View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18212_high_1 (Length: 785)

Name: NF18212_high_1
Description: NF18212
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18212_high_1
NF18212_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-775)||(29006025-29006782)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 29006782 - 29006025
Alignment:
Q  18 attactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaaactggtctaaaatttcaacaatgttaaaactcataaggagtattttgcagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006782 attactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaatctggtctaaaatttcaacaatgttaaaactcataaggagtattttgcagt 29006683  T
Q  118 caattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaatttttgaagaaaaaattgtttcacctaatgaaatgaactt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29006682 caattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaatttttgaagaaaaaattgtttcacctaatgaaatgaaatt 29006583  T
Q  218 ctccaaatcatttttaatgggtatacatgtaacatataggtaggtttaattgataaatagttgattcatggtccttaaagggagtaggttcaactcccat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29006582 ctccaaatcatttttaatgggtaaacatgtaacatataggttggtttaattgataaatagttgattcatggtccttaaagggagtagattcaactcccat 29006483  T
Q  318 ccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttcctattctatagcttcaggtccacacaacatacttgtgcca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006482 ccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttcctattctatagcttcaggtccacacaacatacttgtgcca 29006383  T
Q  418 taacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatgtcatttataatggcaaacatgattgagtcttattctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006382 taacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatgtcatttataatggcaaacatgattgagtcttattctt 29006283  T
Q  518 aggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaacaggtatgtagacaactggtgtcaattaaagctccaac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006282 aggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaacaggtatgtagacaactggtgtcaattaaagctccaac 29006183  T
Q  618 ttgcttcttgaccccctgacccttgtctttggattcattatttattttttatgtcggggccactaggaatcagagttacatttgtttgctttatgtgaca 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006182 ttgcttcttgaccccctgacccttgtctttggattcattatttattttttatgtcggggccactaggaatcagagttacatttgtttgctttatgtgaca 29006083  T
Q  718 acttctcattcttagtttgatatgagatgtatagtatgggtatttggaggtgcctatg 775  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006082 acttctcattcttagtttgatatgagatgtatagtatgggtatttggaggtgcctatg 29006025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University