View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18192_high_3 (Length: 469)

Name: NF18192_high_3
Description: NF18192
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18192_high_3
NF18192_high_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-452)||(31961995-31962452)
chr5 (17-341)||(38932228-38932552)
chr5 (23-344)||(27892169-27892490)
chr5 (23-334)||(29323257-29323568)
chr5 (23-344)||(11266490-11266811)
chr5 (210-341)||(38932766-38932897)
chr5 (188-334)||(22113592-22113737)
chr5 (70-201)||(6678157-6678288)
chr5 (188-334)||(27524905-27525051)
chr5 (223-344)||(6678030-6678151)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-344)||(1258916-1259247)
chr2 (70-344)||(21965105-21965379)
chr2 (95-344)||(30276423-30276672)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (23-340)||(10754528-10754845)
chr3 (55-344)||(42458738-42459029)
chr3 (23-334)||(16664441-16664752)
chr3 (38-344)||(23603742-23604048)
chr3 (70-344)||(8595769-8596043)
chr3 (70-344)||(17153243-17153517)
chr3 (70-344)||(3515196-3515470)
chr3 (70-321)||(9819572-9819823)
chr3 (23-177)||(48548019-48548173)
chr3 (23-123)||(52196750-52196850)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (23-334)||(36951666-36951977)
chr4 (23-334)||(17468574-17468885)
chr4 (23-344)||(17826217-17826538)
chr4 (23-344)||(29122874-29123195)
chr4 (55-342)||(25135801-25136087)
chr4 (70-344)||(51873197-51873471)
chr4 (20-344)||(23157586-23157910)
chr4 (23-237)||(22341044-22341258)
chr4 (79-344)||(15648503-15648768)
chr4 (20-201)||(36278782-36278963)
chr4 (24-132)||(3621974-3622082)
chr4 (269-312)||(51738650-51738693)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (19-344)||(29532827-29533150)
chr8 (23-334)||(10801126-10801437)
chr8 (70-344)||(26077174-26077448)
chr8 (269-309)||(15223628-15223668)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (42-344)||(57837-58136)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (23-327)||(28604340-28604644)
chr6 (23-334)||(5390963-5391274)
chr6 (77-344)||(7217786-7218053)
chr6 (70-344)||(18294832-18295106)
chr6 (80-336)||(2894725-2894981)
chr6 (73-234)||(17228450-17228601)
chr6 (282-342)||(17228614-17228674)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (23-344)||(20704928-20705249)
chr7 (23-344)||(20872972-20873293)
chr7 (23-334)||(47553754-47554065)
chr7 (23-334)||(22865194-22865505)
chr7 (23-344)||(40891200-40891521)
chr7 (20-344)||(587246-587570)
chr7 (188-330)||(18814884-18815026)
chr7 (70-344)||(12122098-12122372)
chr7 (70-344)||(37075026-37075300)
chr7 (79-344)||(34982368-34982633)
chr7 (70-282)||(9402628-9402840)
chr7 (23-204)||(47549311-47549492)
chr7 (70-236)||(24820209-24820375)
chr7 (26-144)||(25056431-25056548)
chr7 (284-334)||(47549550-47549600)
chr7 (268-330)||(5778511-5778573)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (70-344)||(224162-224436)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (23-344)||(74763-75084)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (26-344)||(49370235-49370553)
chr1 (26-296)||(28520323-28520592)
chr1 (73-330)||(26996476-26996731)
chr1 (70-306)||(27030464-27030700)
chr1 (70-336)||(10004443-10004709)
chr1 (158-334)||(48710596-48710771)
[»] scaffold0250 (1 HSPs)
scaffold0250 (269-333)||(19944-20008)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 31962452 - 31961995
Alignment:
Q  1 caccgtggacattttgtaatctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31962452 caccgtggacattttgtaatctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagctaacggaacgtcatccaaccacgggtcctccaaaaacaaagtggtg 31962353  T
Q  101 ctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcg 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31962352 ctcccatctcctaccttctgaacaatattatccaacaaccacctagcatccaccaatcccacaccaaatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcg 31962253  T
Q  201 atcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  31962252 atcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatattccacaaactctccctctcctccaaccctctcca 31962153  T
Q  301 cacccatttccccaat-aaagaaatattaaattcccgcaaccttta---------tcaactcttgattttaaaatcactacatatatatataataacctg 390  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||    
T  31962152 cacccatttccccaataaaaaaaatattaaattcccgcaacctttataagataattcaactcttgattttaaaaacactac----atatataataacctg 31962057  T
Q  391 tttataggataacaactaatttatcaacaatctcctataaattcaaccactatatattagat 452  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31962056 tttataggataacaactagtttatcaactatctcctataaattcaaccactatatattagat 31961995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 341
Target Start/End: Original strand, 38932228 - 38932552
Alignment:
Q  17 taatctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctacct 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| |||    | |||||| || ||||    
T  38932228 taatttgacaactcaaatagcctagaaaaagatacagctaacggaacattatccagccacggatcctcccaaaacagagtatgacacccatcacccacct 38932327  T
Q  117 tccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcact 216  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||     
T  38932328 tccgcacaatattgtccaacaaccacctagagtccaacaaccccacaccagatcgaatttggtttatgtgacgccaccaaagcgatcccaccccctcaca 38932427  T
Q  217 aaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||    
T  38932428 aaaccgcaccctccctccaacctcaccatacttcgcacgtaacaccacattccacaaactctccctatcctccatcaccctccacacccatttatccaat 38932527  T
Q  317 aaagaaatattaaattcccgcaacc 341  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  38932528 aaagaaatattaaattccctcaacc 38932552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Original strand, 27892169 - 27892490
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||  || ||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  27892169 gacaacgcaaaaagtctagaaaaagacacagctaacggaacatcaagcagccaaggatcctcccaaaacatggtggtgcacccatctccgaccttcctaa 27892268  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || ||||    ||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||    
T  27892269 ctatgttatgaatcaaccacgtagcatctgccaaccccacacctgatctaatatggtttaaatgacgccaccaaatcgacccaactccctcacaaaaccg 27892368  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27892369 caccctccctccaacctctccgtacttcgcgcgcaacaccacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccatacccatttccccaataaagaa 27892468  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  27892469 atattgaattcccgcaaccttt 27892490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 29323257 - 29323568
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||||| |    
T  29323257 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacagctaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtgtgacacccatctcccaccttccgca 29323356  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29323357 caatattgtccaccaaccacctagaatccatcaaccccacacctgatcgaatttggtttatatgacgccaccaaatcgatcccaccccctcacaaaaccg 29323456  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  | |||    || |||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  29323457 caccctccctccaacctctccatacttcgcacttaacaccgccttccacagactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 29323556  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  29323557 atattaaattcc 29323568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Original strand, 11266490 - 11266811
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||||||   || ||| ||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||  |    
T  11266490 gacaactcaaaaagtctagaaaaagatgtagctaaaggaacatctaacaaccaaggatcctcccaaaacatggtggtacgcccatctcctaccttcctca 11266589  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||| |||  |||||||  |||||||||| || |||||| ||||| ||||||||| | || || || || ||||||| ||||||    
T  11266590 ctatgttatcaaccaaccacgtagactccgccacccccacaccagctctaatttggtttaaatgacgccactagatagacccaactccctcacaaaaccg 11266689  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    ||||||||| |||| ||| || || || || || | ||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  11266690 caccctcccaccaacctctccgtattttgcacgcaacaccacattccacaaactatccctatcctccaacaccctccaaacccattttcccaataaagaa 11266789  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  11266790 atattaaattcccgtaaccttt 11266811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 210 - 341
Target Start/End: Original strand, 38932766 - 38932897
Alignment:
Q  210 cctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccattt 309  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  38932766 cctcacaaaaccgcaccctctctccaacctcaccatacttcgcacgtaacaccacattccacaaactctccctatcctccatcacccttcacacccattt 38932865  T
Q  310 ccccaataaagaaatattaaattcccgcaacc 341  Q
      |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38932866 atccaataaagaaatattaaattccctcaacc 38932897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 188 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 22113737 - 22113592
Alignment:
Q  188 cgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcct 287  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||   |||||||||||| ||||| |  || | ||| |||||||||||||||||||    
T  22113737 cgccaccaaaccgatcctactccctccctaaatcgaaccctgccccctc-ctcaccatactttgctcgcataacaacattccacaaactctccctctcct 22113639  T
Q  288 ccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcc 334  Q
    |||||| |||||||||||| || || || | ||||||||||||||||    
T  22113638 ccaacaacctccacacccacttacctaaaagagaaatattaaattcc 22113592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 6678288 - 6678157
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||  |    
T  6678288 caaccaggaatcctcccaaaacatggtggtactcccatcgcctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgttgattctgccaaccccacaccaatt 6678189  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcga 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6678188 ctaatttgatttaactgacgccaccaaatcga 6678157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 334
Target Start/End: Original strand, 27524905 - 27525051
Alignment:
Q  188 cgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcct 287  Q
    |||||||||| ||||  ||| ||||| |||||||| ||||| || ||   |||||||||||| ||||  |  || | ||| |||||||||||||||||||    
T  27524905 cgccaccaaaccgattatactccctccctaaaccgaaccctgcccccctcctcaccatactttgctcagataacaacattccacaaactctccctctcct 27525004  T
Q  288 ccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcc 334  Q
    ||| || |||||||||||| || || || | | ||||||||||||||    
T  27525005 ccagcaacctccacacccacttacctaaaagaaaaatattaaattcc 27525051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 223 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 6678151 - 6678030
Alignment:
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| |||||  || |||||||| | ||| | ||| || | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||     
T  6678151 caccctccctccaaactcactgtatttcgctcgcaacaccacattccaaagactctccctatcctccaaaaccctccaaacccacttacctaataaagag 6678052  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||| ||| ||||    
T  6678051 atattgaactccctcaatcttt 6678030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 344
Target Start/End: Original strand, 1258916 - 1259247
Alignment:
Q  13 tttgtaatctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcct 112  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||||||||     
T  1258916 tttgtaatttgacaactcaaatagcctagaaaaagacacaactaacgggacgtcatccaaccacggatcctcccaaaacaaagtgtgacacccatctccc 1259015  T
Q  113 accttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccct 212  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1259016 accttccgcacaatattgtccaacaaccacctagtatccgccaaccccacaccagatcaaatttggtttatgtgacgccaccaaatcgatcccaccccct 1259115  T
Q  213 cactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  1259116 cactaaaccgcaccctccctccaacctctccatacttcgcacgaagcaccacattccacaaactctccctgtcctccaacatcctccacacccattttcc 1259215  T
Q  313 caataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1259216 caataaagaaatattaaatttccgcaaccttt 1259247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Original strand, 21965105 - 21965379
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| | |  || | ||| |||||||||  |    
T  21965105 caaccagggatcctcccaaaacaaggtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgttgattctggcaaccccacaccaatt 21965204  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||| | ||| | ||| |    
T  21965205 ctaatttgatttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaatcgcaccctccctccaaactcaccgtatttcgctcgcaacaccacattcc 21965304  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | | ||||||||| |||||||| | |||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  21965305 aaagactctccctatcctccaaaatcctccatacccacttgcctaataaagaaatattgaattcccgcaatcttt 21965379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 95 - 344
Target Start/End: Original strand, 30276423 - 30276672
Alignment:
Q  95 gtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccacc 194  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| |||  ||  |||| | |||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  30276423 gtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgtagactcaaccaacctcacaccagctctaatttggtttaactgacgccacc 30276522  T
Q  195 aaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacac 294  Q
    ||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || | ||| | ||| || ||||| ||| | |||||||| ||    
T  30276523 aaatcgacccaacaccctcacaaaaccgcaccctccctccaaactcaccgtatttcgcacgcaacaccacattccataaactttccttatcctccaaaac 30276622  T
Q  295 cctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  30276623 cctccacacccactttcctaataaagacatattaaactcccgcaatcttt 30276672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 23 - 340
Target Start/End: Original strand, 10754528 - 10754845
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||    | |||||| || |||||||  |    
T  10754528 gacaactcataaagcctagaaaaagacacagctaacggaacgtcctccaaccaagggtcctcccaaaacaaagtatgacacccatcacccaccttcctca 10754627  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  10754628 caatattgtccaacaaccacctaggatccaccaaccccacaccggatcgaatttggtttatgtgacgccaccaaaccgatcccaccccctcacaaaaccg 10754727  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10754728 caccctccctccaacctctccatacttcgcacgaagcactacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccatttacccaataaagaa 10754827  T
Q  323 atattaaattcccgcaac 340  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10754828 atattaaattcccgcaac 10754845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 55 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 42459029 - 42458738
Alignment:
Q  55 taacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaa--gtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccg 152  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||| ||||||||||||  |||||  |||||   ||||||||||||| |||    
T  42459029 taacggaacatcaaacaaccacggatcctcccaaaacatatggtggtgctcccgtctcctaccttcataacaaagttatcaaccaaccacctagcacccg 42458930  T
Q  153 ccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgc 252  Q
    |||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||    
T  42458929 ccacacccacaccagatcgaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgactcgacaccctcactaaaccgcaccctccctcctacctccccatactttgc 42458830  T
Q  253 tcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||| | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  42458829 tcgcaacaccacattccacaaactctccctctcctccaacaccctccacacctatttccccgataaagaggtattaaactccctcaaccttt 42458738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 16664441 - 16664752
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||||| |    
T  16664441 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacatctaacggaacatcatccaaccatgtatcctcccaaaaaagagtgtgacacccatctcccaccttccgca 16664540  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||||||  ||||  || |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||    
T  16664541 caatattgtccaccaaccacctagtatccatcaaccccacaccaaatcgaatttagtttatatggcgccaccaaatctatcccaccccgtcacaaaaccg 16664640  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  | ||| |  || |||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  16664641 caccctccctccaacctctccatacttcgcacttaacaccaccttccacagactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 16664740  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  16664741 atattaaattcc 16664752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 38 - 344
Target Start/End: Original strand, 23603742 - 23604048
Alignment:
Q  38 ctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccaca 137  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||| | ||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||||||| | ||  || |||||   ||    
T  23603742 ctagaaaacgacactgctaacggaacatctaccaaccaagcatcctcccaaaacaaggtattactcccatctcctacctttctaaatatgttatcaacca 23603841  T
Q  138 accacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaat 237  Q
    ||||  |||  |||||||| |||||||||| || ||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  23603842 accaagtaggctccgccaaccccacaccagctctaatatggttaaactgacgccaccaaatcgaccctactccctcaccaaaccgcaccctccctccaac 23603941  T
Q  238 ctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgc 337  Q
     || || || ||||| || | |||   ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  23603942 ttctccgtatttcgcgcgcaacacctcattccacaaactctcccgctcctccaacaccctccacacccatttccctaataaagaaatattaaactcccgc 23604041  T
Q  338 aaccttt 344  Q
    |||||||    
T  23604042 aaccttt 23604048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Original strand, 8595769 - 8596043
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  || || ||||||||||||||||||| ||| || |||||   ||||||  ||   |||||||  |||||||||| |    
T  8595769 caaccaagcatcctcccaaaacatggtagtactcccatctcctaccttcctaactatgttatcaaccaaccaagtattctccgccacacccacaccagct 8595868  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||  ||| ||| || || ||||| || | ||| | ||| |    
T  8595869 ctaatttggtttaactgacgccaccaaatcgacccaactccctcaccaaaccgcaccctcccatcaacctctccgtatttcgcgcgcaacaccacattcc 8595968  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  8595969 acaaactttccttctcctccaacaccctccacacccatttccctaataaagaaatattgaactcccgcagccttt 8596043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 17153517 - 17153243
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||  |    
T  17153517 caaccaggaatcctcccaaaacatggtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgttgactctgccaaccccacaccattt 17153418  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||| ||| || || || ||||| | ||| | ||| |    
T  17153417 ctaatttgatttaactgacgccaccatatcgacccaacaccctcacaaaagcgcaccctccctccaaactctccgtattttgctcgcaacaccacattcc 17153318  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||  || |||||||| ||||    
T  17153317 ataaactctccctatcctccaagaccctccacacccactttcctaataaagagatatcgaactcccgcaatcttt 17153243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Original strand, 3515196 - 3515470
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||   | || |||||   ||||||| ||   || ||||| |||||||||| |    
T  3515196 caaccaagaatcctcccaaaacaaagtggtactcccatcacctactttcctgcctatgttatcaaccaaccacgtattctcagccaaccccacaccagct 3515295  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| | ||| |    
T  3515296 ctaatttggtttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaaccgcaccctccctccaaactctccgtatttcgcacgcagcaccacattcc 3515395  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | || || ||| | |||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| || ||| |||| ||||    
T  3515396 ataagctttccttatcctccaaaaccctccatacccacttgcctaataaagacatattgaactccagcaatcttt 3515470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 321
Target Start/End: Original strand, 9819572 - 9819823
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| |||  ||  |||| |||||||||  |    
T  9819572 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgtagactcaaccaaccccacaccatct 9819671  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | || ||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || || ||||| || | ||| |  || |    
T  9819672 ctaacttggtttaactgacaccaccaaatcgatccaacaccctcacaaaaccgcaccctccccccaaactctccgtatttcgcacgcaacaccacgttcc 9819771  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaaga 321  Q
    | |||||  |||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||||||    
T  9819772 ataaacttcccctatcctcgaaaaccctccacacccactttcctaataaaga 9819823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 177
Target Start/End: Original strand, 48548019 - 48548173
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||| |||  || ||| ||||||||| ||||||  ||||||  ||||||||| ||||||| ||    
T  48548019 gacaactcaaaaagtctagaaaaagacacagctaacgaaacatcagacatccaaggatcctcccaaaacatggtggtgtgcccatctccgaccttcctaa 48548118  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttg 177  Q
    | || |||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  48548119 ctatgttatcaatcaaccacgtagcatccgccaaccccacacctgatctaatttg 48548173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 123
Target Start/End: Original strand, 52196750 - 52196850
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  52196750 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacagctaacggaacatcttccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtgtgactcccatctcccaccttccgaa 52196849  T
Q  123 c 123  Q
    |    
T  52196850 c 52196850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 36951666 - 36951977
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||||| |    
T  36951666 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacagctaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtgtgacacccatctcccaccttccgca 36951765  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  36951766 caatattgtccaccaaccacctagaatccatcaaccccacacctgatcgaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgatcccaccccctcataaaaccg 36951865  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |  | ||||   || |||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36951866 caccctcccaccaacctctccatacttcgcacttaacactgccttccacagactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 36951965  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  36951966 atattaaattcc 36951977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 17468885 - 17468574
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||||| |    
T  17468885 gacaactcaaaaagcctagggaaagacacagctaacagaacatcatccaaccacggatcctcccaaaaaagagtgtgacacccatctcccaccttccgca 17468786  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| ||||  ||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  17468785 caatattgtccaacaaccacctagtatccatcaaccccacatcggatcgaatttggtttatgtggcgccaccaaatcgatcccaccccctcacaaaaccg 17468686  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  | ||| |  || |||| ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17468685 caccctccctccaacctctccatacttcgcacttaacaccaccttccacatactctccccttcctccatcactctccacacccattttcccaataaagaa 17468586  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  17468585 atattaaattcc 17468574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 17826538 - 17826217
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||| |||| |||| ||   |||||| ||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||| ||    
T  17826538 gacaactcaaaaagtctagaaaacgacacagctaacagaacatctaacaaccaaggatcctcccaaaacatggtagtgctcccatctcctaccttcctaa 17826439  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||  |||  |||||||| |||||||||  || ||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||    
T  17826438 ctatgttatcaaccaaccatgtagtctccgccaaacccacaccaactctaatctggtttaactgacgccaccaaatcgacccaactccctcacaaaaccg 17826339  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    ||||||||||||||  || || || ||||| || | ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  17826338 caccctccctccaacttctccgtatttcgcgcgcaacaccacattccacaaactctccctctcctccaacaccctacacacccatttccctaataaagaa 17826239  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||||||||||||    
T  17826238 atattgaactcccgcaaccttt 17826217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 29123195 - 29122874
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||||| ||  ||||||| | ||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||||||||  |    
T  29123195 gacaactcaaaaagtctagaaaacgacactgctaacggaacatctaccaaccaagcatcctcccaaaacaaggtattactcccatctcctaccttcctga 29123096  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||  |||  |||||||| |||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |    
T  29123095 ctatgttatcaaccaaccaagtaggctccgccaaccccacaccagctctaatatggtttaactgacgccaccaaatcgaccctactccctcaccaaacag 29122996  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    ||| ||||||||||  || || || ||||| || | ||| | ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29122995 cactctccctccaacttctccgtatttcgcacgcaacaccacattccacaaactcttccgctcctccaacaccctccacacccatttccctaataaagaa 29122896  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  29122895 atattaaactcccgcaaccttt 29122874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 55 - 342
Target Start/End: Original strand, 25135801 - 25136087
Alignment:
Q  55 taacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgcc 154  Q
    ||||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||| | |||||| || |  || || ||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||||  |    
T  25135801 taacgaaacatcatctagccacggatcctcccaaaatagagtggtacttctgtccccaaccttcctaacaatgttatcgaccaaccacctagcatccttc 25135900  T
Q  155 aatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctc 254  Q
    |  ||||| ||  ||||| || | ||||| |||||||||||||| || || |||| ||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| |    
T  25135901 atccccacccccaatcgacttgg-tttaagtgacgccaccaaatagaaccaaccctctcgcaaaaccgcaccctccctccctcctctccatacttcgcac 25135999  T
Q  255 gaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaacct 342  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  25136000 gaagcactaaactccacaaactctccctctcctccgacaccttccacacccatttccccattaaagaaatattaaactccctcaacct 25136087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Original strand, 51873197 - 51873471
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||  || || |||||   ||||||| |||  || ||||| |||||||||| |    
T  51873197 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcacctactttcctgactatgttatcaaccaaccacgtagactcagccaaccccacaccagct 51873296  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || | ||| | ||| |    
T  51873297 ctaatttggtttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccttcacaaaaccgcaccctccctccaaactctccgtatttcgcacgcaacaccacattcc 51873396  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  51873397 ataaactttccctatcctccaaaaccctccacacccacttccctaataaagacatattgaactcccgcaatcttt 51873471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 23157910 - 23157586
Alignment:
Q  20 tctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttcc 119  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||| |  | |||||| ||   |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  23157910 tctgacaactcaaaaagtctagagaaagacactgccagcggaacatctaacaaccaagaatcctcctaaaacatggtggtactcccatctcctaccttcc 23157811  T
Q  120 gaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaa 219  Q
      || || |||||   ||||||| |||  || ||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| | || || ||||||| |||    
T  23157810 tgactatgttatcaaccaaccacgtagactcagccaaccccacaccagctctaatttggtttaactgacgccaccaaatcaacccaacaccctcacaaaa 23157711  T
Q  220 ccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaa 319  Q
    ||||||||||||||||| ||| |  || ||||  || | ||| | ||| || ||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| || || ||||||    
T  23157710 ccgcaccctccctccaaactctctgtatttcggacgcaacaccacattccataaactttccttatcctccaaaaccctccacacccactttcctaataaa 23157611  T
Q  320 gaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
     | ||||| || |||||||| ||||    
T  23157610 aacatattgaactcccgcaatcttt 23157586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Original strand, 22341044 - 22341258
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||||||| ||   |||||| | ||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||    
T  22341044 gacaactcaaaaagtctagaaaacgacactgctaacggaacatctaacaaccaagcatcctcccaaaacaaggtattactcccatctcctaccttcctaa 22341143  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||  |||  |||||||| |||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  22341144 ctatgttatcaaccaaccaagtaggctccgccaaacccacaccagctctaatatggtttaactgacgccaccaaatcgaccctactccctcaccaaaccg 22341243  T
Q  223 caccctccctccaat 237  Q
    ||| |||||||||||    
T  22341244 cactctccctccaat 22341258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 15648768 - 15648503
Alignment:
Q  79 atcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttga 178  Q
    ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || | ||||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||   |  ||||||    
T  15648768 atcctcccaaaacatggtggtactcccatcacctaccttcctgactaaattatcaaccaaccacgtcgattcggccaaccccacaccactcctgatttga 15648669  T
Q  179 tttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactct 278  Q
    |||||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||| | ||| || | |||||    
T  15648668 tttaactgccgccaccaaatctacccaaccccctcacaaaatcgcaccctccctccaaactcaccatatttcgcacgcaacaccacattccaaagactct 15648569  T
Q  279 ccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||||| || || ||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  15648568 ccctatcctccaaaaccctccaaatccatttacctaacaaagaaatattgaactccctcaatcttt 15648503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 36278963 - 36278782
Alignment:
Q  20 tctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttcc 119  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||| |  | |||||| |    |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  36278963 tctgacaactcaaaaagtctagagaaagacactgccagcggaacatttaacaaccaagaatcctcctaaaacatggtggtactcccatctcctaccttcc 36278864  T
Q  120 gaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcga 201  Q
      || || |||||   ||||||| |||  || ||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36278863 tgactatgttatcaaccaaccacgtagactcagccaaccccacaccagctctaatttggtttaactgacgccaccaaatcga 36278782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 132
Target Start/End: Original strand, 3621974 - 3622082
Alignment:
Q  24 acaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaac 123  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||| ||||||||| ||||||  ||||| | ||||||||| ||||||| |||    
T  3621974 acaacgcaaaaagtctagaaaaagacacagctaacggaacatcaagcaaccaaggatcctcccaaaacatggtggtacacccatctccgaccttcctaac 3622073  T
Q  124 aatattatc 132  Q
    ||| |||||    
T  3622074 aatgttatc 3622082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 51738693 - 51738650
Alignment:
Q  269 cacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccc 312  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  51738693 cacaaactctccctctcctccagcaccctccaaacccacttccc 51738650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 344
Target Start/End: Original strand, 29532827 - 29533150
Alignment:
Q  19 atctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||| ||   || ||| ||||||||| ||||||  || |  |  |||||||||||||||    
T  29532827 atctgacaactcaaatagcctaggataagacacaactaacggaacatctaacagccatggatcctcccaaaacatggttgaacgaccatctcctaccttc 29532926  T
Q  119 cgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaa 218  Q
    | |||||| |||||   ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||    
T  29532927 ctaacaatgttatcaagcaacc-cctagcatccgcaaa-cccacaccagatcgaatttggtttaagtgacgccaccaaatcgatccgactccctcaccaa 29533024  T
Q  219 accgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataa 318  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||| || ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  29533025 accgcaccctccctccaaccacaccgtacttcacttgaagcaccacattccacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaaaag 29533124  T
Q  319 agaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||| ||||| || ||||| ||||    
T  29533125 agaaatgttaaactctcgcaatcttt 29533150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 10801437 - 10801126
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | |||    | |||||| || |||||||| |    
T  10801437 gacaactcaaagagcctaggaaaaaacacagctaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtatgacacccatcgcccaccttccgca 10801338  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  || ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  10801337 caatattgtccaccaaccacctagaatccatcattcccacacctgaacgaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgatccctccccctcacaaaaccg 10801238  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  | |||    || |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10801237 caccctccctccaacctctccatacttcgcacttaacaccgccttccacaaactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 10801138  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    || |||||||||    
T  10801137 atgttaaattcc 10801126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 26077448 - 26077174
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||   | || |||||   ||||||| ||   || ||||| |||||||||| |    
T  26077448 caaccaaggatcctcccaaaacaaagtggtactcccatctcctactttcctgcctatgttatcaaccaaccacgtattctcagccaaccccacaccagct 26077349  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| |||||||||| |||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || | ||| | ||| |    
T  26077348 ctaatttggtttaactgacaccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaaccgcaccctccctccaaactctccgtatttcgcacgcaacaccacattcc 26077249  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | || || ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||    
T  26077248 ataagctttccctatcctccaaaaccctccatacccacttgcctaatagagacatattgaactcccgcaatcttt 26077174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 15223668 - 15223628
Alignment:
Q  269 cacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccattt 309  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15223668 cacaaacgctccctctcctccaacaccctccaaacccattt 15223628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 42 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 58136 - 57837
Alignment:
Q  42 aaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaacca 141  Q
    |||||||||||| ||||| |||   ||| | ||| ||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| |||||||| ||| || |||||   ||||||    
T  58136 aaaaagacacagctaacgaaac---atctagccaaggatcctcccaaaacatggtggtgcgcccatctcataccttcctaactatgttatcaaccaacca 58040  T
Q  142 cctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctca 241  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  58039 cgtagactccgccaaacccacaccagatctaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgacccaactccctcacaaaaccgcaccctccctccaacctct 57940  T
Q  242 ccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaacc 341  Q
    || |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  57939 ccgtacttcgcgcgcagcactacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccatttccctaataaagaaatattgaactcccgcaacc 57840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 28604644 - 28604340
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||| ||||||||| |||| | |||||| | ||||||||| ||||||| ||    
T  28604644 gacaacgcaaaaagtctagaaaaagacacagttaacggaacatcaagcaaccaaggatcctcccaaaatatagtggtacacccatctccgaccttcctaa 28604545  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    |||| |||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |||| |    
T  28604544 caatgttatcaatcaaccacgtagcatccgccaaccccacacctgatctaatatggtttaaatgacgccaccaaatcgacccaactccctcacaaaactg 28604445  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28604444 caccctccctccaatctctccgtacttcgcgcgtaacaccacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccatacccatttccccaacaaagaa 28604345  T
Q  323 atatt 327  Q
    |||||    
T  28604344 atatt 28604340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5391274 - 5390963
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| || || |||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||||||||| |||||||| |    
T  5391274 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacagctaacgggacctcttccaaccacgcatcctcccaaaaaagagtgtgactcccatctcccaccttccgca 5391175  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  ||| | |||||| ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  5391174 caatattgtccaccaaccacctagaatccatcaacctcacacctgatcgaatttggtttatatgacgtcaccaaatcgatcccaccccctcacaaaaccg 5391075  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||||| |  | |||    || |||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||    
T  5391074 caccttcccaccaacctcaccatacttcgcacttaacaccgccttccacagactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataacgaa 5390975  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  5390974 atattaaattcc 5390963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 77 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 7218053 - 7217786
Alignment:
Q  77 ggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaattt 176  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||  |||||   ||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||    
T  7218053 ggatcctcccaaaacaaagtggcactcccatcgcctaccttcctaacaacgttatcaaccaaccacctagcatctgttacacccacaccagatcgaattt 7217954  T
Q  177 gatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaact 276  Q
    | ||||  |||||||||||||  || || || || ||||||||||||||||| || || | ||| |||||||| ||||| | ||| | ||| |||||| |    
T  7217953 ggtttagttgacgccaccaaactgacccaacaccatcactaaaccgcacccttccacctacctccccatacttagctcgcaacaccacattccacaaaat 7217854  T
Q  277 ctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  7217853 ctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaacaaagaagtattaaattccttcaaccttt 7217786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 18295106 - 18294832
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||  || || |||||   ||||||  |||  || ||||| |||||||||| |    
T  18295106 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcacctactttcctgactatgttatcaaccaaccatgtagactcagccaaccccacaccagct 18295007  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| | |  |||| ||||| || | ||| | ||| |    
T  18295006 ctaatttggtttaactgacgccgccaaatcgacccaacaccctcacaaaaccgcaccctccctccaaacacttcatatttcgcacgcaacaccacattcc 18294907  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  | || |||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  18294906 ataaactttccctatcctccaaaaccctccacacccaccttcctaataaagacatattgaactcccgcaatcttt 18294832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 80 - 336
Target Start/End: Original strand, 2894725 - 2894981
Alignment:
Q  80 tcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgat 179  Q
    |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||   | || |||||   ||||||| |||  ||  |||| |||||||||| || || ||| |    
T  2894725 tcctcccaaaacaaagtagtactcccatcacctaccttcctgcctatgttatcaaccaaccacgtagactcaaccaaccccacaccagctctaacttggt 2894824  T
Q  180 ttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctc 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || || || || || | ||| | ||| || ||||| ||    
T  2894825 ttaactgacgccaccaaatcgatccaacaccctcacaaaaccgcaccctccccccaaactctccgtatttagcacgcaacaccacattccataaactttc 2894924  T
Q  280 cctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccg 336  Q
    | | |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| | |||||| |||||    
T  2894925 cttatcctccaaaaccctccacacccactttcctaataaagacaaattaaactcccg 2894981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 234
Target Start/End: Original strand, 17228450 - 17228601
Alignment:
Q  73 ccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcga 172  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| | |||||| || ||||||| ||||||||| ||   |||||||||   ||| ||||| ||||| |||||||||    
T  17228450 ccacggatcctcccaaaacatagtggttcgcccatcccccaccttcctaacaatattgtcaaccaaccacct---atctgccaaccccaccccagatcga 17228546  T
Q  173 atttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctcc 234  Q
    ||||| || |  |  |||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||    
T  17228547 atttggttaatgttgcgccaccaaatcg-------cccctcacaaaaccgcaccctccctcc 17228601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 342
Target Start/End: Original strand, 17228614 - 17228674
Alignment:
Q  282 tctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaacct 342  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||    
T  17228614 tctcgtccaacaccctccaaacccatttccctaacaaagaaatattaaactccctcaacct 17228674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 20705249 - 20704928
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||| | ||||||||| |||  |||||| ||||||||| |||||   || || | ||||||||| ||||||| ||    
T  20705249 gacaacccaaaaagtctagaaaaagacactgctaacggaacatcaagcaaccaaggatcctcccaaaacgtggttgtacacccatctccaaccttcctaa 20705150  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||     
T  20705149 caatattatccaacaaccaagtagcatccaccaaccccacacctgatcgaatatggtttaaatgacgccaccatatcgacccgactccctcacaaaacca 20705050  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20705049 caccctccctccaacctctccgtacttcgcgcgtaacacgacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccatttccccaacaaagaa 20704950  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||  ||||||||    
T  20704949 atattgaactccttcaaccttt 20704928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 20873293 - 20872972
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||| | ||||||||| |||  |||||| ||||||||| |||||   || || | ||||||||| ||||||| ||    
T  20873293 gacaacccaaaaagtctagaaaaagacactgctaacggaacatcaagcaaccaaggatcctcccaaaacgtggttgtacacccatctccaaccttcctaa 20873194  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||| |||||     
T  20873193 caatattatccaacaaccaagtagcatccaccaaccccacacctgatcgaatatggtttaaatgacgccaccatatcgacccgactccctcacaaaacca 20873094  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||| || | ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20873093 caccctccctccaacctctccgtacttcgcgcgtaacacgacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccatttccccaacaaagaa 20872994  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||  ||||||||    
T  20872993 atattgaactccttcaaccttt 20872972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 47553754 - 47554065
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | |||    | |||||| || |||||||| |    
T  47553754 gacaactcaaagagcctaggaaaaaacacagctaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtatgacacccatcgcccaccttccgca 47553853  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  || ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  47553854 caatattgtccaccaaccacctagaatccatcattcccacacctgaacgaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgatccctccccctcacaaaaccg 47553953  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  | |||    || |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  47553954 caccctccctccaacctctccatacttcgcacttaacaccgccttccacaaactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 47554053  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    || |||||||||    
T  47554054 atgttaaattcc 47554065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 22865505 - 22865194
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||||| |    
T  22865505 gacaactcaaaaagcctaggaaaagacacagctaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtgtgacacccatctcccaccttccgca 22865406  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
     |||||| |||  ||||||||||| ||||  ||  ||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  22865405 taatattgtccaccaaccacctagaatccaacagccccacacctaatcgaatttggtttatatgacgccaccaaaccgatcccaccccctcacaaaaccg 22865306  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||    | |||    || |||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  22865305 caccctccctccaacctctccatacttcgcagttaacaccgccttccacagactctccccatcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaa 22865206  T
Q  323 atattaaattcc 334  Q
    ||||||||||||    
T  22865205 atattaaattcc 22865194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 40891521 - 40891200
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||| ||||||| | ||    
T  40891521 gacaactcaaaaagtctagaaaaagacactgccaacggaacatctaacaaccaaggatcctcccaaaacatggtggtactctcatcttctacctttctaa 40891422  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||| |||  || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| || || || ||||||| ||| ||    
T  40891421 ctatgttatcaaccaaccacgtagtctctgccaaccccacaccagatctaatttgatttaaatgactccaccaaattgacccaactccctcacaaaagcg 40891322  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| || || ||||| || | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  40891321 caccctccctccaacctctccgtatttcgcgcgcaacactacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccattttcccaacaaagaa 40891222  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||||||| ||||    
T  40891221 atattgaactcccgcaatcttt 40891200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 344
Target Start/End: Original strand, 587246 - 587570
Alignment:
Q  20 tctgacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttcc 119  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||| |  ||||||||||     | ||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  587246 tctgccaactcaaaaagtctagaaaaagacactgccaacggaacgtttaaaagccaaggatcctcccaaaacaaggtggtactcccatctccgaccttcc 587345  T
Q  120 gaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaa 219  Q
     ||| || |||||   |||||||  |   ||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||  |||    
T  587346 taactatgttatcaaccaaccacgcattctccgctaaacccacaccacatctaatttgatttaactgacgccaccaaatcggcccaacaccctcagaaaa 587445  T
Q  220 ccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaa 319  Q
      ||||||||||||| | ||| ||||| ||||| |  | ||| | ||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  587446 ttgcaccctccctccgacctctccatatttcgcacacaacaccacattccacaggctctccctatcctccaacaccctccacacccatttacctaataaa 587545  T
Q  320 gaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||    
T  587546 gaaatattaaactcccgcaatcttt 587570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 188 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 18815026 - 18814884
Alignment:
Q  188 cgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcct 287  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||| ||||||    
T  18815026 cgccaccaaatcgagcagaccccctcagcaaaccgcaccctccctccctcctcaccatacttcgcccgaagcactaaactccacaaactctccttctcct 18814927  T
Q  288 ccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaa 330  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  18814926 ccaacaccctccacactcatttccccattaaagaaatattaaa 18814884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Original strand, 12122098 - 12122372
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||  || || |||||   ||||||| |||  || ||||| |||||||||| |    
T  12122098 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcccctactttcctgactatgttatcaaccaaccacgtagactcagccaaccccacaccagct 12122197  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||| ||| || || |||||  | | ||| | ||| |    
T  12122198 ctaatttggtttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaaccgcaccctccctccaaactctccgtatttcgcatgcaacaccacattcc 12122297  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||| |||| ||||    
T  12122298 ataaactttccctatcctccaaaaccctccacacccactttcctaataaagacatattgaactcctgcaatcttt 12122372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 37075300 - 37075026
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||  |    
T  37075300 caaccaggaatcctcccaaaacatggtggtactcccatcgcctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgttgattctgccaaccccacaccaatt 37075201  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||| | ||| || || |    
T  37075200 ctaatttgatttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaatcgcaccctccctccaaactcaccgtatttcgctcgcaacaccatgttcc 37075101  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    | | ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| || ||  ||||||| ||||| || |||| ||| ||||    
T  37075100 aaagactctccctatcctccaaaacccgccaaacccacttacctgataaagagatattgaactccctcaatcttt 37075026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 344
Target Start/End: Original strand, 34982368 - 34982633
Alignment:
Q  79 atcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttga 178  Q
    ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || | ||||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||   |  ||||||    
T  34982368 atcctcccaaaacatggtggtactcccatcacctaccttcctgactaaattatcaaccaaccacgtcgattcggccaaccccacaccactcctgatttga 34982467  T
Q  179 tttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactct 278  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || | ||| | ||| || | |||||    
T  34982468 tttaactgccgccaccaaatcgacccaaccccctcacaaaatcgcaccctccctccaaactcaccatatttcgcacgcaacaccacattccaaagactct 34982567  T
Q  279 ccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||| |||||||| |||||||| | ||| || || || ||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  34982568 ccctatcctccaaaaccctccaaatccagttacctaacaaagaaatattgaactccctcaatcttt 34982633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 70 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 9402840 - 9402628
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| | |  || ||||| |||||||||  |    
T  9402840 caaccaggaatcctcccaaaacatggtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgttgattctgccaaccccacaccaatt 9402741  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||| | ||| | ||| |    
T  9402740 ctaatttgatttaactgacgccaccaaatcgacccaacaccctcacaaaatcgcaccctccctccaaactcaccgtatttcgctcgcaacaccacattcc 9402641  T
Q  270 acaaactctccct 282  Q
    | |||||||||||    
T  9402640 ataaactctccct 9402628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 204
Target Start/End: Original strand, 47549311 - 47549492
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | |||    | |||||| || | |||||| |    
T  47549311 gacaactcgaagagcctaggaaaagacacaactaacggaacatcatccaaccacgtatcctcccaaaaaagagtatgacacccatcgcccatcttccgca 47549410  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcc 204  Q
    ||||||| |||  ||||||||||| ||||  || ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  47549411 caatattgtccaccaaccacctagaatccaacattcccacacctgaacgaatttggtttaaatgacgccaccaaatcgatcc 47549492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 236
Target Start/End: Original strand, 24820209 - 24820375
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||    |||||| |||  ||  |||| |||||||||| |    
T  24820209 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaactaaccacgtagactcaaccaaccccacaccagct 24820308  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaa 236  Q
    | || ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  24820309 ctaacttggtttaactgacgccaccaaatcgatccaacaccctcacaaaaccgcaccctccccccaa 24820375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 25056548 - 25056431
Alignment:
Q  26 aactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaa 125  Q
    |||||||| |||||| ||||||||  || ||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||   | ||||| || ||||||| || ||    
T  25056548 aactcaaacagcctacaaaaagacctagctaaaggaacgtcatcaagccacggatcctcccaaaataaagtggactttccatc-ccaaccttcctaataa 25056450  T
Q  126 tattatcccacaaccacct 144  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  25056449 tattatcctccaaccacct 25056431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 334
Target Start/End: Original strand, 47549550 - 47549600
Alignment:
Q  284 tcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcc 334  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  47549550 tcctccaacactctccacacccattttcccaataaagaaatgttagattcc 47549600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 268 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 5778573 - 5778511
Alignment:
Q  268 tcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||  | |||||||| | ||||||    
T  5778573 tcacaaactctccctctcctccaacactctcgagacccatttatctaataaagataaattaaa 5778511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 70 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 224436 - 224162
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||||  |||||   |||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  224436 caaccaaggatcctcccaaaaaaaagtggtactcccatcgcctaccttccttacaacgttatcaaccaaccacctagcatccgttactcccacaccagat 224337  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||| ||| | | ||| | ||| |    
T  224336 cgaatttggtttagttgacgccaccaaattgacccaacaccatcactaaaccgcaccctccctcctacctccctatacttagcttgcaacaccacattcc 224237  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||    
T  224236 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaacaaagatgtattaaattccctcaaccttt 224162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 344
Target Start/End: Original strand, 74763 - 75084
Alignment:
Q  23 gacaactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||| ||||||| | ||    
T  74763 gacaactcaaaaagtctagaaaaagacactgccaacggaacatctaacaaccaaggatcctcccaaaacatggtggtactctcatcttctacctttctaa 74862  T
Q  123 caatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccg 222  Q
    | || |||||   ||||||| |||  || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| || || || ||||||| ||| ||    
T  74863 ctatgttatcaaccaaccacgtagtctctgccaaccccacaccagatctaatttgatttaaatgactccaccaaattgacccaactccctcacaaaagcg 74962  T
Q  223 caccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaa 322  Q
    |||||||||||||| ||| || || ||||| || | ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  74963 caccctccctccaacctctccgtatttcgcgcgcaacactacattccacaaactctccctatcctccaacaccctccacacccattttcccaacaaagaa 75062  T
Q  323 atattaaattcccgcaaccttt 344  Q
    ||||| || |||||||| ||||    
T  75063 atattgaactcccgcaatcttt 75084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 26 - 344
Target Start/End: Original strand, 49370235 - 49370553
Alignment:
Q  26 aactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaa 125  Q
    |||||||| || |||||||| ||| | | ||||||||| ||   |||||| | ||||| | |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||| |    
T  49370235 aactcaaaaagtctagaaaacgacgctgctaacggaacatctaacaaccaagcatccttccaaaacatagtagtactcccatctcctaccttcctaacta 49370334  T
Q  126 tattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcac 225  Q
    | |||||   ||||||  ||   |||||||| |||||||||| || ||||||  ||||||||||||| |||||||| || || ||||||| |||||||||    
T  49370335 tgttatcaaccaaccaagtattctccgccaaacccacaccagctctaatttggcttaactgacgccatcaaatcgacccaactccctcaccaaaccgcac 49370434  T
Q  226 cctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaata 325  Q
    |||||| ||||  || || || |||||||| ||||| | ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  49370435 cctcccaccaacttctccgtatttcgctcgcagcaccacattccacaaactttccttctcctccaacaccctccacactcatttccctaataaagaaata 49370534  T
Q  326 ttaaattcccgcaaccttt 344  Q
    || || |||||||||||||    
T  49370535 ttgaactcccgcaaccttt 49370553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 26 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 28520592 - 28520323
Alignment:
Q  26 aactcaaatagcctagaaaaagacacagataacggaacgtcatccaaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaa 125  Q
    |||||||||||||||| | |||||   | ||||||||  ||||| | |||| |||||||  ||||||  ||||| | |||||| || ||||||| |||||    
T  28520592 aactcaaatagcctagcataagacgttgctaacggaaaatcatctagccacagatcctctcaaaacagtgtggtccacccatcccccaccttcctaacaa 28520493  T
Q  126 tattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaa-ccgca 224  Q
    |||| ||   ||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||    
T  28520492 tattgtctaccaaccacctagcatccgccatccccacccc-gatcgaatttggtttaagttacgccaccaaatcgatccaacccc-tcacaaaaaccgca 28520395  T
Q  225 ccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccc 296  Q
    ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28520394 ccctccctccctcctccccatacttcgctcgaagcactaaatttcacaaactctccctctcctccaacaccc 28520323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 330
Target Start/End: Original strand, 26996476 - 26996731
Alignment:
Q  73 ccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagatcga 172  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||||| ||||| || |||| || |||||| |||||  | |||||   ||| ||  ||||||| |||||   |||     
T  26996476 ccacggatccacccaaaacaaagttgtgctaccatccccgacctgcctaacaatgttatcaaataaccatgaagcgtctaccaatccaacacctactcgg 26996575  T
Q  173 atttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttcaca 272  Q
    ||||| ||||   | |||||||||||||| || ||||||||   ||||||||||||||| ||   | |||||||||| ||  ||||||||| | | ||||    
T  26996576 atttggtttagaagtcgccaccaaatcgacccaaccccctcggaaaaccgcaccctcccaccctccccaccatactttgcctgaagcactaaactccaca 26996675  T
Q  273 aactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaa 330  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||    
T  26996676 aattctccctctcctccaacaccctccacaccca--tccccattaaagagatattaaa 26996731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 306
Target Start/End: Original strand, 27030464 - 27030700
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||| |||  ||  |||| |||||||||| |    
T  27030464 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtactcccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccacgtagactcaaccaaccccacaccagct 27030563  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | || ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||| ||||||||| || | ||| || || ||||| || | ||| |  || |    
T  27030564 ctaacttggtttaactgacgccaccaaatcgaaccaacaccctcacaaaaccacaccctcccccccaactctccgtatttcgcacgcaacaccacgttcc 27030663  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacaccca 306  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27030664 ataaactttccctatcctccaaaaccctccacaccca 27030700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 336
Target Start/End: Original strand, 10004443 - 10004709
Alignment:
Q  70 caaccacggatcctccaaaaacaaagtggtgctcccatctcctaccttccgaacaatattatcccacaaccacctagcatccgccaatcccacaccagat 169  Q
    |||||| | ||||||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||  || || |||||   ||||||  |||  ||  |||| |||||||||| |    
T  10004443 caaccaagaatcctcccaaaacaatgtggtacacccatcacctaccttcctgactatgttatcaaccaaccatgtagactcaaccaaccccacaccagct 10004542  T
Q  170 cgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaagcactatatttc 269  Q
    | ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || || || || || | ||| |  || |    
T  10004543 ctaacctgatttaactgacgccaccaaatcgatccaataccctcacaaaaccgcaccctccccccaacctctccgtattttgcacgcaacaccacgttcc 10004642  T
Q  270 acaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcccg 336  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || | |||||| | ||| ||||||||    
T  10004643 ataaactttccctatcctccaaaaccctccacacccactttcctagtaaagacaaattgaattcccg 10004709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 334
Target Start/End: Original strand, 48710596 - 48710771
Alignment:
Q  158 cccacaccagatcgaatttgatttaactgacgccaccaaatcgatcctaccccctcactaaaccgcaccctccctccaatctcaccatacttcgctcgaa 257  Q
    |||||||| || || ||||| ||||  | ||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||   |||||||||||| |||||||    
T  48710596 cccacacccgaccggatttggtttaggttacgccaccaaaccgatccaactccctccctaaaccgaaccctgccccctc-ctcaccatactttgctcgaa 48710694  T
Q  258 gcactatatttcacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattcc 334  Q
      || | ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || | ||||||||||||||||    
T  48710695 taacaacattccacaaactctccctctcctccaataacctccacacccacttacctaaaagagaaatattaaattcc 48710771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0250 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0250
Description:

Target: scaffold0250; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 269 - 333
Target Start/End: Original strand, 19944 - 20008
Alignment:
Q  269 cacaaactctccctctcctccaacaccctccacacccatttccccaataaagaaatattaaattc 333  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||| | |||||| | |||||||||    
T  19944 cacagactctccctctcctccagaaccctccaaatccatttcccaagtaaagataaattaaattc 20008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University