View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18241_low_1 (Length: 1219)

Name: NF18241_low_1
Description: NF18241
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18241_low_1
NF18241_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (4-1202)||(35170073-35171271)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1171; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1171; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 1202
Target Start/End: Complemental strand, 35171271 - 35170073
Alignment:
Q  4 agatggacatcatcattttgacatgcttttcttacagacaaaggaatccttcccgtagttgatttcatattaactttttggagcctaacatctctatgcc 103  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171271 agatggccaacatcattttgacatgcttttcttacagacaaaggaatccttcccgtagttgatttcatattaactttttggagcctaacatctctatgcc 35171172  T
Q  104 tggactcagtagtagtagtactactgagatcgacagagtcacctccgcagatattttctgcagaaagcataacaacttaaaaccatgccaataaataaaa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171171 tggactcagtagtagtagtactactgagatcgacagagtcacctccgcagatattttctgcagaaagcataacaacttaaaaccatgccaataaataaaa 35171072  T
Q  204 gaatagcaattagaaagttttgtcacaaattcatcctaacagatgatgatattagcatattactattttagccatgtgctcaaggttaattaagatgaat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171071 gaatagcaattagaaagttttgtcacaaattcatcctaacagatgatgatattagcatattactattttagccatgtgctcaaggttaattaagatgaat 35170972  T
Q  304 ataaacaagaatactatctaattaggacgtataatactatcatatgtatatatccttattcaaaccaaaagtaatattgatatcaaaattcaaaaagaga 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170971 ataaacaagaatactatctaattaggacgtataatactaccatatgtatatatccttattcaaaccaaaagtaatattgatatcaaaattcaaaaagaga 35170872  T
Q  404 gcaaaggtaaaccttttaaggaggacccagtttctgaaggctcggtagtataatgacccggaagcattttccaatatttaagagcttgtaaaaccgcatc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170871 gcaaaggtaaaccttttaaggaggacccagtttccgaaggctcggtagtataatgacccggaagcattttccaatatttaagagcttgtaaaaccgcatc 35170772  T
Q  504 cctcaccggtttgacctataaacgattattcatatatacacatataagttagttaatgagaaacatgaatattgagaaatgcaatactaataatgtcaaa 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170771 cctcaccggtttgacctataaacgattattcatatatacacatataagttagttaatgagaaacatgaatattgagaaatgcaatactaataatgtcaaa 35170672  T
Q  604 aacagagagtgagtaaccaccttatcaaacctcgatgaatcaagagaatgaatacaagaagccctcaaagacgacaagaacgaagcacgagtcaaagcaa 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170671 aacagagagtgagtaaccaccttatcaaacctcgatgaatcaagagaatgaatacaagaagccctcaaagacgacaagaacgaagcacgagtcaaagcaa 35170572  T
Q  704 tttgtcccaacgcaacggaagccgctttacgtgttttccaatccgtatcattcaaaccctctctaatactaccaacagccgtcaaaagaacactctgcgt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35170571 tttgtcccaacgcaacggaagccgctttacgtgttttccaatccgtatcattcaaaccctctctaatactaccaacagcagtcaaaagaacactctgcgt 35170472  T
Q  804 cgaagctccaccagcctgaataatacacctattcaactcaatcaacgcaggtttcgccataaaatgtggattcttaagcaacttaagaatcctaatcaac 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170471 cgaagctccaccagcctgaataatacacctattcaactcaatcaacgcaggtttcgccataaaatgtggattcttaagcaacttaagaatcctaatcaac 35170372  T
Q  904 ataccatacaaaaccgaaacaggaggattccgcgtgttttgtacaataccagcaagacaaaaagcagaagcagactgaacatgcttattctgttcaccaa 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170371 ataccatacaaaaccgaaacaggaggattccgcgtgttttgtacaataccagcaagacaaaaagcagaagcagactgaacatgcttattctgttcaccaa 35170272  T
Q  1004 caagagcatcaaaaattggactagacaataacacaaacaccttatcttcattaccttgattcgctaatttcaaagctaaaacagagaaaatttcaataca 1103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35170271 caagagcgtcaaaaattggactagacaataacacaaacaccttatcttcattaccttgattcgctaatttcaaagctaaaacagagaaaatttcaacaca 35170172  T
Q  1104 accttctctaacagaagaatctggatctctaaaacatttaacaacagaggcaacaattttggtgagatgtgggagtataagagattcataaactgtggc 1202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170171 accttctctaacagaagaatctggatctctaaaacatttaacaacagaggcaacaattttggtgagatgtgggagtataagagattcataaactgtggc 35170073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University