View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18196_low_2 (Length: 961)

Name: NF18196_low_2
Description: NF18196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18196_low_2
NF18196_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-952)||(44005969-44006902)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 918; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 918; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 952
Target Start/End: Original strand, 44005969 - 44006902
Alignment:
Q  19 aatattttatttgatcagttgctgaagttcttatgagatttgcctttgtaatttgaacacttaaagtggaaatttagattcttgtattactcttatgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44005969 aatattttatttgatcagttgctgaagttcttatgagatttgcctttgtaatttgaacacttaaagtggaaatttagattcttgtattactcttatgcaa 44006068  T
Q  119 cagatatcacatttattggaaatcaaaatcaatactttgtttaaagaagcatttaatcatttgttaaattattataattcctactgctaatccatgccaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006069 cagatatcacatttattggaaatcaaaatcaatactttgtttaaagaagcatttaatcattttttaaattattataattcctactgctaatccatgccaa 44006168  T
Q  219 ttgcaaggaagataatcgtttgtgtaaggtatttttcaatttttgcttgttgtgaactttaatcatcattcatgttaactgtgaattaacaaatgctatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006169 ttgcaaggaagataatcgtttgtgtaaggtatttttcaatttttgcttgttgtgaactttaatcatcattcatgttaactgtgaattaacaaatgctatt 44006268  T
Q  319 ttcattagttttctgaatttgatgcagcaaagaaacactgatttcactcttttaacaggaatgaggtattaaggatcattctcggaagaattttgatctc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006269 ttcattagttttctgaatttgatgcagcaaagaaacactgatttcactcttttaacaggaatgaggtattaaggatcattctcggaagaattttgatctc 44006368  T
Q  419 atggctgattcttcttccaatctctctttacctcctgacacagtaagcgcaagacaaataaggtcctcactatttcacacctccggttctagggtgggag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006369 atggctgattcttcttccaatctctctttacctcctgacacagtaagcgcaagacaaataaggtcctcactatttcacacctccggttctagggtgggag 44006468  T
Q  519 ctggtgtgaaaaacttaccggattctgaatccgcttggagccctacttctccactcgattacagactcttctcaaatcttagcaatgtttttagcactaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44006469 ctggtgtgaaaaacttaccggattctgaatccgcttggagccctacttctcctctcgattacagactcttctcaaatcttagcaatgtttttagcgctaa 44006568  T
Q  619 gtcttctagaccttcattccaaaccgagaataagaagccgttagatggaagtaaagtaggccttggtatcataacttctcttgttaatgaaaccaaacct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006569 gtcttctagaccttcattccaaaccgagaataagaagccgttagatggaagtaaagtaggccttggtatcataacttctcttgttaatgaaaccaaacct 44006668  T
Q  719 aataacgagatccttggtaaatttccaaggaaaaatataattttcggatcacaagtgaagaatcacatacttcaattctcaaagaataaccatgaatctc 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006669 aataacgagatccttggtaaatttccaaggaaaaatataatttttggatcacaagtgaagaatcacatacttcaattctcaaagaataaccatgaatctc 44006768  T
Q  819 ttgcaccttttttgaaaaccaattccttgcccaaaaactatgtcatttcacttccttccgaaaccaaaagtcccacacttccttccaaaaccaaaagtcc 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006769 ttgcaccttttttgaaaaccaattccttgcccaaaaactatgtcatttcacttccttccgaaaccaaaagtcccacacttccttccaaaaccaaaagtcc 44006868  T
Q  919 caaatcagaagtcgaaagctttgatgatgatgtc 952  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44006869 caaatcagaagtcgaaagctttgatgatgatgtc 44006902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University