View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18197_low_15 (Length: 296)

Name: NF18197_low_15
Description: NF18197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18197_low_15
NF18197_low_15
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (5-296)||(38453418-38453709)
chr8 (9-168)||(38633057-38633216)
chr8 (9-179)||(39848769-39848939)
chr8 (9-100)||(34539027-34539118)
chr8 (14-106)||(39848636-39848728)
chr8 (9-101)||(34533725-34533817)
chr8 (9-101)||(38632779-38632871)
chr8 (17-92)||(39848261-39848336)
chr8 (22-110)||(34549174-34549262)
chr8 (17-101)||(38632548-38632632)
chr8 (9-100)||(38453890-38453981)
chr8 (9-101)||(34533863-34533955)
chr8 (15-101)||(34916426-34916512)
chr8 (9-101)||(34544775-34544867)
chr8 (9-101)||(39848490-39848582)
chr8 (18-100)||(38632929-38633011)
chr8 (24-101)||(34533587-34533664)
chr8 (9-92)||(34916573-34916656)
chr8 (27-86)||(36951478-36951537)
chr8 (15-101)||(34916150-34916236)
chr8 (25-92)||(39848368-39848435)
chr8 (197-248)||(38633242-38633296)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-283)||(44474634-44474909)
chr4 (14-81)||(44474364-44474431)
chr4 (14-101)||(44474502-44474589)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (44-247)||(7045679-7045879)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 5 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 38453709 - 38453418
Alignment:
Q  5 gatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgac 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38453709 gatcatgagttgggctaatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatggggatgtcgac 38453610  T
Q  105 attggtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38453609 attggtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtga 38453510  T
Q  205 tagagaaaggactgatgatatggggccttcaaaatcccgatggagattgtatatgtcctgattcctcatctggtgtgattctttctgttatc 296  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38453509 tagagaaaagactgatgatatgaggccttcaaaatcccgatggagattgtatatgtcctgattcctcatctggtgtgattctttctgttatc 38453418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 9 - 168
Target Start/End: Original strand, 38633057 - 38633216
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacattg 108  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| ||||    
T  38633057 atgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggatctggagtttatagatatgctaatggggatgtcgatattg 38633156  T
Q  109 gtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaa 168  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||    
T  38633157 gtaacttcaggagtaaacttctccatgtcaatggaaaatacacatgctcagatggaacaa 38633216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 179
Target Start/End: Original strand, 39848769 - 39848939
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacattg 108  Q
    |||||||||| |  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||  |||||||||| ||||    
T  39848769 atgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatatggagtttatagatatgctaacggggatgtcgatattg 39848868  T
Q  109 gtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggt 179  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||    
T  39848869 gtaacttcaggagtaaacttctccatgacaatggaaaatacacacactcaaatggaacaatatacgagggt 39848939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 34539118 - 34539027
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgt 100  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  34539118 atgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatggacttagacatggttctggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 106
Target Start/End: Original strand, 39848636 - 39848728
Alignment:
Q  14 ttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacat 106  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  39848636 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacat 39848728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34533817 - 34533725
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  34533817 atgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatggggatgtc 34533725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Original strand, 38632779 - 38632871
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  38632779 atgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtc 38632871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 92
Target Start/End: Original strand, 39848261 - 39848336
Alignment:
Q  17 ggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaat 92  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39848261 ggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaatgactttgtatatggatatggagtttttagatttgcaaat 39848336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549174
Alignment:
Q  22 atggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacattggt 110  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctacattggt 34549174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 101
Target Start/End: Original strand, 38632548 - 38632632
Alignment:
Q  17 ggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  38632548 ggctaatggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtc 38632632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 38453981 - 38453890
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgt 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||| |||||||    
T  38453981 atgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatctgtaaatggggatgt 38453890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34533955 - 34533863
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  34533955 atgaattgggttgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtc 34533863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34916512 - 34916426
Alignment:
Q  15 tgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  34916512 tgggctaacgatgatgttttcgatggttattggtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtc 34916426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34544867 - 34544775
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||    
T  34544867 atgaattgggttaatggtgatgttttcaatggatgttggtcaaatggacatagacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtc 34544775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 101
Target Start/End: Original strand, 39848490 - 39848582
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||||||||| || ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||| |||||  |||||| ||||||||    
T  39848490 atgagttgggatactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatggagtttatagatccgcaaatggggatgtc 39848582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 100
Target Start/End: Original strand, 38632929 - 38633011
Alignment:
Q  18 gctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgt 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||| |||| | |||||| |||||||| || |||||||||| |||||||    
T  38632929 gctaacggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgt 38633011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34533664 - 34533587
Alignment:
Q  24 ggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| || || ||| ||| ||||||||    
T  34533664 ggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtc 34533587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 34916656 - 34916573
Alignment:
Q  9 atgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaat 92  Q
    |||| ||||| |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  34916656 atgaattggggtaatggtgctattttcgatggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaat 34916573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 86
Target Start/End: Original strand, 36951478 - 36951537
Alignment:
Q  27 gatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagattt 86  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  36951478 gatgtttttgatggttgttggttaaatggacttagacaaggatctggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 34916236 - 34916150
Alignment:
Q  15 tgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||| |  | |||||| | |||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  34916236 tgggctaacggtgatgttttcgatggttattggtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtc 34916150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 92
Target Start/End: Original strand, 39848368 - 39848435
Alignment:
Q  25 gtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaat 92  Q
    ||||||||||| |||||||| | |||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  39848368 gtgatgtttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaat 39848435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 248
Target Start/End: Original strand, 38633242 - 38633296
Alignment:
Q  197 aaaagtgatagagaaagga---ctgatgatatggggccttcaaaatcccgatgga 248  Q
    |||||||| |||||||| |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38633242 aaaagtgacagagaaagaagaactgatgatatgggcccttcaaaatcccgatgga 38633296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 8 - 283
Target Start/End: Original strand, 44474634 - 44474909
Alignment:
Q  8 catgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacatt 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  44474634 catgagttggactaatggtgatgtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggatctggagtttttaaatttgcaaatggggatgtcgacatt 44474733  T
Q  108 ggtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacggaaaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtgatag 207  Q
    |||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44474734 ggtaacttcaggagtaaacttctttatgacaacggaacatacacatgttcaaatgaaacaatgtacaagggttgcatatgctcaaatgaaaaagtgatag 44474833  T
Q  208 agaaaggactgatgatatggggccttcaaaatcccgatggagattgtatatgtcctgattcctcatctggtgtgat 283  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||||    
T  44474834 agaaaggactgatgatatggagccttcaaaatcctaatggaggttgtatatatcataattgctcatctggtgtgat 44474909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 81
Target Start/End: Original strand, 44474364 - 44474431
Alignment:
Q  14 ttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagttttta 81  Q
    |||||||| ||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  44474364 ttgggctattggcgatgtttttattggttcttggtcaaatggccttgtacatggatttggagttttta 44474431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 101
Target Start/End: Original strand, 44474502 - 44474589
Alignment:
Q  14 ttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtc 101  Q
    ||||||||||| ||||  |||| ||||||||  ||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| |||| ||||||||    
T  44474502 ttgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatggggatgtc 44474589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 7045879 - 7045679
Alignment:
Q  44 ttggtcaaatggccttatacatggatctggagtttttagatttgcaaatagggatgtcgacattggtaacttcaggagtaaacaacttcatggcaacgga 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||||| | |||| |||  ||  ||| |||||||    
T  7045879 ttggtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtcaacattggtaactttaagagtcaacttctctatgacaacgga 7045780  T
Q  144 aaatacacattttcaaatggaacaatgtacgagggttgcatatgctcaaatggaaaagtgatagagaaaggactgatgatatggggccttcaaaatcccg 243  Q
    || | |||||  |||||||||||||||||||| ||   ||| ||     ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |    
T  7045779 aagtgcacatggtcaaatggaacaatgtacgaagg--ccat-tgtgttgatgaaaaagtgatagagaaaggactaatgatatggagccctcaaaatcctg 7045683  T
Q  244 atgg 247  Q
    ||||    
T  7045682 atgg 7045679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University