View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18196_low_3 (Length: 751)

Name: NF18196_low_3
Description: NF18196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18196_low_3
NF18196_low_3
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (15-611)||(1962277-1962868)
chr8 (15-592)||(2015561-2016143)
chr8 (15-446)||(2018944-2019375)
chr8 (614-736)||(1962175-1962297)
chr8 (181-424)||(2005333-2005576)
chr8 (181-423)||(2008713-2008955)
chr8 (181-423)||(1968060-1968302)
chr8 (299-442)||(2013378-2013522)
chr8 (233-418)||(2012380-2012565)
chr8 (16-104)||(2012163-2012251)
chr8 (342-421)||(1964500-1964581)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-424)||(5901638-5902047)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (228-423)||(18189425-18189620)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 1962868 - 1962277
Alignment:
15 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggactt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
1962868 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgcccttaaagttaaggactt 1962769  T
115 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtgga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1962768 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtgga 1962669  T
215 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1962668 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 1962569  T
315 atggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1962568 atggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 1962469  T
415 gaaaatttgttcttagtttacagcttataagttaatannnnnnnatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacagaactcaactcaactacctatacatgttc 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||    
1962468 gaaaatttgttcttagtttacagcttataagttaatatttttttatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacag-----aactcaactacctatacatgttc 1962374  T
515 tgcaaaatcaacattatgtatatgtttgagaagtttcaaaacgaatgaataagagccacacatgttgggaagaacaaaacaggcaccaagtgtatct 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1962373 tgcaaaatcaacattatgtatatgtttgagaagtttcaaaacgaatgaataagagccacacatgttgggaagaacaaaacaggcaccaagtgtatct 1962277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 592
Target Start/End: Original strand, 2015561 - 2016143
Alignment:
15 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggactt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
2015561 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatccagtgcatccattgctgatatatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtctttaaagttaaggactt 2015660  T
115 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtgga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
2015661 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagtcagtgtgagctgaagttgaagtactaaagcaatcccttgtggtaggtcattggagttcactggtgga 2015760  T
215 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2015761 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttgaaggattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 2015860  T
315 atggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 414  Q
     |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
2015861 ttggatgaagctgaacaagtctcttggagaattgaagaatagagaccaaatggctatatccaacacctggaacaactgcaatatgaattgttttctccat 2015960  T
415 gaaaatttgttcttagtttacagcttataa-----------gttaatannnnnnnatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacagaactcaactcaactacc 503  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||            ||  |        ||||||||||||||||||||||||||||     |||||| |||||    
2015961 aaaaatttgttcttagtttaccgcttataacttttttttttttttttttttttttatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacag-----aactcacctacc 2016055  T
504 tatacatgttctgcaaaatcaacattatgtatatgtttgagaagtttcaaaacgaatgaataagagccacacatgttgggaagaacaaa 592  Q
    | |||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
2016056 tctacatgctctgcaaaattgacattatgtatgtgtttgacaagtttcaaaacg-atgaataagagccacacatgatgggaagaacaaa 2016143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 15 - 446
Target Start/End: Original strand, 2018944 - 2019375
Alignment:
15 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggactt 114  Q
    |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2018944 cataggacaacatgttgaactctttagcaaaatctagtgcatcgattgctaatgaatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggactt 2019043  T
115 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtgga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| ||||    
2019044 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgaattactgtgagctgaatttgaagtactaaagcaatcccttgtggtaagtctttggagctcactgatgga 2019143  T
215 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 314  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
2019144 agaaaagtacagttgatgtttgatggaagagtttgaatgatggtttttgaatcggttgggagagactcaattgagggaatgaaacatgtgacatgaaagt 2019243  T
315 atggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 414  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
2019244 atggatgaagctgaacaagtagcttggagaattgaagaatcgggaataagtggccatatccaacacctggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 2019343  T
415 gaaaatttgttcttagtttacagcttataagt 446  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
2019344 gaaaattagttattagtttacagcttataagt 2019375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 614 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 1962297 - 1962175
Alignment:
614 aaacaggcaccaagtgtatctttgtgtccagcacacagaattgggtaaaaaccacaaacaggtcagactttcaccccaaccattgaccaaacagcgcagc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1962297 aaacaggcaccaagtgtatctttgtgtccagcacacagaattgggtaaaaaccacaaacaggtcagactttcaccccaaccattgaccaaacagcgcagc 1962198  T
714 cttgacttctgaattttattact 736  Q
    |||||||||||||||||||||||    
1962197 cttgacttctgaattttattact 1962175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 181 - 424
Target Start/End: Original strand, 2005333 - 2005576
Alignment:
181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||    ||||| | ||||     
2005333 cccttgtggtaggtcattagggttcacaggtggaagaaaagtatggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggtagttgagggagat 2005432  T
281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| | ||  || ||||||||||||||||    
2005433 ccaagtgagggaatgaaacatgtgacatgaaagtttggatgaagttgaacaagtctcttggagaattgaagaatagagaccaaatggctatatccaacac 2005532  T
381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttgt 424  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
2005533 ctggaacaactgcaatatgaattgttttctccatggaaacttgt 2005576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 181 - 423
Target Start/End: Original strand, 2008713 - 2008955
Alignment:
181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||   || ||| | ||||     
2008713 cccttgtggtaggtcattggggttcacaggtggaagaaaagtgtggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggcatttgagggagat 2008812  T
281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||    
2008813 ccaagcgtgggaatgaaacatgtgacatgaaagtttggatgaagctgaacaagtctcttggagaattgaagaatagggaccaaatggctatatccaacac 2008912  T
381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
2008913 ctggaacaactgcaatatgaactgttttctccatggaaatttg 2008955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 181 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1968302 - 1968060
Alignment:
181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||   || ||| | ||||     
1968302 cccttgtggtaggtcattgggattcacaggtggaagaaaagtgtggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggcatttgagggagat 1968203  T
281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||  || || |||||||||||||    
1968202 ccaagtgtgggaatgaaacatgtgacatgaaagtctggatgaagttgaacaagtctcttggagaattgaagaatagggaccaaatgactatatccaacac 1968103  T
381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
1968102 ctggaacaactgcaatatgaactgttttctccatggaaatttg 1968060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 299 - 442
Target Start/End: Original strand, 2013378 - 2013522
Alignment:
299 catgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
2013378 catgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagcttcgaaaattgaagaattgggaataagtgactatatccaacacctggaacaactgcaatat 2013477  T
399 gaactgttttctccatgaaaatttgtt-cttagtttacagcttat 442  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
2013478 gaatttttttctccatggaaatttgttgtttagtttacagcttat 2013522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 233 - 418
Target Start/End: Original strand, 2012380 - 2012565
Alignment:
233 tttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaa 332  Q
    ||||||||||| |||| ||| || |||| |||   | ||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||||| | ||    
2012380 tttgatggaagggtttgaaggatggtttctgaggaacttgggggagaaccaagtgtgggaatgatacatgtgacatgaatgtccggatgaagctggataa 2012479  T
333 gtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaa 418  Q
    |||  || ||||| |||||||| |||| |||||| | ||| || ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||    
2012480 gtaactttgagaaatgaagaatagggactaagtgtccatacccgacacctggaacaacggcaatgtgaattgttttatccatgaaa 2012565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 104
Target Start/End: Original strand, 2012163 - 2012251
Alignment:
16 ataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaag 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| ||||  || || ||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||    
2012163 ataggacaacatgttgaattctttagcaaagtttagtgcttcaacagcaaaagcatcaaccaccaaggccacaaggggaatccttaaag 2012251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 1964581 - 1964500
Alignment:
342 agaattgaagaattgggaataagtggctatat--ccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatt 421  Q
    ||||||||||||| | || ||| ||| |||||  |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||    
1964581 agaattgaagaatagagactaaatggatatatacccaacacctggaacaactgcaatgtgaatggttttctccatggaaatt 1964500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 5902047 - 5901638
Alignment:
15 cataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggactt 114  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||    | ||| | |||||||||||  || |||  ||| ||||||||||||||||| ||    
5902047 cataggacaacatgttgaactccttagccaaatctagtgcttcggcagataaagaatcaaccaccagtgccacagggggagtccttaaagttaaggagtt 5901948  T
115 caaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtgga 214  Q
    ||| |||||||||| | ||||||| | | | ||   || ||| |||| |||     ||| |  |  |||||| |||||||| || |  ||||| ||||||    
5901947 caatgcctgatgtaaatatggcagagtgagtgtcgttgcgagatgaatttggcattctacactagtcccttgaggtaggtcgttgggattcacaggtgga 5901848  T
215 agaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagt 314  Q
    ||||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||| | ||  |||||  || ||| | | || |||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
5901847 agaaaagtgtagccaatgtttgatggaagagtttgaaggaatgactttgaggcacttgagggtgatccaagtgtaggaatgaagcaagtgacatgaaagt 5901748  T
315 atggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccat 414  Q
     |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | || ||| |||||||| | | |||| |||| ||| ||||| |||| ||||||||||||    
5901747 ctggatggagctgaacaagtagcttggagaattcaagaatagagactaaatggctataccaagcacctggaataacagcaatgtgaattgttttctccat 5901648  T
415 gaaaatttgt 424  Q
    ||||||||||    
5901647 gaaaatttgt 5901638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 228 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 18189620 - 18189425
Alignment:
228 tgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctg 327  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| || | || |||   | ||||| |||||||||||| | ||||||  |||||| |||||| || ||||||||| ||    
18189620 tgatatttgatggaagagtttgaaggatgggttctgaggaacttgggggagaaccaagtgtgcgaatgatacatgtggcatgaatgtctggatgaagatg 18189521  T
328 aacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
     | |||||  || |||||||||||||| |||| |||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||    
18189520 gataagtaactttgagaattgaagaatagggactaagtgtccatacccaacacctggaacaactgcaatgtgaattgttttatccatggaaatttg 18189425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University