View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18208_high_6 (Length: 482)

Name: NF18208_high_6
Description: NF18208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18208_high_6
NF18208_high_6
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-468)||(48961047-48961516)
chr4 (7-468)||(48957900-48958361)
chr4 (13-248)||(48912313-48912548)
chr4 (3-468)||(48965085-48965547)
chr4 (143-266)||(48974076-48974199)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (4-468)||(13448119-13448580)
chr2 (4-468)||(13454590-13455051)
chr2 (4-239)||(13440185-13440417)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (4-248)||(6470-6714)
scaffold0536 (5-248)||(10453-10696)
scaffold0536 (143-283)||(1551-1691)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (4-256)||(12641440-12641692)
chr8 (335-468)||(12641771-12641904)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-468)||(3417489-3417950)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (43-292)||(12590167-12590419)
chr6 (4-209)||(12483423-12483631)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (4-468)||(12540441-12540902)
chr5 (333-468)||(28385090-28385225)
chr5 (4-209)||(28385349-28385551)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 48961516 - 48961047
Alignment:
Q  1 gtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961516 gtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccc 48961417  T
Q  101 cacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactc--caccattgaggctgttagtgcagggatcccaatg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48961416 cacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattgaggctggtagtgcagggatcccaatg 48961317  T
Q  199 ataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtgg 298  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  48961316 ataacatggcccgtacatggagaacaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcggggtattggaattgaagttggtgcaacagaatggtgtgtgg 48961217  T
Q  299 atggtattgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961216 atggtattgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacg 48961117  T
Q  399 gcgtgctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48961116 gcgtgctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 48961047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 48958361 - 48957900
Alignment:
Q  7 gagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaag 106  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48958361 gagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgggccccacaag 48958262  T
Q  107 ttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtg 206  Q
    || |||| ||| ||||||  || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||    
T  48958261 ttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtg 48958162  T
Q  207 gcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatggtatt 306  Q
    ||| || |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||  | || ||||||||| |||| ||||| ||  | ||| ||    
T  48958161 gccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttggtgcaacagagtggtgtgtaaacggtttt 48958062  T
Q  307 gaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtgctc 406  Q
    || |||| | | ||| |  | |  ||||||| |||||| ||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||| || || || | || ||||||||    
T  48958061 gaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctc 48957962  T
Q  407 gagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
     |||||| || || ||||||| | |||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||    
T  48957961 aagagttcggagaaaaggctacacgagctgttcaagaaggtggatcatctcataacaatttg 48957900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 48912313 - 48912548
Alignment:
Q  13 gaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatga 112  Q
    |||||||||||||| || |||||| | || || |||||||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  48912313 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 48912412  T
Q  113 tcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgt 212  Q
    | ||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||  |    
T  48912413 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 48912512  T
Q  213 acatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 248  Q
     |||| |||| | || ||||| ||||||||||||||    
T  48912513 gcatggagaacagttttacaatgagaagttgataac 48912548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 48965547 - 48965085
Alignment:
Q  3 ggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggcccca 102  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||||  | || ||||| |||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||| ||| ||||| ||     
T  48965547 ggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacattggaaagaag---ggtttgattattaggggttgggctccg 48965451  T
Q  103 caagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataa 202  Q
    || ||| |||| ||| ||||| | || |||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||  | ||||||||| |||| ||| | || ||||| |    
T  48965450 caggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgggggttccgatgatta 48965351  T
Q  203 cgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatgg 302  Q
    | |||||   ||||| |||| ||||||||||||| ||  ||||||| || ||||  || |||||| | |||||||||||| ||||||||||  ||  |||    
T  48965350 catggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacagaatggtgtttgactgg 48965251  T
Q  303 tattgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgt 402  Q
    | ||||||| ||| | ||| || | |  |  ||||  ||||||||||| ||||| | ||| |||||| ||||||||||||| ||  | || ||| | |||    
T  48965250 ttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaattagaagtcgt 48965151  T
Q  403 gctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | ||||  |||||| ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  48965150 gctcaagagtttggagaaaaggctagacgagccattcaagaaggtggctcgtctcataagaatttg 48965085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 143 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 48974199 - 48974076
Alignment:
Q  143 tgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagtt 242  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  48974199 tgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctacaacgagaagtt 48974100  T
Q  243 gataactgatgtgcagggtattgg 266  Q
    ||||||| | |||| |||||||||    
T  48974099 gataactcaggtgcggggtattgg 48974076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 13448580 - 13448119
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13448580 gatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcg---ggaagaagggtttgatcattaggggttgggccccac 13448484  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    | |||| |||  || ||||| | || ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  13448483 aggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgttagtgcgggagttccaatgataac 13448384  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatggt 303  Q
    |||||| || |||| |||  |||||||||| |||||  |||||||  |  | |  || |||||| ||||||| |||||| ||||||||||   |  ||||    
T  13448383 gtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcggtgcaacagaatggtgtacgagtggt 13448284  T
Q  304 attgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtg 403  Q
     | |  |||||||| ||| |  | | || |||||  ||||||||||| || || | ||| |||||||||||||||||||| ||| |||| || |  ||||    
T  13448283 gtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtgatgaagctgaaaatatcaggctacgtg 13448184  T
Q  404 ctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    ||||||||||||| || || ||||||  |||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||    
T  13448183 ctcgagagtttggagaaaaagctatacaagctattcaagaaggtggctcgtcttataataatttg 13448119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 13455051 - 13454590
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |   |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13455051 gatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagagaaaaacatcg---agaaaaagggtttgatcattaggggttgggccccac 13454955  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    |||||| |||  || | ||| | || ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||    ||  | |||||||||||    
T  13454954 aagttaagatattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagaggctgttagcatgggagttccaatgataac 13454855  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatggt 303  Q
    |||||| || |||| |||  ||||||||||||||||  | |||||  | || |  || |||||||||||||| |||||| ||||||||||      ||||    
T  13454854 gtggccagtccatggagatcaattctacaacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagtcggtgcaacagaatggtgtacaagtggt 13454755  T
Q  304 attgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtg 403  Q
     |||  |||||| | ||| || | | ||||||||  ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||  || |||| ||    ||||    
T  13454754 gttgcggagagagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaagctaaaaatatcagggtacgtg 13454655  T
Q  404 ctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |  |||| |||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  13454654 ctcgagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaaaaaggtggctcatcttataataatttg 13454590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 4 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13440417 - 13440185
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||| | || ||||| |||||||||||||||   | || || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13440417 gatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaaacatt---aggaggatgggtttgatcattaagggttgggccccac 13440321  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    |||||| |||  || ||||| | |||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| |   | ||| |||||||||| ||  | |||||||||||    
T  13440320 aagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgttagtgcgggagttccaatgataac 13440221  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaa 239  Q
    |||||| || |||| |||  ||||||||||||||||    
T  13440220 gtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaa 13440185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 248
Target Start/End: Original strand, 6470 - 6714
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    |||||||| |||||||||||||  || |||||| | || ||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||    
T  6470 gatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccac 6569  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    ||||||||||  || |||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| | || ||||| ||    
T  6570 aagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcac 6669  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 248  Q
    |||||| || |||| |||| |||| ||||| || |||||||||||    
T  6670 gtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataac 6714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Original strand, 10453 - 10696
Alignment:
Q  5 atgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 104  Q
    |||||||  ||||||||||||| || ||| |  |||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  10453 atgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctca 10552  T
Q  105 agttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacg 204  Q
     |||||||| ||  ||||||| |  ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |||    
T  10553 ggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcggttagtgcaggggttccaatgatcacg 10652  T
Q  205 tggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataac 248  Q
    |||||  | |||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10653 tggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataac 10696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 283
Target Start/End: Original strand, 1551 - 1691
Alignment:
Q  143 tgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagtt 242  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||   ||  ||||||| ||||| | |||    
T  1551 tgacacattgtgggtggaactctataaccgaggctgttagtgcaggaattccaatgatcacatggccagtacatagtgatcaattctataacgaaacgtt 1650  T
Q  243 gataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcag 283  Q
    ||||||| | ||||| || |||||| | ||||| |||||||    
T  1651 gataactcaggtgcatgggattggagtggaagtcggtgcag 1691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 12641440 - 12641692
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||| || |||||||||||    
T  12641440 gatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaaatgttgaaaataagaaaggttttatcattagggagtgggccccac 12641539  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    |||| |||||  |  ||||| | || |||||||  || |||||||||||||||| |||||||    | |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  12641540 aagtaatgattttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattccaatgatcac 12641639  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgc 256  Q
    |||||| || || | |||| | ||||| || |||||| ||||||||| |||||    
T  12641640 gtggccagtgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgc 12641692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 468
Target Start/End: Original strand, 12641771 - 12641904
Alignment:
Q  335 ataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtgctcgagagtttggggataaggctatatgagc 434  Q
    ||| ||||||||| || ||||| | ||| ||||||| ||||||||||||  | || || ||||  ||||||| |||||||||| | ||||||| |   ||    
T  12641771 atagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctcaagagtttgggaaaaaggctacacatgc 12641870  T
Q  435 tgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    |||| ||| |||||| || |||||||| ||||||    
T  12641871 tgttgaagaaggcgggtcgtctcataacaatttg 12641904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 468
Target Start/End: Original strand, 3417489 - 3417950
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  3417489 gatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattgga---aagaagggtttgatcgttaggggttgggccccac 3417585  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    | |||  |||  || ||||| | ||||| || |  |||||||| ||||| ||| |||||||     ||||||||||| |||||||  | |||||||||||    
T  3417586 aggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgcaggagttccaatgataac 3417685  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatggt 303  Q
    |||||| |  |||| |||  |||| | ||| |||||  | |||||  | || |  || |||||| | ||||| |||||| |||||||| | |   |||||    
T  3417686 gtggccgggtcatggagatcaattgttcaatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaacagaatggcgtgcacatggt 3417785  T
Q  304 attgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtg 403  Q
    ||||  |||||||| ||| || | | || |||| | |||||||||||| |||| | ||| |||||| || ||||||| || |||| ||| ||||  ||||    
T  3417786 attggggagagaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagtgatgaggctgaaggtatgagactacgtg 3417885  T
Q  404 ctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    |||||||| |||| || ||||||| | ||||| |||||| ||| || || || ||| ||||||||    
T  3417886 ctcgagagcttggagagaaggctaaacgagctattcaagaaggtggttcctcacatcataatttg 3417950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 292
Target Start/End: Original strand, 12590167 - 12590419
Alignment:
Q  43 ggatttgaagagagaaacattga---aaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||  || ||||||  || ||||| | ||    
T  12590167 ggatttgaagagagaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgt 12590266  T
Q  140 ttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataacgtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaa 239  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||  | | ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||  |  |||  ||| | || ||||| |||||    
T  12590267 ttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcggttagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaa 12590366  T
Q  240 gttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggt 292  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||| |||| ||||    
T  12590367 gttgataactgatgtgcatggaattggagtggaagttggtgcaacagattggt 12590419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Original strand, 12483423 - 12483631
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacatt-gaa--aagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||  || |||| |||||| ||||| | ||||||||| |    
T  12483423 gatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattagaaggaataagatgggtttaatcatcagggggtgggcac 12483522  T
Q  101 cacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgat 200  Q
    |||| ||  ||||  || ||||| | || |||||||  |||||||| || || || ||||| ||     | || || |||||||||||||| ||||||||    
T  12483523 cacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaagcggttagtgcagggattccaatgat 12483622  T
Q  201 aacgtggcc 209  Q
     ||||||||    
T  12483623 cacgtggcc 12483631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 5e-20; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 12540902 - 12540441
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    |||||||  ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||||||||||| |   || |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12540902 gatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaaacattgga---aaaaagggtttgatcattaggggttgggccccac 12540806  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    | |||| |||  || ||||| | |||||||| |  |||||||| ||||| ||| | ||||| |   | ||||||||| |||| ||  | |||||||||||    
T  12540805 aggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggctgttggtgcgggagttccaatgataac 12540706  T
Q  204 gtggcccgtacatgaagaagaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcagggtattggaattgaagttggtgcagcagaatggtgggtggatggt 303  Q
    ||||||    |||| |||  | || | |||||||||  | |||||  | || |  || |||||| | ||||| |||||| ||||||||||     |||||    
T  12540705 gtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagtaggtgcaacagaatggtgtacaaatggt 12540606  T
Q  304 attgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtg 403  Q
    | ||  |||||||| ||| || |   || ||||   |||||||||||  |||| | ||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||  ||||    
T  12540605 aatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtg 12540506  T
Q  404 ctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    | |||||| |||| || ||||||| | |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||    
T  12540505 cacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttg 12540441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 333 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28385225 - 28385090
Alignment:
Q  333 agataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtgctcgagagtttggggataaggctatatga 432  Q
    |||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||  |||||||||||||| || || ||||||| | ||    
T  28385225 agataacatagagaaggctatgaggaaattgatggacggtggcgatgaagctgaaaatatgagacaacgtgctcgagagttaggagagaaggctacacga 28385126  T
Q  433 gctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttg 468  Q
    |||||| ||| ||| || || ||| |||||||||||    
T  28385125 gctgttaaagaaggtggttcctcttataataatttg 28385090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 28385551 - 28385349
Alignment:
Q  4 gatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttggcgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccac 103  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||| || | || |||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||| || || | ||| ||||||||||    
T  28385551 gatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattgga---aagaagggtttcataatcaggggttgggccccac 28385455  T
Q  104 aagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactccaccattgaggctgttagtgcagggatcccaatgataac 203  Q
    ||||| ||||  || || || | |||||||| |  ||| |||| ||||||||  ||||||| |   | ||||||||| | || ||  | |||||||||||    
T  28385454 aagttctgatattgagcaaccctgcggtggggggatttctgacacattgcggagggaactcaattgtagaggctgttggcgcgggagttccaatgataac 28385355  T
Q  204 gtggcc 209  Q
    ||||||    
T  28385354 gtggcc 28385349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University