View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18238_low_8 (Length: 537)

Name: NF18238_low_8
Description: NF18238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18238_low_8
NF18238_low_8
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (13-455)||(24218162-24218604)
chr4 (73-448)||(16843434-16843809)
chr4 (13-448)||(16846102-16846536)
chr4 (455-518)||(24218032-24218095)
chr4 (461-515)||(16843165-16843219)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (13-454)||(37382758-37383199)
chr5 (38-444)||(37701995-37702401)
chr5 (40-454)||(37639060-37639474)
chr5 (40-448)||(37401436-37401844)
chr5 (14-448)||(37593492-37593926)
chr5 (14-448)||(37695883-37696317)
chr5 (40-448)||(37823218-37823626)
chr5 (33-444)||(37393319-37393730)
chr5 (13-448)||(37532387-37532822)
chr5 (13-454)||(37434997-37435438)
chr5 (38-444)||(37710816-37711222)
chr5 (152-454)||(37413597-37413899)
chr5 (13-237)||(37428339-37428562)
chr5 (455-516)||(37382629-37382690)
chr5 (457-518)||(37401164-37401225)
chr5 (457-518)||(37696528-37696589)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (33-444)||(14552679-14553090)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 24218604 - 24218162
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  24218604 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgtt 24218505  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24218504 ggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgat 24218405  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218404 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 24218305  T
Q  313 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218304 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 24218205  T
Q  413 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagat 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218204 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagat 24218162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 73 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16843809 - 16843434
Alignment:
Q  73 cacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgat 172  Q
    |||||| |||||||||||||| || | || ||| |||||||||| || |||||  ||||||||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||      
T  16843809 cacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgga 16843710  T
Q  173 tgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtat 272  Q
    || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||  ||| | |||| ||||||||||||    
T  16843709 tgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtat 16843610  T
Q  273 cgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttat 372  Q
    | | |||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16843609 cctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttat 16843510  T
Q  373 agtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 448  Q
    |||||  |||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843509 agtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 16843434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16846536 - 16846102
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||| | || ||||||||||||||||| ||||  || ||||||    
T  16846536 cacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgtt 16846437  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    ||||  || |||| ||| |||||| |  |||  ||  |||||||||  || |||||||  || |||||||||||||| ||||||  ||||| ||| | ||    
T  16846436 ggcaacggtccactgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttat 16846338  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 312  Q
    |||| | |||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||| ||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  16846337 ttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagata 16846238  T
Q  313 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 412  Q
    ||  |||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||  |||||||||  ||||| ||| |||| |||    
T  16846237 tgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaatg 16846138  T
Q  413 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 448  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846137 cttccaaagaggttgttcatttgcatatccaataca 16846102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 455 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 24218095 - 24218032
Alignment:
Q  455 tcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218095 tcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtga 24218032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 461 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 16843219 - 16843165
Alignment:
Q  461 aacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagag 515  Q
    ||||||||||||| | ||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843219 aacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagag 16843165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 37383199 - 37382758
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  37383199 cacagaatcattatagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgtt 37383100  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    |||| ||| |||   ||||||||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||| || |||||| | |||||||| | ||    
T  37383099 ggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttat 37383000  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 312  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| | |||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  37382999 ttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttt 37382900  T
Q  313 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 412  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || || ||| |||| |||    
T  37382899 tgtacagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatg 37382800  T
Q  413 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaaga 454  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37382799 tgtccatagaggttgttcatttgcatatccaataccgaaaga 37382758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 38 - 444
Target Start/End: Original strand, 37701995 - 37702401
Alignment:
Q  38 ttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttac 137  Q
    |||| ||||||||||| | ||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||||||      
T  37701995 ttacgcatgtattgcagatcagtttttttgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgt 37702094  T
Q  138 cagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaa 237  Q
     |||| ||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  37702095 tagaggcatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaa 37702194  T
Q  238 ctcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggt 337  Q
    |||| | | |  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  || |||||||||||||| |||    
T  37702195 ctctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggt 37702294  T
Q  338 aatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgca 437  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702295 aatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgca 37702394  T
Q  438 tatccaa 444  Q
    |||||||    
T  37702395 tatccaa 37702401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 40 - 454
Target Start/End: Original strand, 37639060 - 37639474
Alignment:
Q  40 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 139  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37639060 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37639159  T
Q  140 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 239  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37639160 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37639259  T
Q  240 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaa 339  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||||    
T  37639260 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 37639359  T
Q  340 tggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcata 439  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639360 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 37639459  T
Q  440 tccaatacagaaaga 454  Q
    |||||||||| ||||    
T  37639460 tccaatacagtaaga 37639474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 37401844 - 37401436
Alignment:
Q  40 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 139  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37401844 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37401745  T
Q  140 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 239  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37401744 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37401645  T
Q  240 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaa 339  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||||    
T  37401644 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 37401545  T
Q  340 tggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcata 439  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401544 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 37401445  T
Q  440 tccaataca 448  Q
    |||||||||    
T  37401444 tccaataca 37401436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 448
Target Start/End: Original strand, 37593492 - 37593926
Alignment:
Q  14 acagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttg 113  Q
    |||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||    
T  37593492 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37593591  T
Q  114 gcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatt 213  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37593592 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37593691  T
Q  214 tgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgt 313  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  37593692 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37593791  T
Q  314 gtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgc 413  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||| |||| |||     
T  37593792 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37593891  T
Q  414 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593892 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 37593926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 448
Target Start/End: Original strand, 37695883 - 37696317
Alignment:
Q  14 acagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttg 113  Q
    |||||||||||||| ||||   | | |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||    
T  37695883 acagaatcattatagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37695982  T
Q  114 gcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatt 213  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  37695983 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37696082  T
Q  214 tgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgt 313  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  37696083 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37696182  T
Q  314 gtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgc 413  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||| |||| |||     
T  37696183 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37696282  T
Q  414 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696283 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 37696317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Original strand, 37823218 - 37823626
Alignment:
Q  40 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttacca 139  Q
    |||||||||||||||||||  ||  | | || ||||||| |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||||||   |    
T  37823218 acccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37823317  T
Q  140 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 239  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  37823318 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37823417  T
Q  240 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaa 339  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||||    
T  37823418 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 37823517  T
Q  340 tggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcata 439  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823518 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 37823617  T
Q  440 tccaataca 448  Q
    |||||||||    
T  37823618 tccaataca 37823626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 37393730 - 37393319
Alignment:
Q  33 tggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaatt 132  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||   ||  ||||||||  |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||    
T  37393730 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaatt 37393631  T
Q  133 gttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacc 232  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  37393630 gttactagagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacc 37393531  T
Q  233 tgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagact 332  Q
    ||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  |||| ||||||| | |    
T  37393530 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacatt 37393431  T
Q  333 gtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcat 432  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||||||||  ||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37393430 gtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgttcat 37393331  T
Q  433 ttgcatatccaa 444  Q
    ||||||||||||    
T  37393330 ttgcatatccaa 37393319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 448
Target Start/End: Original strand, 37532387 - 37532822
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||| ||| || |||| ||| ||| ||    
T  37532387 cacagaatcattatagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatatt 37532486  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    |||| ||| ||||  ||||||||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  37532487 ggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 37532586  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 312  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||       
T  37532587 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 37532686  T
Q  313 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 412  Q
    ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||| |||| |||    
T  37532687 tgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 37532786  T
Q  413 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 448  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532787 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 37532822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Original strand, 37434997 - 37435438
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||   |   |  |||||||||| |||||||||||||| || ||||  || ||||||    
T  37434997 cacagaatcattatagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgtt 37435096  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    |||| ||  ||||  |||||||||||  |||  ||  ||||||| | ||| | ||| |  || |||||| ||||||| ||||||  ||||| ||| | ||    
T  37435097 ggcaaggatccactaaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttat 37435196  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 312  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||     
T  37435197 ttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagttc 37435296  T
Q  313 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 412  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  37435297 tgtacagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatg 37435396  T
Q  413 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaaga 454  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  37435397 cttccattaaggttgttcatttgcatatccaaaacggaaaga 37435438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 38 - 444
Target Start/End: Original strand, 37710816 - 37711222
Alignment:
Q  38 ttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaattgttac 137  Q
    |||| ||||||||||| | ||  ||| ||| ||||||| || |||||||||||||| || |||| ||| |||| ||||| ||| ||||  ||||||||      
T  37710816 ttacgcatgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgt 37710915  T
Q  138 cagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaa 237  Q
     |||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||    
T  37710916 tagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaa 37711015  T
Q  238 ctcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggt 337  Q
    |||| | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||    
T  37711016 ctctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggt 37711115  T
Q  338 aatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgca 437  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711116 aatgatccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgca 37711215  T
Q  438 tatccaa 444  Q
    |||||||    
T  37711216 tatccaa 37711222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 152 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 37413899 - 37413597
Alignment:
Q  152 attctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaactt 251  Q
    ||||||| ||| |||||||  || || ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||  ||    
T  37413899 attctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactcttgtagagttt 37413800  T
Q  252 ctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaa 351  Q
    ||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||| |||||||||| ||||||||| | | |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37413799 ctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaatggtccttccaa 37413700  T
Q  352 ttggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaa 451  Q
    ||| || || |||||||||||  |||| |||| ||||||||  ||||| ||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37413699 ttgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatatccaatatagaa 37413600  T
Q  452 aga 454  Q
    |||    
T  37413599 aga 37413597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 237
Target Start/End: Original strand, 37428339 - 37428562
Alignment:
Q  13 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgtt 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||   |  |||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||| | |||     
T  37428339 cacagaatcattatagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtc 37428438  T
Q  113 ggcacggggccacggaaattgttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgat 212  Q
    |||| ||| ||||  ||| | |||  | |||  ||| ||||||||| ||| || ||||  ||||||||  ||||||||||||||  |||||| || | ||    
T  37428439 ggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttat 37428537  T
Q  213 ttgatcgtaaactgagtacctgtaa 237  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||    
T  37428538 ttgatcttaaaatgagaacctgtaa 37428562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 455 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 37382690 - 37382629
Alignment:
Q  455 tcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagt 516  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  37382690 tcagggaacttgcgttgcacaatgaaaaatcaatgtttcctgtgaagttgttgttcgagagt 37382629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 457 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 37401225 - 37401164
Alignment:
Q  457 agggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtga 518  Q
    ||||||||||||||||| | ||   ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  37401225 agggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtga 37401164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 457 - 518
Target Start/End: Original strand, 37696528 - 37696589
Alignment:
Q  457 agggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtga 518  Q
    ||||||||||||||||| | ||   ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37696528 agggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtga 37696589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 444
Target Start/End: Original strand, 14552679 - 14553090
Alignment:
Q  33 tggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattattgaggcaggatgttggcacggggccacggaaatt 132  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||   || ||||||| || |||||||||||||| || |||| ||| |||||||||| || |||||  |||||    
T  14552679 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaatt 14552778  T
Q  133 gttaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgatttcaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacc 232  Q
    |||   |||||||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||| |||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||     
T  14552779 gttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcact 14552878  T
Q  233 tgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagact 332  Q
    ||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||| || |||||||| | ||  ||||||||||| ||||    
T  14552879 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgact 14552978  T
Q  333 gtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcat 432  Q
    |||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14552979 gtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcat 14553078  T
Q  433 ttgcatatccaa 444  Q
    ||||||||||||    
T  14553079 ttgcatatccaa 14553090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University