View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18243_low_4 (Length: 716)

Name: NF18243_low_4
Description: NF18243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18243_low_4
NF18243_low_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-699)||(43900950-43901636)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 699
Target Start/End: Original strand, 43900950 - 43901636
Alignment:
Q  14 cagagaacattgcaatttattggggtcaaaataacaatgagggtaccctaacagaaacatgtgcaaaaggaaactacaacaactactcctatgtaatcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43900950 cagagaacattgcaatttattggggtcaaaataacaatgagggtaccctaacagaaacatgtgcaaaaggaaactacaacaactactcctatgtaatcat 43901049  T
Q  114 agcttttcttaacaaatttgggaatggaacaacacctgaaatcaacttagcagatcattgtgacccttcttccaatgattgcacaatgttaagcacacac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901050 agcttttcttaacaaatttgggaatggaacaacacctgaaatcaacttagcagatcattgtgacccttcttccaatgattgcacaatgttaagcacacac 43901149  T
Q  214 attaagaattgccaaatgaaaaggatcaaagtcttgctttcaattggcggagcagatggagaatatggtttaggttccactgatgatgcaaaaaatgttt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901150 attaagaattgccaaatgaaaaggatcaaagtcttgctttcaattggcggagcagatggagaatatggtttaggttccactgatgatgcaaaaaatgttt 43901249  T
Q  314 ctgattacttgtggaacaagtttttgggtggaaattcatcttcacgtccatttggcgatgctatattagatggtattgattttgatattgnnnnnnnctc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  43901250 ctgattacttgtggaacaagtttttgggtggaaattcatcttcacgtccatttggcgatgctatattagatggtattgattttgatattgaaaaaaactc 43901349  T
Q  414 caaaggaaaacaaaaccaacaacattgggaagaacttgcacgttttcttaagtcacgtaacacttcaacacaaaatgtttacttaagtgcagcacctcaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901350 caaaggaaaacaaaaccaacaacattgggaagaacttgcacgttttcttaagtcacgtaacacttcaacacaaaatgtttacttaagtgcagcacctcaa 43901449  T
Q  514 tgtccata-cctgatggagaattaggtgtcgcacttgaaacgggcatttttgactatgtttggatacagttttacaacaatcctgaatgtgactatagtg 612  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901450 tgtccataccctgatggagaattaggcgtcgcacttgaaacgggcgtttttgactatgtttggatacagttttacaacaatcctgaatgtgactatagtg 43901549  T
Q  613 aaagcgaggttaaccgcttgttggattcgtggaagcgatggacaaagtcgttaacgtcgggaaaagtgtttttgggattgcctgctt 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901550 aaagcgaggttaaccgcttgttggattcgtggaagcgatggacaaagtcgttaacgtcgggaaaagtgtttttgggattgcctgctt 43901636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University