View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18195_low_3 (Length: 944)

Name: NF18195_low_3
Description: NF18195
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18195_low_3
NF18195_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-937)||(3246075-3246995)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 821; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 821; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 937
Target Start/End: Original strand, 3246075 - 3246995
Alignment:
Q  14 catcctcgtcatacacaatctatgtctgtttctgcatttgattcccattatgacaaagaaaatgataatcttcctcgccatacacgaccgcattcccttg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246075 catcctcgtcatacacaatctatgtctgtttctgcatttgattcccattatgacaaagaaaatgataatcttcctcgccatacacgaccgcattcccttg 3246174  T
Q  114 cttccactgcttttgcaactaattttgtccaagacaacgctggtttgtactttgctttttctaacattaaaattgttggttgatataagatatattaaaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3246175 cttccactgcttttgcaactaattttgtccaagacaacgctggtttgtactttgctttttctaacattaaaattgttggttgatataggatatattaaaa 3246274  T
Q  214 ttttgagtttattatgctaatttaacaacaccaaagaaggtaatttatgggtgaggatcaatgtaataccgacacttttgatcaaaatatccatggtggc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3246275 ttttgagtttattatgctaatttaacaacaccgaagaaggtaatttatgggtgaggatcaatgtaatactgacacttttgatcaaaagatgcatggtggc 3246374  T
Q  314 caacacgcgtggcactggtacatatgattatatctaataaattttatcatatcaaattattgtatgagtgtttttatcgtgtttggtattttggtcatgt 413  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3246375 caatacgcgtgacactgatacatatgattatatctaataaattttatcatatcaaattattg--tgagtgtttttatggtgtttggtattttggtcatgt 3246472  T
Q  414 ttcataagtgaaggtcaaacaaagttttaaatctaaatccttaatatcgtaaagaatagcggagaattatgtttaaatgggcacgatgcagcccaaattg 513  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3246473 ttcataagtgaaggtcgaacaaagttttaaatctaaatccttaatatcgtaaagaatagtggagaattatgtttaaatgggcacgatgcagcccaaactg 3246572  T
Q  514 caatcaaatggttgcacatcaaacattttaacgctgcgatctagatcacactagtggaccttggtagaaaacatctagagcacgaggttcgtagaattag 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246573 caatcaaatggttgcacatcaaacattttaacgccgcgatctagatcacactagtggaccttggtagaaaacatctagagcacgaggttcgtagaattag 3246672  T
Q  614 gataaaaagacacaattgttttctagtttaattagatgtctcgagtttgtgttttgaaaatgcaacaaggttggaatgtttcgagggtcgtgatacctta 713  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3246673 gataaaattacacaattg-tttctagtttaattagatgtctcgagtttgtgttttgaaaatgcaacaaggttggaatatttcgagggtcgtgatacctta 3246771  T
Q  714 tttatatagaaaaagatatttgtcacatcttagatatattttgatattacattatcattcaactcgatctaaaagctagctcatgggtccgggttacccc 813  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  3246772 tttatatagaaaaagatatttatcacatcttagatagattttgatattacattatcattcaactcgatctaaaagctagctcatgggacagggttacccc 3246871  T
Q  814 cgcttgtaagggactctcaacatgatctagctttatttgataaatggtgtaagaaaattgcaactttcacatttgttttttagtttggggtgaaaaataa 913  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3246872 cgcttgtaagggactctcaacgtgatctagctttatttgataaatggtgtaagaaaattgcaactttcacatttgttttttagtttggggtgaaaaataa 3246971  T
Q  914 aacatgatttgttatatgatgatg 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3246972 aacatgatttgttatatgatgatg 3246995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University