View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18219_low_2 (Length: 705)

Name: NF18219_low_2
Description: NF18219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18219_low_2
NF18219_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-691)||(2352547-2353213)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 2353213 - 2352547
Alignment:
Q  18 aataccatccatgaacgcagttgtacacctcatcctgcatgcatggaccatgatccacacacttagcaaacatgctttttacaatctcgacacatacgtc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2353213 aataccatccatgaacgcagttgtacacctcatcctgcatgcatggaccatgatccacacacttagcaaacatgctttttacaatctcgacacatacgtc 2353114  T
Q  118 tttttctttgttcattgagacaaatctatgcaatctctcattgcaaaacatatgttttacaccacagattaaagtcatcatgtgcaaagttatgatagtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2353113 tttttctttgttcattgagacaaatctatgcaatctctcattgcaaaacatatgttttacaccacagattaaagtcatcatgtgcaaagttatgatagtt 2353014  T
Q  218 aatgatcctattgtggcatgtctacatcagtgccacatttgatatgtaatgtcactttcttgtagatcgaggatgggatgtttgatatattctgagaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2353013 aatgatcctattgtggcatgtctacatcggtgccacatttgatatgtaatgtcactttcttgtagatcgaggatgggatgtttgatatattctgagaaaa 2352914  T
Q  318 aaccctggcctgcataattgtcttatctacaatacaactaagattttttaaactctaacgtataatcaaacccacttggtgcttactacttaagcagtgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352913 aaccctggcctgcataattgtcttatctacaatacaactaagattttttaaactctaacgtataatcaaacccacttggtgcttactacttaagcagtgt 2352814  T
Q  418 tggnnnnnnnnnnnnnnacagtattcacattctcaaccagatttggtcccctacactgtatctattaaaattgatgccttaattaatttgctctttcaat 517  Q
    |||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352813 tgg---tttttttttttacagtattcacattctcaaccagatttggtcccctacactgtatctattaaaattgatgccttaattaatttgctctttcaat 2352717  T
Q  518 aagaaacatgtcacaaggtaatgatcaactcgttacacatgacacaccctaacccgtacacaaaaccggagaaagccaaaaatacggaggattttctatt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352716 aagaaacatgtcacaaggtaatgatcaactcgttacacatgacacaccctaacccgtacacaaaaccggaaaaagccaaaaatacggaggattttctatt 2352617  T
Q  618 attttgaggtcccctgaacattaaatcttagccgtacacgtagcatatgtccgtccaatgatttcttgcctttg 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||    
T  2352616 attttgaggtcccctgaacattaaatcttagccgtacacgtagcatat----gtccaatgatttcttgcctttg 2352547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University