View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18232_high_1 (Length: 1553)

Name: NF18232_high_1
Description: NF18232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18232_high_1
NF18232_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1449)||(53096085-53097526)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (147-296)||(1369335-1369483)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1345; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1449
Target Start/End: Original strand, 53096085 - 53097526
Alignment:
Q  8 ggacatcatcaccaaaagcattcataagcttacttgctttagaggatcacattttgcaggcatcggaggatccttagagagagatatgtcaagataatgg 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096085 ggacatcattaccaaaagcattcataagcttacttgctttagaggatcacattttgcaggcatcggaggatccttagagagagatatgtcaagataatgg 53096184  T
Q  108 cactgctgctgaagaataccatttttagtttcaggaaaaatgtccaaactagcagaatgaactgttccaacatcaaaactatttccatttctagtcccat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  53096185 cactgctgctgaagaataccatttttagtttcaggaaaaatgtccaaactagcagaatgaactgttccaacatcaaaactatttccatttctcgtcccat 53096284  T
Q  208 ttgagttttgtgctttgattagaactccacactttgatccttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggcaccatgnnnnnn 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  53096285 ttgagttttgtgctttgattagaactccacactttgatccttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggcaccatgtttttt 53096384  T
Q  308 nggaacttctaaactccggatgagctgactaatgtgaacatgagctgcacaactcttccatgactttttatgaacaacaggttcggaaatctgcattgtc 407  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  53096385 tggaacttctaaactccggatgagctgactaatgtgaacatgagctgcacaactcttccatgactttttatgaacaacaggttcggaaatctgcatcgtc 53096484  T
Q  408 attaaacatttattattggaaacaactaataggcatttgagtggagtgcatcaactatgatgaaaaacttcttaatcatgcaaaacaacaatactaagca 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096485 attaaacatttattattggaaacaactaataggcatttgagtggagagcatcaactatgatgaaaaacttcttaatcatgcaaaacaacaatactaagca 53096584  T
Q  508 tgaatttttagtttcttacctttccacctgaagaacaactttccatcaaatcgtgtttggagttgcaaatagcagcattcagccaatgtggagctttagc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096585 tgaatttttagtttcttacctttccacctgaagaacaactttccatcaaatcgtgtttggagttgcaaatagcagcattcagccaatgtggagctttagc 53096684  T
Q  608 ggcagcagaagaccttaagnnnnnnnntccatcgaatttggatgagcagaaatgaagggggtggaggaaattaggctacataacaaggtcaaaatgaagt 707  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096685 ggcagcagaagaccttaagaaaaaaaatccatcgaatttggatgagcagaaatgaagggggtggaggaaattaggctacataacaaggtcaaaatgaagt 53096784  T
Q  708 tgagtaaaagaaatttactgcaaacaagaagcattagttgcatgcgtcgagcctggcaataatgttagaccttctgttaaaacaaccaaagatgtctagg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096785 tgagtaaaagaaatttactgcaaacaagaagcattagttgcatacgtcgagcctggcaataatgttagaccttctgttaaaacaaccaaagatgtctagg 53096884  T
Q  808 tattaaccaaatgataaaatactttagtcatcaaccaagtaagaaaaatcactgcttgtaacaaccaacgagcaaaattctgtcctcacataccgttttc 907  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096885 tattaaccaaatgataaaatgctttagtcatcacccaagtaagaaaaatcactgcttgtaacaaccaacgagcaaaattctgtcctcacataccgttttc 53096984  T
Q  908 tctttggtacttgattatatgttgttcttgcttacaaccaattactccgacctgaaacgcaagttgataaataagataccagtcatactagcgctagctt 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53096985 tctttggtacttgattatatgttgttcttgcttacaaccaatgcctccgacctgaaacgcaagttgataaataagacaccagtcatactagcgctagctt 53097084  T
Q  1008 gtaaaaacaagagttctaaacaactaccgtctcatactccacttctacttttcccccaatatgtgaaaattgtgattctgtggacacatttaatctgcaa 1107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53097085 gtaaaaacaagagttctaaacaactaccgtctcatactccacttctacttttcccccaatatgtgaaaattgcgattctgtggacacatttaatctgcaa 53097184  T
Q  1108 tatgatgacaaaacacaataaataaatatgaaaaagaatttgaaaatagagatttcacacaatgcaacttaaaaactacacaccccatttcaatagacaa 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097185 tatgatgacaaaacacaataaataaatatgaaaaagaatttgaaaatagagatttcacacaatgcaacttaaaaactacacaccccatttcaatagacaa 53097284  T
Q  1208 ttcagagtcatgcacttcaactttgcaaccattttcactcttaaccatcataggcacaccctgcagatttaattttggagcagtgctttgagttgccacc 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53097285 ttcagagtcatgcacttcaactttgcaaccattttcactcttaaccatcataggcacaccctgcagatttacttttggagcagtgatttgagttgccacc 53097384  T
Q  1308 aaattatctgcactcccagttaaatcattgtcatcaacatcaatggtttcacttgaactaatttttgctgctcccatagacgaactttcaggaataagat 1407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097385 aaattatctgcactcccagttaaatcattgtcatcaacatcaatggtttcacttgaactaatttttgctgctcccatagacgaactttcaggaataagat 53097484  T
Q  1408 tagtatcttcaacagcttctgaggctaaaacacatgacaaat 1449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097485 tagtatcttcaacagcttctgaggctaaaacacatgacaaat 53097526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 82; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 1369483 - 1369335
Alignment:
Q  147 atgtccaaactagcagaatgaactgttccaacatcaaaactatttccatttctagtcccatttgagttttgtgctttgattagaactccacactttgatc 246  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |  ||| |||||||    
T  1369483 atgtccaaactagtagtatgaactgttccagcatcaaaactatttccatttctcatcccattagagttttgtgctttgattagga-tatacattttgatc 1369385  T
Q  247 cttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggca 296  Q
     |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  1369384 tttggtgaactctggtttggtgacattcataacgctcagattctttggca 1369335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University