View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18200_low_1 (Length: 891)

Name: NF18200_low_1
Description: NF18200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18200_low_1
NF18200_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (24-872)||(44542111-44542955)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 766; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 872
Target Start/End: Original strand, 44542111 - 44542955
Alignment:
Q  24 ggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggttcatcctctgtttctgtggttgttagtccttctcgaggttcatccttctcttcctctccc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542111 ggtgttctctgtttctgtggttgttatgtcatcttgaggttcatcctctgtttctgtggttgttaggccttctcgaggttcatccttctcttcctctccc 44542210  T
Q  124 gaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatgcactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcctgatgatggaagcaagtattac 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44542211 gaagattcttcagcaactgcgttttcatttgatgatgatgcactttctggatgggagtggtcagagaaggcaatttcttgatgatggaagcaagtattac 44542310  T
Q  224 tgggctcattgtcgattttcccctcctgaaccaaattcaacatccaagttaaaggctatatata----ataaaatatcaaacagctgcatttgaataaac 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44542311 tgggctcattgttgattttcccctcctgaaccaaattcaacatccaagttaaaggctatatatatataataaaatatcaaacatctgcatttgaataaac 44542410  T
Q  320 tataatgaaggatatgaattaccagaatcaatggttgttcagagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgca 419  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542411 tataatgaaggat--gaattaccagaatcaatggttgttcagagagcaactcaaaggaactaattgtcttggtgcactcattggatgtcaaacaactgca 44542508  T
Q  420 acaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542509 acaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgttttaaatcgctgtc 44542608  T
Q  520 tgcaaccgcaatcacggcgtaaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttaccaatca 619  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44542609 tgcaaccgcaatcacggcataaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacatttactaatca 44542708  T
Q  620 actatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtctttatcgtga 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  44542709 actatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtgtttatcgtca 44542808  T
Q  720 gccaataataattgttggtggtgagactgaggatggatgatgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaacctgcaatgg 819  Q
    |||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44542809 gccaataataattgttggtgg------tgaggatggatgatgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaacctgcaatag 44542902  T
Q  820 ccaatgctccaccgaacacaagaagtcccgtaattccaccttcaccaccaata 872  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542903 ccaatgctccaccgaacacaagaagtcccgtaattccaccttcaccaccaata 44542955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University