View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18200_low_10 (Length: 497)

Name: NF18200_low_10
Description: NF18200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18200_low_10
NF18200_low_10
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (21-487)||(4784916-4785382)
chr7 (21-487)||(4817345-4817811)
chr7 (34-420)||(4862525-4862911)
chr7 (21-420)||(4698271-4698670)
chr7 (25-420)||(4713151-4713546)
chr7 (94-420)||(4854590-4854916)
chr7 (28-397)||(4665594-4665963)
chr7 (28-246)||(4652330-4652548)
chr7 (28-397)||(4629568-4629937)
chr7 (34-409)||(4660448-4660823)
chr7 (28-416)||(4671280-4671668)
chr7 (35-410)||(4642350-4642725)
chr7 (61-410)||(4635503-4635852)
chr7 (25-79)||(4847106-4847160)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-236)||(18926827-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 487
Target Start/End: Original strand, 4784916 - 4785382
Alignment:
Q  21 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784916 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtac 4785015  T
Q  121 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785016 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacat 4785115  T
Q  221 gttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaag 320  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  4785116 gttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaa 4785215  T
Q  321 ttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4785216 ttgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaag 4785315  T
Q  421 cttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactgatgatg 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4785316 cttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactgatgatg 4785382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 487
Target Start/End: Original strand, 4817345 - 4817811
Alignment:
Q  21 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4817345 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtac 4817444  T
Q  121 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817445 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacat 4817544  T
Q  221 gttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaag 320  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  4817545 gttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaa 4817644  T
Q  321 ttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4817645 ttgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaag 4817744  T
Q  421 cttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggatagaattggcacattttactgatgatg 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4817745 cttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggatagaattgtcacattttactgatgatg 4817811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 34 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 4862911 - 4862525
Alignment:
Q  34 gtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttg 133  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  4862911 gtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttg 4862812  T
Q  134 tgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaagg 233  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4862811 tccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaagg 4862712  T
Q  234 tgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgac 333  Q
    |||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862711 tgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgac 4862612  T
Q  334 gatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4862611 gatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaagatactaag 4862525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 420
Target Start/End: Original strand, 4698271 - 4698670
Alignment:
Q  21 gtcgatgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtac 120  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  4698271 gtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtac 4698370  T
Q  121 tctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacat 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||| |||| ||    
T  4698371 tcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagat 4698470  T
Q  221 gttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaag 320  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || ||    
T  4698471 gttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgag 4698570  T
Q  321 ttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4698571 ttgtttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagataagtgaggaggatactaag 4698670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 420
Target Start/End: Original strand, 4713151 - 4713546
Alignment:
Q  25 atgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctt 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||| | ||| | | ||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  4713151 atgactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcat 4713250  T
Q  125 tcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgtta 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||    
T  4713251 tcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgtta 4713350  T
Q  225 caatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgt 324  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  4713351 caatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgt 4713450  T
Q  325 ttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  4713451 ttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaag 4713546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 94 - 420
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854916
Alignment:
Q  94 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaag 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  194 caagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgttt 293  Q
      |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  294 gaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcag 393  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| |     
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaa 4854889  T
Q  394 ttggagatgagtgaggaggatagtaag 420  Q
    ||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  4854890 ttggttatgagtggggagaatagtaag 4854916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 4665963 - 4665594
Alignment:
Q  28 acccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcg 127  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  4665963 acccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcg 4665864  T
Q  128 gtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaa 227  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| |    
T  4665863 gtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacga 4665764  T
Q  228 tgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttg 327  Q
    ||||||||||| ||||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||  ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||    
T  4665763 tgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattcgtaagggattctatcacagatgagtacttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttg 4665664  T
Q  328 catgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 397  Q
    ||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  4665663 catgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 4652548 - 4652330
Alignment:
Q  28 acccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcg 127  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  4652548 acccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcg 4652449  T
Q  128 gtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaa 227  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |    
T  4652448 gtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacga 4652349  T
Q  228 tgaaggtgtggtaattgaa 246  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  4652348 tgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 4629937 - 4629568
Alignment:
Q  28 acccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcg 127  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || |    
T  4629937 acccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttg 4629838  T
Q  128 gtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaa 227  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | ||    
T  4629837 gtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataa 4629738  T
Q  228 tgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttg 327  Q
    |||||||||||  |||||| | || || || || ||| |||  |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||    
T  4629737 tgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattcttaagggattctatcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttg 4629638  T
Q  328 catgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 397  Q
    ||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  4629637 catgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 34 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 4660823 - 4660448
Alignment:
Q  34 gtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttg 133  Q
    |||||||| |||||||| || || || ||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |    
T  4660823 gtcagcacaatggtgaaggggagccttgggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtgg 4660724  T
Q  134 tgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaagg 233  Q
    |||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  |||||||    
T  4660723 tgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaagg 4660624  T
Q  234 tgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgac 333  Q
    |||||  |||||| | || ||||| || | | ||||||||||||| ||   |||||||||| ||| ||||||  |  |||  |||||||||||||||||     
T  4660623 tgtggcgattgaacaaatagtggatccatccctaaaagattctatcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgat 4660524  T
Q  334 gatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagg 409  Q
    ||||| | |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||    
T  4660523 gatgggactcaacgaccttcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 4671668 - 4671280
Alignment:
Q  28 acccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcg 127  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||| |||   |||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  4671668 acccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcg 4671569  T
Q  128 gtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaa 227  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |    
T  4671568 gtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacga 4671469  T
Q  228 tgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttg 327  Q
    |||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||    
T  4671468 tgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttg 4671369  T
Q  328 catgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatag 416  Q
    ||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||| |||||    
T  4671368 catgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 4642725 - 4642350
Alignment:
Q  35 tcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgt 134  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||| |||   |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||    
T  4642725 tcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggt 4642626  T
Q  135 gcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggt 234  Q
     |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||||    
T  4642625 acttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggt 4642526  T
Q  235 gtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacg 334  Q
    ||||  |||||| | || ||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| |    
T  4642525 gtggcgattgaacaaatagtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgtttagaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatg 4642426  T
Q  335 atggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 410  Q
    |||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  4642425 atggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 4635852 - 4635503
Alignment:
Q  61 gggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagac 160  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||   |||||| | ||||| || || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |    
T  4635852 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggc 4635753  T
Q  161 ccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggaccc 260  Q
    | || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | |||||||| ||    
T  4635752 cacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatcc 4635653  T
Q  261 gttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagt 360  Q
     ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   |||||||||    
T  4635652 attcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagt 4635553  T
Q  361 gatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 410  Q
     | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
T  4635552 caagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 79
Target Start/End: Original strand, 4847106 - 4847160
Alignment:
Q  25 atgacccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaat 79  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||    
T  4847106 atgactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 236
Target Start/End: Original strand, 18926827 - 18927035
Alignment:
Q  28 acccatgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcg 127  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||  |||||| | || ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  18926827 acccatgtcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcg 18926926  T
Q  128 gtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaa 227  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||   ||| |||||||| |  || ||| | | |  ||||||||||| ||||||| |    
T  18926927 gtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacga 18927026  T
Q  228 tgaaggtgt 236  Q
    |||||||||    
T  18927027 tgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University