View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18241_low_3 (Length: 768)

Name: NF18241_low_3
Description: NF18241
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18241_low_3
NF18241_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (118-752)||(41922621-41923255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 118 - 752
Target Start/End: Original strand, 41922621 - 41923255
Alignment:
Q  118 attattgtgtacaactttggatttgataaactttcactttggaacttctaacgaaatcattgtactaccgattatatcgtcaaactcagtgtgacttcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41922621 attattgtgtacaactttggattcgacaaactttcactttgaaacttctaacgaaatcattgtactaccgattatatcgtcaaactcactgtgacttcaa 41922720  T
Q  218 caagctcttattattaagaatttaagacatgttgaaaatgcttccaaattataaaattgaaatttcatttcaacatgttctaaggagataacatggtagt 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41922721 caagcgcttattattaagaatttaagacatgttgaaaatgcttccaaattataaaattgaaatttcatttcaacatgttctaaggagataacatggtagt 41922820  T
Q  318 atccatctaaaaaacgtgtgacttattcaacatcaaaactgtcacttgccgagtgttttaactctataatttaaatcacatacaacataaatgaggaaat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41922821 atccatctaaaaaacgtgtgacttattcaacatcaaaactgtcacttgccgagtattttaactctataatttaaatcacatacaacataaatgaggaaat 41922920  T
Q  418 aacattatacaagaaaaaggtcatatatcaaagaactttctacagcaatttagtaacagaacttttacatgtttattaaaaaattaaaactcaatagcca 517  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41922921 aacattatacaacaaaaaggtcatatatcaaagaactttctacagcaatttagtaacagaacttttacatgtttattaaaaaattaaaactcaatagcca 41923020  T
Q  518 ggggaagtatttgtagtagtatgtgtagaagacgaagatgtaggtgaatttgaatgaacagcaccttcactgttattacccctttcttctgagattgaat 617  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41923021 gtggaagcatttgtagtagtatgtgtagaggatgaagatgtaggtgaatttgaatgaacagcaccttcactgttattacccctttcttctgagattgaat 41923120  T
Q  618 gctcaaacttcttaaactctggttttttaattgtagcaacttgaggatgtgtggctactggtgcatagattccagaaggtgccacaacttttgtcatttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41923121 gctcaaacttcttaaactctggttttttaattgtagcaacttgaggatgtgtggctactggtgcatagattccagaaggtgccacaacttttgtcatttc 41923220  T
Q  718 ccctgttgttgttgatgaagctaccccaccatact 752  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41923221 ccctgttgttgttgatgaagctaccccaccatact 41923255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University