View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18199_low_1 (Length: 929)

Name: NF18199_low_1
Description: NF18199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18199_low_1
NF18199_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-912)||(37965829-37966745)
chr4 (575-617)||(37960324-37960366)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 823; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 823; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 912
Target Start/End: Original strand, 37965829 - 37966745
Alignment:
Q  1 atgatgatgttggaagttacaatgaaggcaatgatgatggtgtgtccctggttagccgacttcggcggcagggtggtggcagagttctgttgaatcgttc 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37965829 atgatgatgatggaagttacaatgaaggcaatgatgatggtgtgtccctggttagccgacttcggcggcagggtggtggcagagttctgttgaatcgttc 37965928  T
Q  101 cagcaggaggcgtaggcgtagagaaacacatgcaacgatgggaggaagtgggtgattgatcatacttgatgcaggaggttggaaaggggcaagtttctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37965929 cagcaggaggcgtaggcgtagagaaacacatgcaacgatgggaggaagtgggtgattgatcatacttgacgcaggaggttggaaaggggcaagtttctta 37966028  T
Q  201 ggtatatattagatcagaaaatttagcaccatttagtggttgctttaataacatttgaagggtttttctttcccaacaagaaaaatcaaaagatgggcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966029 ggtatatattagatcagaaaatttagcaccatttagtggttgctttaataacatttgaagggtttttctttcccaacaagaaaaatcaaaagatgggcat 37966128  T
Q  301 ttttatttgtttatcttgttgtattgtcttccttgtacatgtacattcctaccttcctcctatagtctttattgcttttgcacattacaattgtgaatta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966129 ttttatttgtttatcttgttgtattgtcttccttgtacatgtacattcctaccttcctcctatagtctttattgcttttgcacattacaattgtgaatta 37966228  T
Q  401 acttatgtaaacatttgattgtatgaaaatcttcggcaagaatttgattgccatgtaaggggcaaattgattcctcccatgattgaacagttgcaaattg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966229 acttatgtaaacatttgattgtatgaaaatcttcggcaagaatttgatcgccatgtaaggggcaaattgattcctcccatgattgaacagttgcaaattg 37966328  T
Q  501 gctatttcagctatattaataaaccaggaattctgggttgcaaattgtgtcataatcattgcctctaccactaaattatcttgcactaatttattaaaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966329 gctatttcagctatattaataaaccaggaattctgggttgcaaattgtgtcataatcattgcctctaccactaaattatcttgcactaatttattaaaaa 37966428  T
Q  601 tcacatcctttggatttaccaatctggatggggaaaaaca-gtcnnnnnnncttctcgtatctgggccgataaatctgagcatagtggatccggatgtgt 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966429 tcacatcctttggatttaccaatctggatggggaaaaacacgtctttttttcttctcgtatctgggccgataaatctgagcatagtggatccggatgtgt 37966528  T
Q  700 atttaagaatcgt-------gggggtggaaaagaggccctcaaaaattgtttcctaatgttttggctcattacgaattgcttatgatctagattaatgat 792  Q
    |||||||||||||       ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37966529 atttaagaatcgtgggggggggggggggggaagaggccctcaaaaattgtttcctaatgttttggctcattacgaattgcttatgatctagattaatgat 37966628  T
Q  793 gtttcaatctcttcactgacattgccattgcaatgattctacagcaccaactactactttattacatgctaatagtctattttcaaccaaatgcaacttt 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37966629 gtttcaatctcttcactgacattgccattgca---attctacagcaccaactactactttattacatgctaatagtctattttcaaccaactgcaacttt 37966725  T
Q  893 atcatttacatgtaaccttc 912  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37966726 atcatttacatgtaaccttc 37966745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 575 - 617
Target Start/End: Original strand, 37960324 - 37960366
Alignment:
Q  575 attatcttgcactaatttattaaaaatcacatcctttggattt 617  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37960324 attatcttgcactagtttattaaaaatcacatcctttggattt 37960366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University