View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18199_low_15 (Length: 253)

Name: NF18199_low_15
Description: NF18199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18199_low_15
NF18199_low_15
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (29-249)||(24219646-24219866)
chr3 (67-173)||(16350456-16350562)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (29-249)||(10129505-10129725)
chr1 (33-236)||(41315641-41315844)
chr1 (58-140)||(17250710-17250792)
chr1 (92-178)||(4260799-4260885)
chr1 (92-178)||(4264421-4264507)
chr1 (94-140)||(19489683-19489729)
[»] chr6 (36 HSPs)
chr6 (29-249)||(29928641-29928861)
chr6 (30-249)||(24730224-24730443)
chr6 (35-249)||(29902630-29902844)
chr6 (29-249)||(28927393-28927613)
chr6 (29-247)||(24264165-24264383)
chr6 (37-247)||(29834591-29834801)
chr6 (37-247)||(29866025-29866235)
chr6 (35-249)||(29881809-29882023)
chr6 (35-249)||(29908965-29909179)
chr6 (38-247)||(24711515-24711724)
chr6 (29-247)||(24272360-24272578)
chr6 (29-247)||(24886934-24887152)
chr6 (29-249)||(29349009-29349229)
chr6 (29-249)||(29897450-29897670)
chr6 (29-247)||(29886665-29886883)
chr6 (43-236)||(29946014-29946207)
chr6 (35-182)||(25450282-25450429)
chr6 (29-247)||(29905021-29905239)
chr6 (29-170)||(29211568-29211709)
chr6 (29-249)||(29366832-29367052)
chr6 (29-249)||(29893921-29894141)
chr6 (30-197)||(24890709-24890876)
chr6 (37-249)||(29073139-29073351)
chr6 (37-249)||(29105712-29105924)
chr6 (79-156)||(31000442-31000519)
chr6 (30-170)||(29084387-29084527)
chr6 (30-249)||(29098712-29098931)
chr6 (57-236)||(29876221-29876400)
chr6 (46-246)||(21161039-21161239)
chr6 (94-236)||(30578192-30578334)
chr6 (30-249)||(29115630-29115849)
chr6 (55-224)||(30028532-30028701)
chr6 (32-178)||(24941571-24941717)
chr6 (33-178)||(24934039-24934184)
chr6 (76-236)||(15727592-15727752)
chr6 (46-246)||(29950311-29950511)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (35-162)||(15063374-15063501)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (29-247)||(21711-21929)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (35-157)||(54204-54326)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (58-173)||(2628-2743)
[»] scaffold1840 (1 HSPs)
scaffold1840 (59-173)||(807-921)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (34-246)||(136747-136959)
scaffold0014 (67-234)||(105164-105331)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (34-105)||(1775-1846)
[»] scaffold0652 (1 HSPs)
scaffold0652 (34-101)||(5945-6012)
[»] scaffold0051 (1 HSPs)
scaffold0051 (34-101)||(51063-51130)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (34-173)||(8368-8507)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 24219866 - 24219646
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24219866 gacgaattgatgggaaattggttcgacttgatgtggtgatgtacaacacgattattgatggtgtgtgcaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 24219767  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
     |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24219766 ctattctgaaatggttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacttataatactttaatttgtggtttatgcattatgggtcaattgaaagatgcaatt 24219667  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  24219666 ggtttgttacataaaatgata 24219646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 173
Target Start/End: Original strand, 16350456 - 16350562
Alignment:
Q  67 atgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactg 166  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| || |  ||||| | || ||||||||  |||||  |||  |||||||||  ||| ||||    
T  16350456 atgtatagcacaatcattgatggtttgtgtaaagataaactagtaactgatgcctatggtttatattcagaaatgattgtaaagagaattcctcccactg 16350555  T
Q  167 ttgtcac 173  Q
    |||||||    
T  16350556 ttgtcac 16350562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 10129505 - 10129725
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||| || ||||||| || ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10129505 gacgagttgatgggaaaattgttcagcctaatgtggtaatgtataccatgatcattgatggtatgtgcaaagataaacttgttaatgatgcttttaattt 10129604  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| ||||||  | ||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||  |||||| |||| || ||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  10129605 atattctgaaatgatcgctaagagaatttttcctgatgttgtcacttataataatttaattagtggcttttgcgttgtgggtcaattgaaagatgcaatt 10129704  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  10129705 ggtttgttgcataaaatgata 10129725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 236
Target Start/End: Original strand, 41315641 - 41315844
Alignment:
Q  33 aattgatgggaaattggttcaac-ctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttata 131  Q
    |||||| ||||||||||| |||| | ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||| |||||    
T  41315641 aattgaagggaaattggt-caactccgatgtagtaatgtataacacaataattgatggtttgtgtaaagataagcttgtaaatgatgcttatgagttata 41315739  T
Q  132 ttttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggt 231  Q
    || ||||||  ||||  ||| ||||| ||||  ||||| ||| |  ||| |  |||| | ||| || |||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  41315740 ttctgaaatgattgcagagaaaatttctcctgatgttgccactttcaattctctaatatatggattttgcattattggtcaattgaaagatgcatttggt 41315839  T
Q  232 ttgtt 236  Q
    |||||    
T  41315840 ttgtt 41315844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 140
Target Start/End: Original strand, 17250710 - 17250792
Alignment:
Q  58 gatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaat 140  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  17250710 gatgttgtaatgtataatactattattgatggtttatgtaaagataaacttgtgagggatgcgtttgatttatattgtgaaat 17250792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4260885 - 4260799
Alignment:
Q  92 tgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtata 178  Q
    |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  4260885 tgtgcaaagatacatttgttaatgatgcttttgatttatattatgaaatggttgctagcggaatttctcctaatgttgtcacttata 4260799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 4264507 - 4264421
Alignment:
Q  92 tgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtata 178  Q
    |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  4264507 tgtgcaaagatacatttgttaatgatgcttttgatttatattatgaaatggttgctagcggaatttctcctaatgttgtcacttata 4264421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 140
Target Start/End: Original strand, 19489683 - 19489729
Alignment:
Q  94 tgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaat 140  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  19489683 tgtaaagataaacatgtaaatgatgcttttgatttatattctgaaat 19489729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 36)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 29928641 - 29928861
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29928641 gacgatttgatggaaaatttgttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29928740  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||| | | |||||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||| ||    
T  29928741 atattctgaaatggttgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttatagtgctttaattagtggattttgcattgttggtaaattgaaagatgcattt 29928840  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    | ||| ||  |||||||||||    
T  29928841 gatttttttaataaaatgata 29928861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 249
Target Start/End: Original strand, 24730224 - 24730443
Alignment:
Q  30 acgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattta 129  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||| |||  || ||||| |||| ||||||||||  | |||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  24730224 acgagttgatgggaaattagttcagcctaatgcggtaatgtacaacatgattattgataatatgtgcaaagctaagcttgttaatgatgcttttgattta 24730323  T
Q  130 tattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattg 229  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||| ||||  || | |||| | |||||  ||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||| ||| |||    
T  24730324 tattctcaaatggttgctaagagaatttctcctgatgatttcacttgtaatagtttaatttatggcttctgcattatgggtcaattgaaagaggcagttg 24730423  T
Q  230 gtttgttacataaaatgata 249  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  24730424 gtttgttacacaaaatgata 24730443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 35 - 249
Target Start/End: Original strand, 29902630 - 29902844
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||| || |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29902630 ttgatcggaaattggttcagcctaatgtggtaatgtataatacgattattgatggtatgtgcaaaggtaaatttgttaatgatgcttttgatttatattt 29902729  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttg 234  Q
    |||||| ||| ||| ||||| || ||||| ||||||||| |||| | | |||||| |||| || |||||| | | | || ||| ||||||||||| |||     
T  29902730 tgaaatggtttctaggagaacttctcctaatgttgtcacttatagtgctttaattagtggattttgcattgttggtaaactgagagatgcaattgatttc 29902829  T
Q  235 ttacataaaatgata 249  Q
    ||  |||||||||||    
T  29902830 tttaataaaatgata 29902844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 28927613 - 28927393
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  | |||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  28927613 gacgagttgatgggaaattggttcaacctgatgtggtaatgtacactatgattattgatagtatgtgtaaagataaacttgttaatgaagcttttgattt 28927514  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| | |||| |||    ||||| || || | | | |||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| ||| |||||    
T  28927513 atattctgaaatggtttctaaggggatttctcccgaagttgttacttacagtgctttaattagtggtttttgcattcttggtaaattgaatgattcaatt 28927414  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  28927413 ggtttgtttcataaaatgata 28927393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24264383 - 24264165
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||| |  |||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  24264383 gacgagttgatggaaaattggttcagcttgatgtggtaatgtacagtacgattattgatagtatgtgtaaagataaaaatgttaatgatgcttttgattt 24264284  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||| |||||||| | | | | ||||||| |||| | | |||||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||    
T  24264283 atattctgaaatggtttctaggagaatttcttccaatattgtcacttatagtgctttaattagtggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaatt 24264184  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  24264183 ggtttgttcaataaaatga 24264165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 247
Target Start/End: Original strand, 29834591 - 29834801
Alignment:
Q  37 gatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttg 136  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  29834591 gatgggaaattggttcagcctagtgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattctg 29834690  T
Q  137 aaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    |||| ||| ||||||||||||  |||  |||| |||| || ||| | || ||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||||||||||    
T  29834691 aaatggtttctaagagaatttcccctgatgttttcacttacaatgctttgattagtggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgtt 29834790  T
Q  237 acataaaatga 247  Q
      |||||||||    
T  29834791 caataaaatga 29834801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 37 - 247
Target Start/End: Original strand, 29866025 - 29866235
Alignment:
Q  37 gatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttg 136  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  29866025 gatgggaaattggttcagcctagtgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattctg 29866124  T
Q  137 aaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    |||| ||| ||||||||||||  |||  |||| |||| || ||| | || ||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||||||||||    
T  29866125 aaatggtttctaagagaatttcccctgatgttttcacttacaatgctttgattagtggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattggtttgtt 29866224  T
Q  237 acataaaatga 247  Q
      |||||||||    
T  29866225 caataaaatga 29866235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 249
Target Start/End: Original strand, 29881809 - 29882023
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||  || ||||| |   ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||     
T  29881809 ttgatggaaaattggttcagcttgatgcggtaatgtacagttcgattattgatagcatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattc 29881908  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttg 234  Q
    |||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||| | | |||||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||| ||||    
T  29881909 tgaaatggctgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttatagtgctttaattagtggattttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattgatttg 29882008  T
Q  235 ttacataaaatgata 249  Q
    ||  |||||||||||    
T  29882009 tttaataaaatgata 29882023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 249
Target Start/End: Original strand, 29908965 - 29909179
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||  || ||||| |   ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||     
T  29908965 ttgatggaaaattggttcagcttgatgcggtaatgtacagttcgattattgatagcatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattc 29909064  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttg 234  Q
    |||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||| | | |||||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||| ||||    
T  29909065 tgaaatggctgcaaagagaatttctcctaatgttgtcacttatagtgctttaattagtggattttgcattgttggtaaattgaaagatgcaattgatttg 29909164  T
Q  235 ttacataaaatgata 249  Q
    ||  |||||||||||    
T  29909165 tttaataaaatgata 29909179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 247
Target Start/End: Original strand, 24711515 - 24711724
Alignment:
Q  38 atgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttga 137  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||| ||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  24711515 atgggaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaccacaattattgatagtttatgcaaatataaacttgttaatgatgcatttgatttatattctga 24711614  T
Q  138 aattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtta 237  Q
    ||| | ||||||||||||||| |||  ||||||||| |||| | | |||||| ||||| | |||||| | | | ||||||| ||||||||| | |||||     
T  24711615 aatggctgctaagagaatttgccctgatgttgtcacttatagtgctttaattagtggtgtttgcattgttggtaaattgaatgatgcaatttggttgttc 24711714  T
Q  238 cataaaatga 247  Q
     |||||||||    
T  24711715 aataaaatga 24711724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24272578 - 24272360
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||| |  | || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24272578 gacgagttgatggtaaattgcttcaacctaacttggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagataaacttgataatgatgcttttgattt 24272479  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||  |||  ||||  ||| |||||| | ||||||  |||||| |||||| | | | |||||||||||||||||    
T  24272478 atattctgaaatggtttctaagagaattttccctgatgttaacacttataatgctttaattaatggtttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaatt 24272379  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  24272378 ggtttgttcaataaaatga 24272360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24887152 - 24886934
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  | ||||| | ||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  24887152 gacgagttgatggcaaattggttcaacctaatgtgataatgtacagcaccattattgatggtatgtgcaaaggtaaacttgttaatgatgcttttgattt 24887053  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| || || |||||||||| ||||  |||| |||| || | | | |||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| ||| |||||    
T  24887052 atattctgaaatggtcgcgaagagaatttctcctgatgttatcacttacagtgctttaattagtggtttttgcattgttggtaaattgaatgatacaatt 24886953  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    || |||||  |||||||||    
T  24886952 gggttgttcaataaaatga 24886934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 29349229 - 29349009
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  29349229 gacgagttgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgattt 29349130  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| | |||| |||   |||||| || || | | | |||||| ||||||| |||||| | | | ||||||| |||||||||    
T  29349129 atattctgaaatggtttctaaggggatttctcccgatgttgttacttacagtgctttaattagtggtttttgcattcttggtaaattgaatgatgcaatt 29349030  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    ||||||||  |||||||||||    
T  29349029 ggtttgttcaataaaatgata 29349009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 29897450 - 29897670
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| | | |||  || ||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29897450 gacgagttgatggtaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttattgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29897549  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||| |||   |||||| || || | | | ||||||  ||| || |||||| | | | |||||||||||||||||    
T  29897550 atattctgaaatggttgcaaagagaatttatcccggtgttgttacttacagtgctttaattattggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaatt 29897649  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    ||||||||  |||||||||||    
T  29897650 ggtttgttcaataaaatgata 29897670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Original strand, 29886665 - 29886883
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29886665 gacgagttgatggaaaattggttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29886764  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| | | ||||||||||||  ||   |||| |||| || ||| | |||||| |||| || |||||| | | | ||||||||||||||| |    
T  29886765 atattctgaaatggcttctaagagaattttccccgatgttttcacttacaatgctttaattagtggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaact 29886864  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    | ||| ||  |||||||||    
T  29886865 gatttattcaataaaatga 29886883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Original strand, 29946014 - 29946207
Alignment:
Q  43 aaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattg 142  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| |    
T  29946014 aaattggttcaacctgatgtggtaatgtatagtgtgattattgatggtatgtgcaaagataaacttgttaatgatgttgttgatttatattctgaaatgg 29946113  T
Q  143 ttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    || |||||||||||| ||| |   |||| || || || || ||||||  ||| || |||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  29946114 ttactaagagaatttctccgaacattgtaacttacaacactttaattcatggcttttgcattgtgggtcaattgaatgatgcatttggtttgtt 29946207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 182
Target Start/End: Original strand, 25450282 - 25450429
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| |||  | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  25450282 ttgatggtaaattggttcagcctcatgtagtaatgtacaacgtgcttattgatagaatgtgtaaagataaacttgttaacgttgcttttgatttatatta 25450381  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatac 182  Q
    ||||||  |||||||||| |||| ||||| |||| |||| || |||||    
T  25450382 tgaaatgcttgctaagaggatttctcctaatgttatcacttacaatac 25450429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Original strand, 29905021 - 29905239
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| || | ||| |   ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  29905021 gacgagttgatggaaaactggttcaacctgatgtggtaaagtacattgcgattattgatagtatgtgtaaagataaacatgttaatcatgcttttgattt 29905120  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| | |||| ||| ||||||||||||  |||  | || |||| || ||| | |||||| |||  || |||||| | | | |||||||||||||||||    
T  29905121 atattctaaaatggtttctaagagaatttcccctgatattctcacttacaatgctttaattagtgacttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaatt 29905220  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  29905221 ggttttttcaataaaatga 29905239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 29211709 - 29211568
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| |  || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29211709 gacgagttgatggtaaattggttcagcctaatgtggtaatgtacagtaccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29211610  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgt 170  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| |||||| ||| | ||||||    
T  29211609 atattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgt 29211568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 29367052 - 29366832
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||    
T  29367052 gacgagttgatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaagcttgttaatgaagcttttgattt 29366953  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| | |||| |||   |||||| || || ||| | |||||| |||| || |||||| | | | || |||||||||||| |    
T  29366952 atattctgaaatggtttctaaggggatttctcccgatgttgttacttacaatgctttaattagtggcttttgcattgtcggtaaaatgaaagatgcaact 29366853  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    | ||||||  |||||||||||    
T  29366852 gatttgtttaataaaatgata 29366832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 29893921 - 29894141
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    ||||| ||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||| |  || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29893921 gacgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacagtaccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 29894020  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| |||||| ||| | |||||| || || | | | |||||| |||| || | || | | | |||| ||||||||||||||    
T  29894021 atattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgttacttacagtgctttaattagtgggtttttcactgttggtcaactgaaagatgcaatt 29894120  T
Q  229 ggtttgttacataaaatgata 249  Q
    | | ||||  |||||||||||    
T  29894121 gatctgtttaataaaatgata 29894141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 24890876 - 24890709
Alignment:
Q  30 acgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattta 129  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||| |||  || ||||| |||| ||||||||||  | |||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  24890876 acgagttgatgggaaattagttcagcctaatgcggtaatgtacaacatgattattgataatatgtgcaaagctaagcttgttaatgatgcttttgattta 24890777  T
Q  130 tattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggttt 197  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||| |||  |||| |||| || ||| | |||||| |||||||    
T  24890776 tattctcaaatggttgctaagagaatttgccctgatgttttcacttacaatgctttaattagtggttt 24890709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 249
Target Start/End: Original strand, 29073139 - 29073351
Alignment:
Q  37 gatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttg 136  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||    
T  29073139 gatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgatttatattctg 29073238  T
Q  137 aaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    |||| ||| || || |||||| ||||  |||||| || || | | | |||||| |||| || | |||| | | | || ||||||||||||||| | ||||    
T  29073239 aaatggtttctgagggaatttctcctgatgttgttacttacagtgctttaattagtgggtttttcattgttggtaaactgaaagatgcaattgatctgtt 29073338  T
Q  237 acataaaatgata 249  Q
      |||||||||||    
T  29073339 taataaaatgata 29073351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 249
Target Start/End: Original strand, 29105712 - 29105924
Alignment:
Q  37 gatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttg 136  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||    
T  29105712 gatggtaaattggttcaacctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgatttatattctg 29105811  T
Q  137 aaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    |||| ||| || || |||||| ||||  |||||| || || | | | |||||| |||| || | |||| | | | || ||||||||||||||| | ||||    
T  29105812 aaatggtttctgagggaatttctcctgatgttgttacttacagtgctttaattagtgggtttttcattgttggtaaactgaaagatgcaattgatctgtt 29105911  T
Q  237 acataaaatgata 249  Q
      |||||||||||    
T  29105912 taataaaatgata 29105924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 31000519 - 31000442
Alignment:
Q  79 attattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatt 156  Q
    ||||||||| |||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  31000519 attattgatagtttatgcaaatataaacttgtcaacgatgcttttgatttatattctgaaatggttgctaagagaatt 31000442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 170
Target Start/End: Original strand, 29084387 - 29084527
Alignment:
Q  30 acgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattta 129  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| | | |||  || ||||| || ||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  29084387 acgagttgatggtaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttatttatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattta 29084486  T
Q  130 tattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgt 170  Q
    |||| |||||| ||| ||||| |||||| ||| | ||||||    
T  29084487 tattctgaaatggtttctaagggaatttctcccaatgttgt 29084527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 249
Target Start/End: Original strand, 29098712 - 29098931
Alignment:
Q  30 acgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattta 129  Q
    |||| ||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  29098712 acgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgattta 29098811  T
Q  130 tattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattg 229  Q
    | || |||||| ||| ||||| | |||| |||   |||||| || || | | | |||||| ||||||| |||||| | | | || |||||||||||||||    
T  29098812 ttttctgaaatggtttctaaggggatttctcccgatgttgttacttacagtgctttaattagtggtttttgcattcttggtaaactgaaagatgcaattg 29098911  T
Q  230 gtttgttacataaaatgata 249  Q
     | ||||  |||||||||||    
T  29098912 atctgtttaataaaatgata 29098931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 236
Target Start/End: Original strand, 29876221 - 29876400
Alignment:
Q  57 tgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatt 156  Q
    |||||| || ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||    
T  29876221 tgatgtggtaatgtataccgcgattattaatggtttgtgtaaagataagcttgttgatgatgcgtttgatttgtatactgaaatggttgctaagagagtt 29876320  T
Q  157 tgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    | |||   |||| | || |||||| || | |||| |||||| ||  || ||| ||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29876321 tctccggatgtttttacttataatgcgatgatttatggtttttgtgttgtgggtcggttgaaagatgctattggtttgtt 29876400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 46 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 21161239 - 21161039
Alignment:
Q  46 ttggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttg 145  Q
    |||||||| ||| |||| || ||||| |  || |||||| || |||| || || ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21161239 ttggttcagcctaatgtggtcatgtacagtacaattatttatagtttatgcaaggataaacttgtaattgatgcttttgatttatattctgaaatggttg 21161140  T
Q  146 ctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgttacataaaat 245  Q
    | | |||||| | ||||| ||| || || |||||||| ||||| | ||| || |||||| ||| |||| ||||| | ||||||| ||||||| || ||||    
T  21161139 ccatgagaatatttcctaatgtggttacctataatactttaatatatggcttttgcattgtgggtcaaatgaaacaagcaattgatttgttaaatgaaat 21161040  T
Q  246 g 246  Q
    |    
T  21161039 g 21161039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 30578334 - 30578192
Alignment:
Q  94 tgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtg 193  Q
    |||||||||||||||||    ||||| | ||||||||||| ||| || ||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||  |||| | ||    
T  30578334 tgtaaagataaacttgtagttgatgcgtatgatttatattgtgagatggttgtcaagagaatttttcctgatgttgtcacgtataatactctaatatatg 30578235  T
Q  194 gtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
    |||| || ||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  30578234 gtttttgtattgtgggtcaattggaagatgctattcgtttgtt 30578192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 249
Target Start/End: Original strand, 29115630 - 29115849
Alignment:
Q  30 acgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattta 129  Q
    |||| ||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||| ||||| ||||||||| |  |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  29115630 acgagttgatggtaatttggttcagcctaatgtggtaatgtacaacaccattattgatagcatgtgcaaagttaaacttgttaatgaagcttttgattta 29115729  T
Q  130 tattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattg 229  Q
    | || ||||||  || ||||| | |||| |||   |||||| || || | | | |||||| ||||||| |||||| | | | || |||| ||||||||||    
T  29115730 ttttctgaaatgatttctaaggggatttctcccgatgttgttacttacagtgctttaattagtggtttttgcattcttggtaaactgaatgatgcaattg 29115829  T
Q  230 gtttgttacataaaatgata 249  Q
     | ||||  |||||||||||    
T  29115830 atctgtttaataaaatgata 29115849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 55 - 224
Target Start/End: Original strand, 30028532 - 30028701
Alignment:
Q  55 cctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaa 154  Q
    |||||||| || |||||||  || || |||||| |||||||||| |||||||| || | |||||||| ||| || |||| |||||| ||||  ||||  |    
T  30028532 cctgatgtggtaatgtatactacaatcattgatagtttgtgtaaggataaactcgtgaccgatgcttatgagttgtattctgaaatggttgaaaagaaga 30028631  T
Q  155 tttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgc 224  Q
    ||| ||| | |||||| || |||| |||||| || | |||||| || ||| ||| ||| |||||||||||    
T  30028632 tttttccgaatgttgttacttatagtacgttgatatatggtttttgtattgtgggtcagttgaaagatgc 30028701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 178
Target Start/End: Original strand, 24941571 - 24941717
Alignment:
Q  32 gaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttata 131  Q
    |||||||||||   |||||||| ||| |||| || ||||| || || ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |   |||| | ||||||||     
T  24941571 gaattgatgggctgttggttcagcctaatgtagtcatgtacaatacaattattgatagtttgtgcaaggataaacttgtaattcatgcctctgatttatg 24941670  T
Q  132 ttttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtata 178  Q
    || ||||||  ||| ||||||||||| |||   ||||||||| ||||    
T  24941671 ttctgaaatgattgttaagagaatttttccagatgttgtcacttata 24941717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 33 - 178
Target Start/End: Original strand, 24934039 - 24934184
Alignment:
Q  33 aattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatat 132  Q
    ||||||||||   |||||||| ||| |||| || ||||| || || ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |   |||| | |||||||| |    
T  24934039 aattgatgggctgttggttcagcctaatgtagtcatgtacaatacaattattgatagtttgtgcaaggataaacttgtaattcatgcctctgatttatgt 24934138  T
Q  133 tttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtata 178  Q
    | ||||||  ||| ||||||||||| |||   ||||||||| ||||    
T  24934139 tctgaaatgattgttaagagaatttttccagatgttgtcacttata 24934184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15727752 - 15727592
Alignment:
Q  76 acgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgt 175  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||| |  ||||| | ||| ||||||| ||||||  || | |||||||||| ||||| | || |||| |    
T  15727752 acgatcattgatagtttgtgtaaacataaatttgtaactgatgcctatgagttatattctgaaatgattacaaagagaatttctcctaatattatcactt 15727653  T
Q  176 ataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgtt 236  Q
      ||| | |||||||  || || |||||| | | |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  15727652 tcaattctttaatttacggattttgcattgttggtcaattgaaagaagcatttggtttgtt 15727592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 29950511 - 29950311
Alignment:
Q  46 ttggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttg 145  Q
    |||||| | |||||||| || ||||| ||||| || ||||| | | | ||||||||||| |||||||  ||||  | ||||||||||| ||||||  |||    
T  29950511 ttggttaagcctgatgtcgttatgtacaacacaatcattgacgctctctgtaaagataagcttgttagtgatgggtatgatttatattctgaaatgattg 29950412  T
Q  146 ctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttgttacataaaat 245  Q
     ||| | ||||  ||||| |||  |||| || |||||  |||| | |||||| | |||| ||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||||    
T  29950411 ttaacaaaattcatcctaatgtcatcacttacaatactctaatatatggtttttccattttgggtcaaatgaaagaagcagttggtttgttaaatcaaat 29950312  T
Q  246 g 246  Q
    |    
T  29950311 g 29950311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 15063501 - 15063374
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||||| ||||||||||  ||| |||| || ||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15063501 ttgatggaaaattggttcggcctaatgtggtaatgtatagcacgattattgatagtatgtgtaaggataaacttgttaacgatgcttttgatttatattg 15063402  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaatttgtcct 162  Q
    |||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  15063401 tgaaatggtttctaaaagaatttctcct 15063374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Original strand, 21711 - 21929
Alignment:
Q  29 gacgaattgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgattt 128  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  21711 gacgaaatgatggaaaattagttcagcctgatgtggtaatgtacaataccattatcgatggtatgtgtaaagataaacatgttaatgatgcttttgattt 21810  T
Q  129 atattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaatt 228  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||||||  ||   |||| |||| || ||| | |||||| |||| || |||||| | | | |||||||||||||||||    
T  21811 atattctgaaaaggtttctaagagaattttccccgatgttttcacttacaatgctttaattagtggcttttgcattgttggtaaattgaaagatgcaatt 21910  T
Q  229 ggtttgttacataaaatga 247  Q
    | ||| ||  |||||||||    
T  21911 gatttattcaataaaatga 21929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 54326 - 54204
Alignment:
Q  35 ttgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattt 134  Q
    ||||||| ||||||||||| | | |||  || ||||| || ||  ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||     
T  54326 ttgatggaaaattggttcagcttaatgcggtaatgtacaataccgttattgatggtatgtataaagataaacatgttaatgatgcttttgatttatattc 54227  T
Q  135 tgaaattgttgctaagagaattt 157  Q
    |||||| ||||| ||||||||||    
T  54226 tgaaatggttgcaaagagaattt 54204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 173
Target Start/End: Original strand, 2628 - 2743
Alignment:
Q  58 gatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaattt 157  Q
    |||||||| |||||||  || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||| ||||||  || | ||||||||||    
T  2628 gatgttgtaatgtatagtacaatcattgatggtttgtgcaaagataaacttgtaaatgatgcatatgagttatattctgaaatgattacaaagagaattt 2727  T
Q  158 gtcctactgttgtcac 173  Q
     |||||||||||||||    
T  2728 ctcctactgttgtcac 2743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1840 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold1840
Description:

Target: scaffold1840; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 173
Target Start/End: Original strand, 807 - 921
Alignment:
Q  59 atgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttg 158  Q
    ||||||| |||||||  || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||| ||||||  || | ||||||||||     
T  807 atgttgtaatgtatagtacaatcattgatggtttgtgcaaagataaacttgtaaatgatgcatatgagttatattctgaaatgattacaaagagaatttc 906  T
Q  159 tcctactgttgtcac 173  Q
    |||||||||||||||    
T  907 tcctactgttgtcac 921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 246
Target Start/End: Original strand, 136747 - 136959
Alignment:
Q  34 attgatgggaaattggttcaac-ctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatat 132  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||| || ||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||||||    
T  136747 attgatgggaaattggt-caacaccgatgtggtaatgtatagcataattattgatagtttgtgtaaagataaacttgtaattgatgcttatgagttatat 136845  T
Q  133 tttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtt 232  Q
    | ||||||  |||| |||| ||||| ||||  ||||||||| |  ||| |  |||| | ||| || |||||| | | || ||||||||| ||| ||||||    
T  136846 tctgaaatgattgcaaagacaatttctcctgatgttgtcactttcaattctctaatctatggattttgcattgttggtcgattgaaagaagcatttggtt 136945  T
Q  233 tgttacataaaatg 246  Q
    |||| ||| |||||    
T  136946 tgttccatcaaatg 136959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 105331 - 105164
Alignment:
Q  67 atgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatattttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactg 166  Q
    |||||||||||  | |||||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||| | ||| ||||| | ||||||  || | |||| ||||| ||||||||    
T  105331 atgtataacacagtcattgatagtttgtgcaaagataaacttgtaagtgatgcatatgagttatactctgaaatgattacaaagaaaatttctcctactg 105232  T
Q  167 ttgtcacgtataatacgttaatttgtggtttatgcattatggctcaattgaaagatgcaattggtttg 234  Q
    ||||||| | || | |  |||||| ||| || |||||| | | |||||||||||| ||| ||||||||    
T  105231 ttgtcacttttagtgctctaatttatgggttttgcattgttggtcaattgaaagaagcatttggtttg 105164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 1846 - 1775
Alignment:
Q  34 attgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaa 105  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  1846 attgatgggaaattggttaacactgatgtggtaatgtatagcacaatcattgatagtttgtgtaaagataaa 1775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0652 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0652
Description:

Target: scaffold0652; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 6012 - 5945
Alignment:
Q  34 attgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaaga 101  Q
    |||||||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  6012 attgatgggaaattggttaacactggtgttgtaatgtataacacaatcattgatagtttgtgtaaaga 5945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 34 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 51130 - 51063
Alignment:
Q  34 attgatgggaaattggttcaacctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaaga 101  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| || ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||    
T  51130 attgatgggaaattggttaacactgatgtggtaatgtatagcacaatcattgatagtttgtgtaaaga 51063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 173
Target Start/End: Original strand, 8368 - 8507
Alignment:
Q  34 attgatgggaaattggttcaac-ctgatgttgtgatgtataacacgattattgatggtttgtgtaaagataaacttgttaacgatgcttttgatttatat 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| | ||||| || ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||| | || | ||| || | ||| ||||||    
T  8368 attgaagggaaattggt-caacaccgatgtggtaatgtataacacaatcatcgatagtttgtgtaaagagaaattggtgaccgaggcatatgagttatat 8466  T
Q  133 tttgaaattgttgctaagagaatttgtcctactgttgtcac 173  Q
    | ||||||  || | |||| ||||| |||||||||||||||    
T  8467 tctgaaatgattacaaagacaatttctcctactgttgtcac 8507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University