View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18227_low_2 (Length: 878)

Name: NF18227_low_2
Description: NF18227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18227_low_2
NF18227_low_2
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-595)||(20599591-20600172)
chr3 (602-864)||(20593901-20594163)
chr3 (374-848)||(4695605-4696082)
chr3 (617-659)||(13795979-13796021)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (30-860)||(5153872-5154702)
chr6 (366-538)||(22841837-22842012)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-851)||(31233193-31234028)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (585-752)||(48156285-48156452)
chr1 (617-848)||(23418975-23419206)
chr1 (374-533)||(23418729-23418891)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (374-848)||(2821-3298)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (617-853)||(28583945-28584181)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (366-538)||(14233343-14233518)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (374-462)||(37175328-37175416)
chr2 (665-845)||(37174924-37175104)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 20600172 - 20599591
Alignment:
Q  18 cctccacaatactcttattaggtaaagttacactcataggtttaatttcatagtaaataatgaaccaactcaaatcatgacaagtgtgatgtgtagcact 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20600172 cctccacaatactcttattaggtaaagttacactcataggtttaatttcatagtaaataatgaaccaactcaaatcatgacaagtgtgatgtgtagcacc 20600073  T
Q  118 tgtgtcaactatccagctagtgtcatcaaatttgcaactagcattactgttaa-gaatttacctccaatatttgcagttgagct---ggctttcatcaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||    
T  20600072 tgtgtcaactatccagctagtgtcatcaaatttgcaactagcattactggtaaagaatttacctccaatatttgcagttgagctactggccttcatcaca 20599973  T
Q  214 tttgcagagcctttagcttcaatgtttcttttctccaaaaatgcaatcaaattctgatactgatctttggtcagcatcattccattttcatcatttttcc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20599972 tttgcagagcctttagcttcaatgttgcttttctccaacaatgcaatcaaattctgatactgatctttggttagcattattccattttcatcatttttcc 20599873  T
Q  314 tagtggaagcatttcccttgagctcagtttcttcactttccacaaaattagcattagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaacc 413  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20599872 cagtggaagcatttcccttgagctcagtttcttcactttccacaaaattagcattagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaacc 20599773  T
Q  414 atgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactctgagagtccctcttcctcttccttgaaaaccatttcctcta 513  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20599772 atgtttcttataacaagttttcacagtgtgattagttctattacagaaactacacactctgagattccctcttcctcttccttgaaaaccatttcctcta 20599673  T
Q  514 cctcttccaaattgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagttgtatcatctatagtagtaacaggtgatgata 595  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20599672 cctataccaaattgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagctatatcatctatagtagtaacaggtgatgata 20599591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 602 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 20594163 - 20593901
Alignment:
Q  602 tgtactgcgtcttcgtttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgtgatgttacaccttgata 701  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20594163 tgtattgcatcttcctttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaaggatccattaacaagacttgtgatgttacaccttgata 20594064  T
Q  702 atcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtg 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20594063 atcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctataaagcttttgttatttctcacagccaaacaagtacattgaattggacatgtg 20593964  T
Q  802 cattgaggtattggcctgtactgatccaattcctcccataaacctctcaaattagtgaaaaat 864  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20593963 cattgaggcattggcctgtactgatccaattcctcccataaacctctcaaattagtgaaaaat 20593901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 374 - 848
Target Start/End: Original strand, 4695605 - 4696082
Alignment:
Q  374 aagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactct 473  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||   ||||||| |  ||   ||||||| |||| |||||    
T  4695605 aagaatttcctcctcctctaccccaattaggaggaaagccatgcttcttataacaagtctccatggtgtgatttgaccttccacagaaattacaaactct 4695704  T
Q  474 gagagtccctcttcctcttccttgaaaacca---tttcctctacctcttccaaattgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagttgtatca 570  Q
       | | ||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||  |||| |  |||||||| || | || | | |||||     
T  4695705 tccattgcctcttcctcttccttggaaaccagcatttcctcttcctcttccaaattgcctctgtgcatctacagcattcaccaatctagcactggtatcc 4695804  T
Q  571 tctatagtagtaacaggtgatgatacgacactgtactgcgtcttcgtttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatcca 670  Q
    |||| |  || | ||||||     |  | ||  || || | |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  4695805 tctacaacagaagcaggtgcaacaattataccatattgagccttcctttcttgctgcataatcatagagaaaactctattgatttgaggcaatggatcca 4695904  T
Q  671 ttaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcat 770  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| || || |||| |||||  ||||||||||| |||  ||| |||| |||   ||| | |||    
T  4695905 ttaataaaacttgagatgtaacactttgatattcttcattcaacccaatcagaaattgaatgattctatcctctaatctgaaaccttttgcattacgcat 4696004  T
Q  771 agccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggcctgtactgatccaattcctcccataaacctct 848  Q
    |||||||||| | ||  |||||| ||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4696005 agccaaacaactgcaaggaattggacaggtgcagtgaggcataggcctatactgatccaattcttcccataagcctct 4696082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 617 - 659
Target Start/End: Original strand, 13795979 - 13796021
Alignment:
Q  617 tttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgagg 659  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13795979 tttcttgttgcattatcatagagaaaaccctatttatttgagg 13796021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 860
Target Start/End: Original strand, 5153872 - 5154702
Alignment:
Q  30 tcttattaggtaaagttacactcataggtttaatttcatagtaaataatgaaccaactcaaatcatgacaagtgtgatgtgtagcacttgtgtcaactat 129  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5153872 tcttattaggcaaagtaacactaataggtttaatttcattataagtagtgaaccagctcaaatcatcacaagtgtgatgtgtagaacctgtgtcaactat 5153971  T
Q  130 ccagctagtgtcatcaaatttgcaactagcattactgttaa-gaatttacctccaatatttgcagttga---gctggctttcatcacatttgcagagcct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  5153972 ccagctagtgtcatcaaatttgcaactagcattactggtaaagaatttacctccaatattagcaattgaactgctggccttcatcacatttgcagagcct 5154071  T
Q  226 ttagcttcaatgtttcttttctccaaaaatgcaatcaaattctgatactgatctttggtcagcatcattccattttcatcatttttcctagtggaagcat 325  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||       
T  5154072 ttagcttcaatgttgcttttctccaacagtgcaatcaaattctgatactggtctttggttagcatcatttcattttcatcatttttcccaatggaagtgc 5154171  T
Q  326 ttcccttgagctcagtttcttcactttccacaaaattagcattagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttata 425  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5154172 ttcccttgagctcagtatcttcacattccacaaaattagcattagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggaggataaccatgtttcttata 5154271  T
Q  426 acaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactctgagagtccctcttcctcttccttgaaaaccatttcctctacctcttccaaat 525  Q
    || || ||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||| |  |||||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||||    
T  5154272 ac-aggttccaaaatgtgattggttctattgcagaagctacataccctgagatttgctcttcctattccttgaaatgaatttcctctaccccttccaaat 5154370  T
Q  526 tgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagttgtatcatctatagtagtaacaggtgatgatacgacactgtactgcgtcttcgtttcttgct 625  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||   |||||| ||||| ||| | |||||| ||||  |||||||||    
T  5154371 tgcctctgaccatccatggcattaacaagaccacaagttgtatcatctataggagt---aggtgaagatactacattttactgcatctttctttcttgct 5154467  T
Q  626 gcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaa 725  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| ||| ||| || || |||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  5154468 gcattaccatagagaaaaccatgtttatttgaggtaaaggatacatcaacaacacttttgatgtcaccccttgataatcatcattcaatcccattaaaaa 5154567  T
Q  726 tttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggcctgtactga 825  Q
     ||||| ||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||||  | |||||||| |||    
T  5154568 cttgataattctatcttctgctgtaagagctttgttatttctcatagcaaaacaagtacattgaattggacaggtacactgaggcttaggcctgtattga 5154667  T
Q  826 tccaattcctcccataaacctctcaaattagtgaa 860  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  5154668 tccaattcatcccacaaacctctcaaatcagtgaa 5154702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 366 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 22842012 - 22841837
Alignment:
Q  366 attagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaacta 465  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| ||  ||    
T  22842012 attagcataggaatttcctccacctcttccccagtttggagggtatccatgcttcttgtaacaagtttccactgtgtgattagttctttcacaaaaggta 22841913  T
Q  466 cacactctgagagtccctcttcctcttccttgaaaa---ccatttcctctacctcttccaaattgtctctgaccat 538  Q
    || | |||   | | |||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||    
T  22841912 caaaatcttccattacctcttcctcttccttgagaagacccatttcctctacctctgccaaactgtttttgaccat 22841837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 20 - 851
Target Start/End: Original strand, 31233193 - 31234028
Alignment:
Q  20 tccacaatactcttattaggtaaagttacactcataggtttaatttcatagtaaataatgaaccaactcaaatcatgacaagtgtgatgtgtagcacttg 119  Q
    ||||||||| |||| || |||||||  ||||| || ||||||||||||   ||| || |||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||  |    
T  31233193 tccacaatattcttgttgggtaaagcaacactaattggtttaatttcactataactagtgaaccaacttaaatcatgacatgtatggtgtgttgcaccag 31233292  T
Q  120 tgtcaactatccagctagtgtcatcaaatttgcaactagcattactgttaa-gaatttacctccaatatttgcagttgagct---ggctttcatcacatt 215  Q
    | ||||| ||||| ||| | ||||||| ||||||| |||||||| || ||| || |||||||||||| ||  || |||||||   ||  |||||||  ||    
T  31233293 tatcaacaatccaactactatcatcaattttgcaaatagcattattgataaagagtttacctccaatgttaacacttgagctcttggtcttcatcatgtt 31233392  T
Q  216 tgcagagcctttagcttcaatgtttcttttctccaaaaatgcaatcaaattctgatactgatctttggtcagcatcattccattttcatcatttttccta 315  Q
    ||| || |||||||||||||  || ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||  |||||||||||||| |    
T  31233393 tgctgaacctttagcttcaacattgcttctttccaataatgcaatcaaattttgatactgatccttagttagcatcattccaccttcatcatttttccca 31233492  T
Q  316 gtggaagcatttcccttgagctcagtttcttcactttccacaaaattagcattagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccat 415  Q
    |  ||||   |||| ||    |||   |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  31233493 gcagaagtgcttcctttagattcaacatcttcacaatccacaaagttagcatttgcaaaagaatttccacctcctctgccccaattaggaagctaaccat 31233592  T
Q  416 gtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactctgagagtccctcttcctcttccttgaaaaccatttcctctacc 515  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  31233593 gtttcttgtaacatgtttcaactgtgtgattagttctattacagaaactacacactatgggatttcctcctcctcttccttgaaatgaatttcttctacc 31233692  T
Q  516 tcttccaaattgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagttgtatcatctatagtagtaacaggtgatgatacgacactgtactgcgtcttc 615  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| | | ||   ||   ||||||||||| ||| | |||||| ||||     
T  31233693 tcttccaaattgcctctgaccatccatggcattaactaagccagaagttgtatcacccaaagagatagttggtgatgatactacattatactgcatcttt 31233792  T
Q  616 gtttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaac 715  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  31233793 ctttcttgctgcataaccatagagaaaaccctatttatctaaggtaaaggatccatcaacaaaacttgtgatgttactccttgataatcttcattcaatc 31233892  T
Q  716 ccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattgg 815  Q
    |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||||| ||| || |||||||| ||  |    
T  31233893 ccatcagaaacttgatgattatatcttctgctctaaaagctttgttattcctcatagctaaacatgtacaggcaattggacaagtacattgaggcatacg 31233992  T
Q  816 cctgtactgatccaattcctcccataaacctctcaa 851  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31233993 cctatattgatccaattcctcccataaacctctcaa 31234028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 585 - 752
Target Start/End: Original strand, 48156285 - 48156452
Alignment:
Q  585 aggtgatgatacgacactgtactgcgtcttcgtttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgt 684  Q
    |||||||||||| ||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||    
T  48156285 aggtgatgatactacattgtactgtatctttctttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggtaaaggatccattaacaatacttgt 48156384  T
Q  685 gatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaa 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48156385 gatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaacttgatgattctatcttctgctctaaa 48156452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 617 - 848
Target Start/End: Original strand, 23418975 - 23419206
Alignment:
Q  617 tttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacc 716  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| || ||    
T  23418975 tttcttgctgcataatcatagagaaaactctattgatttgaggcaatggatccattaataaaacttgagatgtaacactttgatattcttcattcaaccc 23419074  T
Q  717 catcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggc 816  Q
     |||| |||||  ||||||||||| |||  ||| |||| |||   ||| | ||||||||||||| | ||  |||||| ||| ||||| ||||| || |||    
T  23419075 aatcagaaattgaatgattctatcctctaatctgaaaccttttgcattacgcatagccaaacaactgcaaggaattggacaggtgcagtgaggcataggc 23419174  T
Q  817 ctgtactgatccaattcctcccataaacctct 848  Q
    || |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  23419175 ctatactgatccaattcttcccataagcctct 23419206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 374 - 533
Target Start/End: Original strand, 23418729 - 23418891
Alignment:
Q  374 aagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactct 473  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||   ||||||| |  ||   ||||||| |||| |||||    
T  23418729 aagaattacctcctcctctaccccaattaggaggaaagccatgcttcttataacaagtctccatggtgtgatttgaccttccacagaaattacaaactct 23418828  T
Q  474 gagagtccctcttcctcttccttgaaaac---catttcctctacctcttccaaattgtctctg 533  Q
         | ||||||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  23418829 tccgttgcctcttcctcttccttggaaaccagcatttcctcttcctcttccaaattgcctctg 23418891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 374 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 3298 - 2821
Alignment:
Q  374 aagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaactacacactct 473  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||   ||||||| |  ||   ||||||| |||| |||||    
T  3298 aagaattacctcctcctctaccccaattaggaggaaagccatgcttcttataacaagtctccatggtgtgatttgaccttccacagaaattacaaactct 3199  T
Q  474 gagagtccctcttcctcttccttgaaaacca---tttcctctacctcttccaaattgtctctgaccatccatggcattcacaaaaccagaagttgtatca 570  Q
       | | ||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||  |||| |  |||||||| || |||| | | |||||     
T  3198 tccattgcctcttcctcttccttggaaaccagcatttcctcttcctcttccaaattgcctctgtgcatctacagcattcaccaatccagcactggtatcc 3099  T
Q  571 tctatagtagtaacaggtgatgatacgacactgtactgcgtcttcgtttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatcca 670  Q
    |||| |  || | ||||||  |  |  | ||  || || | |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||    
T  3098 tctacaacagaagcaggtgcagcaattataccatattgagccttcctttcttgctgcataatcatagagaaaactctattgatttgaggcgatggatcca 2999  T
Q  671 ttaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcat 770  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| || || |||| |||||  ||||||||||| |||  ||| |||| |||   ||| | |||    
T  2998 ttaataaaacttgagatgtaacactttgatattcttcattcaacccaatcagaaattgaatgattctatcctctaatctgaaaccttttgcattacgcat 2899  T
Q  771 agccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggcctgtactgatccaattcctcccataaacctct 848  Q
    |||||||||| | ||  |||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  2898 agccaaacaactgcaaggaattgaacaggtgcagtgaggcataggcctgtactgatccaattcttcccataagcctct 2821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 617 - 853
Target Start/End: Original strand, 28583945 - 28584181
Alignment:
Q  617 tttcttgctgcattaccatagagaaaactctatttatttgaggcaaatgatccattaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacc 716  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||||| | ||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  28583945 tttcttgtcgcattatcatagagaaaaccctgcttatttgaggtaaaggatccataagtaatacatgtgatgcaacaccttgataatcttcatttaatca 28584044  T
Q  717 catcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatttctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggc 816  Q
      ||||||| |  || |||||||||||  |||||||||  ||   ||| | ||| ||||||||||  ||  |||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  28584045 attcaaaaactgaattattctatcttcatctctaaaaccctttgcattgcgcattgccaaacaagcgcaaggaattggacatgtgcattgaggtataagc 28584144  T
Q  817 ctgtactgatccaattcctcccataaacctctcaaat 853  Q
     | || ||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  28584145 atatattgatcaaaatcttcccataatcctctcaaat 28584181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 50; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 366 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 14233518 - 14233343
Alignment:
Q  366 attagcaaaagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaacta 465  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| | ||| ||  ||    
T  14233518 attagcataggaatttcctccacctcttccccagtttggagggtatccatgcttcttgtaacaagtatccactgtgtgattagttctttcacaaaaggta 14233419  T
Q  466 cacactctgagagtccctcttcctcttccttg---aaaaccatttcctctacctcttccaaattgtctctgaccat 538  Q
    || | |||   | | |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||    
T  14233418 caaaatcttccattacctcttcctcttccttgagaaaacccatttcctctacctctgccaaactgtttttgaccat 14233343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 374 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 37175416 - 37175328
Alignment:
Q  374 aagaatttcctcctcctcttccccaattaggagggtaaccatgtttcttataacaagtttccacaatgtgattagttctattacagaaa 462  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||| ||||| | |||||||    
T  37175416 aagaatttccacctcctcttccccaatttggtggataaccatgctttttataacaagtttcaacagtatgatttgttctttcacagaaa 37175328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 37175104 - 37174924
Alignment:
Q  665 gatccattaataagacttgtgatgttacaccttgataatcttcatttaaacccatcaaaaatttgatgattctatcttctgctctaaaacttttgttatt 764  Q
    ||||||| ||||| || || || | ||| |||||||| |||||||| || || |||||||| |  |||| |||||| ||||| ||||||| |||   |||    
T  37175104 gatccatcaataaaacctgagaggctactccttgatattcttcattcaagccgatcaaaaactgtatgactctatcctctgccctaaaacctttagcatt 37175005  T
Q  765 tctcatagccaaacaagtacattgaattgtacatgtgcattgaggtattggcctgtactgatccaattcctcccataaacc 845  Q
     |||||||| | |||||||||  | || | ||| || |||||||| || || || || ||||||||||| |||||||||||    
T  37175004 cctcatagcaagacaagtacagggcataggacaagtacattgaggcatgggtctatattgatccaattcttcccataaacc 37174924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University