View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18182_low_2 (Length: 647)
Name: NF18182_low_2
Description: NF18182
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18182_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 640
Target Start/End: Original strand, 30951108 - 30951730
Alignment:
| Q |
18 |
aaagtatcccttctggattccttatcaacaagattcattttgtggctatccacaatttgagatcacttgcaagaacaacaatccaattctcaaaacctca |
117 |
Q |
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| T |
30951108 |
aaagtatcccttctggattccttatcaacaagattcattttgtggctatccacaatttgagatcacttgcaagaacaacaatccaattctcaaaacctca |
30951207 |
T |
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| Q |
118 |
aattatgaccttatagtaaaaactatctcttactcaaattcttcttttattgcatccaacttagctgtctatgaagacaagtgtcctgctcctatatata |
217 |
Q |
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| T |
30951208 |
aattatgatcttatagtaaaaactatctcttactcaaattcttcttttattgcatccaacttagctgtctatgaagacaagtgtcctgctcctatatata |
30951307 |
T |
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| Q |
218 |
attacagccttgcccttgatcaaaccccatttacctatagttctgaaaattctaacctctctttcttctataactgtacaacagaacctatacattacct |
317 |
Q |
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| T |
30951308 |
attacagccttgcccttgatcaaaccccatttacctatagttctgaaaattctaacctctctttcttctataactgtacaacagaacctatacattacct |
30951407 |
T |
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| Q |
318 |
tacctatgaagtagaatgtgcagaaaatgctacacactattcttttgctgtttttaatacggaggcacttgagcacaataactattccttgaatgagtgt |
417 |
Q |
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| T |
30951408 |
tacctatgaagtagaatgtgcagaaaatgctacacactattcttttgctgtttttaatacggaggcacttgagcacaataactattccttgaatgagtgt |
30951507 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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| T |
30951508 |
cagtttatggttaatgctccattggtgatgaatactagtgttaatttcactagcttgttgagaatgaattacattgatgttttgaaaatggggtctgttt |
30951607 |
T |
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| Q |
518 |
tgaattggactgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtccta |
617 |
Q |
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| T |
30951608 |
tgaattggactgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtccta |
30951707 |
T |
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| Q |
618 |
ccaaaaagtttgtggtgatgatg |
640 |
Q |
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| T |
30951708 |
cctaaaagtttgtggtgatgatg |
30951730 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 640
Target Start/End: Original strand, 31015449 - 31016065
Alignment:
| Q |
18 |
aaagtatcccttctggattccttatcaacaagattcattttgtggctatccacaatttgagatcacttgcaagaacaacaatccaattctcaaaacctca |
117 |
Q |
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31015449 |
aaagtatcctttctggattccttttcaacaagactcattttgtggctatccacaatttgagatcacttgcatgaacaacaatccaattctcaaaacctca |
31015548 |
T |
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| Q |
118 |
aattatgaccttatagtaaaaactatctcttactcaaattcttcttttattgcatccaacttagctgtctatgaagacaagtgtcctgctcctatatata |
217 |
Q |
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31015549 |
aattatgacctattagtaaaaaacatctcgtactcaaattcgtcttttattgcatccaacttagatgtctatgaagaaaactgtcctgctcctatgtata |
31015648 |
T |
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| Q |
218 |
attacagccttgcccttgatcaaaccccatttacctatagttctgaaaattctaacctctctttcttctataactgtacaacagaacctatacattacct |
317 |
Q |
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| T |
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attacagcctt------gatcaaactccatttacatatagttttgaaaattccaacctctctttcttctataactgtacaacagaacctatagattaccc |
31015742 |
T |
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| Q |
318 |
tacctatgaagtagaatgtgcagaaaatgctacacactattcttttgctgtttttaatacggaggcacttgagcacaataactattccttgaatgagtgt |
417 |
Q |
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31015743 |
tacttatgaaatagaatgtgcaacaaatgctacacattattcttttgctgtttttcataaggaagcacttgagcacaaaaactattccttgaatgaatgt |
31015842 |
T |
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| Q |
418 |
cagtttatggttaatgctccattggtgatgaatactagtgttaatttcactagcttgttgagaatgaattacattgatgttttgaaaatggggtctgttt |
517 |
Q |
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| T |
31015843 |
cagtttatggttaatgctccattggttttgaacactaatgttaatttcactagcttgttgaaaatgaattatatcgacgttttgaaaatggggtcggttt |
31015942 |
T |
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| Q |
518 |
tgaattggactgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtccta |
617 |
Q |
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tgaattggactgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattacaagttcatatgtttctgcaaggataagtccta |
31016042 |
T |
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618 |
ccaaaaagtttgtggtgatgatg |
640 |
Q |
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31016043 |
ccaaaaagtttgtggtgatgatg |
31016065 |
T |
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