View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18237_low_1 (Length: 1453)

Name: NF18237_low_1
Description: NF18237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18237_low_1
NF18237_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (125-1437)||(364413-365725)
chr2 (17-60)||(364305-364348)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1233; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1233; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 125 - 1437
Target Start/End: Original strand, 364413 - 365725
Alignment:
Q  125 acgaccacaacaaaaccacctcctcacttcttccacaaccttcctcttcctccatcaccaaacaacaacaacaacactctatctcctctcccatcttcta 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  364413 acgaccacaacaaaaccacctcctcacttcttccacaaccttcctcttcctccatcaccaaacaacaacaacaacactctacctcctctcccatcttcta 364512  T
Q  225 tcttgttagtttattacttttacactttttcagttttcactctattaacttataatgttcatacttcattttcagtcatttctaannnnnnnnnnnngca 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            |||    
T  364513 tcttgttagtttattacttttacactttttcagttttcactctattaacttataatgttcatacttcattttcaatcatttctaatttttattttttgca 364612  T
Q  325 gttagttatctgttgtattattcttgtaccctattcagcttatttgcaatacaaacttgccaaactcaaggtattattgattgcaccctttaaatttctt 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  364613 gttagttatctgttgtattattcttgtaccctattcagcttatttacaatacaaacttgccaaactcaaggtattactgattgcaccctttaaatttctt 364712  T
Q  425 gtttgtgttggattgaatccattgtttatttatcaattcaatttctttggctccaggatatgaaacttcaactctgtggtcaaattgatttttgttcccg 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364713 gtttgtgttggattgaatccattgtttatttatcaattcaatttctttggctccaggatatgaaacttcaactctgtggtcaaattgatttttgttcccg 364812  T
Q  525 gaacggaaaaacatccatacaagaagaggttgatgacgatgataatgcagatagtagaacaatagctttatatattgtgcttttcacattgattttgcct 624  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364813 taacggaaaaacatccatacaagaagaggttgatgacgatgataatgcagatagtagaacaatagctttatatattgtgcttttcacattgattttgcct 364912  T
Q  625 tttgtattgtacaaatatcttgattatcttcctcaaataattaatttcttgaggagaacagaaagtaacaaggaggatgtaccattaaagaagagagttg 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364913 tttgtattgtacaaatatcttgattatcttcctcaaataattaatttcttgaggagaacagaaagtaacaaggaggatgtaccattaaagaagagagttg 365012  T
Q  725 cttatatggtagatgtatttttctccatatatccttatgcaaagctacttgcacttctttgtgcaactctctttcttatagcatttggtggtttagcgtt 824  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365013 cttatatggtagatgtatttttctccatatatccttatgcaaagctacttgcacttctttgtgcaactctctttcttatagcatttggtggtttagcgtt 365112  T
Q  825 gtatgcggttactggcggtagcatggctgaagcactttggcattcttggacttatgtagctgacgcaggaaatcacgctgaaacagaaggaaccggccag 924  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365113 gtatgcggttactggtggtagcatggctgaagcactttggcattcttggacttatgtagctgacgcaggaaatcacgctgaaacagaaggaaccggccag 365212  T
Q  925 agaatcgtctctgtctcaattagtgcgggtggcatgcttatatttgccatgatgcttgggcttgtttcggatgctatatcagagaaggttgattcactta 1024  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365213 agaatcgtctctgtctcaattagtgcgggtggcatgcttatatttgccatgatgcttgggcttgtttcggatgctatatcagagaaggttgattcactta 365312  T
Q  1025 gaaaaggaaagagcgaggtcatcgaaagaaaccatgtactcatccttggctggagtgacaaattggtaatcccctcattcattttcttagaaacatttag 1124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  365313 gaaaaggaaagagcgaagtcatcgaaagaaaccatgtactcatccttggctggagtgacaaattggtaatcccctcgttggttttcttagaaacatttag 365412  T
Q  1125 agtttttgaaattgaattagaatttgatgctcaggaatttagtttatatgatgagggccattcaactgagtgcattagttatttttcttgataaatatga 1224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365413 agtttttgaaattgaattagaatttgatgctcaggaatttagtttatatgatgagggccattcaactgagtgcattagttatttttcttgataaatatga 365512  T
Q  1225 tacaaaaaagctgatagtgatattttactgcagggctcacttttgaagcagctagcaatagccaataagagtgttggtggtggtgttattgtggtgcttg 1324  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365513 cacaaaaaagctgatagtgatattttactgcagggctcacttttgaagcagctagcaatagccaataagagtgttggtggtggtgttattgtggtgcttg 365612  T
Q  1325 cagaaaaggaaaaggaggaaatggaaatggatattgcaaagctcgaattcgatttcatggggacatcagtaatatgtagaagtggcagtccactaatact 1424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  365613 cagaaaaggaaaaggaggaaatggaaatggatattgcaaagctcgaattcgatttcatggggacatcagtaatatgtagaagtggcagtccactaatact 365712  T
Q  1425 tgctgacctaaag 1437  Q
    |||||||||||||    
T  365713 tgctgacctaaag 365725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 60
Target Start/End: Original strand, 364305 - 364348
Alignment:
Q  17 ctttccttggcattggcagcacctccagaaaaagaagacaacca 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  364305 ctttccttggcattggcagcacctccagaaaaagaagacaacca 364348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University