View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18236_low_6 (Length: 648)

Name: NF18236_low_6
Description: NF18236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18236_low_6
NF18236_low_6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-634)||(45083512-45084156)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 45084156 - 45083512
Alignment:
Q  9 gagatgaagccttaaccacagttgaaattttcctcctgagttcacaataacaaaaagatattaaagcaggctgcattatgctttcaaatacagcaagcct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45084156 gagatgaagccttaaccacagttgaaattttcctcctgagttcacaataacaaaaagatattaaagcaggctgcattatgctttcaaataccgcaagcct 45084057  T
Q  109 tctctaacaaattcggg----tgtgtgtgtggaatgaaaa-tgtattgtgtatagttctttcacaattcactgcaaatctaggtaaa--tataaaatgat 201  Q
    |||||||||||||| ||    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  45084056 tctctaacaaattccggagtgtgtgtgtgtgcaatgaaaaatgtattgtgtatagttctttcacaattcactgtaaatctaggtaaaaatataaaatgat 45083957  T
Q  202 tctacaaggagtggtttcaaaattcaa-catgaacatagagctacaaacaacgaatacatggaaaaagttgactaattaatgaagatctaaacataacat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45083956 tctacaaggagtggtttcaaaattcaaacatgaacatagagctacaaacaacaaatacatggaaaaagttgactaattaatgaaaatctaaacataacat 45083857  T
Q  301 tttttggtctgtggatgtgattgccaaacctcatgaacattagcaacgatcaattgaaagtc-------------acttccatcaaactctccactttgt 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||    
T  45083856 tttttggtctgtggatgtgattgccaaacctcatgaacattagcaacgatcaattgaaagtcactttcaggactcacttccatcaaactctccactttgt 45083757  T
Q  388 aggttttaaattaaccgtcatattagcattgacgcgagattgccaatcaaaacatagagattcaaagacactattacacataactgaacaccccagaagt 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083756 aggttttaaattaaccgtcatattagcattgacgcgagattgccaatcaaaacat--agattcaaacacactattacacataactgaacaccccagaagt 45083659  T
Q  488 tgaattctaacaataattgaaaagaaaagtatacctggagaaagtgagagaacggggatggaagagagaattcttgtgaagggaaagtccattgatctga 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083658 tgaattctaacaataattgaaaagaaaagtatacctggagaaagtgagagaacggggatggaagagagaattcttgtgaagggaaagtccattgatctga 45083559  T
Q  588 gattggagggtagaggaacatagagaagttgtagttgaagccatctt 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083558 gattggagggtagaggaacatagagaagttgtagttgaagccatctt 45083512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University