View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18200_high_1 (Length: 713)

Name: NF18200_high_1
Description: NF18200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18200_high_1
NF18200_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-710)||(50654274-50654969)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 50654969 - 50654274
Alignment:
Q  14 ttgagggaaaatcaatatcatagtgactgaatcattttgcaattcataagtaacattcattagtctttttagcatagtataagtttcctcacttgaactg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  50654969 ttgagggaaaatcaatatcatagtgactgaatcattttgcaattcataagtaacattcattagtctttttagcatagtataattttcctcacttgaacta 50654870  T
Q  114 attggtttgctctcaaatgatacaatcttcttaattacagattccaattttatgtggactaacagatccttagttcgggttaatggtttttgttgaacta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50654869 attggtttgctctcaaatgatacaatcttcttaattacagattccaattttatgtggactaacagatccttagttcgggttattggtttttgttgaacta 50654770  T
Q  214 taggttttggattttatttggttgcataaattgttgtcttgaattcctgtttacccattatttgttattattgatgttattgttatccctggaccctgca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654769 taggttttggattttatttggttgcataaattgttgtcgtgaattcctgttcacccattatttgttattactgatgttattgttatccctggaccctgca 50654670  T
Q  314 tatgcgggagttttggtgcactggactatccnnnnnnnatgttattattatcatgggttgcaacttttctggttgtgctgaacaataattgattttacac 413  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654669 tatgcgggacttttggtgcactggactatcctttttttatgttattattatcatgggtcgcaacttttctggttgtgctgaacaataattgattttacac 50654570  T
Q  414 ttgagtagaaaacaagataagtcagtggcgtaaattgaaggtgaagacatcataacaaggaaggtttagcagggaaagagttaaacaaggagggattggg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654569 ttgagtagaaaacaagataagtcagtggcgtaaattgaaggtgaagacatcataacaaggaaggtttagcagggaaagagttaaacaaggagggattggg 50654470  T
Q  514 tgagggaagacttatgtgctactcttaattttttaatatatctgaaccctttaattattttaatagatccaatagtacactggtgaggaacttgatggct 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50654469 tgagggaagacttatgtgctactcttaattttttaatatatctgaaccctttaattattttaatagatccaatggtacactggtgaggaacttgatggct 50654370  T
Q  614 ctctcaccttagaagccaccaagtttataacctatgttattccattctctcatcctatacnnnnnnngactggggtagaagggtgatgatgtccatc 710  Q
    ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50654369 ctctcacctt-tctgccaccaagtttataacctatgttattccattctctcatcctatactttttttgactggggtagaagggtgatgatgttcatc 50654274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University