View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18213_high_9 (Length: 341)

Name: NF18213_high_9
Description: NF18213
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18213_high_9
NF18213_high_9
[»] chr6 (25 HSPs)
chr6 (1-331)||(6394900-6395230)
chr6 (49-331)||(6426547-6426829)
chr6 (54-331)||(6410042-6410319)
chr6 (54-319)||(14820741-14821003)
chr6 (57-331)||(6432197-6432471)
chr6 (54-319)||(6416014-6416279)
chr6 (10-331)||(7119193-7119514)
chr6 (10-331)||(7131671-7131992)
chr6 (58-320)||(6423264-6423526)
chr6 (64-319)||(6589119-6589374)
chr6 (178-331)||(6594516-6594669)
chr6 (181-331)||(6402896-6403046)
chr6 (4-330)||(10579473-10579798)
chr6 (181-329)||(7994095-7994243)
chr6 (4-331)||(6596664-6596991)
chr6 (181-331)||(6585150-6585300)
chr6 (181-316)||(8913897-8914033)
chr6 (251-327)||(12102306-12102382)
chr6 (54-331)||(19632475-19632749)
chr6 (187-326)||(11936194-11936333)
chr6 (187-326)||(11948174-11948313)
chr6 (260-319)||(14818430-14818489)
chr6 (266-318)||(9411404-9411456)
chr6 (274-331)||(14802372-14802429)
chr6 (54-86)||(6403162-6403194)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (54-312)||(15091937-15092195)
chr7 (54-317)||(10614643-10614906)
chr7 (187-275)||(7977670-7977758)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (54-319)||(13470518-13470783)
chr3 (100-331)||(51113613-51113844)
chr3 (54-330)||(51764226-51764502)
chr3 (247-331)||(51120872-51120956)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (54-312)||(21834164-21834422)
chr4 (180-312)||(53761684-53761816)
chr4 (187-331)||(55908647-55908791)
chr4 (122-327)||(570391-570593)
chr4 (187-331)||(1524405-1524549)
chr4 (187-331)||(1600455-1600599)
chr4 (187-331)||(1548345-1548487)
chr4 (194-329)||(7225809-7225944)
chr4 (249-331)||(532225-532307)
chr4 (187-330)||(8187010-8187153)
chr4 (269-329)||(1519143-1519203)
chr4 (202-331)||(553515-553644)
chr4 (187-320)||(659756-659889)
chr4 (269-330)||(8184031-8184092)
chr4 (198-331)||(12116505-12116638)
chr4 (230-319)||(55505070-55505159)
chr4 (182-242)||(641040-641100)
chr4 (187-239)||(12120061-12120113)
chr4 (293-331)||(640951-640989)
chr4 (265-319)||(1537764-1537818)
chr4 (269-331)||(12121458-12121520)
chr4 (198-243)||(3438496-3438541)
chr4 (64-152)||(532401-532489)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (54-331)||(19468285-19468562)
chr1 (54-237)||(9581198-9581384)
chr1 (83-162)||(9586844-9586923)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (187-331)||(1037583-1037727)
chr2 (187-331)||(45245004-45245148)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (187-331)||(543-687)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (192-331)||(1388-1527)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (216-327)||(21235598-21235709)
chr8 (187-331)||(18315192-18315336)
chr8 (188-312)||(17636317-17636445)
chr8 (187-326)||(28246214-28246353)
chr8 (270-331)||(27922544-27922605)
chr8 (188-330)||(34936083-34936225)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (181-329)||(20477995-20478143)
chr5 (118-331)||(41889401-41889617)
chr5 (275-331)||(41901542-41901598)
chr5 (198-331)||(32267511-32267641)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 25)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6395230 - 6394900
Alignment:
Q  1 accgagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  6395230 accgagattaaaatggaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtacaaattact 6395131  T
Q  101 ggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395130 ggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttccccaatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtca 6395031  T
Q  201 agttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6395030 agttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtg 6394931  T
Q  301 ttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6394930 ttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 6394900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 49 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6426829 - 6426547
Alignment:
Q  49 cattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatt 148  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||   |||||||  |||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||    
T  6426829 cattctggtgtataccctcaattgaagtctctctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatt 6426730  T
Q  149 tacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctg 248  Q
    ||||||||||||||||||    ||||    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6426729 tacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctg 6426630  T
Q  249 ttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  6426629 ttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatg 6426547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 54 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6410319 - 6410042
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   |||   | |||||  ||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||| |||||||     
T  6410319 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttacaa 6410220  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  ||   ||    
T  6410219 ctacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaa 6410120  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6410119 aagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatg 6410042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 14821003 - 14820741
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 152  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| | || ||| |||||||  ||||||||||||||  ||| | |||||||||||||  ||||| |    
T  14821003 tggtgtataccctcaattgaagtctctctatttgggtcacaattca-tggttaaatgatgaaataatcattttgtatgcttccattttcccaaatttaaa 14820905  T
Q  153 gctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 252  Q
    |||||||||||| ||| | | |||  |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  14820904 gctacttgattt-acaagattctccta--tatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttca 14820808  T
Q  253 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  14820807 ggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaa 14820741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 57 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6432471 - 6432197
Alignment:
Q  57 tgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagct 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||| |||||||   ||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| || |     
T  6432471 tgtataccctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattca-tggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaaca 6432373  T
Q  156 acttgatttgacacgttgctcacaa---atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 252  Q
     |||||||||   ||||| |  ||    |||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||  |    
T  6432372 tcttgatttg---cgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtata 6432276  T
Q  253 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6432275 aaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 6432197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 6416279 - 6416014
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||  ||||||   |||||||||||| ||||||  |||||| |||| |||    
T  6416279 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaatttgcag 6416180  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    || ||||||||||  |||||    |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| || |||  ||    
T  6416179 ctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaa 6416080  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6416079 aagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 6416014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7119514 - 7119193
Alignment:
Q  10 aaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatag 109  Q
    |||||| || |||||  ||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    ||||||  |    
T  7119514 aaaatggaatacacagctatagggaaagagagtgtagggaattctagtgtatatcctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactg 7119415  T
Q  110 atgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaa 209  Q
    |||||| |||  |||| ||  ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||    ||||    | ||||||||||||||||||||||||||||     
T  7119414 atgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaag 7119315  T
Q  210 gaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttg 309  Q
    || ||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||    
T  7119314 gagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttg 7119215  T
Q  310 tcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||| |||| |  ||||||||||    
T  7119214 tcagatacgaaggttgatgatg 7119193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 7131992 - 7131671
Alignment:
Q  10 aaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatag 109  Q
    |||||| || |||||  ||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    ||||||  |    
T  7131992 aaaatggaatacacagctatagggaaagagagtgtagggaattctagtgtatatcctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactg 7131893  T
Q  110 atgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaa 209  Q
    |||||| |||  |||| ||  ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||    ||||    | ||||||||||||||||||||||||||||     
T  7131892 atgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaag 7131793  T
Q  210 gaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttg 309  Q
    || ||||| |||| |||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||    
T  7131792 gagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttg 7131693  T
Q  310 tcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||| |||| |  ||||||||||    
T  7131692 tcagatacgaaggttgatgatg 7131671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 58 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 6423526 - 6423264
Alignment:
Q  58 gtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctac 157  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   | |   |||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||    
T  6423526 gtataccctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactac 6423427  T
Q  158 ttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagt 257  Q
    |||||||||   |||||   ||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||    
T  6423426 ttgatttgaagggttgccatcaaatatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagt 6423327  T
Q  258 gaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaag 320  Q
    ||| |||| || ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423326 gaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaag 6423264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 64 - 319
Target Start/End: Original strand, 6589119 - 6589374
Alignment:
Q  64 cctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatt 163  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||   |||||||  |||| ||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||||    
T  6589119 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 6589218  T
Q  164 tgacacgttgctcacaa-atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaac 262  Q
    | |    ||| | | || |||||| |||||||||||||||| || |  | |||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||   |||||||| |    
T  6589219 tcaattcttg-taataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagc 6589317  T
Q  263 tacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6589318 tacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 6589374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 178 - 331
Target Start/End: Original strand, 6594516 - 6594669
Alignment:
Q  178 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaact 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||||| |    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  6594516 caaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaact 6594615  T
Q  278 ttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||    
T  6594616 ttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatg 6594669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 181 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402896
Alignment:
Q  181 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||  |||||||||||| ||   ||||||| |||||| |||| |||||| |||||||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  281 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||| | || || ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatg 6402896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 330
Target Start/End: Original strand, 10579473 - 10579798
Alignment:
Q  4 gagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggt 103  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||| ||| | ||| ||| | | ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||   | ||    
T  10579473 gagatcaaaatggaaaacacagctatttggacaaagagtgtagagaattctggtgtatacc-tcaattaaaatctctctatttgggtagaaattcattgt 10579571  T
Q  104 taatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagt 203  Q
    ||   |||||||| || ||||||||  ||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||    ||||  | | |||||||||||||||| ||||||    
T  10579572 tacgtgatgaaatgattataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagt 10579671  T
Q  204 tttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttg 303  Q
    || |   | |||| ||||| |||| ||||||||||||||    ||| ||| |||||| | || | |||| ||  ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  10579672 ttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttg 10579771  T
Q  304 aacttgtcaaatacaagcgttgatgat 330  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||    
T  10579772 aacttgtcatatacaaaagttgatgat 10579798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 181 - 329
Target Start/End: Original strand, 7994095 - 7994243
Alignment:
Q  181 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 280  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||| ||||    ||| ||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  7994095 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 7994194  T
Q  281 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 329  Q
     ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  7994195 tagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatga 7994243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 331
Target Start/End: Original strand, 6596664 - 6596991
Alignment:
Q  4 gagattaaaatgcaaaacacatgtattgggaaagagactgttgggcattctggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggt 103  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||||||||  |||| ||| | | |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||    
T  6596664 gagatcaaaatgcaaaacacagctattgggacggagagtgtagagaattctgatgtataccctcaattaaagtctctctatttgggtagaaatttttggt 6596763  T
Q  104 taatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaa-atatctgaaggtatttgtcaag 202  Q
    |||   ||||||  || ||||  ||  ||||| |||| ||  |||| ||||| ||||| || | |   |  | | || || |||||||||||||||||||    
T  6596764 taagtaatgaaaatattataagattagcttccttttttcctaatttgcagctgcttgactt-atattctaataataacatttctgaaggtatttgtcaag 6596862  T
Q  203 ttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgtt 302  Q
    |||| | || ||||  |||| |||| |||||||||| |||    |||||||  ||||| | || || ||| ||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  6596863 ttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgtt 6596962  T
Q  303 gaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  6596963 gaacttgtcaagtacaaatgttgatgatg 6596991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 331
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585300
Alignment:
Q  181 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 280  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||  |||  |||||||||||  ||   ||||||| |||||| |||| |||||| ||||||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  281 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
     |||| || || ||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatg 6585300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 316
Target Start/End: Original strand, 8913897 - 8914033
Alignment:
Q  181 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 280  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||| | |   || |||| |||||| |||| || ||| |||||||    
T  8913897 atatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgtaagattaaacatttgaacttcgttggatgatcaagagtgaagctacttgcaataaactttg 8913996  T
Q  281 cagttcccgagctgga-ggtgttgaacttgtcaaata 316  Q
     ||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||    
T  8913997 tagttcccaagttggattgtgttgaatttgtcaaata 8914033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 12102382 - 12102306
Alignment:
Q  251 caaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgat 327  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  12102382 caaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgat 12102306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 19632749 - 19632475
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||    ||||||  |||||||  || | ||||||  ||||  |||| ||| ||||  ||    
T  19632749 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggtcgaaatttacggttaagtgatgaaaagattacaatgttcgcttcgttttttcccaatttgtag 19632650  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    |  ||||||||||  |||||||   | |||||| | | |||||||||||||||||    |||||||||| | |  |||||||||||| ||   |||||||    
T  19632649 cggcttgatttgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagttttaag---atgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaa 19632553  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
     ||| || |||| |||||| ||||||  ||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||||  ||||||||||    
T  19632552 tagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatg 19632475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 326
Target Start/End: Original strand, 11936194 - 11936333
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |||| |||| |  | ||||||||| |||||    
T  11936194 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11936293  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 326  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  11936294 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 11936333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 326
Target Start/End: Original strand, 11948174 - 11948313
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||  |||||||| | |||| |||| |  | ||||||||| |||||    
T  11948174 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11948273  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 326  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  11948274 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 11948313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 14818489 - 14818430
Alignment:
Q  260 aactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  14818489 aactacatggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaa 14818430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9411456 - 9411404
Alignment:
Q  266 atggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaataca 318  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9411456 atggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatataca 9411404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802372
Alignment:
Q  274 aactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||| ||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatg 14802372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 6403194 - 6403162
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctattt 86  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6403194 tggtgtataccctcagttaaagtctctctattt 6403162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 312
Target Start/End: Original strand, 15091937 - 15092195
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |   ||| || ||||||  |||||||| |||| |||  || |||||||||||||| | ||| ||    
T  15091937 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagag 15092036  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    ||||||||||||   | |||||   | |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||| ||    
T  15092037 ctacttgatttgggtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaa 15092136  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 312  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15092137 gtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtca 15092195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 54 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10614906 - 10614643
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||  ||||||   || |||| |||| |||||| ||||||| |||| ||     
T  10614906 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaa 10614807  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    || ||||||||||  ||||||   |   ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||||||||||||| |  |||  ||    
T  10614806 ctgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaa 10614707  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatac 317  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10614706 aagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatac 10614643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 7977758 - 7977670
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaa 275  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||||||||  ||| |||||| ||| |||| |  |||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  7977758 gaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaa 7977670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 54 - 319
Target Start/End: Original strand, 13470518 - 13470783
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||  ||||||   |||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||    
T  13470518 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcag 13470617  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    || ||||||||||   |||||   |   ||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||||||||||||| |  |||  ||    
T  13470618 ctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaa 13470717  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13470718 aagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 13470783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 100 - 331
Target Start/End: Original strand, 51113613 - 51113844
Alignment:
Q  100 tggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtc 199  Q
    ||||||| |||||| |  ||||||||| || |||||||||||||| || | ||||| |||||||| || | |||||   | ||||| |||||||||||||    
T  51113613 tggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtc 51113712  T
Q  200 aagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggt 299  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || |||| | ||||||||    
T  51113713 aagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggt 51113812  T
Q  300 gttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  51113813 gttagacttgtcaaatacaatggttgatgatg 51113844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 330
Target Start/End: Original strand, 51764226 - 51764502
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||   |||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  51764226 tggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcag 51764325  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    || |||||||| |    ||||   |  |||||| ||||| | ||| ||||||||| || ||||| |||| |||  ||||||||| || |    |||||||    
T  51764326 ctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaa 51764425  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 330  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||  |||||  |||||||||    
T  51764426 gagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgat 51764502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 331
Target Start/End: Original strand, 51120872 - 51120956
Alignment:
Q  247 tgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |  |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  51120872 tgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatg 51120956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 54 - 312
Target Start/End: Original strand, 21834164 - 21834422
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||  | |||   |||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  21834164 tggtgtgtaccctcaattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacag 21834263  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 253  Q
    || |||||||||||   || | |||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |    ||||  |    
T  21834264 ctgcttgatttgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttata 21834363  T
Q  254 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 312  Q
    ||||||| |||||| | || ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21834364 aagtgaagctacatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 180 - 312
Target Start/End: Original strand, 53761684 - 53761816
Alignment:
Q  180 aatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaacttt 279  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||  |||  ||||||||||||||    ||||||| |||||| |||  |||||||||||||    
T  53761684 aatatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaacttt 53761783  T
Q  280 gcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 312  Q
    | ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  53761784 gtagttcccaagctagaggcgttgaacttgtca 53761816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 55908647 - 55908791
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  55908647 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 55908746  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  55908747 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatg 55908791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 570593 - 570391
Alignment:
Q  122 taatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaa 221  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||| ||| |||||||||| |    ||||   || ||||| ||  ||||||||||||||||||    |||||||||    
T  570593 taatgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagtatttgtcaagttttaag---atgttgtaa 570497  T
Q  222 gcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagc 321  Q
     ||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | | || |||||||||||||||||| ||||| |     
T  570496 acttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaactcgaggtgttgaacttgtcatatacagga 570397  T
Q  322 gttgat 327  Q
    ||||||    
T  570396 gttgat 570391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 1524405 - 1524549
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||||   |||||| ||| |  |||| |||||||||||||||| |||||    
T  1524405 gaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttc 1524504  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    || |  ||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||    
T  1524505 ccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatg 1524549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600455
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||||||||||||| || || || |||  ||| |||||||||||||||    ||||||| | |||| || |  ||||||||||||| |||||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
       | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatg 1600455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 1548345 - 1548487
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacat-ggaatgaactttgcagtt 285  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| | ||| ||||||||| | ||    
T  1548345 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaatt 1548441  T
Q  286 cccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  1548442 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 1548487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 194 - 329
Target Start/End: Original strand, 7225809 - 7225944
Alignment:
Q  194 tttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagct 293  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||||||||||| | | |||| ||| |||||| ||||     |||||||||| ||||| |||  |    
T  7225809 tttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaatt 7225908  T
Q  294 ggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 329  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  7225909 ggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatga 7225944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 532307 - 532225
Alignment:
Q  249 ttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  532307 ttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatg 532225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 330
Target Start/End: Original strand, 8187010 - 8187153
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||   ||||||||||||| | |||| ||| |||    ||    ||||||||||||| | ||     
T  8187010 gaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaattt 8187109  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 330  Q
    || | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8187110 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgat 8187153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 269 - 329
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519203
Alignment:
Q  269 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 329  Q
    |||||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatga 1519203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 553644 - 553515
Alignment:
Q  202 gttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgt 301  Q
    ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| |   |||||||| ||||||  ||| |  | ||||||||  ||||| | | ||||||||||    
T  553644 gttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgt 553545  T
Q  302 tgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  553544 tgaacttgtcatttacaagagttgatgatg 553515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 659889 - 659756
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||| |||| ||||| |||||| || |||||||||  ||| | |||| |||||||| | |||||||| || ||| ||||  | ||| || |||| |||||    
T  659889 gaagatattggtcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttc 659790  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaag 320  Q
    || | || |||||||||||||||||| |||||||    
T  659789 ccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaag 659756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 330
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184092
Alignment:
Q  269 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 330  Q
    |||||||||||| ||||||  | || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgat 8184092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 198 - 331
Target Start/End: Original strand, 12116505 - 12116638
Alignment:
Q  198 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 297  Q
    |||| |||||| || ||||||||| || |  ||||  |||||||| | |||||||||| | ||||| | | ||||||||||||  |||||  |  | |||    
T  12116505 tcaaattttaaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagag 12116604  T
Q  298 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  12116605 gtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatg 12116638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 230 - 319
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505159
Alignment:
Q  230 atttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    |||||||| |||| | |||||||| |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaa 55505159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 641100 - 641040
Alignment:
Q  182 tatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagc 242  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  641100 tatctgaaggaatttttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagc 641040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 239
Target Start/End: Original strand, 12120061 - 12120113
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaactt 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||    
T  12120061 gaaggtattggtcaagttttaaagaaaagtagtaagattagacatttgaactt 12120113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 640989 - 640951
Alignment:
Q  293 tggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  640989 tggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatg 640951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 319
Target Start/End: Original strand, 1537764 - 1537818
Alignment:
Q  265 catggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 319  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || || ||||||||||||||| ||||||    
T  1537764 catggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaa 1537818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 331
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121520
Alignment:
Q  269 gaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||||||||| ||||||| | || || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatg 12121520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 243
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438541
Alignment:
Q  198 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagct 243  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagct 3438541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 532489 - 532401
Alignment:
Q  64 cctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 152  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||  | ||| ||||| | ||||||||  || ||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  532489 cctcagttaaagtctctaaatttgggtatgagtcaatggttgagagatgaaagcattataatgtttgcatccattttccccaatttaca 532401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 54 - 331
Target Start/End: Original strand, 19468285 - 19468562
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggt-agaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttaca 152  Q
    |||||||| |||||| ||||| | |||||| |||| | |||| ||| |||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||    
T  19468285 tggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattca-tggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgca 19468383  T
Q  153 gctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttca 252  Q
    ||| ||||||||||     |||   || ||||| ||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||  |||  ||||| ||||||||   |||||||    
T  19468384 gctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttca 19468483  T
Q  253 aaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    | |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||    
T  19468484 agagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatg 19468562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9581384 - 9581198
Alignment:
Q  54 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacag 153  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||   ||||| || |||| |||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||    
T  9581384 tggtgtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcag 9581285  T
Q  154 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaa---ggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaac 237  Q
    || |||||| ||   | |||||   | |||||| ||   |||||||||||||||||||| | ||||||| || ||| ||||||||||    
T  9581284 ctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgttgtcagattagacatttgaac 9581198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9586923 - 9586844
Alignment:
Q  83 atttgggtagaaatcactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgat 162  Q
    |||||||| | ||||| ||||||| |||| |||  |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  9586923 atttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgat 9586844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 1037583 - 1037727
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||| | || ||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  1037583 gaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 1037682  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  1037683 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatg 1037727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 45245004 - 45245148
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    ||||| || ||||| ||||||| || |||||||||  |||  ||||| ||||||| || |||||||| | || || ||| |||||| ||||||| |||||    
T  45245004 gaaggaatgtgtcatgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttc 45245103  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |  | || ||||||||||| |||||| | ||||  ||||||||||    
T  45245104 caaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatg 45245148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 543 - 687
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||  || ||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  |||||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    | ||  | |||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatg 687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 192 - 331
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1527
Alignment:
Q  192 tatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgag 291  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |  ||||||   ||| | |||  || ||||||||||| ||||||  ||    
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  292 ctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatg 1527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 216 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 21235709 - 21235598
Alignment:
Q  216 ttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaat 315  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||   |||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  21235709 ttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatat 21235610  T
Q  316 acaagcgttgat 327  Q
    ||| | ||||||    
T  21235609 acaggagttgat 21235598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 331
Target Start/End: Original strand, 18315192 - 18315336
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||||||||||||||   |  |||| | || ||| ||| ||||||||||||     ||||| | |||| |||| |||||||||||||  |||||    
T  18315192 gaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttc 18315291  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    || | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  18315292 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatg 18315336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 312
Target Start/End: Original strand, 17636317 - 17636445
Alignment:
Q  188 aaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatgga----atgaactttgcag 283  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||  |||  |||||||||||||     ||||||| ||||||||||||| ||    |||||||||| ||    
T  17636317 aaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaag 17636416  T
Q  284 ttcccgagctggaggtgttgaacttgtca 312  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  17636417 ttcccaaattggaggtgttgaacttgtca 17636445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 326
Target Start/End: Original strand, 28246214 - 28246353
Alignment:
Q  187 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 286  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| ||| ||   ||||||| | |||| ||||||  | ||||||||| |||||    
T  28246214 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttc 28246313  T
Q  287 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttga 326  Q
    || | |||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  28246314 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga 28246353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 270 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922544
Alignment:
Q  270 aatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    ||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatg 27922544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 330
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936225
Alignment:
Q  188 aaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 287  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||||||| |  ||| ||||||| |||| ||    |||||||||||||| || ||  |||||| |||||  |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  288 cgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgat 330  Q
      | || ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgat 34936225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 329
Target Start/End: Original strand, 20477995 - 20478143
Alignment:
Q  181 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 280  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||| || |||||||||| | |  |||||||||||||||   |||  || || ||| |||| |||||| ||| |||    
T  20477995 atatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttg 20478094  T
Q  281 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatga 329  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  20478095 taattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatga 20478143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 331
Target Start/End: Original strand, 41889401 - 41889617
Alignment:
Q  118 atcataatgtttacttccattttcccctatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctga---aggtatttgtcaagttttaaagaaat 214  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    ||| |  |  |||| |||   |||||||  ||||||||||| || ||    
T  41889401 atcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatat 41889500  T
Q  215 gttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaa 314  Q
    |||||||  ||| | ||||||||||| |    ||||||| |||||| |||| || ||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||| ||| |    
T  41889501 gttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcata 41889600  T
Q  315 tacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||  ||||||||||    
T  41889601 tacaaaagttgatgatg 41889617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 331
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901598
Alignment:
Q  275 actttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatg 41901598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 198 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 32267641 - 32267511
Alignment:
Q  198 tcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 297  Q
    |||| |||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| |    ||||||| |||||||||| |   ||||||||||| ||||||| |  |||||    
T  32267641 tcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaactttgaagttcccaaattggag 32267545  T
Q  298 gtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatg 331  Q
    || |||||||||||| | ||||  ||||||||||    
T  32267544 gtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatg 32267511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University