View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18234_high_6 (Length: 483)

Name: NF18234_high_6
Description: NF18234
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18234_high_6
NF18234_high_6
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (11-469)||(13932673-13933131)
chr6 (6-466)||(14025601-14026061)
chr6 (6-439)||(14015470-14015905)
chr6 (8-454)||(14047652-14048098)
chr6 (6-435)||(14110796-14111225)
chr6 (8-455)||(13892300-13892747)
chr6 (7-439)||(13874612-13875044)
chr6 (6-435)||(13472313-13472742)
chr6 (8-439)||(13862142-13862573)
chr6 (10-445)||(14084991-14085426)
chr6 (161-369)||(13928814-13929022)
chr6 (6-158)||(13912143-13912295)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 469
Target Start/End: Original strand, 13932673 - 13933131
Alignment:
Q  11 aatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaatgat 110  Q
    |||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||| ||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13932673 aatttgtttttggacaaatcaataagtgcagaaccttgtaaaaatgctggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaagagaacagtgat 13932772  T
Q  111 ttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13932773 ttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatattgatgctgttgcattcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctgg 13932872  T
Q  211 aacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgatctc 310  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13932873 aacattatctgaaattccagccttcgaaatatcaagatccagcaggtacttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcttgatctc 13932972  T
Q  311 aatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgacatac 410  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13932973 aatcctatactgttcagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatctcaatgctagtgaattgtctgacaagtctaattcctttaacattgacatac 13933072  T
Q  411 cagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtc 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | |  ||| ||| ||||||||||||||    
T  13933073 cagaaaaatgaaattcagagatcacaccattcatagagtttgaactcatttgtagtgtc 13933131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 466
Target Start/End: Original strand, 14025601 - 14026061
Alignment:
Q  6 cagagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaaca 105  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||    |||||||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14025601 cagagaatttgtttttggacaaatcagtaactgtagaaccttttagaaatggtggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaacagaaca 14025700  T
Q  106 atgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14025701 acgatttttgacttgaagatttggaattaatcctttgagattattgtttgaaatgttgatgttgttgcaccattgtgatgatagtttagcccaaaaccac 14025800  T
Q  206 tctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14025801 tctggaacattatctgaaattccagccttcgaaatatcaagatcctgcaggtacttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatg 14025900  T
Q  306 atctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattga 405  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14025901 atctcaatcctatattgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatgtcaatgcaagtgaattgtcagacaagtctaattcctttaacattga 14026000  T
Q  406 cataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagt 466  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  14026001 cataccagaaaaatgaaattctgagatcacaccacttaaattgttcgaattcattcgtagt 14026061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 6 - 439
Target Start/End: Original strand, 14015470 - 14015905
Alignment:
Q  6 cagagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagata--aaaaagaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  14015470 cagagaatttgtttttggacaaatcaataagttcagaaccttgtagaaatgctggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagatataaaaaaaaa 14015569  T
Q  104 caatgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaacc 203  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14015570 aaattaattttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgcggtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaacc 14015669  T
Q  204 actctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgca 303  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14015670 actctggaatattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagattgtgaatgtgtttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaagtttgca 14015769  T
Q  304 tgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacatt 403  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14015770 tgatctcaatcctataccacgcagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatgtcaatgctagtgaattgtctgacaagtctaattcctttaacatt 14015869  T
Q  404 gacataccagaaaaatgaaattcagagatcacacca 439  Q
    |||||||||| |||||| || || || |||||||||    
T  14015870 gacataccagcaaaatggaagtctgaaatcacacca 14015905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 454
Target Start/End: Original strand, 14047652 - 14048098
Alignment:
Q  8 gagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaat 107  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14047652 gagaatttatttttggaaagatcaattaatccagaacctagtagaaaaggtggagtggacccttcaaattcatttgatgaaagagataaaaaagaacatt 14047751  T
Q  108 gatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 207  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14047752 gacttttggcttgaagatttggaattaatcctttgagattattgtttaaaatgttcatgttgctgcactctggtgatgatagtttagcccaaaaccactc 14047851  T
Q  208 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  14047852 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtatttttgtgtcagaatccatttaggaaacgtaagaccaagtttgcatgaa 14047951  T
Q  308 ctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgaca 407  Q
    | || |||||||  || |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | ||| |   ||||||||||||    
T  14047952 cccattcctatatcgtgcagttgaaaaggcgggacccagttttcggtaaatctcaatgctattgagttgtcagacaaatataagtatcttaacattgaca 14048051  T
Q  408 taccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaa 454  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  14048052 taccataaaaatggaagtcagagatcacaccacttaaagagttcgaa 14048098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 6 - 435
Target Start/End: Original strand, 14110796 - 14111225
Alignment:
Q  6 cagagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaaca 105  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||     |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| ||    
T  14110796 cagagaacttgtttttggacaggtcaataacatgggaaccttgtagaaatggtggaatgggcccttcaaattcatttaatgaaagagataaactagagca 14110895  T
Q  106 atgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 205  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14110896 ataattttttacttgaagatttggaattattcctttgagattattgtttgaaacgttgatgctcctgcacttttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 14110995  T
Q  206 tctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatg 305  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14110996 tccggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagaatgagcaggtacttctgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatg 14111095  T
Q  306 atctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattga 405  Q
    |||||||||||||| |||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  14111096 atctcaatcctataatgtgaagttgaaatggcgggacccagttttcagtaaatgtcaatgctagtgaattgtcagacaagtctaattcctttaacatcga 14111195  T
Q  406 cataccagaaaaatgaaattcagagatcac 435  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14111196 cataccagaaaaatgaaattcagatatcac 14111225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 13892747 - 13892300
Alignment:
Q  8 gagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaat 107  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||    |||||||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13892747 gagaatttgtttttggacaagtcaataagtgtagaaccttttagaaatggtggaataggcccttcaaattcatttgatgaaagagataaaatagaacaat 13892648  T
Q  108 gatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 207  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  13892647 aatttttgacttgaagatttggaattaatcctttgagattattgtttgaaatgttgatgcttctgcactcttttaatgataatttagcccaaaaccactc 13892548  T
Q  208 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||   ||  |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13892547 tggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagattttgaatgtgtttttgtgtctgaatccagttaggaaatgtaggaccaagtttgcaggat 13892448  T
Q  308 ctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgaca 407  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||  | ||||| || ||||||||| |||  |||||||  ||| |||| |||||||||||    
T  13892447 ctcaatcctatagtgtccaattgaaaaggagggacccaattttggggaaatctcattgctagtgaattgcttgacaaggataattcctctaacattgaca 13892348  T
Q  408 taccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaat 455  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  13892347 taccagaaaaatggaagtcagagatcacaccacttaaagagttcgaat 13892300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 13875044 - 13874612
Alignment:
Q  7 agagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaa 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  13875044 agagaatttgtttttggacaaatcaatagatacagaacctctgagaaatggtggaatggagccttcaaattgatttgatgcaagagataaaaaagaacaa 13874945  T
Q  107 tgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccact 206  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13874944 tgattttttacatgaagattcggaattaatcctttgagattgttgtatgaaatgttgattgtcttgcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccact 13874845  T
Q  207 ctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatga 306  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  ||   ||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  13874844 cgggaacattatctgaaattccagaattagaaatatcaatatcctgaaagtgattttgtgtctgaatccattttggaaatgtaagaccaagtttgcaaga 13874745  T
Q  307 tctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgac 406  Q
    || |||||||||| | | ||  |||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  13874744 tcccaatcctatagtttgcaactgaaaaggcgggacccagttttcggtaaatctcaatactagtgaattgtcagacaagtctaattcctttaacattgac 13874645  T
Q  407 ataccagaaaaatgaaattcagagatcacacca 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13874644 ataccagaaaaatggaattcagagatcacacca 13874612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 13472742 - 13472313
Alignment:
Q  6 cagagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaaca 105  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13472742 cagagaacttatttttggacagatcaataaatgaagaacctcttagaaatggtggaatggacccttcaaattcatttgatgaaagatataaaaaagaaca 13472643  T
Q  106 atgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccac 205  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| || |  ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  13472642 atgattttttacttgaagatttggaattaatcctttgagattgttataggaaatgttgattctagagcagtcttgggatgatagtttagaccaaaaccac 13472543  T
Q  206 tctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13472542 tctggaacattatctgaaattccaccattagaaatatcaagattgtgcaggtatttttgtgtctgaatccatttgggaaatgtaagaccaagtttgcatg 13472443  T
Q  306 atctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattga 405  Q
    ||| |||  | ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||||   ||||||||||    
T  13472442 atcccaaatccatagtgtacagttggaaaggcgggacccagttttctgtaaatctcaatgccagtgagttgtcagacaaatataaatatcttaacattga 13472343  T
Q  406 cataccagaaaaatgaaattcagagatcac 435  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||    
T  13472342 cataccagaaaaatggaagtcggagatcac 13472313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 13862573 - 13862142
Alignment:
Q  8 gagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaat 107  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13862573 gagaatttatttttcgatagatcaataagtccagaacctcgtagaaatggtggaatgggcccttcaaaatcatttgatgaaagagataaaagagaacagt 13862474  T
Q  108 gatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactc 207  Q
    ||||||| ||||  | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  | | ||||  |||  ||||||| ||| |||||||||||||    
T  13862473 gattttttacttttaaatttggaattgatcctttaagattattgtttgaaatgtttattgtattgcacatttgcaatgatagattatcccaaaaccactc 13862374  T
Q  208 tggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgat 307  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| | |||  ||||||||| |||| | |||| |||||||||||| | || ||| |||| |||    
T  13862373 aggaacattatctgaaatttcagcattagaaatatcgagaaattgcaagtacttttgagtcttaatccacttaggaaatgtaggtccgagtatgcaggat 13862274  T
Q  308 ctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgaca 407  Q
    | |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13862273 cccaatcctatagtgtccagttgaaaaggtggcacccaattttcgttaaatctcaatgctagtgaattgcctgacaagtctaaatcctttaacattgaca 13862174  T
Q  408 taccagaaaaatgaaattcagagatcacacca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13862173 taccagaaaaatgaaattcagagatcacacca 13862142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 445
Target Start/End: Original strand, 14084991 - 14085426
Alignment:
Q  10 gaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaacaatga 109  Q
    |||||| ||||||||||||||||||      |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  14084991 gaatttatttttggacagatcaatatttatggaacctctaagaaatggtggaatgggaccttcaaattcatttgatgacagaaataaaaaagaacaataa 14085090  T
Q  110 tttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaatgttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctg 209  Q
    ||| | |  || ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||  |||| ||||||  |   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14085091 tttcttatgtggagattcggaattgatcctttgaaattgttgtaagaaaggttgattgtcctgcactcttgtgatgatagttttgcccaaaaccactctg 14085190  T
Q  210 gaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgatct 309  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||     
T  14085191 gaatattatctgaaactccagcattagaaatatcaagatatcgaaagtatttttgtgtctgaatccatttaggaaatgttgaaccaagtttgcaggatcc 14085290  T
Q  310 caatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatcctttaacattgacata 409  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |  ||||||||| | ||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  14085291 caatcctataatgcccagttgaaaaggcgggacccatttttcggcaaaacttaatgctagtaaattgtaagacaagtctaactcctctagcattgacata 14085390  T
Q  410 ccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaa 445  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  14085391 ccagaaaaatggaagtcagagatcacaccatttaaa 14085426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 161 - 369
Target Start/End: Original strand, 13928814 - 13929022
Alignment:
Q  161 ttgatgctgtagcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgctggtact 260  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |   ||  |    
T  13928814 ttgatgctgctgcactcttgtgatgatagtttagcccaaaaccactcgggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagattcagaatgtgtt 13928913  T
Q  261 tttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcg 360  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||     
T  13928914 tttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaagtttgcaggatctcaattccatagtgtccagttgaaaaggcgggacccaatcttcggtaaatct 13929013  T
Q  361 caatgctag 369  Q
    |||||||||    
T  13929014 caatgctag 13929022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 158
Target Start/End: Original strand, 13912143 - 13912295
Alignment:
Q  6 cagagaatttgtttttggacagatcaataaacccagaacctcgtagaaatggtggaatgggtccttcaaactcatttgatgaaagagataaaaaagaaca 105  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||    |||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13912143 cagagaacttgtttttggacaaatcaataactgtagaacctttgagaaatggtggaatgggcccttcaaattcatttgatgaaagtgataaaacagaaca 13912242  T
Q  106 atgatttttgacttgaagatttggaattgaacctttgagattattgtttgaaa 158  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  13912243 aagattttttacttgaagatttggaattaagcctttgagattattgtttgaaa 13912295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University