895992
Alignment:
Q  19 tgtggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccg 118  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| |||    ||||||||| ||||||  |    
T  5896658 tgtggtattggtccttcgaaatgatttgatgagaaatcaatggctgtaaagattgttaaaattttaagcaactgcatcacttgacctttagtagaaattg 5896559  T
Q  119 tcacactatcctaatagtatgagcaatctttgttt---cgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgc 215  Q
    |||||||||||| ||| |||| | | ||| |  ||   |  |||||||| ||||||| || |||||    |||||| | | ||||| | |||||||||||    
T  5896558 tcacactatcctgataatatgtgtagtctgtcctttcccccgtgtggataaagtctgatagaacattgttttcatcattcttcattttttcccatgttgc 5896459  T
Q  216 gaagtatttttattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtga---atgtgaacat 312  Q
     |||||||||| |||||  || || ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |  | ||||   ||||||||||    
T  5896458 aaagtatttttcttgtagttttccgttgaaattgttgaaagcaatgtccacaatttgaatcattttccaaggcttattttctagtgaatgatgtgaacat 5896359  T
Q  313 tctatggttccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatc 412  Q
    |||||||  |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |  || |||||||| |||| ||  |||||||||||||    
T  5896358 tctatggaaccatgaagtttgttgttccgcaaaaccaatacactaagtgttggtatattcttcacgaagcatggaaaaccaccaactatttgatttgatc 5896259  T
Q  413 caatgtctaaaacctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaaga 512  Q
    ||||||| || | |||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||  |||||||||||| |||| |||| || ||||||||  ||| ||||||||||    
T  5896258 caatgtccaatagctttaacgatgagcagtgggagagggacttgggaattggcccatgtaagagatttccatggaagttcaaagagcttgcaacacaaga 5896159  T
Q  513 agcaggaaacatatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgtt 612  Q
    ||  ||||||||||||||||| |||| | | |||||||  || ||||||||||   ||| ||  |||| || |||||| |||||||||   || ||||||    
T  5896158 agttggaaacatatctggtatggagctatttagattgttattcctcaaatttaatgcctgaagggtactagtcattgtgattaaacatggaggaattgtt 5896059  T
Q  613 ccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
    |||||||| || || | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5896058 ccagaaatgttgttgaaggaaatatcaagcacttgaagatttgaagctttgaagagggaatgaggga 5895992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5849583 - 5848931
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtc 120  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||  || |||| ||||  ||||||||| | ||||| |||    
T  5849583 tggtattggtccttcgaaatgattggatgagaaatcaatggctgtaaagatttttagaattttttcctacttaattttttgacctttattggaaacggtc 5849484  T
Q  121 acactatcctaatagtatgagcaatctttgtttcg--tg-tgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcga 217  Q
    |||||||| |  || |||||| ||   || ||||   || ||| ||||||||||| ||||  ||||  |||||| ||||||||||| ||||||||   ||    
T  5849483 acactatcttggtaatatgagtaaaagttctttcccatgctgtagatgaagtctgatatagaatcattttcatcatgcatcattctttcccatgtcatga 5849384  T
Q  218 agtatttttattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctat 317  Q
    | ||||||| | |||  || |||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||    
T  5849383 aatatttttctggtatttttccattgaaattgttcaaagcaatgtccacaatttgaatcattttccaaggcttattttctagtgaatgtgaacattctat 5849284  T
Q  318 ggttccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatg 417  Q
    ||  ||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  5849283 ggaaccatgcaatctattgttccgcaaaaccaagacactaagtgttggtatgtgtttcaaaaagcatggaaaaccaccaacaatttgatttgatccaatg 5849184  T
Q  418 tctaaaacctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcag 517  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||  ||| || ||||         |||||||||||||  |    
T  5849183 tccaatacctttaatgatgagcagtgggagagagacttgggaatcggcccatgtaagagatttgcatggaagttc---------acaacacaagaagttg 5849093  T
Q  518 gaaacatatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgttccaga 617  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||  || ||||||||||   ||||||   ||| || |||||| |||||||||   |  ||||||||  |    
T  5849092 gaaacgtatctggtatagaaccatttagattgttattcctcaaatttaatgcctcaaggatactagtcattgtgattaaacatggagaaattgttcctaa 5848993  T
Q  618 aattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
     || || || | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5848992 gatgttgttgaaggaaagatcaagcactagaagatttgaagctttgcagagggaatgaggga 5848931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 494 - 681
Target Start/End: Original strand, 5552284 - 5552470
Alignment:
Q  494 aagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcat 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5552284 aagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagaaccagtgagattgtttttactcaaatttataacctcaattgtaacagccattgtcat 5552383  T
Q  594 taaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgagggaaa 681  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5552384 taaacatgcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcaga-ggaatgagggaaa 5552470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 28 - 547
Target Start/End: Original strand, 3747594 - 3748113
Alignment:
Q  28 ggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtcacactat 127  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  3747594 ggtccttcaaaatgattcgatgagaaatcaatggctgtgaagattgttagaattttaacaaactccatatcttgacctttattggaaaccgtcacactat 3747693  T
Q  128 cctaatagtatgagcaatctttgtttcgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcgaagtattttta 227  Q
    | | ||| |||| |     |   |    |||  |||| || || | || | |||||  |||||| ||||||||||| ||||||| || ||| |||||||     
T  3747694 catgataatatgggttgaatgcctccactgtcgggataaattccgatacatcatcatgttcatcatgcatcattctttcccatgctgtgaaatatttttc 3747793  T
Q  228 ttgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatga 327  Q
       ||  || |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||||| || ||  |||||     
T  3747794 agatagttttccattgaaattgttgaaagcaatgtccacaatttgaatcattttccaaggcttatttgctagtgaaagtgaacattttacggaaccatgg 3747893  T
Q  328 aacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacct 427  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||||||| | || ||  ||||||||||||||||| || || | ||    
T  3747894 aatttgttgttccgcaaaaccaagacactaagtgttggtatgttcttcaagaagcatggaaaacgaccaaccatttgatttgatccaatatccaatatct 3747993  T
Q  428 ttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatc 527  Q
    ||||||||||||||||||| || || || ||||  |||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3747994 ttaatgatgagcaatgggagagggattttggaattggcccatgtaagagattctcatggaagttcaaagtccttacaacacaagaagctagaaacatatc 3748093  T
Q  528 tggtatagagccagtgagat 547  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  3748094 tggtatagggccagtgagat 3748113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 650
Target Start/End: Original strand, 5557605 - 5558234
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtc 120  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| | ||||| |||    
T  5557605 tggtattggtccttcaaaatgattggatgagaagtcaatggttgtaaatattgttagaattttaaccaactccatttgtcgacctttattggaaactgtc 5557704  T
Q  121 acactatcctaatagtatgagcaatctttgtttcgtgtgtggatgaagtctggtataacatcaacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcgaagt 220  Q
     |||||||||  || |||||  |   |   |  | ||||||||  ||||||| || |  ||||  ||| ||  || ||||||| ||||||| || ||| |    
T  5557705 gcactatcctggtaatatgataataatgaatcccctgtgtggacaaagtctgatacattatcattttcttcacgcttcattctttcccatgatgtgaaat 5557804  T
Q  221 atttttattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggt 320  Q
    ||||||   ||| ||| |||||||||||| |||||| ||| || ||||| ||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||||||||||| |     
T  5557805 atttttcaggtagcttcccattgaaattgttgaaagcaatatcaacaatttgaatcattttccaaggcttattttcgagtgaatgtgaacattctattga 5557904  T
Q  321 tccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtct 420  Q
     ||||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  5557905 accatgcaatatgttgttccgcaaaaccaaaacactaagtgttggtatgtttttcaaaaagcatggaaagccaccaaaaatttgatttgatccaatgtcc 5558004  T
Q  421 aaaacctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaa 520  Q
    || || |||| | | ||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| |||| |||| || ||||||||| |||| | |||||||||  ||||    
T  5558005 aatacttttattaaagagcaatggaaaagagactttggaattggcccatgtaagagatttccatggaagttcaaagtgcttataccacaagaagttggaa 5558104  T
Q  521 acatatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaat 620  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||||   |||| |  |||  || ||||||||||||||||   |  ||||||||||||||    
T  5558105 acatatctggtatgaggccagtgagattgttctttctcaaatttaatgcctcgagggtattagtcattgtcattaaacatggagaaattgttccagaaat 5558204  T
Q  621 tttattaatggaaagatcaagcacttgaag 650  Q
     || ||   ||||| |||||||||| ||||    
T  5558205 gttgttgtaggaaatatcaagcactagaag 5558234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 182 - 679
Target Start/End: Original strand, 5612364 - 5612861
Alignment:
Q  182 caacttcatcttgcatcattctatcccatgttgcgaagtatttttattgtaacttaccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcatttt 281  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| || ||| | |||  || || |||||||   |||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  5612364 caacttcatcgtgcatcattttttcccatgttgtgaagaatgtttctggtagttttccgttgaaatcattgaatgcaatgtccacaatttgaatcatttt 5612463  T
Q  282 ccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatgaaacttgttgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaa 381  Q
    |||| |||||| |  | |||| |||| |||||||||||  ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| ||| |||||||||| |||||     
T  5612464 ccaaggcttattttctagtgagtgtgtacattctatggaaccatgcaatttgttgttccgcaacaccaagacgctaagtgtttgtatgtttttcaaaaag 5612563  T
Q  382 catggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacctttaatgatgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcc 481  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||  | |||||||||| |||| |    
T  5612564 catggaaaaccaccaacaatttgatttgatccaatgtccaatacccgtaatgatgagcagtgggatagagacttgggaattgccccatgtaagagatttc 5612663  T
Q  482 cattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtacc 581  Q
    ||| || ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| | |||||||  || ||||||||||   ||||||  ||||     
T  5612664 catggaagttcaaagagcttacaacacaagaagttggaaacatatctggtaaagatccatttagattgttattcctcaaatttaatgcctcaagggtact 5612763  T
Q  582 agccattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
    || ||||||||||||||||   |  |||||||| ||||| || ||   ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5612764 agtcattgtcattaaacatggagaaattgttcctgaaatgttgttgtaggaaatatcaagcatttgaagatttgaagctttgcagagggaatgaggga 5612861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 238 - 679
Target Start/End: Original strand, 5856955 - 5857396
Alignment:
Q  238 ccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatgaaacttgttgt 337  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |  | |||||||||||||||||| ||  |||||||  |||||||    
T  5856955 ccattgaaattgttgaaagcaatgtcgacaatttgaatcattttccacggcttattttctagtgaatgtgaacattctaaggaaccatgaagtttgttgt 5857054  T
Q  338 tccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacctttaatgatga 437  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |  || |||||| | |||| || |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  5857055 tccgcaaaaccaatacactaagtgttggtatattcttcacgaagcatggataaccaccaacaatttgatttgatccaatatccaatacctttaatgatga 5857154  T
Q  438 gcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagag 537  Q
    ||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||||  ||| || ||||||||||||||   ||||||| |  ||||||||||||||||| | |    
T  5857155 gcaatgggagagagacttgggaattggcccatgtaagagattttcatggaagttcaaagtccttaaggcacaagatggtggaaacatatctggtatgggg 5857254  T
Q  538 ccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagat 637  Q
    || ||||||||||  || || |||||||   ||||||   ||| || ||||||||||||||||   || |||||||||||||| || || | ||||| ||    
T  5857255 ccggtgagattgttctttcttaaatttaatgcctcaaggatacgagtcattgtcattaaacatggaggaattgttccagaaatgttgttgaaggaaatat 5857354  T
Q  638 caagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5857355 caagcacttgaatatttgaagctctgcagagggaatgaggga 5857396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 238 - 679
Target Start/End: Original strand, 5604302 - 5604746
Alignment:
Q  238 ccattgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaat---gcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatgaaacttgt 334  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||   |||| | |  |  | ||||||||||||||||||  |||| ||| ||||    
T  5604302 ccattgaaattgttggaagcaatgtccacaatttgaatcattttccaattaggcttgttttctactaaatgtgaacattctatggaaccataaaatttgt 5604401  T
Q  335 tgttccgtaaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacctttaatga 434  Q
    ||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||  |||| || |||||||| | |  ||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5604402 tgttccacaaaaccaatacactgagtgttggtatcttcgttaagaagcatggaaaacgatcaaccatttgatttgatccaatgtctaatacatttaatga 5604501  T
Q  435 tgagcaatgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtata 534  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||| |||| || |||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  5604502 tgagcagtgggagagagacttgggaattggcccatgtaagagatttccatggaagttcaaagtgtttacaacacaagaagttggaaacatatctggtaga 5604601  T
Q  535 gagccagtgagattgtatttactcaaatttataacctcaattgtaccagccattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaa 634  Q
    |||||| | |||||||  ||  |||||||||   ||||||  |||| || |||||| |||||||||   |  |||||||||||||| || || | |||||    
T  5604602 gagccatttagattgttctttttcaaatttaatgcctcaagggtactagtcattgtgattaaacatggagaaattgttccagaaatgttgttgaaggaaa 5604701  T
Q  635 gatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5604702 tatcaagcacttgaagatttgaagctttgcagagggaatgaggga 5604746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 242 - 550
Target Start/End: Original strand, 5563620 - 5563928
Alignment:
Q  242 tgaaattgctgaaagaaatgtccacaatctgaatcattttccaatgcttatctgattgtgaatgtgaacattctatggttccatgaaacttgttgttccg 341  Q
    |||||||| ||||||  ||||||| ||| |||||| |||||||| |||| | ||   ||||  |||||||||||||||  ||||| ||  | ||||||||    
T  5563620 tgaaattgttgaaagccatgtccaaaatttgaatccttttccaaggcttttttgccagtgagagtgaacattctatggaaccatgcaatctattgttccg 5563719  T
Q  342 taaaaccaatacactaagagttggtatgttttttaaaaaacatggaaagccacaaagaatttgatttgatccaatgtctaaaacctttaatgatgagcaa 441  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||     
T  5563720 caaaaccaagacactaagtgttggtatgtgtttcaaaaagcatggaaaaccaccaacaatttgatttgatccaatgtccaatacctttaatgatgtgcag 5563819  T
Q  442 tgggaaagagacttcggaagcggcccatgtaagtgattcccattgatgttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagagccag 541  Q
    || || |||||||| || |  ||||| |||||| |||| |||| || ||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||     
T  5563820 tgtgagagagacttaggtattggcccttgtaagagatttccatggaagttcaaagtacttgcaacacaagaagttggaaacatatctggtatagggccat 5563919  T
Q  542 tgagattgt 550  Q
    ||| |||||    
T  5563920 tgatattgt 5563928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 489 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 6031179 - 6030992
Alignment:
Q  489 gttcaaagtccttacaacacaagaagcaggaaacatatctggtatagagccagtgagattgtatt-tactcaaatttataacctcaattgtaccagccat 587  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||  |||||||  ||| ||||||    
T  6031179 gttcaaagtccttacagcacaagaagctgaaaacacatctggtatgtagccagtgagatttttttctactcaaatttattgcctcaatgatactagccat 6031080  T
Q  588 tgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatga 675  Q
    | ||| |||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6031079 tatcagtaaacatgtcggtattgttccataaatcttattaatggaaagattaagcacctgaatgtttgaagcattgcagagggaatga 6030992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 585 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5540307 - 5540213
Alignment:
Q  585 cattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
    |||| |||||| ||||  ||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5540307 cattttcattagacatgagggaattgctccagaaattctattaatggaaatatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 5540213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 141
Target Start/End: Original strand, 5563397 - 5563510
Alignment:
Q  28 ggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtcacactat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||  || || ||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  5563397 ggtccttcaaaatgattggatgataaatcaatggctgtgaagatttttaaaattttaaccaactctatctgttgacctttaatggaaactgtcatactat 5563496  T
Q  128 cctaatagtatgag 141  Q
    ||| ||| ||||||    
T  5563497 cctgataatatgag 5563510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 140
Target Start/End: Original strand, 5856751 - 5856860
Alignment:
Q  31 ccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaaccgtcacactatcct 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||    
T  5856751 ccttcaaaatgattggatgataaatcaatggctgtgaagattgttagaatcttaatcaactccatttgttgacctttattggaaattgtcacactatcct 5856850  T
Q  131 aatagtatga 140  Q
     ||| |||||    
T  5856851 gataatatga 5856860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 607 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 5572148 - 5572076
Alignment:
Q  607 attgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggaatgaggga 679  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5572148 attgttccagaaatgctattaatggaaatatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagagggattgaggga 5572076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 115
Target Start/End: Original strand, 5612206 - 5612300
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgacctttaatagaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||    
T  5612206 tggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccatgaagatttttagaattttaaccaacttcatctcttgacctttagtagaaa 5612300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 607 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 5584355 - 5584291
Alignment:
Q  607 attgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagaggga 671  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5584355 attgttccagaaatgctattaatggaaatatcaagcacttgaagatttgaagcattgcagaggga 5584291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 108
Target Start/End: Original strand, 5604088 - 5604175
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgaccttta 108  Q
    |||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  5604088 tggtattggtccttcaaaagagttggatgagaaatcaatgactgtgtaaattgttagaattttaaccaactccatttgttgaccttta 5604175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 5890870 - 5890816
Alignment:
Q  16 acctgtggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaaga 70  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5890870 acctctggtattggtccttcaaaataattggatgagaaatcaatggctgtaaaga 5890816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 5572740 - 5572654
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgaccttt 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||||||| || |||||||||||| || | ||| || ||||||||    
T  5572740 tggtataggtccttcaaaatgattcgatgagaagtcgatggaagtgaagactgttagaattttaactaaatccatctgttgaccttt 5572654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 5584947 - 5584861
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaagattgctagaattttaaccaacttcatttgctgaccttt 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||||||| || |||||||||||| || | ||| || ||||||||    
T  5584947 tggtataggtccttcaaaatgattcgatgagaagtcgatggaagtgaagactgttagaattttaactaaatccatctgttgaccttt 5584861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 68
Target Start/End: Original strand, 1481830 - 1481877
Alignment:
Q  21 tggtatcggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatggctgtgaa 68  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1481830 tggtatcaatccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggttgtgaa 1481877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 585 - 661
Target Start/End: Original strand, 1482382 - 1482458
Alignment:
Q  585 cattgtcattaaacattcgggcattgttccagaaattttattaatggaaagatcaagcacttgaagatttgaagcat 661  Q
    |||| |||||||||||   || |||| ||||||||| || || | ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1482382 cattttcattaaacatgaaggaattgatccagaaatattgttgaaggaaagatcaagcacattaagatttgaagcat 1482458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University