View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18185_high_2 (Length: 743)

Name: NF18185_high_2
Description: NF18185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18185_high_2
NF18185_high_2
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-726)||(17524126-17524843)
chr1 (77-726)||(17658681-17659324)
chr1 (77-726)||(17527270-17527913)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 17524843 - 17524126
Alignment:
Q  9 catcatcataatcaaacattttcccacatgctttcacacaccttcacaatacaacaacactactcatcagtacttcaaatggacagtaatcctcaacaaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17524843 catcatcataatcaaacattttcccacatgctttcacacaccttcacaatacaacaacactactcatcagtacttcaaatggacagtaatcctcaacaaa 17524744  T
Q  109 gtctcagcaccatcagtagcaatctgtccaggtggaataagaggtctcagttcagcaaacccttttgcatacttaaacttccccgtccctcctacaaccg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17524743 gtctcagcaccatcagtagcaatctgtccaggtggaataagaggtctcagttcagcaaacccttttgcatacttaaacttccccgtccctcctacaaccg 17524644  T
Q  209 acaatcgcgacatagtacttccaatcttatacaaaccataaaaattcaaactatcaccatactcccctccttcaaaaagtgctgtaaaaaccatcatctg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17524643 acaatcgcgacatagtacttccaatcttatacaaaccataaaaattcaaactatcaccatactcccctccttcaaaaagtgctgtaaaaaccatcatctg 17524544  T
Q  309 tctactcccgtcagccgaacttgctacatacacaccctgactttttccaacaatttgtgaacctaactcaggttgagatgttaatatatcatcaataaca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17524543 tctactcccgtcagccgaacttgctacatacacaccctgactttttccaacaatttgtgaacctaactcaggttgagatgttaatatatcatcaataaca 17524444  T
Q  409 gtaattgtaccaaatcctaatccaagtccatcaggtcctaacgttaactgaacattgttttgattgttattgttgttgtttggtgcaaacgaagtaccag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17524443 gtaattgtaccaaatcctaatccaagtccatcaggtcctaacgttaactgaacattgttctgattgttattgttgttgtttggtgcaaacgaagtaccgg 17524344  T
Q  509 ctaaaccagttcctaaagggataccagtaacaccattaacagtaggattagcaccatttgcattagggatagggatactatcacttggagtgttgaaacc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  17524343 ctaaaccagttcctaaagggataccagtaacaccattaacagtaggattagcaccatttgcattagggattggcatactatcagttggaatgttgaatcc 17524244  T
Q  609 aactggggttgcaaagggtacttgaccactatatatgttgccgagcaaaccggtcactggtcgagccgttgggttacttcctccaagaatgtcatgcatg 708  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  17524243 aactggggttgcaaatggtacttgaccactgtatatgttgccgagcaaaccggtcactggtcgagccgttgggttactgccaccaagaatgtcatgcatg 17524144  T
Q  709 aacaactcaatgattggt 726  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17524143 aacaactcaatgattggt 17524126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 77 - 726
Target Start/End: Original strand, 17658681 - 17659324
Alignment:
Q  77 agtacttcaaatggacagtaatcctcaacaaagtctcagcaccatcagtagcaatctgtccaggtggaataagaggtctcagttcagcaaacccttttgc 176  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||    
T  17658681 agtatttcaaatggacactcatcctcagcaatgtctcagcaccatcagtggcaatctgtcctggtgggataagaggtctcagttctgcaaaccccctggc 17658780  T
Q  177 atacttaaacttccccgtccctcctacaaccgacaatcgcgacatagtacttccaatcttatacaaaccataaaaattcaaactatcaccatactcccct 276  Q
    || ||| ||||| || || || ||||  || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  17658781 attcttgaactttcctgtgccccctattactgataatcgtgacatggtacttcctatcttatacaaaccataaaagttcaagctatctccatattcccct 17658880  T
Q  277 ccttcaaaaagtgctgtaaaaaccatcatctgtctactcccgtcagccgaacttgctacatacacaccctgactttttccaacaatttgtgaacctaact 376  Q
    |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||| |||  ||| ||||| ||||| ||||| || |    
T  17658881 ccttcaaacaaggctgtgaaaaccatcatctgtctgctcccatctgctgaacttgccacataaacaccttgagctttcccaaccatttgagaacccaatt 17658980  T
Q  377 caggttgagatgttaatatatcatcaataacagtaattgtaccaaatcctaatccaagtccatcaggtcctaacgttaactgaacattgttttgattgtt 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   | |||| ||||||||||          
T  17658981 caggttgagatgttaatatatcatcaataacagtgattgtaccaaatcctagtccaagtccatcaggtcctaactgcacctgagcattgttttg------ 17659074  T
Q  477 attgttgttgtttggtgcaaacgaagtaccagctaaaccagttcctaaagggataccagtaacaccattaacagtaggattagcaccatttgcattaggg 576  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  17659075 attgttgctgtttggtgcaaaggaagtaccggccaagccagttcctaataggataccggtaacgccattaacagtgggaatagcaccattggcattaggg 17659174  T
Q  577 atagggatactatcacttggagtgttgaaaccaactggggttgcaaagggtacttgaccactatatatgttgccgagcaaaccggtcactggtcgagccg 676  Q
    || || || | | |   |||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || || ||||||||||    
T  17659175 atgggaatcccaccttgtggagtgttgaatcctattggggttgcaaagggaacttggccactgtatatgttgcccaacaaaccagttacaggtcgagccg 17659274  T
Q  677 ttgggttacttcctccaagaatgtcatgcatgaacaactcaatgattggt 726  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17659275 ttgggttacttccaccaagaatgtcatgcatgaacaactcaatgattggt 17659324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 77 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 17527913 - 17527270
Alignment:
Q  77 agtacttcaaatggacagtaatcctcaacaaagtctcagcaccatcagtagcaatctgtccaggtggaataagaggtctcagttcagcaaacccttttgc 176  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||    
T  17527913 agtatttcaaatggacactcatcctcagcaatgtctcagcaccatcagtggcaatctgtcctggtgggataagaggtctcagttctgcaaaccccctggc 17527814  T
Q  177 atacttaaacttccccgtccctcctacaaccgacaatcgcgacatagtacttccaatcttatacaaaccataaaaattcaaactatcaccatactcccct 276  Q
    || ||| ||||| || || || ||||  || || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  17527813 attcttgaactttcctgtgccccctattactgataatcgtgacatagtacttcctatcttgtacaaaccataaaagttcaagctatctccatattcccct 17527714  T
Q  277 ccttcaaaaagtgctgtaaaaaccatcatctgtctactcccgtcagccgaacttgctacatacacaccctgactttttccaacaatttgtgaacctaact 376  Q
    || ||||| |  ||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| || || || ||||| |||  ||| ||||| ||||| ||||| || |    
T  17527713 ccctcaaacaaggctgtgaataccatcatctgtctgctcccatctgctgaactggccacgtaaacaccttgagctttcccaaccatttgagaacccaatt 17527614  T
Q  377 caggttgagatgttaatatatcatcaataacagtaattgtaccaaatcctaatccaagtccatcaggtcctaacgttaactgaacattgttttgattgtt 476  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   | |||| ||||||||||||        
T  17527613 caggttgagatgttagtatatcatcaataacagtgattgtaccaaatcctagtccaagtccatcaggtcctaactgcacctgagcattgttttgat---- 17527518  T
Q  477 attgttgttgtttggtgcaaacgaagtaccagctaaaccagttcctaaagggataccagtaacaccattaacagtaggattagcaccatttgcattaggg 576  Q
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  17527517 --tgttgttatttggtgcaaaggaagtaccagccaagccagttcctaatgggataccggtaacgccattgacagtgggaatagcaccatttgcattaggg 17527420  T
Q  577 atagggatactatcacttggagtgttgaaaccaactggggttgcaaagggtacttgaccactatatatgttgccgagcaaaccggtcactggtcgagccg 676  Q
    || || || | | |   |||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || || ||||||||||    
T  17527419 atgggaatcccaccttgtggagtgttgaatcctattggggttgcaaagggcacttggccactgtatatgttgcccaacaaaccagttacgggtcgagccg 17527320  T
Q  677 ttgggttacttcctccaagaatgtcatgcatgaacaactcaatgattggt 726  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17527319 ttgggttacttccaccaagaatgtcatgcatgaacaactcaatgattggt 17527270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University