View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18205_low_11 (Length: 387)

Name: NF18205_low_11
Description: NF18205
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18205_low_11
NF18205_low_11
[»] chr4 (40 HSPs)
chr4 (19-376)||(27497144-27497501)
chr4 (108-353)||(27415608-27415851)
chr4 (148-373)||(27506662-27506887)
chr4 (108-351)||(27489946-27490189)
chr4 (152-369)||(27478838-27479055)
chr4 (152-353)||(27563301-27563502)
chr4 (114-353)||(27425796-27426035)
chr4 (163-369)||(27485909-27486115)
chr4 (152-373)||(27468282-27468503)
chr4 (114-353)||(27412654-27412887)
chr4 (152-373)||(27475534-27475755)
chr4 (152-373)||(27503886-27504107)
chr4 (221-360)||(27527138-27527277)
chr4 (152-353)||(27565906-27566107)
chr4 (115-371)||(27569967-27570223)
chr4 (114-371)||(27420374-27420631)
chr4 (157-372)||(27524489-27524704)
chr4 (158-353)||(27585672-27585867)
chr4 (152-373)||(27514855-27515076)
chr4 (152-372)||(27508817-27509037)
chr4 (152-306)||(27423253-27423407)
chr4 (223-376)||(27486944-27487097)
chr4 (197-356)||(27526112-27526271)
chr4 (199-356)||(27501298-27501455)
chr4 (197-353)||(27431148-27431304)
chr4 (223-310)||(27557516-27557603)
chr4 (198-353)||(27498399-27498554)
chr4 (197-376)||(27513776-27513955)
chr4 (187-353)||(17970283-17970449)
chr4 (223-353)||(27554293-27554423)
chr4 (223-376)||(27469421-27469574)
chr4 (197-376)||(27500338-27500517)
chr4 (197-359)||(27411456-27411618)
chr4 (197-314)||(27479924-27480041)
chr4 (223-376)||(27523429-27523582)
chr4 (223-359)||(27414330-27414466)
chr4 (223-359)||(27424540-27424676)
chr4 (197-353)||(27444794-27444950)
chr4 (197-353)||(27505702-27505858)
chr4 (279-356)||(27476668-27476745)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (144-362)||(1754663-1754881)
chr5 (152-353)||(1756712-1756913)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (118-377)||(55084746-55085005)
chr3 (196-353)||(38043887-38044044)
chr3 (196-376)||(38024874-38025054)
chr3 (196-376)||(38031326-38031506)
chr3 (148-353)||(50909944-50910149)
chr3 (197-353)||(50904792-50904948)
chr3 (196-353)||(50911868-50912025)
chr3 (223-353)||(38033805-38033935)
chr3 (196-353)||(38028765-38028922)
chr3 (196-353)||(38036792-38036949)
chr3 (196-353)||(38040080-38040237)
chr3 (187-314)||(48840702-48840828)
chr3 (322-359)||(38032260-38032297)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (187-353)||(3073553-3073719)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (196-353)||(21607295-21607452)
chr8 (224-273)||(21634607-21634656)
chr8 (196-353)||(21604753-21604910)
chr8 (322-359)||(21608235-21608272)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (322-350)||(21477498-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 40)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Original strand, 27497144 - 27497501
Alignment:
Q  19 acatactgcataaacttgtcaatctaatggtaatttctcttcccatcattgctatttgattagatgcctagtatacaaaaatgcctctactctagtctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27497144 acatactgcataaacttgtcaatctaatggtaatttcttttcccatcattgcaatttgattagatgcctagtatacaaaaatgtctctactctagtctac 27497243  T
Q  119 taaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27497244 taaactacgtcagtctctttccacgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgaggccacc 27497343  T
Q  219 tgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497344 tgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgt 27497443  T
Q  319 ttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497444 ttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 27497501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 108 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27415851 - 27415608
Alignment:
Q  108 ctctagtctactaaactacgtcagtctctttcca-tgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaat 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    ||| | ||| |||  || ||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  27415851 ctctagtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaat 27415752  T
Q  207 gatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcaca 306  Q
    | ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  27415751 ggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcaca 27415652  T
Q  307 aaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    || |||||||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27415651 aatcgcttttgttt---tccaacatacactgcaagatatccctttgg 27415608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 148 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 27506887 - 27506662
Alignment:
Q  148 atttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcct 247  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  27506887 atttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttctt 27506788  T
Q  248 cagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcc 347  Q
    | ||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  27506787 ccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaacatagcc 27506688  T
Q  348 ctttggaacttctacagattttgatg 373  Q
    |||||||||| || | ||||||||||    
T  27506687 ctttggaactcctgctgattttgatg 27506662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 108 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27490189 - 27489946
Alignment:
Q  108 ctctagtctactaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatg 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||| |||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||| ||| |||  ||  |||||||    
T  27490189 ctctagtctactaaactatgtcagtctcttgcagtatgaagtttacagcccattaaagcgagaaattatgtattggaagtcatcttcgttgacaggaatg 27490090  T
Q  208 atgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaa 307  Q
     ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| | |||||  ||||    
T  27490089 gtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacagggactacaa 27489990  T
Q  308 accgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27489989 accgtttttgtttctctccaacatacactacaacatagcccttt 27489946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 152 - 369
Target Start/End: Original strand, 27478838 - 27479055
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||| ||| | |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  27478838 atagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgc 27478937  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    ||||   | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27478938 ttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27479037  T
Q  352 ggaacttctacagatttt 369  Q
    ||||||||| | ||||||    
T  27479038 ggaacttctgctgatttt 27479055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 152 - 353
Target Start/End: Original strand, 27563301 - 27563502
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||    
T  27563301 atagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggc 27563400  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  27563401 ttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagcccttt 27563500  T
Q  352 gg 353  Q
    ||    
T  27563501 gg 27563502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 114 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27426035 - 27425796
Alignment:
Q  114 tctactaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgagg 213  Q
    |||||||||||| |||||||| |||   ||| | ||| |||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  || |||||||||||| |||||    
T  27426035 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcataggccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 27425936  T
Q  214 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 313  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||    
T  27425935 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgct 27425836  T
Q  314 tttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27425835 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 27425796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 163 - 369
Target Start/End: Original strand, 27485909 - 27486115
Alignment:
Q  163 aagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaaca 262  Q
    |||| |||||||| | |||| |||||   |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||    
T  27485909 aagcaagaagttacgtgttgaaagacgccttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagca 27486008  T
Q  263 aatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctac 362  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27486009 attcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgc 27486108  T
Q  363 agatttt 369  Q
     ||||||    
T  27486109 tgatttt 27486115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 152 - 373
Target Start/End: Original strand, 27468282 - 27468503
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| |||||||||  |||| ||||  |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |     
T  27468282 atagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcgga 27468381  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| | |||||  |||||||||    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27468382 ttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagcccttt 27468481  T
Q  352 ggaacttctacagattttgatg 373  Q
       |||||||||||||||||||    
T  27468482 ctcacttctacagattttgatg 27468503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412654
Alignment:
Q  114 tctactaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgagg 213  Q
    |||||||||||| |||||| |||||   ||| | ||| ||||||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27412788  T
Q  214 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 313  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||       
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc--- 27412691  T
Q  314 tttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
       |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  27412690 ---gtttctctccaacatacacggcaatatatccctttgg 27412654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 152 - 373
Target Start/End: Original strand, 27475534 - 27475755
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27475534 atagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggc 27475633  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||||||| | ||| |  |||||||||     ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27475634 ttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggcaacatagcccttt 27475733  T
Q  352 ggaacttctacagattttgatg 373  Q
       |||||||| ||||||||||    
T  27475734 ttcacttctactgattttgatg 27475755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 152 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 27504107 - 27503886
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27504107 atagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggc 27504008  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||| | ||| |  |||||||||     ||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27504007 ttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatacaggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggaaacatagcccttt 27503908  T
Q  352 ggaacttctacagattttgatg 373  Q
       |||||||| ||||||||||    
T  27503907 ttcacttctactgattttgatg 27503886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 221 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 27527277 - 27527138
Alignment:
Q  221 tgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| || |||||    
T  27527277 tgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttctgttt 27527178  T
Q  321 atctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttct 360  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  27527177 atctccaacatacaccgcaagatagccctttggtacttct 27527138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 152 - 353
Target Start/End: Original strand, 27565906 - 27566107
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||    ||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||  |||||||||| |    
T  27565906 atagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaac 27566005  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||  ||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27566006 ttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatcccttt 27566105  T
Q  352 gg 353  Q
    ||    
T  27566106 gg 27566107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 115 - 371
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570223
Alignment:
Q  115 ctactaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggc 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||    ||| | ||| ||| ||| |||| |||||| |||||  |||| |||| || ||| |||||||||||| ||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggc 27570066  T
Q  215 cacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgctt 314  Q
    ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||| |||||||||| |  ||||||||| ||||| |    
T  27570067 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcgt 27570166  T
Q  315 ttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttga 371  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || || |||| ||||||    
T  27570167 ctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacatccacagcttttga 27570223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420374
Alignment:
Q  114 tctactaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgagg 213  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||   | | | ||| |||||||||| |||| |||||||||  |||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27420532  T
Q  214 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 313  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||  | |||||| | |||||||| |  ||||| | | |||||     
T  27420531 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgcg 27420432  T
Q  314 tttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttga 371  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || || |||||||||||    
T  27420431 tctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagattttga 27420374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 157 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524489
Alignment:
Q  157 ccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 256  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  257 tcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 356  Q
    ||||||| ||||||||  | |||||||| || ||||| | ||| |  |  |||||| |  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||   ||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgatacaggaactatgaaccgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcac 27524505  T
Q  357 ttctacagattttgat 372  Q
    ||||||||||||||||    
T  27524504 ttctacagattttgat 27524489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 158 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585672
Alignment:
Q  158 cattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgact 257  Q
    ||||||||||| |||||||  ||| |||| ||| ||| |||||||||||| |||| || ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  258 caacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| | |||||||||||| |||||  ||||||| | ||| ||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaatctcttttgtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttgg 27585672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 152 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 27515076 - 27514855
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| |||||||||  |||| ||||  | |||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |     
T  27515076 atagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcgga 27514977  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||||||| | |||||  |||||||||    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27514976 ttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagcccttt 27514877  T
Q  352 ggaacttctacagattttgatg 373  Q
       |||||||||||||||||||    
T  27514876 ctcacttctacagattttgatg 27514855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 152 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 27509037 - 27508817
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||  ||||||| |||| ||| | ||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509037 atagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagc 27508938  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
     ||| ||||||| ||||||||  | |||||||| || ||||| | ||| |  ||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508937 ctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaacgacaaaacgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27508838  T
Q  352 ggaacttctacagattttgat 372  Q
       ||||||| ||||||||||    
T  27508837 ctcacttctatagattttgat 27508817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 27423407 - 27423253
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||| |||||||||| | ||||||||||  |||||||||  || |||||||||||||| ||    
T  27423407 atagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggc 27423308  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcaca 306  Q
    |||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  27423307 ttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcaca 27423253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 223 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 27487097 - 27486944
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    |||||||||||| |||| | ||| ||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| |    
T  27487097 ggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggatcacaaaccgcttcattttct 27486998  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    |||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  27486997 ctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatg 27486944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 197 - 356
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526271
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| ||||| || |||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||| ||||| ||  | | |||||| |||||||| |     
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27526211  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 356  Q
    ||| ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  27526212 aggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaac 27526271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 199 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501298
Alignment:
Q  199 caaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatag 298  Q
    ||||||||  |||| ||||| || |||||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  299 ggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 356  Q
    ||||||||||||| ||   ||  ||||||||||| ||||| | | | |||||||||||    
T  27501355 ggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaac 27501298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 197 - 353
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431304
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| ||||| || ||||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||| ||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
     ||||||||||||| |||   || ||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27431248 tgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttgg 27431304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 223 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 27557603 - 27557516
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaacc 310  Q
    |||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  27557603 ggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatcacaaacc 27557516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498399
Alignment:
Q  198 gcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagata 297  Q
    |||||||||  |||| |||||  | |||||||||||| | || | |||||| |||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| |||    
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  298 gggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    ||||||||||| || ||   ||  ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||    
T  27498454 gggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttgg 27498399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 376
Target Start/End: Original strand, 27513776 - 27513955
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| |||||  | |||||||||||| || | | ||| ||||||||  ||||||| ||||| ||| | | |||||| |||||||| ||    
T  27513776 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatat 27513875  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
     |||||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||||| | ||| || ||||| || || |||| |||||| ||||    
T  27513876 tgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgtcaacagcttttgaagatg 27513955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 187 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970283
Alignment:
Q  187 acattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggttta 286  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||||||||  | |||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||| ||| | ||||||  | | |||||| |    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  287 agtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||   ||  |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 17970283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 223 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27554423 - 27554293
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||  | || || |  ||||||||||||||   ||  |    
T  27554423 ggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcct 27554324  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    |||||||||| |||||||  || ||||||||    
T  27554323 ctccaacatatactgcaaggtatccctttgg 27554293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 27469574 - 27469421
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||| |||||| |||| | ||| |||||||| |||||||  ||||| ||  ||| ||| || || ||||| ||||||||||||||||||||   ||| |    
T  27469574 ggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaaccgcttcattttct 27469475  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    |||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  27469474 ctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatg 27469421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 376
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500517
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  ||| ||||||  | ||||| |||||||| |||| ||| |||| ||| |||| ||| ||||| ||  |   ||||||||||||||| ||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    |||||||||||| |||||   ||| ||||| || |||||||| | ||| || ||||| || || ||||||||||| ||||    
T  27500438 agggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaagatg 27500517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 359
Target Start/End: Original strand, 27411456 - 27411618
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| |||||  | ||||||||||||||||| ||||| || |||||| | |  || ||||||||| |||||||||| |||||||| |     
T  27411456 tgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgatac 27411555  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 359  Q
     || ||||| |||||  |   | ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27411556 tggaatcacgaaccgtctcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27411618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479924
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||| |||| |||||  | |||||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| | ||| ||  ||| |||||| |||||||| |     
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatac 27479942  T
Q  297 agggatcacaaaccgctt 314  Q
    ||| |||||||| |||||    
T  27479941 aggaatcacaaaacgctt 27479924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 223 - 376
Target Start/End: Original strand, 27523429 - 27523582
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||| |||||| |||| | |||||| ||||  |||||||| ||||| ||  | | |||||| || ||||| | ||| ||||||||||||||   ||| |    
T  27523429 ggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttct 27523528  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    |||| || |||||||| | ||||||||||||||| || |||| |||||| ||||    
T  27523529 ctcctacgtacactgctagatagccctttggaacgtccacagcttttgaagatg 27523582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 359
Target Start/End: Original strand, 27414330 - 27414466
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || | |||| | |  || ||||||||  | |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||  |   |||||    
T  27414330 ggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgtctcattttat 27414429  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 359  Q
    ||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  27414430 ctccaacgtagactgcaagatagccttttggcacttc 27414466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 359
Target Start/End: Original strand, 27424540 - 27424676
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||| |||| | | ||| ||||||||  | |||||||| |||||||| |  || |||||||||||| |   || ||    
T  27424540 ggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatactggaatcacaaaccgcctcatttgat 27424639  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 359  Q
    |||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27424640 ctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27424676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 353
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444950
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| |||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||| |||| || ||||||||  ||| |||| | |||||||| ||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
     ||||||||||||| |||   ||  |||||||| || ||||||| ||| ||||||||    
T  27444894 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 27444950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 353
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505858
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||  |||| |||||  | ||||| |||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| ||||| ||  | | |||||| |||||||| |     
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27505801  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    ||| ||||||||||||||   ||| ||||| || |||||||| | ||| ||||||||    
T  27505802 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttgg 27505858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27476745 - 27476668
Alignment:
Q  279 ttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 356  Q
    |||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  27476745 ttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaac 27476668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 144 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 1754881 - 1754663
Alignment:
Q  144 tgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactct 243  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||   || |||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  1754881 tgaaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactct 1754782  T
Q  244 tcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacat 343  Q
    ||| ||||||||||||||||   ||||||| ||||||| || |||||||| || |||||||||  ||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  1754781 tccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgccgtttctgtttctctccaatatacactgcaacat 1754682  T
Q  344 agccctttggaacttctac 362  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1754681 agccctttggaacttctac 1754663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 152 - 353
Target Start/End: Original strand, 1756712 - 1756913
Alignment:
Q  152 atagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagc 251  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||  |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  1756712 atagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagc 1756811  T
Q  252 ttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcccttt 351  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1756812 ttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagcccttt 1756911  T
Q  352 gg 353  Q
    ||    
T  1756912 gg 1756913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 118 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 55085005 - 55084746
Alignment:
Q  118 ctaaactacgtcagtctctttccatgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccac 217  Q
    |||| ||| |||| ||||||||  ||| | ||||||||  |||| ||||||||||| ||  |   ||| |||| ||| |||||||||||  |||||||||    
T  55085005 ctaatctatgtcaatctctttcagtgtaagatttatagttcattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccac 55084906  T
Q  218 ctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttg 317  Q
    |  | |||||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||       
T  55084905 ccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgcttcat 55084806  T
Q  318 tttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatgt 377  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | | || ||||| || |  |||||||||||||||||    
T  55084805 tttctctccaacatacactgcaagacacccttttggcacattcacagattttgatgatgt 55084746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38044044 - 38043887
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | | ||| || |||||||| |    
T  38044044 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgaca 38043945  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    |||||||||||||||||||   ||  |||||||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  38043944 tagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttgg 38043887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 196 - 376
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38025054
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||||||  | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||  | | |||||| |||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    | ||||| |||||||||||   ||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |  |||| |||||||||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttttgatgatg 38025054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 196 - 376
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031506
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||||||  | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||  | | |||||| |||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatg 376  Q
    | ||||| |||||||||||   ||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |  |||| |||||||||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttttgatgatg 38031506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 148 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 50910149 - 50909944
Alignment:
Q  148 atttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcct 247  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||  |   |||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||    
T  50910149 atttatagctcattgaagcgagaagtaatttgcaagaagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcct 50910050  T
Q  248 cagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagcc 347  Q
    |  ||||| ||||||| | ||||||  | | |||||| |||||||| || ||||| |||||||||     ||  ||||||||||||||||||| ||| ||    
T  50910049 ccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataacc 50909950  T
Q  348 ctttgg 353  Q
    ||||||    
T  50909949 ctttgg 50909944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 197 - 353
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904948
Alignment:
Q  197 tgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagat 296  Q
    ||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||| || || ||||| ||| |||||||||| ||||||||  | | |||||| ||||| || ||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacat 50904891  T
Q  297 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||||||||||||||   ||  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  50904892 atggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttgg 50904948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50912025
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  | ||||||||  | || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||  | | |||||| ||||||||      
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgact 50911967  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | |||||||||||||| ||    || ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  50911968 tggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttgg 50912025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 353
Target Start/End: Original strand, 38033805 - 38033935
Alignment:
Q  223 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttat 322  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||  | | |||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||   ||  |    
T  38033805 ggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgct 38033904  T
Q  323 ctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  38033905 ctccaatgtacactgcaagatagccctttgg 38033935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 38028765 - 38028922
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||| ||  | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||  | | |||||| ||||||||      
T  38028765 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 38028864  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||| ||||| |||||   ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38028865 tggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38028922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036949
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||| ||  | ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||  | | |||||| |||||||  |    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatggca 38036891  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||  |||||||| ||   ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38036892 tggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38036949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 38040080 - 38040237
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||| ||  | ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||  | ||||||  | | |||||| ||||||||      
T  38040080 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 38040179  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||| ||||| |||||   ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38040180 tggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38040237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 187 - 314
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840828
Alignment:
Q  187 acattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggttta 286  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||| |||  ||| ||||||||| ||||||||  | | |||||| |    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  287 agtatgagatagggatcacaaaccgctt 314  Q
    ||||||  || ||||| ||||| |||||    
T  48840801 agtatggcatggggattacaaatcgctt 48840828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 38032297 - 38032260
Alignment:
Q  322 tctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  38032297 tctccaacatacactgcaagatagccttttggaacttc 38032260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 187 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073553
Alignment:
Q  187 acattttcagtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggttta 286  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||||||||  | |||||||| ||||| || |||||||| ||  |||||| ||| | ||||||  | | |||||| |    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  287 agtatgagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||   ||  |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 3073553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607452
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    ||||||||||   ||||||||||  | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||  | | | |||| |||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||| |||||||||||   ||  ||||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 224 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 21634656 - 21634607
Alignment:
Q  224 gatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaac 273  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  21634656 gatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaac 21634607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 353
Target Start/End: Original strand, 21604753 - 21604910
Alignment:
Q  196 gtgcaaggaatgatgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatcttgaaacaatggttggtttaagtatgaga 295  Q
    |||||||||||  ||||||| ||  | ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||  | ||||||  | | |||||| ||||||||      
T  21604753 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 21604852  T
Q  296 tagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 353  Q
    | ||||| ||||| |||||   ||  ||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  21604853 tggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttgg 21604910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 21608272 - 21608235
Alignment:
Q  322 tctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  21608272 tctccaacatacactgcaagatagccttttggaacttc 21608235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 322 - 350
Target Start/End: Original strand, 21477498 - 21477526
Alignment:
Q  322 tctccaacatacactgcaacatagccctt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21477498 tctccaacatacactgcaacatagccctt 21477526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University