View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18223_low_11 (Length: 355)

Name: NF18223_low_11
Description: NF18223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18223_low_11
NF18223_low_11
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (4-355)||(14552723-14553074)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-355)||(37702031-37702385)
chr5 (1-355)||(37593552-37593906)
chr5 (1-355)||(37695943-37696297)
chr5 (1-355)||(37382784-37383138)
chr5 (1-355)||(37393335-37393689)
chr5 (1-355)||(37401456-37401810)
chr5 (1-355)||(37639094-37639448)
chr5 (1-355)||(37823252-37823606)
chr5 (1-355)||(37532448-37532802)
chr5 (4-355)||(37710855-37711206)
chr5 (70-347)||(37413631-37413908)
chr5 (1-355)||(37435058-37435412)
chr5 (1-150)||(37428400-37428548)
chr5 (9-97)||(26437679-26437767)
chr5 (9-97)||(26451048-26451136)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-355)||(16843454-16843808)
chr4 (4-355)||(16846122-16846472)
chr4 (1-355)||(24218189-24218543)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 4 - 355
Target Start/End: Original strand, 14552723 - 14553074
Alignment:
Q  4 ttcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggc 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||      
T  14552723 ttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgct 14552822  T
Q  104 tggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctc 203  Q
    || | ||||| || |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14552823 tgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctc 14552922  T
Q  204 tatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14552923 tatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtc 14553022  T
Q  304 tcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14553023 tcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgt 14553074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37702031 - 37702385
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37702031 acattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttaggaaatgaat 37702130  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37702131 gcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatc 37702230  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  37702231 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttata 37702330  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37702331 gtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgt 37702385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37593552 - 37593906
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37593552 acattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaat 37593651  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37593652 gcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtc 37593751  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37593752 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttata 37593851  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  37593852 gtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgt 37593906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37695943 - 37696297
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37695943 acattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaat 37696042  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37696043 gcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtc 37696142  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37696143 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttata 37696242  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  37696243 gtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgt 37696297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 37383138 - 37382784
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  37383138 acattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgttggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggat 37383039  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  37383038 gtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttatttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatc 37382939  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||| | ||||||| |||||||| || ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||     
T  37382938 ctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttttgtacagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttatt 37382839  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||  ||||||||||||||    
T  37382838 gtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgtgtccatagaggttgt 37382784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 37393689 - 37393335
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  37393689 acatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttactagagacatcataaattctcaacttaggaaatggat 37393590  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37393589 gcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatc 37393490  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37393489 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacattgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttata 37393390  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  37393389 gtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgt 37393335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 37401810 - 37401456
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37401810 acattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtat 37401711  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  37401710 gcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatc 37401611  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  37401610 ctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttata 37401511  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37401510 gtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgt 37401456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37639094 - 37639448
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37639094 acattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtat 37639193  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  37639194 gcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatc 37639293  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  37639294 ctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttata 37639393  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37639394 gtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgt 37639448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37823252 - 37823606
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  37823252 acattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtat 37823351  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  37823352 gcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatc 37823451  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  37823452 ctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttata 37823551  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37823552 gtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgt 37823606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37532448 - 37532802
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37532448 acattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaat 37532547  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37532548 gcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtc 37532647  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37532648 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttata 37532747  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  37532748 gtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgt 37532802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 4 - 355
Target Start/End: Original strand, 37710855 - 37711206
Alignment:
Q  4 ttcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggc 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||      
T  37710855 ttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgct 37710954  T
Q  104 tggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctc 203  Q
    |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  37710955 tggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctc 37711054  T
Q  204 tatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtc 303  Q
     | | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  37711055 aacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatccttccaattggttgccattcaactttatagtc 37711154  T
Q  304 tcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  37711155 tcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgt 37711206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 70 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 37413908 - 37413631
Alignment:
Q  70 acataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattctt 169  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| |||  | || ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37413908 acataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactctt 37413809  T
Q  170 gtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatgg 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |  ||||||||||||   || | |||||| ||||||||||||||    
T  37413808 gtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaatgg 37413709  T
Q  270 tccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccata 347  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  37413708 tccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccata 37413631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 37435058 - 37435412
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||     |||  | ||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  37435058 acattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgttggcaaggatccactaaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggat 37435157  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    || ||||  |||| || ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37435158 ggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttatttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 37435257  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| ||||||  |||||||| || | ||  || | || |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  37435258 ctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagttctgtacagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttata 37435357  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  37435358 gtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatgcttccattaaggttgt 37435412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 37428400 - 37428548
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| |||||||| ||||||||| | || ||| |||  |  |||||||||||||| || |||||||    
T  37428400 acattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggat 37428498  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaa 150  Q
    |  ||||  |||| || |||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  37428499 gtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttatttgatcttaaa 37428548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 97
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437767
Alignment:
Q  9 cattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatg 97  Q
    |||||||| ||| || || ||| ||| ||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 97
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451136
Alignment:
Q  9 cattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatg 97  Q
    |||||||| ||| || || ||| ||| ||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 16843808 - 16843454
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16843808 acattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggat 16843709  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||   |||||||||||||| |||||||||   || || ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16843708 gcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatc 16843609  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16843608 ctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttata 16843509  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  16843508 gtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgt 16843454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 4 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 16846472 - 16846122
Alignment:
Q  4 ttcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||| |   |||  |  ||||||||||| || |||||||||||      
T  16846472 ttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgttggcaacggtccactgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgct 16846374  T
Q  104 tggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctc 203  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16846373 tggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctc 16846274  T
Q  204 tatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtc 303  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||     
T  16846273 tatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtg 16846174  T
Q  304 tcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
     ||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  16846173 acaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccaaagaggttgt 16846122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 24218543 - 24218189
Alignment:
Q  1 acattcatcattccttgaaaattcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggat 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||  ||||| ||   ||||||||   ||||||||| ||| |||||||  |    
T  24218543 acattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgatt 24218444  T
Q  101 ggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatc 200  Q
    |  |||| ||||| || ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  24218443 gtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatc 24218344  T
Q  201 ctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttata 300  Q
     | |||| ||||||| |||||||| || |||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  24218343 gtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttata 24218244  T
Q  301 gtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgt 355  Q
    ||||| ||| |||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24218243 gtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgt 24218189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University